MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sulfolobus islandicus M.16.4 chromosome

Total Repeats: 352

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012726	GTCAC	2	10	358	367	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_012726	TTAAA	2	10	5884	5893	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012726	ATGTT	2	10	6113	6122	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012726	AAAAT	2	10	27152	27161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012726	TGGTG	2	10	39035	39044	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012726	TAATT	2	10	61019	61028	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012726	GTTTT	2	10	72057	72066	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012726	ATATG	2	10	82187	82196	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012726	AAAAT	2	10	92163	92172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012726	AATTA	2	10	94105	94114	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012726	TTATC	2	10	101943	101952	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012726	CATGC	2	10	115223	115232	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_012726	AAATT	2	10	120372	120381	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012726	GATTA	2	10	132655	132664	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012726	AAATA	2	10	146243	146252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012726	GAGTC	2	10	154282	154291	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_012726	TTAAA	2	10	174943	174952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012726	TCTAT	2	10	184901	184910	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012726	GGAGA	2	10	185529	185538	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012726	GTGAT	2	10	202889	202898	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012726	ATAAA	2	10	212000	212009	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012726	ATAAA	2	10	264764	264773	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012726	TCTCA	2	10	269134	269143	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012726	TCAAT	2	10	278869	278878	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012726	TTTCC	2	10	283014	283023	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_012726	TTTGA	2	10	283109	283118	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012726	ATGAT	2	10	296885	296894	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012726	ATGTT	2	10	297508	297517	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012726	GTGAA	2	10	299461	299470	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012726	CCTAG	2	10	300568	300577	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_012726	TAACT	2	10	302305	302314	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012726	TAAAT	2	10	302612	302621	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012726	TATAT	2	10	303327	303336	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012726	ATCAT	2	10	307692	307701	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012726	CTAAT	2	10	307990	307999	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012726	TGACT	2	10	313971	313980	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012726	AAATT	2	10	315497	315506	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012726	TTTAG	2	10	318668	318677	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012726	TATAA	2	10	319612	319621	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012726	ATTGC	2	10	320840	320849	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_012726	TTAAA	2	10	323115	323124	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012726	ATTAG	2	10	324459	324468	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012726	TAAGA	2	10	329461	329470	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012726	TTGAA	2	10	329994	330003	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012726	ATCTA	2	10	330445	330454	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012726	CCTTC	2	10	341550	341559	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_012726	ATGAT	2	10	345753	345762	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012726	GATAT	2	10	351879	351888	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012726	TTTCT	2	10	363390	363399	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012726	CTTAT	2	10	367435	367444	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_012726	TTTTC	2	10	373611	373620	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012726	AGAGG	2	10	374316	374325	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012726	TATAA	2	10	374822	374831	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012726	TTAAT	2	10	410887	410896	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012726	ATTAT	2	10	414723	414732	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012726	ATATT	2	10	414879	414888	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012726	ATTTT	2	10	415220	415229	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012726	TGTAT	2	10	417329	417338	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012726	TTAAA	2	10	417428	417437	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012726	TTATT	2	10	419010	419019	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012726	TGAAA	2	10	426706	426715	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012726	AGATA	2	10	426730	426739	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012726	ATATT	2	10	433886	433895	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012726	AAAGA	2	10	434278	434287	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012726	GAGAA	2	10	443846	443855	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012726	TAGTT	2	10	454259	454268	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012726	TTACA	2	10	455103	455112	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012726	AAACT	2	10	455492	455501	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012726	TATAA	2	10	457841	457850	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012726	ATACG	2	10	462108	462117	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_012726	TCGTT	2	10	464375	464384	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012726	TACTT	2	10	464603	464612	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012726	CCGTA	2	10	465317	465326	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_012726	GCCTC	2	10	470233	470242	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_012726	TCTCT	2	10	481641	481650	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_012726	AAACT	2	10	482910	482919	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012726	ATTTA	2	10	488505	488514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012726	GTGGA	2	10	498259	498268	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012726	CTGAG	2	10	498443	498452	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012726	AAATG	2	10	502255	502264	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012726	GGATA	2	10	507061	507070	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012726	CTTCA	2	10	513070	513079	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012726	TCTTT	2	10	516231	516240	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012726	CATAA	2	10	516795	516804	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_012726	AGTCA	2	10	521517	521526	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012726	GTTTA	2	10	522431	522440	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012726	TAATA	2	10	555403	555412	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012726	AGAGA	2	10	557276	557285	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012726	ACCCT	2	10	558411	558420	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_012726	ATTCT	2	10	569570	569579	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012726	TCTAA	2	10	585649	585658	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012726	AACAT	2	10	594283	594292	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012726	AACTT	2	10	594884	594893	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012726	TTTTA	2	10	602755	602764	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012726	CAAAG	2	10	609603	609612	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_012726	TGATA	2	10	614311	614320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012726	TTAAT	2	10	622814	622823	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012726	AGTAC	2	10	623290	623299	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012726	GTAGT	2	10	627272	627281	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012726	TAAAA	2	10	628530	628539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012726	GAAAA	2	10	630335	630344	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012726	AAGTT	2	10	636546	636555	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012726	TCTCT	2	10	643211	643220	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_012726	CCGGT	2	10	644737	644746	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_012726	TTAGA	2	10	644784	644793	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012726	TAATT	2	10	650756	650765	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012726	TATAA	2	10	667250	667259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012726	TAAAT	2	10	671672	671681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012726	GCGTT	2	10	671723	671732	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_012726	TTGAA	2	10	671985	671994	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012726	TATCT	2	10	674935	674944	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_012726	GATTA	2	10	678732	678741	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012726	AAAAT	2	10	696968	696977	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012726	TAAGG	2	10	697158	697167	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012726	GATAA	2	10	700860	700869	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012726	AGATA	2	10	700870	700879	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012726	TTTTC	2	10	704720	704729	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_012726	TTTTA	2	10	724371	724380	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012726	TATAA	2	10	724756	724765	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012726	TAAAA	2	10	731178	731187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012726	TTATA	2	10	735537	735546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012726	CCTTT	2	10	738104	738113	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_012726	AAGAA	2	10	740979	740988	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012726	TACTC	2	10	741038	741047	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_012726	TACTT	2	10	741475	741484	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_012726	ATGAT	2	10	754195	754204	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012726	TGAAA	2	10	757416	757425	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012726	ATTCT	2	10	762474	762483	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_012726	ATATT	2	10	765298	765307	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012726	TAAAA	2	10	771375	771384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012726	AAATA	2	10	772851	772860	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012726	TAAAA	2	10	785283	785292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012726	CTTTT	2	10	793236	793245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012726	TATTC	2	10	803990	803999	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_012726	TATAA	2	10	809356	809365	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012726	TTTTA	2	10	821980	821989	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012726	ACAAA	2	10	832531	832540	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_012726	TAAAA	2	10	834217	834226	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012726	TAACC	2	10	837121	837130	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_012726	TTTTA	2	10	837383	837392	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012726	TACTT	2	10	841477	841486	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_012726	CCTCC	2	10	843193	843202	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
143	NC_012726	AATAC	2	10	849950	849959	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_012726	TCTAC	2	10	853130	853139	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_012726	TTTAA	2	10	853142	853151	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012726	AGGGG	2	10	853359	853368	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012726	TTCAA	2	10	853779	853788	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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150	NC_012726	GTTCT	2	10	862701	862710	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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291	NC_012726	ATTTA	2	10	2110568	2110577	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_012726	TTTTA	2	10	2112901	2112910	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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343	NC_012726	AGGTA	2	10	2395182	2395191	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
344	NC_012726	CTTTT	2	10	2396893	2396902	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
345	NC_012726	AAGTT	2	10	2412208	2412217	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_012726	GATAA	2	10	2423636	2423645	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
348	NC_012726	TTTTA	2	10	2455042	2455051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
349	NC_012726	TTAAC	2	10	2455341	2455350	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
350	NC_012726	ATATT	2	10	2473166	2473175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
351	NC_012726	TTTAG	2	10	2513903	2513912	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
352	NC_012726	TTTAT	2	10	2536982	2536991	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.