MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 1625

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012751	AATTA	2	10	480	489	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012751	AAAAG	2	10	490	499	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012751	TTGGT	2	10	1572	1581	0 %	60 %	40 %	0 %	238897253
4	NC_012751	ACTTT	2	10	2107	2116	20 %	60 %	0 %	20 %	238897254
5	NC_012751	TTTAT	3	15	3146	3160	20 %	80 %	0 %	0 %	238897255
6	NC_012751	ATAAA	4	20	5737	5756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012751	TAAAA	2	10	5824	5833	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012751	ATTAT	2	10	6421	6430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012751	CTTTT	2	10	10896	10905	0 %	80 %	0 %	20 %	238897262
10	NC_012751	AGACA	2	10	11191	11200	60 %	0 %	20 %	20 %	238897262
11	NC_012751	AAAGC	2	10	12356	12365	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012751	AGGCT	2	10	15924	15933	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_012751	CTGGC	2	10	16242	16251	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_012751	TAAAG	2	10	16884	16893	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012751	ATTTA	2	10	17116	17125	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012751	ATATT	2	10	17127	17136	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012751	CTTTA	2	10	17299	17308	20 %	60 %	0 %	20 %	238897267
18	NC_012751	CAATA	2	10	21443	21452	60 %	20 %	0 %	20 %	238897271
19	NC_012751	CAGCT	2	10	21759	21768	20 %	20 %	20 %	40 %	238897272
20	NC_012751	ATTTT	2	10	21964	21973	20 %	80 %	0 %	0 %	238897272
21	NC_012751	TGGCT	2	10	22193	22202	0 %	40 %	40 %	20 %	238897272
22	NC_012751	TTTAA	2	10	22826	22835	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012751	TAACG	2	10	24399	24408	40 %	20 %	20 %	20 %	238897274
24	NC_012751	GGGCA	2	10	24446	24455	20 %	0 %	60 %	20 %	238897274
25	NC_012751	ATTTG	2	10	26262	26271	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012751	AAAGC	2	10	27342	27351	60 %	0 %	20 %	20 %	238897275
27	NC_012751	CAAAT	2	10	28600	28609	60 %	20 %	0 %	20 %	238897276
28	NC_012751	GATTT	2	10	29746	29755	20 %	60 %	20 %	0 %	238897277
29	NC_012751	AATCA	2	10	33356	33365	60 %	20 %	0 %	20 %	238897279
30	NC_012751	CATGT	2	10	37938	37947	20 %	40 %	20 %	20 %	238897280
31	NC_012751	TTTCA	2	10	40172	40181	20 %	60 %	0 %	20 %	238897283
32	NC_012751	GATTT	2	10	40981	40990	20 %	60 %	20 %	0 %	238897285
33	NC_012751	AATTA	2	10	41211	41220	60 %	40 %	0 %	0 %	238897286
34	NC_012751	ATTGA	2	10	44159	44168	40 %	40 %	20 %	0 %	238897288
35	NC_012751	ATAAG	2	10	44703	44712	60 %	20 %	20 %	0 %	238897288
36	NC_012751	AGACA	2	10	49095	49104	60 %	0 %	20 %	20 %	238897293
37	NC_012751	AATAA	2	10	49434	49443	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012751	ATAAA	2	10	49462	49471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012751	ATTTT	2	10	50159	50168	20 %	80 %	0 %	0 %	238897294
40	NC_012751	ATTTA	2	10	52253	52262	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012751	GAATT	2	10	53370	53379	40 %	40 %	20 %	0 %	238897296
42	NC_012751	ATATC	2	10	53527	53536	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012751	TCAGA	2	10	56622	56631	40 %	20 %	20 %	20 %	238897300
44	NC_012751	ATAAA	2	10	56769	56778	80 %	20 %	0 %	0 %	238897300
45	NC_012751	TCGCC	2	10	58070	58079	0 %	20 %	20 %	60 %	238897302
46	NC_012751	AACAG	2	10	58868	58877	60 %	0 %	20 %	20 %	238897302
47	NC_012751	TAGAT	2	10	61536	61545	40 %	40 %	20 %	0 %	238897306
48	NC_012751	GAAGA	2	10	63110	63119	60 %	0 %	40 %	0 %	238897307
49	NC_012751	TGGAT	2	10	63486	63495	20 %	40 %	40 %	0 %	238897307
50	NC_012751	TTTAT	2	10	66531	66540	20 %	80 %	0 %	0 %	238897310
51	NC_012751	GTAAA	2	10	67271	67280	60 %	20 %	20 %	0 %	238897311
52	NC_012751	ATAAA	2	10	67844	67853	80 %	20 %	0 %	0 %	238897313
53	NC_012751	AGGAG	2	10	68962	68971	40 %	0 %	60 %	0 %	238897315
54	NC_012751	GAAAA	2	10	70702	70711	80 %	0 %	20 %	0 %	238897316
55	NC_012751	GGCAT	2	10	70964	70973	20 %	20 %	40 %	20 %	238897316
56	NC_012751	GTTTC	2	10	71644	71653	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012751	CTTTT	2	10	72381	72390	0 %	80 %	0 %	20 %	238897317
58	NC_012751	AAAAC	2	10	73913	73922	80 %	0 %	0 %	20 %	238897318
59	NC_012751	TCTGC	2	10	73935	73944	0 %	40 %	20 %	40 %	238897318
60	NC_012751	TTGAA	2	10	74254	74263	40 %	40 %	20 %	0 %	238897319
61	NC_012751	CTGGG	2	10	74408	74417	0 %	20 %	60 %	20 %	238897319
62	NC_012751	TAAAA	2	10	82286	82295	80 %	20 %	0 %	0 %	238897326
63	NC_012751	AAAGA	2	10	82449	82458	80 %	0 %	20 %	0 %	238897327
64	NC_012751	AATGA	2	10	82833	82842	60 %	20 %	20 %	0 %	238897327
65	NC_012751	AATAA	2	10	83388	83397	80 %	20 %	0 %	0 %	238897327
66	NC_012751	ACCAG	2	10	84183	84192	40 %	0 %	20 %	40 %	238897328
67	NC_012751	ATAAA	2	10	86683	86692	80 %	20 %	0 %	0 %	238897330
68	NC_012751	TTTAA	2	10	89201	89210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012751	ATTTT	2	10	90166	90175	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012751	TTTGA	2	10	90394	90403	20 %	60 %	20 %	0 %	238897334
71	NC_012751	TTTTG	2	10	94450	94459	0 %	80 %	20 %	0 %	238897336
72	NC_012751	ATTTT	2	10	95345	95354	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012751	TTTCA	2	10	95551	95560	20 %	60 %	0 %	20 %	238897338
74	NC_012751	ATTTT	2	10	96803	96812	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012751	TCAGG	2	10	97158	97167	20 %	20 %	40 %	20 %	238897340
76	NC_012751	GACAG	2	10	98277	98286	40 %	0 %	40 %	20 %	238897340
77	NC_012751	AAAAT	2	10	99192	99201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012751	TCTTT	2	10	103572	103581	0 %	80 %	0 %	20 %	238897349
79	NC_012751	GATAG	2	10	104406	104415	40 %	20 %	40 %	0 %	238897349
80	NC_012751	AAAAT	2	10	106367	106376	80 %	20 %	0 %	0 %	238897349
81	NC_012751	CCAGA	2	10	109135	109144	40 %	0 %	20 %	40 %	238897351
82	NC_012751	TTTAG	2	10	109410	109419	20 %	60 %	20 %	0 %	238897351
83	NC_012751	GGCAG	2	10	113867	113876	20 %	0 %	60 %	20 %	238897353
84	NC_012751	TACAA	2	10	114361	114370	60 %	20 %	0 %	20 %	238897353
85	NC_012751	ATAAA	2	10	114517	114526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012751	AAATA	2	10	116541	116550	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012751	TAAAT	2	10	116922	116931	60 %	40 %	0 %	0 %	238897357
88	NC_012751	TGATT	2	10	118438	118447	20 %	60 %	20 %	0 %	238897359
89	NC_012751	AATAA	2	10	120108	120117	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012751	TTTTC	2	10	122885	122894	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012751	ACTTT	2	10	127426	127435	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012751	TAAAA	2	10	130042	130051	80 %	20 %	0 %	0 %	238897368
93	NC_012751	CATCA	2	10	133312	133321	40 %	20 %	0 %	40 %	238897372
94	NC_012751	AAGTA	2	10	133348	133357	60 %	20 %	20 %	0 %	238897372
95	NC_012751	ATTCG	2	10	133706	133715	20 %	40 %	20 %	20 %	238897372
96	NC_012751	TTCAT	2	10	134892	134901	20 %	60 %	0 %	20 %	238897373
97	NC_012751	AAGGC	2	10	135678	135687	40 %	0 %	40 %	20 %	238897373
98	NC_012751	TCCAT	2	10	136206	136215	20 %	40 %	0 %	40 %	238897374
99	NC_012751	AAATT	2	10	138029	138038	60 %	40 %	0 %	0 %	238897377
100	NC_012751	GCCAG	2	10	138461	138470	20 %	0 %	40 %	40 %	238897377
101	NC_012751	AAATA	2	10	140771	140780	80 %	20 %	0 %	0 %	238897382
102	NC_012751	TTAAA	2	10	141333	141342	60 %	40 %	0 %	0 %	238897383
103	NC_012751	TTATT	2	10	143145	143154	20 %	80 %	0 %	0 %	238897383
104	NC_012751	GGGTT	2	10	143805	143814	0 %	40 %	60 %	0 %	238897384
105	NC_012751	CCATA	2	10	144323	144332	40 %	20 %	0 %	40 %	238897385
106	NC_012751	AAATT	2	10	146849	146858	60 %	40 %	0 %	0 %	238897386
107	NC_012751	ATTTA	2	10	148469	148478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012751	CATTT	2	10	149087	149096	20 %	60 %	0 %	20 %	238897390
109	NC_012751	CAGAT	2	10	149421	149430	40 %	20 %	20 %	20 %	238897390
110	NC_012751	TTTTC	2	10	149620	149629	0 %	80 %	0 %	20 %	238897390
111	NC_012751	AATAA	2	10	154931	154940	80 %	20 %	0 %	0 %	238897393
112	NC_012751	ATTAC	2	10	155991	156000	40 %	40 %	0 %	20 %	238897395
113	NC_012751	CAAAA	2	10	157486	157495	80 %	0 %	0 %	20 %	238897396
114	NC_012751	ATTTT	2	10	157864	157873	20 %	80 %	0 %	0 %	238897397
115	NC_012751	CCTGC	2	10	163580	163589	0 %	20 %	20 %	60 %	238897402
116	NC_012751	TCTGG	2	10	167380	167389	0 %	40 %	40 %	20 %	238897407
117	NC_012751	TAAAT	2	10	168457	168466	60 %	40 %	0 %	0 %	238897409
118	NC_012751	AAATG	2	10	171314	171323	60 %	20 %	20 %	0 %	238897412
119	NC_012751	AAAGC	2	10	171996	172005	60 %	0 %	20 %	20 %	238897412
120	NC_012751	AGCTT	2	10	172152	172161	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_012751	TGTTT	2	10	175865	175874	0 %	80 %	20 %	0 %	238897415
122	NC_012751	GGCAA	2	10	175878	175887	40 %	0 %	40 %	20 %	238897415
123	NC_012751	ATAAA	2	10	178136	178145	80 %	20 %	0 %	0 %	238897417
124	NC_012751	AAGAA	2	10	179126	179135	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012751	GCAGA	2	10	181499	181508	40 %	0 %	40 %	20 %	238897421
126	NC_012751	CTTTT	2	10	181842	181851	0 %	80 %	0 %	20 %	238897422
127	NC_012751	CGTTT	2	10	182813	182822	0 %	60 %	20 %	20 %	238897423
128	NC_012751	AGATT	2	10	183260	183269	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012751	AAGGA	2	10	184064	184073	60 %	0 %	40 %	0 %	238897425
130	NC_012751	CATAG	2	10	184761	184770	40 %	20 %	20 %	20 %	238897425
131	NC_012751	AAGCA	2	10	186702	186711	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_012751	TTTCG	2	10	187421	187430	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_012751	TAATT	2	10	191926	191935	40 %	60 %	0 %	0 %	238897428
134	NC_012751	CCTTG	2	10	191949	191958	0 %	40 %	20 %	40 %	238897428
135	NC_012751	AGATC	2	10	192944	192953	40 %	20 %	20 %	20 %	238897429
136	NC_012751	ATAAA	2	10	196096	196105	80 %	20 %	0 %	0 %	238897431
137	NC_012751	ATAAA	2	10	196462	196471	80 %	20 %	0 %	0 %	238897431
138	NC_012751	ATTAA	2	10	196548	196557	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012751	TTACC	2	10	196683	196692	20 %	40 %	0 %	40 %	238897432
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