MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT chromosome

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012687	GAAGGA	2	12	1348	1359	50 %	0 %	50 %	0 %	237804349
2	NC_012687	AAAGCT	2	12	5529	5540	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237804353
3	NC_012687	CAAAAA	2	12	6840	6851	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012687	TAGCAA	2	12	11417	11428	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237804359
5	NC_012687	AAAGCT	2	12	11548	11559	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237804359
6	NC_012687	TAGTGA	2	12	12693	12704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804360
7	NC_012687	GTTCCT	2	12	19978	19989	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237804366
8	NC_012687	CTTTTT	2	12	22132	22143	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237804368
9	NC_012687	TTCTGT	2	12	25040	25051	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237804368
10	NC_012687	GTGAGG	2	12	26063	26074	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	237804369
11	NC_012687	GGATTT	2	12	36539	36550	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237804381
12	NC_012687	AATTAG	2	12	37960	37971	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	237804382
13	NC_012687	TTCCTG	2	12	38259	38270	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237804382
14	NC_012687	TTTTGA	2	12	45568	45579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	237804390
15	NC_012687	TGAACG	2	12	52807	52818	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237804397
16	NC_012687	GTGATT	2	12	52826	52837	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237804397
17	NC_012687	GATCTG	2	12	55459	55470	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237804399
18	NC_012687	GGTTCA	2	12	55596	55607	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237804399
19	NC_012687	CTGGAG	2	12	56649	56660	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	237804400
20	NC_012687	GAAAAG	2	12	56843	56854	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804400
21	NC_012687	GGTTCA	2	12	57095	57106	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237804400
22	NC_012687	CCAAGA	2	12	58097	58108	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237804401
23	NC_012687	AGTTGT	2	12	58203	58214	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237804401
24	NC_012687	TCTTGT	2	12	59124	59135	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237804401
25	NC_012687	TGAAAA	2	12	59596	59607	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	237804402
26	NC_012687	TCCTAA	2	12	59935	59946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237804402
27	NC_012687	AAAAAT	2	12	61430	61441	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012687	GTTCTT	2	12	63849	63860	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237804404
29	NC_012687	CTATTT	2	12	72170	72181	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	237804410
30	NC_012687	ACTCTT	2	12	73299	73310	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	237804411
31	NC_012687	TTTCTG	2	12	73849	73860	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237804412
32	NC_012687	GATCAT	2	12	73979	73990	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	237804412
33	NC_012687	TAGTAC	2	12	76973	76984	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	237804413
34	NC_012687	ATCTAG	2	12	77152	77163	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_012687	GGTTTA	2	12	80618	80629	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237804416
36	NC_012687	GTCTGT	2	12	83662	83673	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	237804419
37	NC_012687	TTCTGA	2	12	89276	89287	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237804423
38	NC_012687	AAAAGA	2	12	94339	94350	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	237804429
39	NC_012687	AGCTGT	2	12	96432	96443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237804431
40	NC_012687	TCTTTT	2	12	97097	97108	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237804433
41	NC_012687	GGGGCT	2	12	98045	98056	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	237804433
42	NC_012687	GAACAT	2	12	99976	99987	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237804434
43	NC_012687	TTTGAG	2	12	100248	100259	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237804435
44	NC_012687	TCAGAA	2	12	106889	106900	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237804440
45	NC_012687	CATAAC	2	12	109933	109944	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	237804443
46	NC_012687	TGTTCT	2	12	112697	112708	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237804445
47	NC_012687	ACTTCG	2	12	115981	115992	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237804447
48	NC_012687	TTTTAG	2	12	116416	116427	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012687	TTGCCA	2	12	119521	119532	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237804452
50	NC_012687	TAAAAA	2	12	121013	121024	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012687	TTGGTA	2	12	121061	121072	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012687	AGGATC	2	12	121440	121451	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_012687	AAGGGT	2	12	123247	123258	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	237804454
54	NC_012687	GGGTTT	2	12	124210	124221	0 %	50 %	50 %	0 %	237804455
55	NC_012687	TTGCAT	2	12	124492	124503	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237804455
56	NC_012687	AAGAGA	2	12	124861	124872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804455
57	NC_012687	TTAAAA	2	12	133795	133806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237804461
58	NC_012687	AGGTTG	2	12	135037	135048	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	237804462
59	NC_012687	GAGTTA	2	12	140072	140083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804470
60	NC_012687	TGGAAA	2	12	142625	142636	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	237804473
61	NC_012687	TGGAAT	2	12	143500	143511	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804474
62	NC_012687	ATGGTT	2	12	143744	143755	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237804474
63	NC_012687	TGCTCT	2	12	145935	145946	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237804477
64	NC_012687	GAAAGG	2	12	149673	149684	50 %	0 %	50 %	0 %	237804479
65	NC_012687	GCTTTG	2	12	149916	149927	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	237804479
66	NC_012687	TGTGCG	2	12	154039	154050	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	237804483
67	NC_012687	CCTCAT	2	12	155337	155348	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237804484
68	NC_012687	TGGAGA	2	12	156795	156806	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	237804486
69	NC_012687	CTCCAT	2	12	158165	158176	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237804487
70	NC_012687	TCCTTG	2	12	158761	158772	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237804488
71	NC_012687	AAGTTT	2	12	158846	158857	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	237804488
72	NC_012687	TAAGGC	2	12	159013	159024	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237804488
73	NC_012687	AACAGC	2	12	161398	161409	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237804491
74	NC_012687	AAAAAG	2	12	173989	174000	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	237804498
75	NC_012687	AGAAAA	2	12	183208	183219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012687	ACTTCT	2	12	190323	190334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	237804510
77	NC_012687	GGATAT	2	12	190946	190957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804510
78	NC_012687	GAATGC	2	12	192473	192484	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237804511
79	NC_012687	ATTTGC	2	12	193960	193971	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237804514
80	NC_012687	AGCAAC	2	12	195363	195374	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_012687	TATGAA	2	12	196954	196965	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012687	TTGCCT	2	12	198074	198085	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237804519
83	NC_012687	TCTGGA	2	12	201324	201335	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237804523
84	NC_012687	CTGGAT	2	12	216914	216925	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237804536
85	NC_012687	GAAATA	2	12	217237	217248	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	237804536
86	NC_012687	TTTTAC	2	12	222964	222975	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_012687	GATGCA	2	12	224126	224137	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237804542
88	NC_012687	ACTCCA	2	12	225016	225027	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	237804543
89	NC_012687	CTGCTT	2	12	225248	225259	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237804543
90	NC_012687	ATTGCT	2	12	228557	228568	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237804546
91	NC_012687	TCCTAG	2	12	228847	228858	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237804546
92	NC_012687	GCAACG	2	12	229335	229346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804547
93	NC_012687	CTTAGC	2	12	231968	231979	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237804549
94	NC_012687	TTCCTT	2	12	238800	238811	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237804554
95	NC_012687	TCTCCT	2	12	241681	241692	0 %	50 %	0 %	50 %	237804555
96	NC_012687	AAACCA	2	12	242256	242267	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237804556
97	NC_012687	AACCCT	2	12	256678	256689	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_012687	TTTTTA	2	12	257474	257485	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012687	CCTGCA	2	12	257634	257645	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	237804574
100	NC_012687	ACCTTT	2	12	262827	262838	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	237804579
101	NC_012687	TCATAA	2	12	270674	270685	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	237804586
102	NC_012687	AAGTGT	2	12	271400	271411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804586
103	NC_012687	AGGAGA	2	12	272573	272584	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012687	ATCTAA	2	12	274678	274689	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	237804589
105	NC_012687	TGGAAT	2	12	276876	276887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804591
106	NC_012687	GGAACA	2	12	280763	280774	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	237804593
107	NC_012687	ATATTA	2	12	281471	281482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012687	CACGCG	2	12	283136	283147	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	237804595
109	NC_012687	TTTCTT	2	12	283315	283326	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237804595
110	NC_012687	CTCCTA	2	12	287477	287488	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237804598
111	NC_012687	GCAATG	2	12	293596	293607	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237804604
112	NC_012687	CGACAT	2	12	294268	294279	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	237804605
113	NC_012687	CCCTTA	2	12	295722	295733	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237804607
114	NC_012687	AAAATA	2	12	297820	297831	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	237804609
115	NC_012687	ACCACT	2	12	300175	300186	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	237804611
116	NC_012687	CATTGC	2	12	303421	303432	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237804614
117	NC_012687	CCAAAA	2	12	304600	304611	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237804615
118	NC_012687	TCTTTT	2	12	306485	306496	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237804617
119	NC_012687	CAAGAC	2	12	307576	307587	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237804618
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231	NC_012687	TTATTT	2	12	651201	651212	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_012687	GCTTCT	2	12	652551	652562	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237804929
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235	NC_012687	TTCTAT	2	12	669340	669351	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	237804940
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239	NC_012687	GCATCA	2	12	691542	691553	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	237804959
240	NC_012687	ATCAAT	2	12	695867	695878	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	237804963
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329	NC_012687	TAAAAT	2	12	1044239	1044250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.