MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	TCGC	2	8	116	123	0 %	25 %	25 %	50 %	238899347
2	NC_012752	ATTG	2	8	2974	2981	25 %	50 %	25 %	0 %	238899348
3	NC_012752	GTTT	2	8	3879	3886	0 %	75 %	25 %	0 %	238899349
4	NC_012752	CTTT	2	8	3957	3964	0 %	75 %	0 %	25 %	238899349
5	NC_012752	ATAA	2	8	4049	4056	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
6	NC_012752	TAAA	2	8	4142	4149	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
7	NC_012752	AAAT	2	8	4559	4566	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
8	NC_012752	TAAT	2	8	6726	6733	50 %	50 %	0 %	0 %	238899351
9	NC_012752	TATC	2	8	7922	7929	25 %	50 %	0 %	25 %	238899352
10	NC_012752	ATAA	2	8	8278	8285	75 %	25 %	0 %	0 %	238899352
11	NC_012752	TACA	2	8	10855	10862	50 %	25 %	0 %	25 %	238899353
12	NC_012752	GGGA	2	8	10878	10885	25 %	0 %	75 %	0 %	238899353
13	NC_012752	AGAA	2	8	11326	11333	75 %	0 %	25 %	0 %	238899354
14	NC_012752	GAAA	2	8	11404	11411	75 %	0 %	25 %	0 %	238899354
15	NC_012752	AATG	2	8	13260	13267	50 %	25 %	25 %	0 %	238899356
16	NC_012752	AAAG	2	8	13675	13682	75 %	0 %	25 %	0 %	238899356
17	NC_012752	ACTC	2	8	13881	13888	25 %	25 %	0 %	50 %	238899356
18	NC_012752	AAGG	2	8	14545	14552	50 %	0 %	50 %	0 %	238899356
19	NC_012752	TGAA	2	8	14726	14733	50 %	25 %	25 %	0 %	238899356
20	NC_012752	AGTC	2	8	15133	15140	25 %	25 %	25 %	25 %	238899357
21	NC_012752	GAAA	2	8	15644	15651	75 %	0 %	25 %	0 %	238899358
22	NC_012752	TGCG	2	8	16444	16451	0 %	25 %	50 %	25 %	238899358
23	NC_012752	CGAC	2	8	17407	17414	25 %	0 %	25 %	50 %	238899359
24	NC_012752	CTAA	2	8	18252	18259	50 %	25 %	0 %	25 %	238899359
25	NC_012752	GTTC	2	8	18419	18426	0 %	50 %	25 %	25 %	238899359
26	NC_012752	AAAG	2	8	18846	18853	75 %	0 %	25 %	0 %	238899359
27	NC_012752	TAAT	2	8	18965	18972	50 %	50 %	0 %	0 %	238899359
28	NC_012752	GAAA	2	8	19339	19346	75 %	0 %	25 %	0 %	238899359
29	NC_012752	GAAG	2	8	19671	19678	50 %	0 %	50 %	0 %	238899359
30	NC_012752	GCAT	2	8	20076	20083	25 %	25 %	25 %	25 %	238899359
31	NC_012752	AGGC	2	8	20164	20171	25 %	0 %	50 %	25 %	238899359
32	NC_012752	TTTA	2	8	20185	20192	25 %	75 %	0 %	0 %	238899359
33	NC_012752	GCCA	2	8	20946	20953	25 %	0 %	25 %	50 %	238899359
34	NC_012752	AGAC	2	8	21237	21244	50 %	0 %	25 %	25 %	238899359
35	NC_012752	GTCG	2	8	21481	21488	0 %	25 %	50 %	25 %	238899359
36	NC_012752	AATG	2	8	21921	21928	50 %	25 %	25 %	0 %	238899360
37	NC_012752	TTCC	2	8	22532	22539	0 %	50 %	0 %	50 %	238899360
38	NC_012752	CAGC	2	8	23578	23585	25 %	0 %	25 %	50 %	238899361
39	NC_012752	GCAA	2	8	24096	24103	50 %	0 %	25 %	25 %	238899362
40	NC_012752	AGAA	2	8	25172	25179	75 %	0 %	25 %	0 %	238899364
41	NC_012752	ATTT	2	8	25285	25292	25 %	75 %	0 %	0 %	238899365
42	NC_012752	TAAA	2	8	25822	25829	75 %	25 %	0 %	0 %	238899365
43	NC_012752	AAGC	2	8	25917	25924	50 %	0 %	25 %	25 %	238899365
44	NC_012752	TGCC	2	8	25967	25974	0 %	25 %	25 %	50 %	238899365
45	NC_012752	GCCA	2	8	26422	26429	25 %	0 %	25 %	50 %	238899365
46	NC_012752	GATT	2	8	26650	26657	25 %	50 %	25 %	0 %	238899365
47	NC_012752	CATA	2	8	26870	26877	50 %	25 %	0 %	25 %	238899365
48	NC_012752	ACCC	2	8	27000	27007	25 %	0 %	0 %	75 %	238899365
49	NC_012752	TGTT	2	8	27912	27919	0 %	75 %	25 %	0 %	238899366
50	NC_012752	ACTC	2	8	28089	28096	25 %	25 %	0 %	50 %	238899367
51	NC_012752	GGTC	2	8	28286	28293	0 %	25 %	50 %	25 %	238899367
52	NC_012752	TGGC	2	8	28492	28499	0 %	25 %	50 %	25 %	238899367
53	NC_012752	GCCC	2	8	28680	28687	0 %	0 %	25 %	75 %	238899367
54	NC_012752	TGAT	2	8	29092	29099	25 %	50 %	25 %	0 %	238899367
55	NC_012752	CCGC	2	8	29980	29987	0 %	0 %	25 %	75 %	238899368
56	NC_012752	GCCA	2	8	31195	31202	25 %	0 %	25 %	50 %	238899368
57	NC_012752	TAAG	2	8	31470	31477	50 %	25 %	25 %	0 %	238899368
58	NC_012752	CCGT	2	8	31645	31652	0 %	25 %	25 %	50 %	238899368
59	NC_012752	TGTA	2	8	32040	32047	25 %	50 %	25 %	0 %	238899368
60	NC_012752	TCAA	2	8	32933	32940	50 %	25 %	0 %	25 %	238899370
61	NC_012752	GCCA	2	8	33275	33282	25 %	0 %	25 %	50 %	238899371
62	NC_012752	TGCC	2	8	33297	33304	0 %	25 %	25 %	50 %	238899371
63	NC_012752	GCAC	2	8	33821	33828	25 %	0 %	25 %	50 %	238899372
64	NC_012752	GGGC	2	8	34506	34513	0 %	0 %	75 %	25 %	238899373
65	NC_012752	TTAT	2	8	34652	34659	25 %	75 %	0 %	0 %	238899374
66	NC_012752	CAGA	2	8	35072	35079	50 %	0 %	25 %	25 %	238899374
67	NC_012752	CTGT	2	8	36083	36090	0 %	50 %	25 %	25 %	238899375
68	NC_012752	CTTT	2	8	36422	36429	0 %	75 %	0 %	25 %	238899375
69	NC_012752	CTGT	2	8	36441	36448	0 %	50 %	25 %	25 %	238899375
70	NC_012752	CGAT	2	8	36471	36478	25 %	25 %	25 %	25 %	238899375
71	NC_012752	AAAT	2	8	36515	36522	75 %	25 %	0 %	0 %	238899375
72	NC_012752	CCTC	2	8	36576	36583	0 %	25 %	0 %	75 %	238899375
73	NC_012752	GAGG	2	8	36703	36710	25 %	0 %	75 %	0 %	238899376
74	NC_012752	GGGC	2	8	37485	37492	0 %	0 %	75 %	25 %	238899376
75	NC_012752	TCCT	2	8	38061	38068	0 %	50 %	0 %	50 %	238899377
76	NC_012752	AACG	2	8	39486	39493	50 %	0 %	25 %	25 %	238899379
77	NC_012752	CCTT	2	8	39635	39642	0 %	50 %	0 %	50 %	238899379
78	NC_012752	TGGC	2	8	40040	40047	0 %	25 %	50 %	25 %	238899379
79	NC_012752	TCCC	2	8	40764	40771	0 %	25 %	0 %	75 %	238899379
80	NC_012752	CTGT	2	8	40894	40901	0 %	50 %	25 %	25 %	238899379
81	NC_012752	CTGT	2	8	40903	40910	0 %	50 %	25 %	25 %	238899379
82	NC_012752	GCGA	2	8	41483	41490	25 %	0 %	50 %	25 %	238899379
83	NC_012752	AAAT	2	8	41734	41741	75 %	25 %	0 %	0 %	238899380
84	NC_012752	TCTT	2	8	41889	41896	0 %	75 %	0 %	25 %	238899381
85	NC_012752	CTGA	2	8	42270	42277	25 %	25 %	25 %	25 %	238899381
86	NC_012752	GGAA	2	8	42637	42644	50 %	0 %	50 %	0 %	238899381
87	NC_012752	TGAT	2	8	44649	44656	25 %	50 %	25 %	0 %	238899384
88	NC_012752	AGAA	2	8	44869	44876	75 %	0 %	25 %	0 %	238899385
89	NC_012752	AGAC	2	8	44948	44955	50 %	0 %	25 %	25 %	238899385
90	NC_012752	AAAC	2	8	45085	45092	75 %	0 %	0 %	25 %	238899385
91	NC_012752	AGGG	2	8	45410	45417	25 %	0 %	75 %	0 %	238899385
92	NC_012752	CTGT	2	8	45794	45801	0 %	50 %	25 %	25 %	238899386
93	NC_012752	GCCG	2	8	47039	47046	0 %	0 %	50 %	50 %	238899387
94	NC_012752	TGGC	2	8	47175	47182	0 %	25 %	50 %	25 %	238899387
95	NC_012752	TCAA	2	8	47997	48004	50 %	25 %	0 %	25 %	238899389
96	NC_012752	GATC	2	8	49142	49149	25 %	25 %	25 %	25 %	238899390
97	NC_012752	CTTC	2	8	49150	49157	0 %	50 %	0 %	50 %	238899390
98	NC_012752	AATC	2	8	49161	49168	50 %	25 %	0 %	25 %	238899390
99	NC_012752	ATTC	2	8	49928	49935	25 %	50 %	0 %	25 %	238899390
100	NC_012752	CAAT	2	8	50440	50447	50 %	25 %	0 %	25 %	238899390
101	NC_012752	TGAG	2	8	50646	50653	25 %	25 %	50 %	0 %	238899391
102	NC_012752	TGCG	2	8	50845	50852	0 %	25 %	50 %	25 %	238899391
103	NC_012752	TGAT	2	8	51025	51032	25 %	50 %	25 %	0 %	238899392
104	NC_012752	ATGG	2	8	51294	51301	25 %	25 %	50 %	0 %	238899392
105	NC_012752	TGTT	2	8	51324	51331	0 %	75 %	25 %	0 %	238899392
106	NC_012752	ATCC	2	8	51466	51473	25 %	25 %	0 %	50 %	238899392
107	NC_012752	CTTT	2	8	51727	51734	0 %	75 %	0 %	25 %	238899392
108	NC_012752	TGCA	2	8	51921	51928	25 %	25 %	25 %	25 %	238899392
109	NC_012752	CCCG	2	8	51957	51964	0 %	0 %	25 %	75 %	238899392
110	NC_012752	GCCA	2	8	52015	52022	25 %	0 %	25 %	50 %	238899392
111	NC_012752	CGCC	2	8	52203	52210	0 %	0 %	25 %	75 %	238899392
112	NC_012752	TTGA	2	8	52620	52627	25 %	50 %	25 %	0 %	238899393
113	NC_012752	TTGA	2	8	53736	53743	25 %	50 %	25 %	0 %	238899395
114	NC_012752	AGAA	2	8	54531	54538	75 %	0 %	25 %	0 %	238899395
115	NC_012752	CTTT	2	8	54949	54956	0 %	75 %	0 %	25 %	238899396
116	NC_012752	TCAA	2	8	55077	55084	50 %	25 %	0 %	25 %	238899396
117	NC_012752	CTTT	2	8	55615	55622	0 %	75 %	0 %	25 %	238899397
118	NC_012752	TCAT	2	8	55660	55667	25 %	50 %	0 %	25 %	238899397
119	NC_012752	TAAA	2	8	55805	55812	75 %	25 %	0 %	0 %	238899397
120	NC_012752	AATG	2	8	55894	55901	50 %	25 %	25 %	0 %	238899397
121	NC_012752	ATAA	2	8	56524	56531	75 %	25 %	0 %	0 %	238899398
122	NC_012752	ATAA	2	8	57032	57039	75 %	25 %	0 %	0 %	238899399
123	NC_012752	AAAT	2	8	57293	57300	75 %	25 %	0 %	0 %	238899399
124	NC_012752	ATAA	2	8	57488	57495	75 %	25 %	0 %	0 %	238899399
125	NC_012752	CTTT	2	8	57883	57890	0 %	75 %	0 %	25 %	238899400

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.