MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 401

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012751	AATTA	2	10	480	489	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012751	AAAAG	2	10	490	499	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012751	ATAAA	4	20	5737	5756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012751	TAAAA	2	10	5824	5833	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012751	ATTAT	2	10	6421	6430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012751	AAAGC	2	10	12356	12365	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012751	AGGCT	2	10	15924	15933	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_012751	CTGGC	2	10	16242	16251	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_012751	TAAAG	2	10	16884	16893	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012751	ATTTA	2	10	17116	17125	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012751	ATATT	2	10	17127	17136	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012751	TTTAA	2	10	22826	22835	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012751	ATTTG	2	10	26262	26271	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012751	AATAA	2	10	49434	49443	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012751	ATAAA	2	10	49462	49471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012751	ATTTA	2	10	52253	52262	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012751	ATATC	2	10	53527	53536	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012751	GTTTC	2	10	71644	71653	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012751	TTTAA	2	10	89201	89210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012751	ATTTT	2	10	90166	90175	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012751	ATTTT	2	10	95345	95354	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012751	ATTTT	2	10	96803	96812	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012751	AAAAT	2	10	99192	99201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012751	ATAAA	2	10	114517	114526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012751	AAATA	2	10	116541	116550	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012751	AATAA	2	10	120108	120117	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012751	TTTTC	2	10	122885	122894	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012751	ACTTT	2	10	127426	127435	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012751	ATTTA	2	10	148469	148478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012751	AGCTT	2	10	172152	172161	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012751	AAGAA	2	10	179126	179135	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012751	AGATT	2	10	183260	183269	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012751	AAGCA	2	10	186702	186711	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012751	TTTCG	2	10	187421	187430	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012751	ATTAA	2	10	196548	196557	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012751	ATGAA	2	10	197637	197646	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012751	GAAAA	2	10	232950	232959	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012751	TTATT	2	10	242495	242504	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012751	TTTTA	2	10	244380	244389	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012751	TCATA	2	10	244623	244632	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_012751	ATAAG	2	10	262323	262332	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012751	ACAGG	2	10	262546	262555	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012751	AAGGT	2	10	262564	262573	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012751	AGTAA	2	10	264505	264514	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012751	TCGAA	2	10	265764	265773	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012751	CTTAA	2	10	281155	281164	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_012751	TGGCA	2	10	294565	294574	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012751	TTTGG	2	10	295050	295059	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012751	TTTGG	2	10	295272	295281	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012751	TTATT	2	10	298579	298588	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012751	ATTTT	2	10	299014	299023	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012751	GGCAA	2	10	301810	301819	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012751	TTACT	2	10	302147	302156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_012751	TACCA	2	10	311919	311928	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_012751	TAATG	2	10	314188	314197	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012751	TTCAG	2	10	324857	324866	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012751	AAATT	2	10	337011	337020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012751	AGTAA	2	10	358577	358586	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012751	TTGCC	2	10	358914	358923	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_012751	AGCTC	2	10	375201	375210	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_012751	ATTTT	2	10	389029	389038	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012751	GAAGC	2	10	408503	408512	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012751	GGCAA	2	10	444688	444697	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_012751	TTACT	2	10	445025	445034	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012751	TGTTT	2	10	451737	451746	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012751	CAATA	2	10	453701	453710	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_012751	ATATG	2	10	457339	457348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012751	CCTAT	2	10	468544	468553	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_012751	TTTAT	2	10	472458	472467	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012751	ATTAA	2	10	483479	483488	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012751	AATTA	2	10	486176	486185	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012751	TATTT	2	10	486216	486225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012751	CTCAT	2	10	487055	487064	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_012751	GGATA	2	10	492671	492680	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012751	TTACA	2	10	498098	498107	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012751	TTTGT	2	10	506971	506980	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012751	ATTTA	2	10	509808	509817	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012751	AATAA	2	10	521405	521414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012751	AGTAA	2	10	540010	540019	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012751	TTGCC	2	10	540347	540356	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_012751	TAAAA	2	10	546168	546177	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012751	GCCAT	2	10	546550	546559	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012751	ATTGA	2	10	559226	559235	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012751	AAAAT	2	10	560097	560106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012751	TTGAG	2	10	562626	562635	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012751	AGTAA	2	10	569743	569752	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012751	TTGCC	2	10	570080	570089	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_012751	GTTAT	2	10	574565	574574	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012751	TAAAA	2	10	586075	586084	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012751	TAATT	2	10	594690	594699	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012751	GGCAA	2	10	609808	609817	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012751	TTACT	2	10	610145	610154	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012751	GTTGA	2	10	618426	618435	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012751	ATAAG	2	10	623917	623926	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012751	CCCCA	2	10	623929	623938	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
96	NC_012751	TTAAT	2	10	626498	626507	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012751	TAAAA	2	10	628064	628073	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012751	TAAAT	2	10	628112	628121	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012751	ACTTA	2	10	628177	628186	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_012751	TATTC	2	10	631382	631391	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_012751	TAAAA	2	10	634023	634032	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012751	TTTGT	2	10	638065	638074	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012751	TTATT	2	10	647954	647963	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012751	ATTTT	2	10	648296	648305	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012751	AAATA	2	10	648329	648338	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012751	TGATT	2	10	649876	649885	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012751	AGCTC	2	10	655193	655202	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_012751	AATTT	2	10	659733	659742	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012751	AATTT	2	10	660002	660011	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012751	AAAAT	2	10	660078	660087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012751	ATTAA	2	10	661460	661469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012751	ATTTT	2	10	678844	678853	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012751	ATGGT	2	10	680411	680420	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012751	TTAAA	2	10	685371	685380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012751	ATTGT	2	10	710897	710906	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012751	AGTAA	2	10	722762	722771	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012751	CGCTT	2	10	728931	728940	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_012751	TAATC	2	10	735765	735774	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_012751	AGTAA	2	10	740618	740627	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012751	TTGCC	2	10	740955	740964	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_012751	TTTAT	2	10	744408	744417	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012751	TGGTT	2	10	744594	744603	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012751	TATAA	2	10	763030	763039	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012751	AGTAA	2	10	792775	792784	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012751	TTGCC	2	10	793112	793121	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_012751	ATCGC	2	10	793256	793265	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_012751	TGCAC	2	10	793902	793911	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_012751	AAAAT	2	10	794593	794602	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012751	TAAAA	2	10	805420	805429	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012751	TTTTA	2	10	808133	808142	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012751	GTGCT	2	10	812768	812777	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_012751	AACTC	2	10	819267	819276	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_012751	CTTCC	2	10	819862	819871	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_012751	GAATG	2	10	824329	824338	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012751	TTGAT	2	10	831062	831071	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012751	TTAGA	2	10	831129	831138	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012751	TCGTC	2	10	843134	843143	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_012751	TTCCA	2	10	843430	843439	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_012751	TTTGG	2	10	853206	853215	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012751	GGCAA	2	10	853404	853413	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_012751	TTACT	2	10	853741	853750	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_012751	AAAAT	2	10	856371	856380	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012751	AATTT	2	10	856499	856508	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012751	AAAAG	2	10	857006	857015	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012751	TAAAT	2	10	857509	857518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012751	TGATT	2	10	857869	857878	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012751	GAATA	2	10	857956	857965	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012751	TTATT	2	10	859342	859351	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012751	CCTTT	2	10	859923	859932	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
150	NC_012751	ATTTT	2	10	860019	860028	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012751	TATGG	2	10	860885	860894	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012751	ATTTT	2	10	890964	890973	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_012751	TAAAT	2	10	901518	901527	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012751	ATTTA	2	10	902120	902129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012751	TGCAG	2	10	905699	905708	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
156	NC_012751	CGGCG	2	10	905954	905963	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
157	NC_012751	GCCGC	2	10	911424	911433	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
158	NC_012751	AAAAT	2	10	928308	928317	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_012751	AACAC	2	10	928393	928402	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_012751	GCCAG	2	10	928959	928968	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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162	NC_012751	ATGGT	2	10	935215	935224	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012751	TTGCT	3	15	948313	948327	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_012751	CCCAT	2	10	964287	964296	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
165	NC_012751	ATCAA	2	10	967459	967468	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_012751	CGATT	2	10	967984	967993	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_012751	ATTAA	2	10	969018	969027	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_012751	GGCAA	2	10	974051	974060	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
169	NC_012751	TTACT	2	10	974388	974397	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_012751	TTGCC	2	10	977839	977848	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
172	NC_012751	GGCAA	2	10	982557	982566	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
173	NC_012751	TTACT	2	10	982894	982903	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
174	NC_012751	AAATA	2	10	992796	992805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_012751	ATTTT	2	10	1001676	1001685	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_012751	TTAAT	2	10	1009717	1009726	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_012751	TGACG	2	10	1011451	1011460	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
184	NC_012751	AAAAT	2	10	1015148	1015157	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_012751	AGATA	2	10	1017658	1017667	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
186	NC_012751	CTGTT	2	10	1022415	1022424	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_012751	CAATG	2	10	1052894	1052903	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_012751	AAACT	2	10	1053930	1053939	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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197	NC_012751	ATTGA	2	10	1066142	1066151	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_012751	TATAT	4	20	1066301	1066320	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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232	NC_012751	CTCAC	2	10	1228555	1228564	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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234	NC_012751	CTCCC	2	10	1230384	1230393	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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253	NC_012751	TTATC	2	10	1321037	1321046	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
254	NC_012751	GAAAT	2	10	1321425	1321434	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_012751	TAGCT	2	10	1478146	1478155	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_012751	TTTAT	2	10	1505479	1505488	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_012751	TAATA	2	10	1517214	1517223	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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343	NC_012751	GGCAA	2	10	1846939	1846948	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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397	NC_012751	TTAAA	2	10	2057506	2057515	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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399	NC_012751	GGCAA	2	10	2089261	2089270	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
400	NC_012751	TTACT	2	10	2089598	2089607	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.