MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	TGA	2	6	1035	1040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012752	AGT	2	6	1215	1220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012752	CGG	2	6	1238	1243	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012752	GCC	2	6	1276	1281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_012752	CGT	2	6	1516	1521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_012752	TGG	2	6	1545	1550	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012752	CTT	2	6	1815	1820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_012752	AGC	2	6	1923	1928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_012752	TGC	2	6	1975	1980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_012752	AGA	2	6	2119	2124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012752	AAT	2	6	2127	2132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012752	CTT	2	6	2271	2276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_012752	TAA	2	6	2281	2286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012752	TTG	2	6	3090	3095	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012752	AAG	2	6	3140	3145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012752	CAT	2	6	3162	3167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_012752	ATG	2	6	3196	3201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012752	AGC	2	6	5098	5103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012752	AAG	2	6	5212	5217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012752	CAT	2	6	5233	5238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012752	TAC	2	6	6358	6363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_012752	AAT	2	6	6442	6447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012752	AGA	2	6	6456	6461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012752	TAT	2	6	6476	6481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012752	TTA	2	6	6482	6487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012752	CAT	2	6	6531	6536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_012752	GAT	2	6	6539	6544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012752	ATT	2	6	6563	6568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012752	TCA	2	6	6635	6640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012752	TAT	2	6	7346	7351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012752	CTT	2	6	7442	7447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012752	AAC	2	6	7492	7497	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_012752	AAT	2	6	7598	7603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012752	TAA	2	6	7613	7618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012752	CCG	2	6	7732	7737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_012752	TAT	2	6	7773	7778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012752	TCA	2	6	8300	8305	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_012752	CGA	2	6	8416	8421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_012752	ATG	2	6	8531	8536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012752	CAG	2	6	8620	8625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012752	TTC	2	6	8681	8686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012752	TGA	2	6	9179	9184	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012752	TTA	2	6	9198	9203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012752	ATT	2	6	9276	9281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012752	TCA	2	6	9282	9287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012752	ATA	2	6	9352	9357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012752	TAC	2	6	9378	9383	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_012752	TAT	2	6	9409	9414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012752	ATG	2	6	9472	9477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012752	ACG	2	6	9555	9560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012752	TTG	2	6	9587	9592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012752	TGG	2	6	9734	9739	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012752	TTG	2	6	9812	9817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012752	GAA	2	6	9900	9905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012752	GAA	2	6	9974	9979	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012752	TTA	2	6	10002	10007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012752	ATG	2	6	10131	10136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012752	ACT	2	6	10204	10209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_012752	TAC	2	6	11480	11485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012752	CTT	2	6	11521	11526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_012752	TTA	2	6	11572	11577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012752	CAA	2	6	11593	11598	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012752	GTT	2	6	11606	11611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012752	CTA	2	6	11618	11623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_012752	ATG	3	9	11691	11699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012752	TTA	2	6	11737	11742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012752	ATT	2	6	11809	11814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012752	ATT	2	6	11932	11937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012752	ATT	2	6	11957	11962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012752	TCT	2	6	12020	12025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012752	GTT	2	6	12153	12158	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012752	ATT	2	6	12331	12336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012752	TTC	2	6	12342	12347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012752	AGA	2	6	12459	12464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012752	ATA	2	6	12505	12510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012752	TTG	2	6	12547	12552	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012752	CAA	2	6	12575	12580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_012752	AAC	2	6	12599	12604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_012752	TTG	2	6	14879	14884	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012752	GTT	3	9	14892	14900	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012752	CTT	2	6	15444	15449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_012752	TTC	2	6	15508	15513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_012752	CTT	2	6	16631	16636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012752	CAG	2	6	16639	16644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012752	GTT	2	6	16660	16665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012752	TTC	2	6	16733	16738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_012752	TAA	2	6	16812	16817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012752	CAT	2	6	16996	17001	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_012752	GAT	2	6	17028	17033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012752	AAG	2	6	17036	17041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012752	TCA	2	6	23883	23888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_012752	TCC	2	6	33637	33642	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_012752	GAG	2	6	47333	47338	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012752	TCG	2	6	47373	47378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012752	CTT	2	6	55343	55348	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_012752	TAA	2	6	55457	55462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012752	TGA	2	6	56066	56071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012752	CGT	2	6	56135	56140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_012752	CAT	2	6	56206	56211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_012752	ACG	2	6	56342	56347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_012752	ATG	3	9	56408	56416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012752	ATG	2	6	56448	56453	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012752	AAT	2	6	58365	58370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012752	ATC	2	6	58535	58540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_012752	CAT	3	9	58574	58582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_012752	CAA	2	6	58617	58622	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_012752	GTA	2	6	58711	58716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.