MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia peacockii str. Rustic plasmid pRPR

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012732	TTA	2	6	604	609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
2	NC_012732	TAA	2	6	629	634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
3	NC_012732	ATT	2	6	637	642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
4	NC_012732	TAT	2	6	671	676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
5	NC_012732	AAT	2	6	679	684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
6	NC_012732	TAA	2	6	717	722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
7	NC_012732	AGG	2	6	723	728	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238651160
8	NC_012732	ACT	3	9	739	747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651160
9	NC_012732	CTA	2	6	749	754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651160
10	NC_012732	CAA	2	6	778	783	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651160
11	NC_012732	CTG	2	6	821	826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651160
12	NC_012732	TAG	2	6	878	883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651160
13	NC_012732	ATA	2	6	893	898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
14	NC_012732	GAA	2	6	913	918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651160
15	NC_012732	CAC	2	6	1013	1018	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651160
16	NC_012732	TAG	2	6	1049	1054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651160
17	NC_012732	TTG	2	6	1215	1220	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651160
18	NC_012732	TTA	2	6	1221	1226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
19	NC_012732	CTA	2	6	1277	1282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651160
20	NC_012732	TAA	2	6	1313	1318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
21	NC_012732	GTA	2	6	1351	1356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651161
22	NC_012732	TAG	2	6	1357	1362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651161
23	NC_012732	ACT	2	6	1449	1454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651161
24	NC_012732	ATA	2	6	1504	1509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651161
25	NC_012732	AGC	2	6	1630	1635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651162
26	NC_012732	CTA	2	6	1695	1700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651162
27	NC_012732	TAA	2	6	1702	1707	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651162
28	NC_012732	TGC	2	6	1750	1755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651162
29	NC_012732	ATA	2	6	1779	1784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651162
30	NC_012732	CAA	2	6	1910	1915	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651162
31	NC_012732	AGC	2	6	1921	1926	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651162
32	NC_012732	TAT	2	6	1948	1953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651162
33	NC_012732	AAT	2	6	2767	2772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
34	NC_012732	ACA	3	9	2836	2844	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651163
35	NC_012732	TGA	2	6	2869	2874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
36	NC_012732	ACT	2	6	2894	2899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
37	NC_012732	TTA	2	6	2939	2944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651163
38	NC_012732	ATA	2	6	2954	2959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
39	NC_012732	AAG	2	6	3002	3007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
40	NC_012732	TTC	2	6	3025	3030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651163
41	NC_012732	TTG	2	6	3048	3053	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651163
42	NC_012732	GTA	2	6	3084	3089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
43	NC_012732	ATC	2	6	3229	3234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
44	NC_012732	TGA	2	6	3343	3348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
45	NC_012732	CTA	2	6	3351	3356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
46	NC_012732	TCT	2	6	3375	3380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651163
47	NC_012732	TAT	2	6	3391	3396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651163
48	NC_012732	TAA	2	6	3459	3464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
49	NC_012732	ATA	2	6	3471	3476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
50	NC_012732	GAT	2	6	3569	3574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
51	NC_012732	TAA	2	6	3649	3654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
52	NC_012732	CAA	2	6	3655	3660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651163
53	NC_012732	AGA	2	6	3673	3678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
54	NC_012732	AGA	2	6	3700	3705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
55	NC_012732	ATA	3	9	3837	3845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
56	NC_012732	ATA	3	9	3851	3859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
57	NC_012732	TAA	2	6	3868	3873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
58	NC_012732	GAA	2	6	3893	3898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
59	NC_012732	AAT	2	6	4057	4062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
60	NC_012732	ATA	2	6	4089	4094	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
61	NC_012732	AAT	2	6	4124	4129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
62	NC_012732	CAT	2	6	4155	4160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
63	NC_012732	TAC	2	6	4290	4295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
64	NC_012732	ATA	2	6	4602	4607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
65	NC_012732	TAT	2	6	4706	4711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651163
66	NC_012732	AGG	2	6	4716	4721	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238651163
67	NC_012732	ATG	2	6	4737	4742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
68	NC_012732	TCA	2	6	4859	4864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
69	NC_012732	AGA	2	6	4900	4905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
70	NC_012732	CAA	2	6	4992	4997	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651163
71	NC_012732	ACT	2	6	5025	5030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
72	NC_012732	TAA	2	6	6561	6566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
73	NC_012732	ATC	2	6	6613	6618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651164
74	NC_012732	TAG	2	6	6640	6645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651164
75	NC_012732	TTA	2	6	6652	6657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651164
76	NC_012732	TGG	2	6	6682	6687	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238651164
77	NC_012732	GAA	2	6	6714	6719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651164
78	NC_012732	AAT	2	6	6724	6729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
79	NC_012732	AAG	2	6	6824	6829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651164
80	NC_012732	GGA	2	6	6851	6856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238651164
81	NC_012732	CGT	2	6	6980	6985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651164
82	NC_012732	GCA	2	6	7018	7023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651164
83	NC_012732	TAT	2	6	7052	7057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651164
84	NC_012732	CTG	3	9	7161	7169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651164
85	NC_012732	CAT	2	6	7271	7276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651164
86	NC_012732	GTT	2	6	7285	7290	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651164
87	NC_012732	TAC	2	6	7315	7320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651164
88	NC_012732	TAA	2	6	7366	7371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
89	NC_012732	TGA	2	6	7429	7434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651164
90	NC_012732	AAT	2	6	7472	7477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
91	NC_012732	TAG	2	6	7537	7542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651164
92	NC_012732	AAT	2	6	7562	7567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
93	NC_012732	GAC	2	6	7888	7893	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651165
94	NC_012732	CGA	2	6	7903	7908	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651165
95	NC_012732	TGT	2	6	7950	7955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651165
96	NC_012732	CGA	2	6	8269	8274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651165
97	NC_012732	CCT	2	6	8391	8396	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238651166
98	NC_012732	TCA	2	6	8505	8510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651166
99	NC_012732	GGT	2	6	8517	8522	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238651166
100	NC_012732	TGC	2	6	8555	8560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651166
101	NC_012732	GTA	2	6	8620	8625	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651166
102	NC_012732	GCA	2	6	8742	8747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651166
103	NC_012732	ATT	2	6	8807	8812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651166
104	NC_012732	TAC	2	6	9060	9065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651166
105	NC_012732	CTC	2	6	9070	9075	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238651166
106	NC_012732	GAA	2	6	9286	9291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651166
107	NC_012732	CAA	2	6	9324	9329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651166
108	NC_012732	GCC	2	6	9623	9628	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238651167
109	NC_012732	ATC	2	6	9737	9742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651167
110	NC_012732	CTT	2	6	9746	9751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651167
111	NC_012732	AGC	2	6	9875	9880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651167
112	NC_012732	GCA	2	6	9924	9929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651167
113	NC_012732	CCA	2	6	9954	9959	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651167
114	NC_012732	TTC	2	6	9975	9980	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651167
115	NC_012732	TCA	2	6	10051	10056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651167
116	NC_012732	CCA	2	6	10126	10131	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651167
117	NC_012732	GTT	2	6	10141	10146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651167
118	NC_012732	TTG	2	6	10520	10525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651168
119	NC_012732	CAC	2	6	10557	10562	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651168
120	NC_012732	CCG	2	6	10755	10760	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238651168
121	NC_012732	CGG	2	6	10918	10923	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	238651168
122	NC_012732	AGA	2	6	10968	10973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651168
123	NC_012732	CAC	2	6	10992	10997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651168
124	NC_012732	CTA	2	6	11004	11009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651168
125	NC_012732	CGC	2	6	11028	11033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238651168
126	NC_012732	CGG	2	6	11034	11039	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	238651168
127	NC_012732	ATC	2	6	11042	11047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651168
128	NC_012732	CAC	2	6	11185	11190	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651168
129	NC_012732	TAG	2	6	11233	11238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651168
130	NC_012732	CAG	2	6	11244	11249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651168
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255	NC_012732	CAG	2	6	24572	24577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651178
256	NC_012732	TTG	2	6	24682	24687	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651178
257	NC_012732	ATC	2	6	24717	24722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651178
258	NC_012732	GTT	2	6	24773	24778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651178
259	NC_012732	GCT	2	6	24782	24787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651178
260	NC_012732	CTT	2	6	25071	25076	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651179
261	NC_012732	ACT	2	6	25410	25415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651179
262	NC_012732	TAG	2	6	25502	25507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651179
263	NC_012732	TGC	2	6	25619	25624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651179
264	NC_012732	ATC	2	6	25854	25859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651179
265	NC_012732	TGT	2	6	25914	25919	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651179
266	NC_012732	GCC	2	6	25920	25925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238651179

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.