MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 657

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012751	CAAAAA	2	12	968	979	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	238897253
2	NC_012751	GGTCAG	2	12	2902	2913	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	238897255
3	NC_012751	TGATTT	2	12	5575	5586	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238897257
4	NC_012751	TGTTTT	2	12	7932	7943	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	238897259
5	NC_012751	ACAGTA	2	12	12587	12598	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897263
6	NC_012751	GCATCA	2	12	13517	13528	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	238897264
7	NC_012751	AATAGC	2	12	17833	17844	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897267
8	NC_012751	GCAACA	2	12	20910	20921	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897271
9	NC_012751	TATCGA	2	12	22379	22390	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897272
10	NC_012751	GGTTTT	2	12	27645	27656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897275
11	NC_012751	GGTTTG	2	12	27876	27887	0 %	50 %	50 %	0 %	238897275
12	NC_012751	TTTTTC	2	12	34535	34546	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	238897279
13	NC_012751	CTTTTG	2	12	35741	35752	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	238897280
14	NC_012751	TTATTT	2	12	39988	39999	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897283
15	NC_012751	CGGGAA	2	12	41276	41287	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	238897286
16	NC_012751	CCTGTC	2	12	43167	43178	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	238897287
17	NC_012751	TAGAAG	2	12	45130	45141	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	238897288
18	NC_012751	TTTCAG	2	12	55844	55855	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	238897299
19	NC_012751	ATGACT	2	12	57114	57125	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897301
20	NC_012751	GGTCAT	2	12	57781	57792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897302
21	NC_012751	TCTGTC	2	12	61816	61827	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	238897306
22	NC_012751	CCAAAA	2	12	69220	69231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238897315
23	NC_012751	TGCAGC	2	12	72783	72794	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	238897317
24	NC_012751	CAATAT	2	12	75741	75752	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	238897321
25	NC_012751	TTTAAA	2	12	77246	77257	50 %	50 %	0 %	0 %	238897324
26	NC_012751	AGAAAA	2	12	79533	79544	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	238897326
27	NC_012751	TATGAA	2	12	82884	82895	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897327
28	NC_012751	ATTCTT	2	12	90308	90319	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897334
29	NC_012751	CCATTT	2	12	91574	91585	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	238897335
30	NC_012751	CCAAAA	2	12	95507	95518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238897338
31	NC_012751	TCATAT	2	12	102416	102427	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238897347
32	NC_012751	GCCTTG	2	12	103078	103089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238897348
33	NC_012751	TTTGAT	2	12	104052	104063	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238897349
34	NC_012751	TTTGTT	2	12	106746	106757	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	238897349
35	NC_012751	GGAAAG	2	12	115095	115106	50 %	0 %	50 %	0 %	238897354
36	NC_012751	ATTTCA	2	12	124276	124287	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238897365
37	NC_012751	ATAAGC	2	12	124554	124565	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897365
38	NC_012751	ATTTTT	2	12	130322	130333	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897368
39	NC_012751	ATGTAA	2	12	138474	138485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897377
40	NC_012751	GTCATA	2	12	139556	139567	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897379
41	NC_012751	CATGAT	2	12	144507	144518	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897385
42	NC_012751	TCACCC	2	12	145576	145587	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	238897386
43	NC_012751	GTTAAA	2	12	145626	145637	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897386
44	NC_012751	TTTTTG	2	12	146982	146993	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	238897387
45	NC_012751	GCTTTT	2	12	148042	148053	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	238897388
46	NC_012751	CATCAA	2	12	150709	150720	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	238897391
47	NC_012751	GCCTGG	2	12	151966	151977	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	238897392
48	NC_012751	TCAAAA	2	12	152527	152538	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	238897393
49	NC_012751	GGGGTC	2	12	160397	160408	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	238897399
50	NC_012751	TGAAAT	2	12	163813	163824	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897402
51	NC_012751	ATTTTG	2	12	170996	171007	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238897411
52	NC_012751	GGTATT	2	12	173707	173718	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	238897413
53	NC_012751	CATGGT	2	12	173937	173948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897414
54	NC_012751	TGACCG	2	12	177312	177323	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	238897416
55	NC_012751	CAGAGT	2	12	180215	180226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	238897420
56	NC_012751	TTTTAT	2	12	183067	183078	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897423
57	NC_012751	GTTTAA	2	12	184004	184015	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	238897425
58	NC_012751	ATATTA	2	12	184417	184428	50 %	50 %	0 %	0 %	238897425
59	NC_012751	ATTTTT	2	12	184971	184982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897425
60	NC_012751	ATTGCA	2	12	195491	195502	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897431
61	NC_012751	TAATTT	2	12	196311	196322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897431
62	NC_012751	ATATTT	2	12	197865	197876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897433
63	NC_012751	CAATAA	2	12	198119	198130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	238897433
64	NC_012751	AACAAT	2	12	199677	199688	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	238897435
65	NC_012751	ACCATC	2	12	205916	205927	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	238897441
66	NC_012751	GTAGAC	2	12	209189	209200	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	238897443
67	NC_012751	AAAGAA	2	12	221463	221474	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	238897452
68	NC_012751	CTGAAT	2	12	223080	223091	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238897456
69	NC_012751	CTTTTA	2	12	230054	230065	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897460
70	NC_012751	GTTTTG	2	12	232611	232622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897462
71	NC_012751	ATCGGT	2	12	233178	233189	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897463
72	NC_012751	ATTTTC	2	12	235571	235582	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897464
73	NC_012751	TTCTGC	2	12	238028	238039	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	238897466
74	NC_012751	CCCAAG	2	12	245695	245706	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	238897475
75	NC_012751	ATTTTT	2	12	253585	253596	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897486
76	NC_012751	GCCAAA	5	30	258249	258278	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897496
77	NC_012751	CGGTGA	2	12	258678	258689	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	238897497
78	NC_012751	ATTTAA	2	12	266171	266182	50 %	50 %	0 %	0 %	238897501
79	NC_012751	AACGCA	2	12	270218	270229	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897504
80	NC_012751	CCTTTA	2	12	270599	270610	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	238897505
81	NC_012751	TAAAAT	2	12	275570	275581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897510
82	NC_012751	CCGTTG	2	12	275618	275629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238897510
83	NC_012751	CCAGAA	2	12	275937	275948	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238897510
84	NC_012751	CCAAAA	2	12	277038	277049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238897510
85	NC_012751	ACGTTG	2	12	279128	279139	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238897512
86	NC_012751	TGCAAA	2	12	282481	282492	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897513
87	NC_012751	ATGAAG	2	12	284580	284591	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	238897514
88	NC_012751	CTATTT	2	12	297437	297448	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897525
89	NC_012751	GGTCAG	2	12	299816	299827	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	238897527
90	NC_012751	AAAAAG	2	12	301232	301243	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	238897528
91	NC_012751	TCACTT	2	12	315536	315547	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	238897537
92	NC_012751	AAAAAC	2	12	320193	320204	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	238897540
93	NC_012751	AAATAA	2	12	327084	327095	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	238897547
94	NC_012751	TTATTT	2	12	328738	328749	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897549
95	NC_012751	TTTGAA	2	12	328894	328905	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	238897549
96	NC_012751	ATTTTT	2	12	334353	334364	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897554
97	NC_012751	TGGCAC	2	12	334820	334831	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	238897555
98	NC_012751	ACCAAT	2	12	340317	340328	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	238897560
99	NC_012751	GCAATA	2	12	340475	340486	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897560
100	NC_012751	TTTTTC	2	12	344183	344194	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	238897562
101	NC_012751	AGAAAA	2	12	348305	348316	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	238897567
102	NC_012751	AAAAAT	2	12	350986	350997	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	238897569
103	NC_012751	AAGGTG	2	12	352065	352076	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	238897572
104	NC_012751	AACACC	2	12	354707	354718	50 %	0 %	0 %	50 %	238897575
105	NC_012751	AATGAC	2	12	356261	356272	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238897578
106	NC_012751	AATGAT	2	12	376561	376572	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	238897596
107	NC_012751	AAAGCA	2	12	376661	376672	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	238897596
108	NC_012751	TCTTTA	2	12	378146	378157	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	238897597
109	NC_012751	TCATAT	2	12	379405	379416	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238897598
110	NC_012751	GCTGTC	2	12	381953	381964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238897600
111	NC_012751	CGACAG	2	12	382354	382365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238897600
112	NC_012751	AACACC	2	12	386432	386443	50 %	0 %	0 %	50 %	238897606
113	NC_012751	GCGGTG	2	12	395163	395174	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	238897616
114	NC_012751	GAATTT	2	12	398119	398130	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	238897618
115	NC_012751	GCTTGT	2	12	399790	399801	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	238897621
116	NC_012751	TCTTTT	2	12	400244	400255	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	238897622
117	NC_012751	AATTCT	2	12	403689	403700	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238897624
118	NC_012751	ATTTCA	2	12	407199	407210	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238897627
119	NC_012751	ATTTTT	2	12	408755	408766	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238897628
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224	NC_012751	TACCTT	2	12	790825	790836	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	238897990
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231	NC_012751	CGTGAA	2	12	802204	802215	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	238897997
232	NC_012751	TGACTT	2	12	804703	804714	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	238898000
233	NC_012751	ATATCA	2	12	815316	815327	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	238898008
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343	NC_012751	TCAATG	2	12	1205117	1205128	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	238898416
344	NC_012751	TTCAAT	2	12	1206539	1206550	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	238898416
345	NC_012751	GGCGAG	2	12	1207762	1207773	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	238898416
346	NC_012751	AGGCGC	2	12	1216805	1216816	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	238898423
347	NC_012751	TACGAA	2	12	1218120	1218131	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238898424
348	NC_012751	CGGCTT	2	12	1219575	1219586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238898424
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453	NC_012751	ATTTTG	2	12	1551540	1551551	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238898781
454	NC_012751	AACGGC	2	12	1552943	1552954	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238898781
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