MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Burkholderia glumae BGR1 plasmid bglu_2p

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012718	AGTGA	2	10	639	648	40 %	20 %	40 %	0 %	238023297
2	NC_012718	GCCAC	2	10	3106	3115	20 %	0 %	20 %	60 %	238023299
3	NC_012718	CAAGC	2	10	3572	3581	40 %	0 %	20 %	40 %	238023299
4	NC_012718	GCGGG	2	10	9909	9918	0 %	0 %	80 %	20 %	238023303
5	NC_012718	CGTGG	2	10	11570	11579	0 %	20 %	60 %	20 %	238023305
6	NC_012718	GTCAG	2	10	13509	13518	20 %	20 %	40 %	20 %	238023307
7	NC_012718	CGCGA	2	10	16581	16590	20 %	0 %	40 %	40 %	238023310
8	NC_012718	GCCAT	2	10	19249	19258	20 %	20 %	20 %	40 %	238023312
9	NC_012718	ACATT	2	10	22639	22648	40 %	40 %	0 %	20 %	238023314
10	NC_012718	CTGCG	2	10	23285	23294	0 %	20 %	40 %	40 %	238023315
11	NC_012718	GCTTC	2	10	24366	24375	0 %	40 %	20 %	40 %	238023315
12	NC_012718	CAGCG	2	10	26601	26610	20 %	0 %	40 %	40 %	238023316
13	NC_012718	CGATT	2	10	32045	32054	20 %	40 %	20 %	20 %	238023320
14	NC_012718	CGATG	2	10	34890	34899	20 %	20 %	40 %	20 %	238023322
15	NC_012718	ACGCG	2	10	40941	40950	20 %	0 %	40 %	40 %	238023324
16	NC_012718	GCTCG	2	10	42273	42282	0 %	20 %	40 %	40 %	238023325
17	NC_012718	CGGGT	2	10	42524	42533	0 %	20 %	60 %	20 %	238023325
18	NC_012718	GCGCT	2	10	48313	48322	0 %	20 %	40 %	40 %	238023326
19	NC_012718	ATCGC	2	10	49278	49287	20 %	20 %	20 %	40 %	238023327
20	NC_012718	TGCGC	2	10	49376	49385	0 %	20 %	40 %	40 %	238023328
21	NC_012718	TCCAT	2	10	52152	52161	20 %	40 %	0 %	40 %	238023330
22	NC_012718	CGGCC	2	10	54415	54424	0 %	0 %	40 %	60 %	238023331
23	NC_012718	CATCG	2	10	54605	54614	20 %	20 %	20 %	40 %	238023331
24	NC_012718	CGAAG	2	10	56975	56984	40 %	0 %	40 %	20 %	238023333
25	NC_012718	GTTCG	2	10	57205	57214	0 %	40 %	40 %	20 %	238023333
26	NC_012718	GCGCG	2	10	57544	57553	0 %	0 %	60 %	40 %	238023333
27	NC_012718	GCGAG	2	10	59405	59414	20 %	0 %	60 %	20 %	238023335
28	NC_012718	GCGCG	2	10	60946	60955	0 %	0 %	60 %	40 %	238023336
29	NC_012718	TTTCG	2	10	61431	61440	0 %	60 %	20 %	20 %	238023337
30	NC_012718	CAGCG	2	10	63402	63411	20 %	0 %	40 %	40 %	238023338
31	NC_012718	CGATC	2	10	66638	66647	20 %	20 %	20 %	40 %	238023338
32	NC_012718	CTGCA	2	10	66813	66822	20 %	20 %	20 %	40 %	238023338
33	NC_012718	GCGCG	2	10	68216	68225	0 %	0 %	60 %	40 %	238023338
34	NC_012718	ACGGA	2	10	69286	69295	40 %	0 %	40 %	20 %	238023338
35	NC_012718	GCATG	2	10	70206	70215	20 %	20 %	40 %	20 %	238023338
36	NC_012718	TCGGT	2	10	72320	72329	0 %	40 %	40 %	20 %	238023339
37	NC_012718	GCGCG	2	10	73821	73830	0 %	0 %	60 %	40 %	238023339
38	NC_012718	GTGAT	2	10	75011	75020	20 %	40 %	40 %	0 %	238023339
39	NC_012718	GCGCG	2	10	75054	75063	0 %	0 %	60 %	40 %	238023339
40	NC_012718	GCGTG	2	10	75990	75999	0 %	20 %	60 %	20 %	238023339
41	NC_012718	ATCGA	2	10	76265	76274	40 %	20 %	20 %	20 %	238023339
42	NC_012718	GCTCG	2	10	77575	77584	0 %	20 %	40 %	40 %	238023339
43	NC_012718	TGCGC	2	10	78455	78464	0 %	20 %	40 %	40 %	238023340
44	NC_012718	CGATC	2	10	78650	78659	20 %	20 %	20 %	40 %	238023340
45	NC_012718	TCGGC	2	10	78715	78724	0 %	20 %	40 %	40 %	238023340
46	NC_012718	GGCGC	2	10	79070	79079	0 %	0 %	60 %	40 %	238023340
47	NC_012718	CCGGG	2	10	80746	80755	0 %	0 %	60 %	40 %	238023340
48	NC_012718	GACCG	2	10	80820	80829	20 %	0 %	40 %	40 %	238023340
49	NC_012718	AGCGG	2	10	81743	81752	20 %	0 %	60 %	20 %	238023340
50	NC_012718	GTCGC	2	10	82278	82287	0 %	20 %	40 %	40 %	238023340
51	NC_012718	TGCGT	2	10	84317	84326	0 %	40 %	40 %	20 %	238023340
52	NC_012718	CGGCG	2	10	86590	86599	0 %	0 %	60 %	40 %	238023342
53	NC_012718	AGGGC	2	10	87307	87316	20 %	0 %	60 %	20 %	238023343
54	NC_012718	GCCGG	2	10	87545	87554	0 %	0 %	60 %	40 %	238023344
55	NC_012718	GTGCG	2	10	88813	88822	0 %	20 %	60 %	20 %	238023344
56	NC_012718	CCAGA	2	10	90586	90595	40 %	0 %	20 %	40 %	238023345
57	NC_012718	TTCGA	2	10	91328	91337	20 %	40 %	20 %	20 %	238023345
58	NC_012718	CGCCC	2	10	93406	93415	0 %	0 %	20 %	80 %	238023348
59	NC_012718	CATCG	2	10	96060	96069	20 %	20 %	20 %	40 %	238023350
60	NC_012718	GGCTG	2	10	96078	96087	0 %	20 %	60 %	20 %	238023350
61	NC_012718	GGCCC	2	10	96567	96576	0 %	0 %	40 %	60 %	238023350
62	NC_012718	CGCGC	2	10	96971	96980	0 %	0 %	40 %	60 %	238023350
63	NC_012718	CGGCA	2	10	100222	100231	20 %	0 %	40 %	40 %	238023352
64	NC_012718	TCGCC	2	10	104105	104114	0 %	20 %	20 %	60 %	238023354
65	NC_012718	AACCC	2	10	105452	105461	40 %	0 %	0 %	60 %	238023355
66	NC_012718	CGAGC	2	10	109773	109782	20 %	0 %	40 %	40 %	238023362
67	NC_012718	GCAAT	2	10	111189	111198	40 %	20 %	20 %	20 %	238023364
68	NC_012718	ATGAA	2	10	116359	116368	60 %	20 %	20 %	0 %	238023371
69	NC_012718	CGCGG	2	10	116711	116720	0 %	0 %	60 %	40 %	238023371
70	NC_012718	CTTTC	2	10	117185	117194	0 %	60 %	0 %	40 %	238023372
71	NC_012718	CGGCG	2	10	117405	117414	0 %	0 %	60 %	40 %	238023372
72	NC_012718	CTCGT	2	10	118810	118819	0 %	40 %	20 %	40 %	238023374
73	NC_012718	GAGCG	2	10	121231	121240	20 %	0 %	60 %	20 %	238023376
74	NC_012718	CGCAT	2	10	122391	122400	20 %	20 %	20 %	40 %	238023377
75	NC_012718	CACAC	2	10	122532	122541	40 %	0 %	0 %	60 %	238023377
76	NC_012718	GCCGT	2	10	124200	124209	0 %	20 %	40 %	40 %	238023379
77	NC_012718	CAGCG	2	10	125421	125430	20 %	0 %	40 %	40 %	238023381
78	NC_012718	GTTCA	2	10	125575	125584	20 %	40 %	20 %	20 %	238023382
79	NC_012718	CGAAG	2	10	126596	126605	40 %	0 %	40 %	20 %	238023382
80	NC_012718	TCGCG	2	10	131227	131236	0 %	20 %	40 %	40 %	238023388
81	NC_012718	GGCAG	2	10	131262	131271	20 %	0 %	60 %	20 %	238023388
82	NC_012718	CGTGC	2	10	133389	133398	0 %	20 %	40 %	40 %	238023391

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.