MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia peacockii str. Rustic plasmid pRPR

Total Repeats: 126

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012732	GGT	2	6	43	48	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012732	GGC	2	6	64	69	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012732	TTG	2	6	92	97	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012732	CTT	2	6	173	178	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_012732	TAG	2	6	268	273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012732	ATT	2	6	326	331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012732	AGT	2	6	332	337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012732	TAC	3	9	353	361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_012732	TAA	2	6	572	577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012732	TAA	2	6	2137	2142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012732	CAT	2	6	2154	2159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_012732	AGA	2	6	2160	2165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012732	AAT	2	6	2181	2186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012732	GAT	2	6	2200	2205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012732	TAA	2	6	2350	2355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012732	CAA	2	6	2358	2363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_012732	CAA	2	6	2378	2383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_012732	TTC	2	6	2462	2467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012732	AGG	2	6	2483	2488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012732	ATG	2	6	2563	2568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012732	ATT	2	6	2668	2673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012732	GAT	2	6	2722	2727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012732	TAA	2	6	2733	2738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012732	ACC	2	6	2744	2749	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_012732	ATA	2	6	5149	5154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012732	CTA	2	6	5166	5171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_012732	ACA	2	6	5235	5240	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_012732	ATT	2	6	5265	5270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012732	AAG	2	6	5332	5337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012732	TAA	2	6	5446	5451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012732	TTG	2	6	5719	5724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012732	TGA	2	6	5783	5788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012732	TTA	2	6	5830	5835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012732	TAT	2	6	5885	5890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012732	AAG	2	6	6054	6059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012732	AAG	2	6	6116	6121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012732	AAG	2	6	6130	6135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012732	ATA	2	6	6252	6257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012732	AGA	2	6	6364	6369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012732	ATT	2	6	9459	9464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012732	CCA	2	6	9502	9507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_012732	TCA	2	6	9514	9519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012732	TTC	2	6	9542	9547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_012732	TGA	2	6	9576	9581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012732	CAC	2	6	9582	9587	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_012732	ATT	2	6	11419	11424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012732	ATC	2	6	11496	11501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_012732	TAT	2	6	11618	11623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012732	TAA	2	6	11728	11733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012732	TAA	2	6	11799	11804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012732	TAA	2	6	11807	11812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012732	AAT	2	6	11867	11872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012732	AAT	2	6	11909	11914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012732	CTA	2	6	12016	12021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012732	TTA	2	6	12031	12036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012732	TAG	2	6	12053	12058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012732	TAA	2	6	12310	12315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012732	GTT	2	6	14323	14328	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012732	TTC	2	6	14346	14351	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012732	TCC	2	6	14445	14450	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_012732	CAA	2	6	14526	14531	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012732	GGT	2	6	14639	14644	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012732	TAA	2	6	14665	14670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012732	ATT	2	6	14674	14679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012732	ATT	3	9	14698	14706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012732	AGC	2	6	14815	14820	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_012732	TAA	2	6	14842	14847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012732	AGT	2	6	14881	14886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012732	CTA	2	6	14954	14959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_012732	CTT	2	6	15021	15026	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012732	TCT	2	6	15062	15067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_012732	ATT	2	6	15088	15093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012732	GCA	2	6	15214	15219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012732	TCA	2	6	15283	15288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_012732	TCA	2	6	15298	15303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_012732	TTA	2	6	15334	15339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012732	TAT	2	6	15502	15507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012732	CAA	2	6	15600	15605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_012732	TTA	2	6	15644	15649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012732	TTA	2	6	15665	15670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012732	GGA	2	6	15679	15684	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012732	AAT	2	6	15698	15703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012732	AGA	2	6	15802	15807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012732	AAT	2	6	16352	16357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012732	ATT	2	6	16371	16376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012732	TTA	2	6	16383	16388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012732	AGG	2	6	16411	16416	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012732	TAA	2	6	16898	16903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012732	TAG	2	6	16910	16915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012732	TAA	2	6	17047	17052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012732	TTA	2	6	17067	17072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012732	CAA	2	6	17146	17151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_012732	TAA	2	6	19267	19272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012732	AAC	2	6	19354	19359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012732	GGT	2	6	19410	19415	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012732	ATC	2	6	19428	19433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_012732	AGG	2	6	19541	19546	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012732	CAA	2	6	19571	19576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_012732	AAC	2	6	19607	19612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_012732	ATT	2	6	19709	19714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012732	GTT	2	6	20124	20129	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012732	TGT	2	6	20293	20298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012732	GTG	2	6	20304	20309	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012732	GAA	2	6	20530	20535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012732	TCA	2	6	20573	20578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_012732	GTA	2	6	21110	21115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012732	TAT	2	6	21150	21155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012732	ACA	2	6	21173	21178	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_012732	CTT	2	6	21664	21669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_012732	CTA	2	6	21724	21729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_012732	TTC	2	6	21854	21859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012732	TTC	2	6	21947	21952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_012732	CTA	2	6	21961	21966	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_012732	CTT	2	6	21968	21973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_012732	CTT	2	6	22022	22027	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_012732	TAG	2	6	22048	22053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012732	TAC	2	6	22093	22098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_012732	TAG	2	6	22180	22185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012732	ATC	2	6	23322	23327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_012732	TAC	2	6	24852	24857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_012732	GTA	2	6	26122	26127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012732	CTT	2	6	26166	26171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_012732	TGC	2	6	26202	26207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_012732	TCT	2	6	26208	26213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_012732	CAG	2	6	26357	26362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_012732	GGT	2	6	26398	26403	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.