MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	CG	3	6	329	334	0 %	0 %	50 %	50 %	238899347
2	NC_012752	GC	3	6	597	602	0 %	0 %	50 %	50 %	238899347
3	NC_012752	AT	3	6	2907	2912	50 %	50 %	0 %	0 %	238899348
4	NC_012752	GA	3	6	3358	3363	50 %	0 %	50 %	0 %	238899349
5	NC_012752	GA	3	6	4468	4473	50 %	0 %	50 %	0 %	238899349
6	NC_012752	AT	3	6	4500	4505	50 %	50 %	0 %	0 %	238899349
7	NC_012752	CT	3	6	4947	4952	0 %	50 %	0 %	50 %	238899349
8	NC_012752	GC	3	6	5165	5170	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_012752	AG	3	6	7279	7284	50 %	0 %	50 %	0 %	238899351
10	NC_012752	AT	3	6	7523	7528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012752	TA	3	6	8660	8665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012752	TA	3	6	9448	9453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012752	GC	3	6	9625	9630	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_012752	AT	3	6	9835	9840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012752	AT	3	6	9859	9864	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012752	AT	3	6	12902	12907	50 %	50 %	0 %	0 %	238899355
17	NC_012752	CT	3	6	13024	13029	0 %	50 %	0 %	50 %	238899356
18	NC_012752	AG	3	6	13586	13591	50 %	0 %	50 %	0 %	238899356
19	NC_012752	TG	4	8	14184	14191	0 %	50 %	50 %	0 %	238899356
20	NC_012752	GA	3	6	14660	14665	50 %	0 %	50 %	0 %	238899356
21	NC_012752	CT	3	6	16578	16583	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_012752	AT	3	6	16848	16853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012752	CT	3	6	16875	16880	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_012752	GT	3	6	17359	17364	0 %	50 %	50 %	0 %	238899359
25	NC_012752	CT	3	6	18086	18091	0 %	50 %	0 %	50 %	238899359
26	NC_012752	AT	3	6	18817	18822	50 %	50 %	0 %	0 %	238899359
27	NC_012752	AC	3	6	18939	18944	50 %	0 %	0 %	50 %	238899359
28	NC_012752	TA	3	6	19393	19398	50 %	50 %	0 %	0 %	238899359
29	NC_012752	AG	3	6	19625	19630	50 %	0 %	50 %	0 %	238899359
30	NC_012752	AT	4	8	19737	19744	50 %	50 %	0 %	0 %	238899359
31	NC_012752	CT	3	6	20237	20242	0 %	50 %	0 %	50 %	238899359
32	NC_012752	GA	3	6	21630	21635	50 %	0 %	50 %	0 %	238899359
33	NC_012752	GA	3	6	21691	21696	50 %	0 %	50 %	0 %	238899359
34	NC_012752	GC	3	6	21772	21777	0 %	0 %	50 %	50 %	238899360
35	NC_012752	GT	3	6	22613	22618	0 %	50 %	50 %	0 %	238899360
36	NC_012752	GA	3	6	22653	22658	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012752	GA	3	6	22986	22991	50 %	0 %	50 %	0 %	238899361
38	NC_012752	AG	3	6	23234	23239	50 %	0 %	50 %	0 %	238899361
39	NC_012752	AG	3	6	23848	23853	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012752	GA	3	6	23929	23934	50 %	0 %	50 %	0 %	238899362
41	NC_012752	GA	3	6	24423	24428	50 %	0 %	50 %	0 %	238899363
42	NC_012752	GA	3	6	24615	24620	50 %	0 %	50 %	0 %	238899364
43	NC_012752	CA	4	8	24686	24693	50 %	0 %	0 %	50 %	238899364
44	NC_012752	TC	3	6	25077	25082	0 %	50 %	0 %	50 %	238899364
45	NC_012752	AT	3	6	25093	25098	50 %	50 %	0 %	0 %	238899364
46	NC_012752	AT	3	6	25156	25161	50 %	50 %	0 %	0 %	238899364
47	NC_012752	TG	3	6	26233	26238	0 %	50 %	50 %	0 %	238899365
48	NC_012752	GC	3	6	26756	26761	0 %	0 %	50 %	50 %	238899365
49	NC_012752	TG	3	6	27251	27256	0 %	50 %	50 %	0 %	238899365
50	NC_012752	GA	3	6	28349	28354	50 %	0 %	50 %	0 %	238899367
51	NC_012752	TG	3	6	28906	28911	0 %	50 %	50 %	0 %	238899367
52	NC_012752	CT	3	6	29347	29352	0 %	50 %	0 %	50 %	238899368
53	NC_012752	AG	3	6	29710	29715	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
54	NC_012752	AG	3	6	29763	29768	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
55	NC_012752	GC	3	6	29816	29821	0 %	0 %	50 %	50 %	238899368
56	NC_012752	GC	3	6	30707	30712	0 %	0 %	50 %	50 %	238899368
57	NC_012752	CA	3	6	31164	31169	50 %	0 %	0 %	50 %	238899368
58	NC_012752	GA	3	6	31243	31248	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
59	NC_012752	AG	3	6	31544	31549	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
60	NC_012752	CG	3	6	31741	31746	0 %	0 %	50 %	50 %	238899368
61	NC_012752	TG	3	6	32169	32174	0 %	50 %	50 %	0 %	238899368
62	NC_012752	GA	3	6	32291	32296	50 %	0 %	50 %	0 %	238899368
63	NC_012752	TG	3	6	32320	32325	0 %	50 %	50 %	0 %	238899368
64	NC_012752	TA	3	6	32401	32406	50 %	50 %	0 %	0 %	238899369
65	NC_012752	GC	3	6	33180	33185	0 %	0 %	50 %	50 %	238899371
66	NC_012752	TG	3	6	33886	33891	0 %	50 %	50 %	0 %	238899372
67	NC_012752	CA	4	8	33942	33949	50 %	0 %	0 %	50 %	238899372
68	NC_012752	AG	3	6	34004	34009	50 %	0 %	50 %	0 %	238899372
69	NC_012752	GA	3	6	34195	34200	50 %	0 %	50 %	0 %	238899373
70	NC_012752	CA	3	6	34520	34525	50 %	0 %	0 %	50 %	238899373
71	NC_012752	AG	3	6	34559	34564	50 %	0 %	50 %	0 %	238899373
72	NC_012752	CG	3	6	35185	35190	0 %	0 %	50 %	50 %	238899374
73	NC_012752	AG	3	6	35337	35342	50 %	0 %	50 %	0 %	238899374
74	NC_012752	CG	3	6	35546	35551	0 %	0 %	50 %	50 %	238899374
75	NC_012752	AG	3	6	36290	36295	50 %	0 %	50 %	0 %	238899375
76	NC_012752	GC	3	6	36897	36902	0 %	0 %	50 %	50 %	238899376
77	NC_012752	CT	3	6	36921	36926	0 %	50 %	0 %	50 %	238899376
78	NC_012752	GC	3	6	37086	37091	0 %	0 %	50 %	50 %	238899376
79	NC_012752	TC	3	6	37663	37668	0 %	50 %	0 %	50 %	238899377
80	NC_012752	AG	3	6	37688	37693	50 %	0 %	50 %	0 %	238899377
81	NC_012752	GC	3	6	39051	39056	0 %	0 %	50 %	50 %	238899379
82	NC_012752	AG	3	6	40207	40212	50 %	0 %	50 %	0 %	238899379
83	NC_012752	GA	3	6	41387	41392	50 %	0 %	50 %	0 %	238899379
84	NC_012752	TC	3	6	41791	41796	0 %	50 %	0 %	50 %	238899380
85	NC_012752	AG	3	6	42049	42054	50 %	0 %	50 %	0 %	238899381
86	NC_012752	AT	3	6	42443	42448	50 %	50 %	0 %	0 %	238899381
87	NC_012752	CA	3	6	42552	42557	50 %	0 %	0 %	50 %	238899381
88	NC_012752	GC	3	6	42918	42923	0 %	0 %	50 %	50 %	238899381
89	NC_012752	TG	3	6	43714	43719	0 %	50 %	50 %	0 %	238899382
90	NC_012752	GA	3	6	43855	43860	50 %	0 %	50 %	0 %	238899383
91	NC_012752	CG	3	6	44174	44179	0 %	0 %	50 %	50 %	238899383
92	NC_012752	AG	3	6	44765	44770	50 %	0 %	50 %	0 %	238899384
93	NC_012752	AG	3	6	44821	44826	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012752	GT	3	6	46185	46190	0 %	50 %	50 %	0 %	238899387
95	NC_012752	AG	3	6	46826	46831	50 %	0 %	50 %	0 %	238899387
96	NC_012752	TC	4	8	47321	47328	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_012752	AC	3	6	48163	48168	50 %	0 %	0 %	50 %	238899389
98	NC_012752	TC	3	6	48309	48314	0 %	50 %	0 %	50 %	238899389
99	NC_012752	GC	3	6	48673	48678	0 %	0 %	50 %	50 %	238899389
100	NC_012752	CA	3	6	49181	49186	50 %	0 %	0 %	50 %	238899390
101	NC_012752	GC	3	6	49536	49541	0 %	0 %	50 %	50 %	238899390
102	NC_012752	GT	3	6	50305	50310	0 %	50 %	50 %	0 %	238899390
103	NC_012752	CT	3	6	51073	51078	0 %	50 %	0 %	50 %	238899392
104	NC_012752	AG	3	6	52586	52591	50 %	0 %	50 %	0 %	238899393
105	NC_012752	TC	3	6	54587	54592	0 %	50 %	0 %	50 %	238899396
106	NC_012752	GA	4	8	55176	55183	50 %	0 %	50 %	0 %	238899396
107	NC_012752	CT	3	6	55841	55846	0 %	50 %	0 %	50 %	238899397
108	NC_012752	TC	3	6	56162	56167	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_012752	AT	3	6	58079	58084	50 %	50 %	0 %	0 %	238899400
110	NC_012752	GC	3	6	58312	58317	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_012752	AG	3	6	58397	58402	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012752	AT	3	6	58467	58472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012752	GA	3	6	58760	58765	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.