MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Sulfolobus islandicus M.16.4 chromosome

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012726	TACAAA	2	12	5743	5754	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_012726	TGGTAT	2	12	17808	17819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012726	CTTTTC	2	12	32725	32736	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012726	TATTTA	2	12	38254	38265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012726	TCTAGT	2	12	48124	48135	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012726	AATAAA	2	12	72041	72052	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012726	AGTTAA	2	12	90803	90814	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012726	TTATCA	2	12	115397	115408	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_012726	GTATGA	2	12	115452	115463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012726	ATGAAG	2	12	127882	127893	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012726	CTAAGC	2	12	132170	132181	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_012726	AAAATA	2	12	141125	141136	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012726	AATATT	2	12	185874	185885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012726	GTAAGC	2	12	236418	236429	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012726	ATTGAT	2	12	281618	281629	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012726	GATAAG	2	12	282574	282585	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012726	CTATTA	2	12	283164	283175	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_012726	ACTTAT	2	12	299125	299136	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_012726	ATCAAC	2	12	300109	300120	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_012726	AATAGA	2	12	318624	318635	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012726	CCAATT	2	12	318823	318834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_012726	CTCATT	2	12	323091	323102	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_012726	AAAAGA	2	12	337860	337871	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012726	TTTTAA	2	12	343530	343541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012726	GATATA	2	12	353509	353520	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012726	ATATTT	2	12	366359	366370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012726	CAAAGA	2	12	384744	384755	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012726	TTCAAT	2	12	411265	411276	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012726	ACTCAT	2	12	415997	416008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012726	TATGAT	2	12	418640	418651	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012726	ATTTAT	2	12	426641	426652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012726	CTTAAC	2	12	448750	448761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_012726	ATAAAT	2	12	449144	449155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012726	TACATC	2	12	457041	457052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_012726	TAAAGC	2	12	464414	464425	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012726	TCCTAT	2	12	466125	466136	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012726	CTCATA	2	12	481363	481374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_012726	AAATTT	2	12	488356	488367	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012726	ATATTA	2	12	496067	496078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012726	AATATT	2	12	507659	507670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012726	AAGAGG	2	12	508353	508364	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012726	ATAAGT	2	12	513407	513418	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012726	TAGGGA	2	12	521768	521779	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012726	TTAGTA	2	12	556526	556537	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012726	TCATCG	2	12	559136	559147	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012726	AACTAA	2	12	562025	562036	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_012726	CTCATA	2	12	594551	594562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_012726	TTTATA	2	12	609422	609433	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012726	CAAGAA	2	12	614277	614288	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_012726	TTATAT	2	12	615434	615445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012726	AATTTT	2	12	628394	628405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012726	ACTTTC	2	12	637916	637927	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_012726	TTGGAA	2	12	644855	644866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012726	TTCTCT	2	12	704443	704454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012726	TACATC	2	12	730430	730441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012726	ATTAAC	2	12	733163	733174	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_012726	ATGAAA	2	12	762196	762207	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012726	AAAATA	2	12	788772	788783	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012726	CTCAAT	2	12	796935	796946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012726	GTTATA	2	12	811344	811355	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012726	TACAAA	2	12	822482	822493	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_012726	TCTATT	2	12	831343	831354	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012726	ATAAAA	2	12	835729	835740	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012726	TAGATT	2	12	837945	837956	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012726	AGGTTT	2	12	841788	841799	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012726	CACCGC	2	12	842913	842924	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_012726	ATTGAT	2	12	862669	862680	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012726	CTAGCT	2	12	865189	865200	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_012726	GGAAAA	2	12	876568	876579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012726	TTTATA	2	12	894218	894229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012726	AAGAAA	2	12	903021	903032	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012726	AAGAAA	2	12	915437	915448	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012726	ATTTTA	2	12	916528	916539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012726	AAGGAT	2	12	922495	922506	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012726	AATTTT	2	12	928281	928292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012726	TTTTCT	2	12	940607	940618	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_012726	AGAAAA	2	12	941946	941957	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012726	TTAAAG	2	12	944921	944932	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012726	TTAATA	2	12	947904	947915	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012726	CTAACA	2	12	1002080	1002091	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_012726	AAAACA	2	12	1026608	1026619	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012726	AAAGTA	2	12	1099345	1099356	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012726	TAGCTT	2	12	1132890	1132901	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_012726	TAAAGA	2	12	1162050	1162061	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012726	ACTCTT	2	12	1172594	1172605	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012726	AAAAAT	2	12	1273307	1273318	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012726	GAACGG	2	12	1273573	1273584	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012726	ACAGTA	2	12	1348334	1348345	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_012726	ACATTC	2	12	1348519	1348530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_012726	TCATAA	2	12	1358721	1358732	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012726	CTCATA	2	12	1379340	1379351	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_012726	AACCGA	2	12	1470880	1470891	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_012726	CTTAGT	2	12	1471444	1471455	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_012726	ATATGA	2	12	1472943	1472954	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012726	TAACTT	2	12	1473732	1473743	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012726	TTTATT	2	12	1479029	1479040	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012726	AGGGGT	2	12	1482503	1482514	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012726	AAGAGA	2	12	1482956	1482967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012726	ATAAAA	2	12	1483449	1483460	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012726	TTATAT	2	12	1487173	1487184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012726	TATCTT	2	12	1493413	1493424	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012726	TACAAA	2	12	1533682	1533693	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012726	TAAAAA	2	12	1558815	1558826	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012726	TATAAA	2	12	1763534	1763545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012726	AATATA	2	12	1869079	1869090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012726	CTATCA	2	12	1892944	1892955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_012726	GATAAA	2	12	1994277	1994288	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012726	TTAGCT	2	12	1994357	1994368	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_012726	TAACAT	2	12	2029130	2029141	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_012726	TTAATT	2	12	2044434	2044445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012726	TCCTTT	2	12	2076713	2076724	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012726	TTTATG	2	12	2104958	2104969	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012726	AAAAGA	2	12	2140490	2140501	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012726	ATTTGA	2	12	2140615	2140626	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012726	TTTATA	2	12	2144764	2144775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012726	AAGCCC	2	12	2149432	2149443	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_012726	AAATTT	2	12	2151345	2151356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012726	TATTTT	2	12	2162317	2162328	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012726	ACAGAG	2	12	2173197	2173208	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_012726	GTTAAG	2	12	2183983	2183994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012726	GTTTGA	2	12	2184647	2184658	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012726	TTCCTT	2	12	2205490	2205501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_012726	ATCATA	2	12	2212126	2212137	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_012726	TTATTT	2	12	2216025	2216036	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012726	TAATTA	2	12	2241557	2241568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012726	TAAAAT	2	12	2279737	2279748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012726	AAAAAG	2	12	2296335	2296346	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012726	AGTTTA	2	12	2306249	2306260	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012726	TTTTAA	2	12	2310717	2310728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012726	GCATTA	2	12	2315500	2315511	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_012726	CTTTTT	2	12	2335830	2335841	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_012726	AACATG	2	12	2338623	2338634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_012726	AAAAGA	2	12	2340866	2340877	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012726	ATAAAA	2	12	2407834	2407845	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012726	TAATAT	2	12	2410039	2410050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012726	TAAAAA	2	12	2437110	2437121	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012726	ATATTT	2	12	2455222	2455233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012726	TATATG	2	12	2466304	2466315	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012726	GCAGAT	2	12	2519213	2519224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_012726	TCTTTT	2	12	2523063	2523074	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_012726	TAAACA	2	12	2535561	2535572	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_012726	AAAAAT	2	12	2545162	2545173	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012726	CTCATA	2	12	2552275	2552286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.