MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012751	ATTTTG	2	12	3414	3425	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012751	TAAAAA	2	12	6555	6566	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012751	ATTTCT	2	12	6645	6656	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012751	TAAAAA	2	12	22947	22958	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012751	CGCATA	2	12	25751	25762	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_012751	TTTCAT	2	12	89432	89443	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012751	TGAAAT	2	12	107041	107052	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012751	AAATAT	2	12	127371	127382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012751	AAATTA	2	12	146869	146880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012751	ATATTA	2	12	148420	148431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012751	CAGGAC	2	12	159273	159284	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_012751	ACTTTT	2	12	159359	159370	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012751	AATTTA	2	12	179297	179308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012751	GGATTT	2	12	183423	183434	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012751	ATATTC	2	12	250746	250757	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_012751	GGAGAA	2	12	252574	252585	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012751	TTTTTA	2	12	261232	261243	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012751	AATAAA	2	12	269709	269720	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012751	TACATT	2	12	281397	281408	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012751	GCGCAA	2	12	289066	289077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012751	ATTTGC	2	12	298484	298495	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_012751	TAATCA	2	12	303997	304008	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_012751	CTGCAC	2	12	330065	330076	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_012751	TAGAAG	2	12	330083	330094	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012751	TTTTGC	2	12	372989	373000	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012751	TTAAGT	2	12	402698	402709	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012751	TCAAAT	2	12	415759	415770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012751	TGCTAA	2	12	448957	448968	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012751	ATCGTT	2	12	452313	452324	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012751	ATTTTT	2	12	464623	464634	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012751	ATAAAA	2	12	506846	506857	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012751	CAGATC	2	12	533617	533628	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_012751	AAAGCG	2	12	546459	546470	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012751	TAAATC	2	12	553025	553036	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_012751	TACTGA	2	12	553255	553266	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012751	ATATCC	3	18	558312	558329	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012751	TCTCGA	2	12	558729	558740	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_012751	TTTCTT	2	12	565878	565889	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_012751	AGACGA	2	12	598344	598355	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_012751	ATTTAA	2	12	633960	633971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012751	TAATAT	2	12	634224	634235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012751	CTGGAC	2	12	638001	638012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012751	TAAAAA	2	12	660050	660061	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012751	CTATTT	2	12	680873	680884	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_012751	TAAATA	2	12	716563	716574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012751	ATAAAA	2	12	728476	728487	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012751	TAAAAA	2	12	730992	731003	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012751	AATTTC	2	12	762644	762655	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012751	TGCTTC	2	12	843036	843047	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012751	TTTTAT	2	12	843977	843988	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012751	TTTCTC	2	12	845339	845350	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012751	CTTTCT	2	12	845380	845391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_012751	CTGAAA	2	12	845584	845595	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_012751	CAAATT	2	12	845913	845924	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_012751	AATTTA	2	12	856314	856325	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012751	AAATAA	2	12	859750	859761	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012751	ATACTT	2	12	888850	888861	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_012751	TATTTT	2	12	890811	890822	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012751	CCTCTC	2	12	892495	892506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_012751	AAAATC	2	12	928818	928829	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012751	AACATC	2	12	935340	935351	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012751	TGCCCC	2	12	939850	939861	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_012751	GCCACG	2	12	940283	940294	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_012751	ATCACC	2	12	942017	942028	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_012751	TTGATT	2	12	1003819	1003830	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012751	TAAAAA	2	12	1007425	1007436	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012751	CTCAAT	2	12	1008640	1008651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012751	AAATTT	2	12	1009791	1009802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012751	TTAAAC	2	12	1011434	1011445	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012751	AAAATG	2	12	1012619	1012630	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012751	TTCTAT	2	12	1023372	1023383	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_012751	AACAGG	2	12	1025649	1025660	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_012751	AACTCA	2	12	1037274	1037285	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012751	ATTGAA	2	12	1051268	1051279	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012751	TGAACG	2	12	1070576	1070587	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012751	GCTGGC	2	12	1083818	1083829	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_012751	CGCTTC	2	12	1085591	1085602	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_012751	GCGCGG	2	12	1098066	1098077	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_012751	ATTTTT	2	12	1125392	1125403	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012751	GCAGTG	2	12	1148221	1148232	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_012751	TTCTTG	2	12	1148423	1148434	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012751	ATAAAT	2	12	1148726	1148737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012751	TAGGTG	2	12	1149805	1149816	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012751	TGAGAA	2	12	1158754	1158765	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012751	TTGAAG	2	12	1158928	1158939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012751	TTATTT	2	12	1168166	1168177	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012751	TAAAAT	2	12	1184110	1184121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012751	TAGACA	2	12	1211808	1211819	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_012751	TTTTTA	2	12	1213211	1213222	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012751	CAGGAA	2	12	1233240	1233251	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012751	TATATT	2	12	1233520	1233531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012751	TCAGGT	2	12	1266343	1266354	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_012751	AAATAA	3	18	1278271	1278288	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012751	ATCGCT	2	12	1278383	1278394	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012751	ATGGGT	2	12	1280191	1280202	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012751	GGTATT	2	12	1281076	1281087	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012751	AATAAA	2	12	1283300	1283311	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012751	TTTTTA	2	12	1298782	1298793	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012751	TTCATG	2	12	1299892	1299903	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_012751	CCCTAT	2	12	1319352	1319363	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012751	GAGAGC	2	12	1320152	1320163	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012751	TGTAGG	2	12	1334416	1334427	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012751	TTATTT	2	12	1350804	1350815	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012751	TATAAA	2	12	1366759	1366770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012751	TTATGG	2	12	1367817	1367828	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012751	CAACAC	2	12	1389733	1389744	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_012751	AATAGA	2	12	1389964	1389975	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012751	TCGTCC	2	12	1397712	1397723	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_012751	ACAAAA	2	12	1403043	1403054	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_012751	CCGTAG	2	12	1408972	1408983	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_012751	ATACCT	2	12	1409671	1409682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012751	CTGTAC	2	12	1433624	1433635	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_012751	TGAGCG	2	12	1438988	1438999	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012751	TCATCT	2	12	1452835	1452846	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_012751	TTAATT	2	12	1458528	1458539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012751	AATAAA	2	12	1471590	1471601	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012751	TAATAC	2	12	1549903	1549914	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_012751	ATCCGG	2	12	1559510	1559521	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_012751	AGTTCA	2	12	1573610	1573621	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_012751	AAATTT	2	12	1600984	1600995	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012751	TAAAGC	2	12	1616610	1616621	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_012751	TAAAAA	2	12	1645475	1645486	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012751	AAATTA	2	12	1653557	1653568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012751	TGCTAT	2	12	1691562	1691573	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_012751	GGGCTT	2	12	1716979	1716990	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_012751	TTCATT	2	12	1718536	1718547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_012751	TTTCTT	2	12	1728634	1728645	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_012751	TTTAAT	2	12	1741021	1741032	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012751	AGAATT	2	12	1744582	1744593	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012751	CAGGTG	2	12	1752820	1752831	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_012751	TTAAAT	2	12	1802561	1802572	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012751	TATTAG	2	12	1806580	1806591	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012751	CTGTAG	2	12	1821324	1821335	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_012751	CAGTAA	2	12	1845426	1845437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_012751	TAAAAT	2	12	1851274	1851285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012751	CTGTAC	2	12	1881198	1881209	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_012751	GAAAGG	2	12	1885712	1885723	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012751	AAGAAA	2	12	1891823	1891834	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012751	ATAAAA	2	12	1912273	1912284	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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141	NC_012751	AGGGGA	2	12	1916245	1916256	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012751	TTTAAA	2	12	1916284	1916295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_012751	CGGTGT	2	12	1983388	1983399	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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153	NC_012751	ACCTTT	2	12	2010660	2010671	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_012751	AAGTAA	2	12	2012499	2012510	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012751	TAATGC	2	12	2050373	2050384	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_012751	TGAACG	2	12	2052581	2052592	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_012751	GAATCA	4	24	2061525	2061548	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_012751	ATCATT	2	12	2077912	2077923	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_012751	AGGAAG	4	24	2078068	2078091	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_012751	GGATAT	2	12	2081170	2081181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.