MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	TCGC	2	8	116	123	0 %	25 %	25 %	50 %	238899347
2	NC_012752	TTGA	2	8	1148	1155	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012752	AGCG	2	8	1177	1184	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_012752	TGAT	2	8	1360	1367	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012752	TTTC	2	8	1582	1589	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_012752	GCCG	2	8	1824	1831	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_012752	GTAT	2	8	2241	2248	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012752	ATTG	2	8	2974	2981	25 %	50 %	25 %	0 %	238899348
9	NC_012752	CATT	2	8	2989	2996	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_012752	ATTT	2	8	3231	3238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012752	GTTT	2	8	3879	3886	0 %	75 %	25 %	0 %	238899349
12	NC_012752	CTTT	2	8	3957	3964	0 %	75 %	0 %	25 %	238899349
13	NC_012752	ATAA	2	8	4049	4056	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
14	NC_012752	TAAA	2	8	4142	4149	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
15	NC_012752	AAAT	2	8	4559	4566	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
16	NC_012752	CTTA	2	8	6492	6499	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_012752	TATT	2	8	6670	6677	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012752	TAAT	2	8	6726	6733	50 %	50 %	0 %	0 %	238899351
19	NC_012752	ATTA	2	8	7327	7334	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012752	AGTT	2	8	7745	7752	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012752	TAGG	2	8	7847	7854	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012752	TATC	2	8	7922	7929	25 %	50 %	0 %	25 %	238899352
23	NC_012752	ATAA	2	8	8278	8285	75 %	25 %	0 %	0 %	238899352
24	NC_012752	AAGC	2	8	8312	8319	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_012752	CATT	2	8	8390	8397	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_012752	AGTC	2	8	8608	8615	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_012752	CTGT	2	8	8650	8657	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_012752	GCTT	2	8	8691	8698	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_012752	CATT	2	8	9258	9265	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_012752	TAAT	2	8	9337	9344	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012752	GTAT	2	8	9829	9836	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012752	AATT	2	8	9865	9872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012752	CGTA	3	12	9874	9885	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_012752	TAAA	2	8	9945	9952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012752	TCTT	2	8	10083	10090	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012752	CTTT	2	8	10462	10469	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_012752	TATT	2	8	10533	10540	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012752	TACA	2	8	10855	10862	50 %	25 %	0 %	25 %	238899353
39	NC_012752	GGGA	2	8	10878	10885	25 %	0 %	75 %	0 %	238899353
40	NC_012752	AGAA	2	8	11326	11333	75 %	0 %	25 %	0 %	238899354
41	NC_012752	GAAA	2	8	11404	11411	75 %	0 %	25 %	0 %	238899354
42	NC_012752	GTTG	2	8	11668	11675	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012752	TTTA	2	8	12037	12044	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012752	ATCA	2	8	12301	12308	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_012752	GCAA	2	8	12561	12568	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012752	AATG	2	8	13260	13267	50 %	25 %	25 %	0 %	238899356
47	NC_012752	AAAG	2	8	13675	13682	75 %	0 %	25 %	0 %	238899356
48	NC_012752	ACTC	2	8	13881	13888	25 %	25 %	0 %	50 %	238899356
49	NC_012752	AAGG	2	8	14545	14552	50 %	0 %	50 %	0 %	238899356
50	NC_012752	TGAA	2	8	14726	14733	50 %	25 %	25 %	0 %	238899356
51	NC_012752	AGTC	2	8	15133	15140	25 %	25 %	25 %	25 %	238899357
52	NC_012752	TTTC	2	8	15384	15391	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_012752	GAAA	2	8	15429	15436	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012752	CCTT	2	8	15488	15495	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_012752	GAAA	2	8	15644	15651	75 %	0 %	25 %	0 %	238899358
56	NC_012752	TGCG	2	8	16444	16451	0 %	25 %	50 %	25 %	238899358
57	NC_012752	TTTG	2	8	16649	16656	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012752	TTCT	2	8	16754	16761	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_012752	GAAA	2	8	17134	17141	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012752	CGAC	2	8	17407	17414	25 %	0 %	25 %	50 %	238899359
61	NC_012752	CTAA	2	8	18252	18259	50 %	25 %	0 %	25 %	238899359
62	NC_012752	GTTC	2	8	18419	18426	0 %	50 %	25 %	25 %	238899359
63	NC_012752	AAAG	2	8	18846	18853	75 %	0 %	25 %	0 %	238899359
64	NC_012752	TAAT	2	8	18965	18972	50 %	50 %	0 %	0 %	238899359
65	NC_012752	GAAA	2	8	19339	19346	75 %	0 %	25 %	0 %	238899359
66	NC_012752	GAAG	2	8	19671	19678	50 %	0 %	50 %	0 %	238899359
67	NC_012752	GCAT	2	8	20076	20083	25 %	25 %	25 %	25 %	238899359
68	NC_012752	AGGC	2	8	20164	20171	25 %	0 %	50 %	25 %	238899359
69	NC_012752	TTTA	2	8	20185	20192	25 %	75 %	0 %	0 %	238899359
70	NC_012752	GCCA	2	8	20946	20953	25 %	0 %	25 %	50 %	238899359
71	NC_012752	AGAC	2	8	21237	21244	50 %	0 %	25 %	25 %	238899359
72	NC_012752	GTCG	2	8	21481	21488	0 %	25 %	50 %	25 %	238899359
73	NC_012752	AATG	2	8	21921	21928	50 %	25 %	25 %	0 %	238899360
74	NC_012752	TTCC	2	8	22532	22539	0 %	50 %	0 %	50 %	238899360
75	NC_012752	TGAG	2	8	22682	22689	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012752	CAGC	2	8	23578	23585	25 %	0 %	25 %	50 %	238899361
77	NC_012752	GCAA	2	8	24096	24103	50 %	0 %	25 %	25 %	238899362
78	NC_012752	AGAA	2	8	25172	25179	75 %	0 %	25 %	0 %	238899364
79	NC_012752	ATTA	2	8	25240	25247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012752	ATTT	2	8	25285	25292	25 %	75 %	0 %	0 %	238899365
81	NC_012752	TAAA	2	8	25822	25829	75 %	25 %	0 %	0 %	238899365
82	NC_012752	AAGC	2	8	25917	25924	50 %	0 %	25 %	25 %	238899365
83	NC_012752	TGCC	2	8	25967	25974	0 %	25 %	25 %	50 %	238899365
84	NC_012752	GCCA	2	8	26422	26429	25 %	0 %	25 %	50 %	238899365
85	NC_012752	GATT	2	8	26650	26657	25 %	50 %	25 %	0 %	238899365
86	NC_012752	CATA	2	8	26870	26877	50 %	25 %	0 %	25 %	238899365
87	NC_012752	ACCC	2	8	27000	27007	25 %	0 %	0 %	75 %	238899365
88	NC_012752	TGTT	2	8	27912	27919	0 %	75 %	25 %	0 %	238899366
89	NC_012752	ACTC	2	8	28089	28096	25 %	25 %	0 %	50 %	238899367
90	NC_012752	GGTC	2	8	28286	28293	0 %	25 %	50 %	25 %	238899367
91	NC_012752	TGGC	2	8	28492	28499	0 %	25 %	50 %	25 %	238899367
92	NC_012752	GCCC	2	8	28680	28687	0 %	0 %	25 %	75 %	238899367
93	NC_012752	TGAT	2	8	29092	29099	25 %	50 %	25 %	0 %	238899367
94	NC_012752	CCGC	2	8	29980	29987	0 %	0 %	25 %	75 %	238899368
95	NC_012752	GCCA	2	8	31195	31202	25 %	0 %	25 %	50 %	238899368
96	NC_012752	TAAG	2	8	31470	31477	50 %	25 %	25 %	0 %	238899368
97	NC_012752	CCGT	2	8	31645	31652	0 %	25 %	25 %	50 %	238899368
98	NC_012752	TGTA	2	8	32040	32047	25 %	50 %	25 %	0 %	238899368
99	NC_012752	TCAA	2	8	32933	32940	50 %	25 %	0 %	25 %	238899370
100	NC_012752	GCCA	2	8	33275	33282	25 %	0 %	25 %	50 %	238899371
101	NC_012752	TGCC	2	8	33297	33304	0 %	25 %	25 %	50 %	238899371
102	NC_012752	ATTT	2	8	33643	33650	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012752	GCAC	2	8	33821	33828	25 %	0 %	25 %	50 %	238899372
104	NC_012752	GGGC	2	8	34506	34513	0 %	0 %	75 %	25 %	238899373
105	NC_012752	TTAT	2	8	34652	34659	25 %	75 %	0 %	0 %	238899374
106	NC_012752	CAGA	2	8	35072	35079	50 %	0 %	25 %	25 %	238899374
107	NC_012752	CTGT	2	8	36083	36090	0 %	50 %	25 %	25 %	238899375
108	NC_012752	CTTT	2	8	36422	36429	0 %	75 %	0 %	25 %	238899375
109	NC_012752	CTGT	2	8	36441	36448	0 %	50 %	25 %	25 %	238899375
110	NC_012752	CGAT	2	8	36471	36478	25 %	25 %	25 %	25 %	238899375
111	NC_012752	AAAT	2	8	36515	36522	75 %	25 %	0 %	0 %	238899375
112	NC_012752	CCTC	2	8	36576	36583	0 %	25 %	0 %	75 %	238899375
113	NC_012752	GAGG	2	8	36703	36710	25 %	0 %	75 %	0 %	238899376
114	NC_012752	GGGC	2	8	37485	37492	0 %	0 %	75 %	25 %	238899376
115	NC_012752	TCCT	2	8	38061	38068	0 %	50 %	0 %	50 %	238899377
116	NC_012752	AACG	2	8	39486	39493	50 %	0 %	25 %	25 %	238899379
117	NC_012752	CCTT	2	8	39635	39642	0 %	50 %	0 %	50 %	238899379
118	NC_012752	TGGC	2	8	40040	40047	0 %	25 %	50 %	25 %	238899379
119	NC_012752	TCCC	2	8	40764	40771	0 %	25 %	0 %	75 %	238899379
120	NC_012752	CTGT	2	8	40894	40901	0 %	50 %	25 %	25 %	238899379
121	NC_012752	CTGT	2	8	40903	40910	0 %	50 %	25 %	25 %	238899379
122	NC_012752	GCGA	2	8	41483	41490	25 %	0 %	50 %	25 %	238899379
123	NC_012752	AAAT	2	8	41734	41741	75 %	25 %	0 %	0 %	238899380
124	NC_012752	TCTT	2	8	41889	41896	0 %	75 %	0 %	25 %	238899381
125	NC_012752	CTGA	2	8	42270	42277	25 %	25 %	25 %	25 %	238899381
126	NC_012752	GGAA	2	8	42637	42644	50 %	0 %	50 %	0 %	238899381
127	NC_012752	TGAT	2	8	44649	44656	25 %	50 %	25 %	0 %	238899384
128	NC_012752	AGAA	2	8	44869	44876	75 %	0 %	25 %	0 %	238899385
129	NC_012752	AGAC	2	8	44948	44955	50 %	0 %	25 %	25 %	238899385
130	NC_012752	AAAC	2	8	45085	45092	75 %	0 %	0 %	25 %	238899385
131	NC_012752	AGGG	2	8	45410	45417	25 %	0 %	75 %	0 %	238899385
132	NC_012752	CTGT	2	8	45794	45801	0 %	50 %	25 %	25 %	238899386
133	NC_012752	GCCG	2	8	47039	47046	0 %	0 %	50 %	50 %	238899387
134	NC_012752	TGGC	2	8	47175	47182	0 %	25 %	50 %	25 %	238899387
135	NC_012752	ATCA	2	8	47404	47411	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012752	TCAA	2	8	47997	48004	50 %	25 %	0 %	25 %	238899389
137	NC_012752	GATC	2	8	49142	49149	25 %	25 %	25 %	25 %	238899390
138	NC_012752	CTTC	2	8	49150	49157	0 %	50 %	0 %	50 %	238899390
139	NC_012752	AATC	2	8	49161	49168	50 %	25 %	0 %	25 %	238899390
140	NC_012752	ATTC	2	8	49928	49935	25 %	50 %	0 %	25 %	238899390
141	NC_012752	CAAT	2	8	50440	50447	50 %	25 %	0 %	25 %	238899390
142	NC_012752	TGAG	2	8	50646	50653	25 %	25 %	50 %	0 %	238899391
143	NC_012752	TGCG	2	8	50845	50852	0 %	25 %	50 %	25 %	238899391
144	NC_012752	TGAT	2	8	51025	51032	25 %	50 %	25 %	0 %	238899392
145	NC_012752	ATGG	2	8	51294	51301	25 %	25 %	50 %	0 %	238899392
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.