MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Burkholderia glumae BGR1 plasmid bglu_3p

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012720	AATAC	2	10	7	16	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012720	TCTGA	2	10	382	391	20 %	40 %	20 %	20 %	238023395
3	NC_012720	GAGTC	2	10	806	815	20 %	20 %	40 %	20 %	238023396
4	NC_012720	TGTGG	2	10	2008	2017	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012720	TTGGG	2	10	2895	2904	0 %	40 %	60 %	0 %	238023397
6	NC_012720	AGGGA	2	10	4556	4565	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012720	CGGCG	2	10	4681	4690	0 %	0 %	60 %	40 %	238023398
8	NC_012720	GTGCG	2	10	7238	7247	0 %	20 %	60 %	20 %	238023400
9	NC_012720	CCCGT	2	10	7397	7406	0 %	20 %	20 %	60 %	238023400
10	NC_012720	CGAGG	2	10	9177	9186	20 %	0 %	60 %	20 %	238023402
11	NC_012720	ATGCG	2	10	10053	10062	20 %	20 %	40 %	20 %	238023402
12	NC_012720	CGTTC	2	10	11790	11799	0 %	40 %	20 %	40 %	238023402
13	NC_012720	TCGCC	2	10	12282	12291	0 %	20 %	20 %	60 %	238023403
14	NC_012720	GGGGT	2	10	12682	12691	0 %	20 %	80 %	0 %	238023404
15	NC_012720	GGCGA	2	10	13430	13439	20 %	0 %	60 %	20 %	238023405
16	NC_012720	AGCGC	2	10	15762	15771	20 %	0 %	40 %	40 %	238023408
17	NC_012720	CTCAC	2	10	19198	19207	20 %	20 %	0 %	60 %	238023412
18	NC_012720	CTGAC	2	10	19671	19680	20 %	20 %	20 %	40 %	238023412
19	NC_012720	CCGGG	2	10	21483	21492	0 %	0 %	60 %	40 %	238023412
20	NC_012720	CATCG	2	10	23444	23453	20 %	20 %	20 %	40 %	238023413
21	NC_012720	TCTCG	2	10	24497	24506	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_012720	CTTTT	2	10	25385	25394	0 %	80 %	0 %	20 %	238023416
23	NC_012720	CGCCC	2	10	27528	27537	0 %	0 %	20 %	80 %	238023417
24	NC_012720	GGCCG	2	10	28185	28194	0 %	0 %	60 %	40 %	238023418
25	NC_012720	GGTCG	2	10	29014	29023	0 %	20 %	60 %	20 %	238023419
26	NC_012720	TGCGG	2	10	36350	36359	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012720	CGGCG	2	10	37271	37280	0 %	0 %	60 %	40 %	238023426
28	NC_012720	CGACG	2	10	37574	37583	20 %	0 %	40 %	40 %	238023427
29	NC_012720	GCTTG	2	10	37900	37909	0 %	40 %	40 %	20 %	238023427
30	NC_012720	CACGC	2	10	39752	39761	20 %	0 %	20 %	60 %	238023428
31	NC_012720	CCTTG	2	10	39824	39833	0 %	40 %	20 %	40 %	238023428
32	NC_012720	TGACG	2	10	40230	40239	20 %	20 %	40 %	20 %	238023429
33	NC_012720	CGGCG	2	10	40961	40970	0 %	0 %	60 %	40 %	238023430
34	NC_012720	TACGG	2	10	43066	43075	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012720	TGCGC	2	10	43150	43159	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_012720	CGCGC	2	10	45724	45733	0 %	0 %	40 %	60 %	339717137
37	NC_012720	CGCGA	2	10	46482	46491	20 %	0 %	40 %	40 %	339717137
38	NC_012720	GCCGC	2	10	46629	46638	0 %	0 %	40 %	60 %	339717137
39	NC_012720	GGGAC	2	10	51462	51471	20 %	0 %	60 %	20 %	238023441
40	NC_012720	GGATG	2	10	53417	53426	20 %	20 %	60 %	0 %	238023441
41	NC_012720	CGCTG	2	10	54917	54926	0 %	20 %	40 %	40 %	238023443
42	NC_012720	GGTCG	2	10	57067	57076	0 %	20 %	60 %	20 %	238023445
43	NC_012720	CTTGC	2	10	58128	58137	0 %	40 %	20 %	40 %	238023445
44	NC_012720	TCGCG	2	10	58810	58819	0 %	20 %	40 %	40 %	238023445
45	NC_012720	CGTCG	2	10	59873	59882	0 %	20 %	40 %	40 %	238023446
46	NC_012720	CCTTC	2	10	60710	60719	0 %	40 %	0 %	60 %	238023446
47	NC_012720	GCGAT	2	10	60889	60898	20 %	20 %	40 %	20 %	238023446
48	NC_012720	TCGGT	2	10	62855	62864	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012720	CAGCG	2	10	62898	62907	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_012720	TGCGG	2	10	65675	65684	0 %	20 %	60 %	20 %	238023450
51	NC_012720	TCGGT	2	10	65887	65896	0 %	40 %	40 %	20 %	238023450
52	NC_012720	AAGCG	2	10	66377	66386	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012720	CGGCG	2	10	66921	66930	0 %	0 %	60 %	40 %	238023451
54	NC_012720	GGGAT	2	10	69195	69204	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012720	GGCGG	2	10	69278	69287	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012720	GGAGC	2	10	70649	70658	20 %	0 %	60 %	20 %	238023453
57	NC_012720	CGGGG	2	10	71560	71569	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012720	TGCGT	2	10	72563	72572	0 %	40 %	40 %	20 %	238023454
59	NC_012720	GGAAG	2	10	73113	73122	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012720	TCGCG	2	10	73663	73672	0 %	20 %	40 %	40 %	238023455
61	NC_012720	GTACC	2	10	73695	73704	20 %	20 %	20 %	40 %	238023455
62	NC_012720	GGGGC	2	10	73876	73885	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012720	GGTTG	2	10	75258	75267	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012720	GCCGA	2	10	75516	75525	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_012720	GCCCG	2	10	75797	75806	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_012720	GCGCT	2	10	80248	80257	0 %	20 %	40 %	40 %	238023461
67	NC_012720	CGCGC	2	10	81373	81382	0 %	0 %	40 %	60 %	238023462
68	NC_012720	CCATC	2	10	81501	81510	20 %	20 %	0 %	60 %	238023462
69	NC_012720	CTGAA	2	10	83606	83615	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012720	TCAGA	2	10	84108	84117	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_012720	CGCGC	2	10	85459	85468	0 %	0 %	40 %	60 %	238023464
72	NC_012720	CGGCA	2	10	85941	85950	20 %	0 %	40 %	40 %	238023464
73	NC_012720	CGAGC	2	10	88375	88384	20 %	0 %	40 %	40 %	238023466
74	NC_012720	ACATT	2	10	89158	89167	40 %	40 %	0 %	20 %	238023466
75	NC_012720	TCCAT	2	10	90686	90695	20 %	40 %	0 %	40 %	238023468
76	NC_012720	CGGCC	2	10	92949	92958	0 %	0 %	40 %	60 %	238023469
77	NC_012720	CATCG	2	10	93139	93148	20 %	20 %	20 %	40 %	238023469
78	NC_012720	GCCAT	2	10	94184	94193	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012720	GCGCC	2	10	101198	101207	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
80	NC_012720	GCCGG	2	10	101288	101297	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_012720	CGGCG	2	10	101523	101532	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
82	NC_012720	CCCCG	2	10	101681	101690	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
83	NC_012720	GCCCC	2	10	102396	102405	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
84	NC_012720	ATCGC	2	10	103791	103800	20 %	20 %	20 %	40 %	238023473
85	NC_012720	CCAAG	2	10	104993	105002	40 %	0 %	20 %	40 %	238023473
86	NC_012720	ATCGT	2	10	106023	106032	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_012720	GCGCA	2	10	107954	107963	20 %	0 %	40 %	40 %	238023475
88	NC_012720	AGCGC	2	10	109017	109026	20 %	0 %	40 %	40 %	238023477
89	NC_012720	GGCGG	2	10	112346	112355	0 %	0 %	80 %	20 %	238023480
90	NC_012720	GTACG	2	10	112787	112796	20 %	20 %	40 %	20 %	238023480
91	NC_012720	AACGA	2	10	113220	113229	60 %	0 %	20 %	20 %	238023480
92	NC_012720	CGGCG	2	10	113969	113978	0 %	0 %	60 %	40 %	238023481
93	NC_012720	GCGTC	2	10	114494	114503	0 %	20 %	40 %	40 %	238023482
94	NC_012720	GCCGC	2	10	115488	115497	0 %	0 %	40 %	60 %	238023482
95	NC_012720	GAAAT	2	10	117039	117048	60 %	20 %	20 %	0 %	238023484
96	NC_012720	CGGCG	2	10	118463	118472	0 %	0 %	60 %	40 %	238023485
97	NC_012720	CGGCG	2	10	119318	119327	0 %	0 %	60 %	40 %	238023486
98	NC_012720	AAATT	2	10	120445	120454	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012720	TTCAG	2	10	122297	122306	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_012720	TAAGA	2	10	124572	124581	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012720	GAATA	2	10	124872	124881	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012720	GATTA	2	10	125221	125230	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012720	CTTTG	2	10	125547	125556	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012720	GAACT	2	10	126215	126224	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012720	TCGAG	2	10	127683	127692	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012720	CCCCG	2	10	127861	127870	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
107	NC_012720	CGGGG	2	10	128081	128090	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
108	NC_012720	CTGAC	2	10	130586	130595	20 %	20 %	20 %	40 %	238023492
109	NC_012720	ACGAT	2	10	132019	132028	40 %	20 %	20 %	20 %	238023493
110	NC_012720	CCACG	2	10	132525	132534	20 %	0 %	20 %	60 %	238023494
111	NC_012720	CGCGT	2	10	136767	136776	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_012720	GCCGG	2	10	137835	137844	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_012720	AGCCG	2	10	138082	138091	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.