MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 817

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012751	CAAAAA	2	12	968	979	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	238897253
2	NC_012751	GGTCAG	2	12	2902	2913	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	238897255
3	NC_012751	ATTTTG	2	12	3414	3425	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012751	TGATTT	2	12	5575	5586	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238897257
5	NC_012751	TAAAAA	2	12	6555	6566	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012751	ATTTCT	2	12	6645	6656	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012751	TGTTTT	2	12	7932	7943	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	238897259
8	NC_012751	ACAGTA	2	12	12587	12598	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897263
9	NC_012751	GCATCA	2	12	13517	13528	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	238897264
10	NC_012751	AATAGC	2	12	17833	17844	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897267
11	NC_012751	GCAACA	2	12	20910	20921	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897271
12	NC_012751	TATCGA	2	12	22379	22390	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897272
13	NC_012751	TAAAAA	2	12	22947	22958	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012751	CGCATA	2	12	25751	25762	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_012751	GGTTTT	2	12	27645	27656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897275
16	NC_012751	GGTTTG	2	12	27876	27887	0 %	50 %	50 %	0 %	238897275
17	NC_012751	TTTTTC	2	12	34535	34546	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	238897279
18	NC_012751	CTTTTG	2	12	35741	35752	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	238897280
19	NC_012751	TTATTT	2	12	39988	39999	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897283
20	NC_012751	CGGGAA	2	12	41276	41287	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	238897286
21	NC_012751	CCTGTC	2	12	43167	43178	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	238897287
22	NC_012751	TAGAAG	2	12	45130	45141	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	238897288
23	NC_012751	TTTCAG	2	12	55844	55855	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	238897299
24	NC_012751	ATGACT	2	12	57114	57125	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897301
25	NC_012751	GGTCAT	2	12	57781	57792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897302
26	NC_012751	TCTGTC	2	12	61816	61827	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	238897306
27	NC_012751	CCAAAA	2	12	69220	69231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238897315
28	NC_012751	TGCAGC	2	12	72783	72794	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	238897317
29	NC_012751	CAATAT	2	12	75741	75752	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	238897321
30	NC_012751	TTTAAA	2	12	77246	77257	50 %	50 %	0 %	0 %	238897324
31	NC_012751	AGAAAA	2	12	79533	79544	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	238897326
32	NC_012751	TATGAA	2	12	82884	82895	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897327
33	NC_012751	TTTCAT	2	12	89432	89443	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012751	ATTCTT	2	12	90308	90319	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897334
35	NC_012751	CCATTT	2	12	91574	91585	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	238897335
36	NC_012751	CCAAAA	2	12	95507	95518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238897338
37	NC_012751	TCATAT	2	12	102416	102427	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238897347
38	NC_012751	GCCTTG	2	12	103078	103089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238897348
39	NC_012751	TTTGAT	2	12	104052	104063	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238897349
40	NC_012751	TTTGTT	2	12	106746	106757	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	238897349
41	NC_012751	TGAAAT	2	12	107041	107052	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012751	GGAAAG	2	12	115095	115106	50 %	0 %	50 %	0 %	238897354
43	NC_012751	ATTTCA	2	12	124276	124287	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238897365
44	NC_012751	ATAAGC	2	12	124554	124565	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897365
45	NC_012751	AAATAT	2	12	127371	127382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012751	ATTTTT	2	12	130322	130333	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897368
47	NC_012751	ATGTAA	2	12	138474	138485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897377
48	NC_012751	GTCATA	2	12	139556	139567	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897379
49	NC_012751	CATGAT	2	12	144507	144518	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897385
50	NC_012751	TCACCC	2	12	145576	145587	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	238897386
51	NC_012751	GTTAAA	2	12	145626	145637	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897386
52	NC_012751	AAATTA	2	12	146869	146880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012751	TTTTTG	2	12	146982	146993	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	238897387
54	NC_012751	GCTTTT	2	12	148042	148053	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	238897388
55	NC_012751	ATATTA	2	12	148420	148431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012751	CATCAA	2	12	150709	150720	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	238897391
57	NC_012751	GCCTGG	2	12	151966	151977	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	238897392
58	NC_012751	TCAAAA	2	12	152527	152538	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	238897393
59	NC_012751	CAGGAC	2	12	159273	159284	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012751	ACTTTT	2	12	159359	159370	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012751	GGGGTC	2	12	160397	160408	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	238897399
62	NC_012751	TGAAAT	2	12	163813	163824	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897402
63	NC_012751	ATTTTG	2	12	170996	171007	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238897411
64	NC_012751	GGTATT	2	12	173707	173718	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	238897413
65	NC_012751	CATGGT	2	12	173937	173948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897414
66	NC_012751	TGACCG	2	12	177312	177323	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	238897416
67	NC_012751	AATTTA	2	12	179297	179308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012751	CAGAGT	2	12	180215	180226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	238897420
69	NC_012751	TTTTAT	2	12	183067	183078	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897423
70	NC_012751	GGATTT	2	12	183423	183434	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012751	GTTTAA	2	12	184004	184015	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	238897425
72	NC_012751	ATATTA	2	12	184417	184428	50 %	50 %	0 %	0 %	238897425
73	NC_012751	ATTTTT	2	12	184971	184982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897425
74	NC_012751	ATTGCA	2	12	195491	195502	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897431
75	NC_012751	TAATTT	2	12	196311	196322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897431
76	NC_012751	ATATTT	2	12	197865	197876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897433
77	NC_012751	CAATAA	2	12	198119	198130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	238897433
78	NC_012751	AACAAT	2	12	199677	199688	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	238897435
79	NC_012751	ACCATC	2	12	205916	205927	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	238897441
80	NC_012751	GTAGAC	2	12	209189	209200	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	238897443
81	NC_012751	AAAGAA	2	12	221463	221474	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	238897452
82	NC_012751	CTGAAT	2	12	223080	223091	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897456
83	NC_012751	CTTTTA	2	12	230054	230065	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897460
84	NC_012751	GTTTTG	2	12	232611	232622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897462
85	NC_012751	ATCGGT	2	12	233178	233189	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897463
86	NC_012751	ATTTTC	2	12	235571	235582	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897464
87	NC_012751	TTCTGC	2	12	238028	238039	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	238897466
88	NC_012751	CCCAAG	2	12	245695	245706	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	238897475
89	NC_012751	ATATTC	2	12	250746	250757	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012751	GGAGAA	2	12	252574	252585	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012751	ATTTTT	2	12	253585	253596	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897486
92	NC_012751	GCCAAA	5	30	258249	258278	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897496
93	NC_012751	CGGTGA	2	12	258678	258689	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	238897497
94	NC_012751	TTTTTA	2	12	261232	261243	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012751	ATTTAA	2	12	266171	266182	50 %	50 %	0 %	0 %	238897501
96	NC_012751	AATAAA	2	12	269709	269720	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012751	AACGCA	2	12	270218	270229	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897504
98	NC_012751	CCTTTA	2	12	270599	270610	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	238897505
99	NC_012751	TAAAAT	2	12	275570	275581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897510
100	NC_012751	CCGTTG	2	12	275618	275629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238897510
101	NC_012751	CCAGAA	2	12	275937	275948	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897510
102	NC_012751	CCAAAA	2	12	277038	277049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238897510
103	NC_012751	ACGTTG	2	12	279128	279139	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897512
104	NC_012751	TACATT	2	12	281397	281408	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012751	TGCAAA	2	12	282481	282492	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897513
106	NC_012751	ATGAAG	2	12	284580	284591	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	238897514
107	NC_012751	GCGCAA	2	12	289066	289077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_012751	CTATTT	2	12	297437	297448	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897525
109	NC_012751	ATTTGC	2	12	298484	298495	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_012751	GGTCAG	2	12	299816	299827	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	238897527
111	NC_012751	AAAAAG	2	12	301232	301243	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	238897528
112	NC_012751	TAATCA	2	12	303997	304008	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_012751	TCACTT	2	12	315536	315547	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	238897537
114	NC_012751	AAAAAC	2	12	320193	320204	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	238897540
115	NC_012751	AAATAA	2	12	327084	327095	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	238897547
116	NC_012751	TTATTT	2	12	328738	328749	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897549
117	NC_012751	TTTGAA	2	12	328894	328905	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	238897549
118	NC_012751	CTGCAC	2	12	330065	330076	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_012751	TAGAAG	2	12	330083	330094	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012751	ATTTTT	2	12	334353	334364	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897554
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235	NC_012751	TATAAA	2	12	663204	663215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897874
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238	NC_012751	CCGTCG	2	12	668001	668012	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	238897879
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353	NC_012751	TAAAAA	2	12	1007425	1007436	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
354	NC_012751	CTCAAT	2	12	1008640	1008651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
355	NC_012751	AAATTT	2	12	1009791	1009802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
356	NC_012751	TTAAAC	2	12	1011434	1011445	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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471	NC_012751	CCCTAT	2	12	1319352	1319363	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
472	NC_012751	GAGAGC	2	12	1320152	1320163	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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