MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT chromosome

Total Repeats: 762

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012687	TGTGA	2	10	3869	3878	20 %	40 %	40 %	0 %	237804352
2	NC_012687	TTGAA	2	10	4225	4234	40 %	40 %	20 %	0 %	237804353
3	NC_012687	GAGAA	2	10	4519	4528	60 %	0 %	40 %	0 %	237804353
4	NC_012687	GAAAA	2	10	4956	4965	80 %	0 %	20 %	0 %	237804353
5	NC_012687	TTACA	2	10	5111	5120	40 %	40 %	0 %	20 %	237804353
6	NC_012687	GTCTT	2	10	5807	5816	0 %	60 %	20 %	20 %	237804354
7	NC_012687	TATTT	2	10	7622	7631	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012687	TGGTA	2	10	8280	8289	20 %	40 %	40 %	0 %	237804356
9	NC_012687	CGAAA	2	10	9688	9697	60 %	0 %	20 %	20 %	237804357
10	NC_012687	GGCTG	2	10	10322	10331	0 %	20 %	60 %	20 %	237804358
11	NC_012687	CCTCT	2	10	11114	11123	0 %	40 %	0 %	60 %	237804359
12	NC_012687	AAAGG	2	10	11273	11282	60 %	0 %	40 %	0 %	237804359
13	NC_012687	AAGAA	2	10	12392	12401	80 %	0 %	20 %	0 %	237804360
14	NC_012687	AAAGA	2	10	13790	13799	80 %	0 %	20 %	0 %	237804361
15	NC_012687	GGTGT	2	10	13894	13903	0 %	40 %	60 %	0 %	237804361
16	NC_012687	GATTT	2	10	15637	15646	20 %	60 %	20 %	0 %	237804363
17	NC_012687	CGTTC	2	10	16748	16757	0 %	40 %	20 %	40 %	237804364
18	NC_012687	GCTTC	2	10	17121	17130	0 %	40 %	20 %	40 %	237804364
19	NC_012687	GAAGG	2	10	17492	17501	40 %	0 %	60 %	0 %	237804364
20	NC_012687	GTTGT	2	10	20918	20927	0 %	60 %	40 %	0 %	237804367
21	NC_012687	AAGAT	2	10	22030	22039	60 %	20 %	20 %	0 %	237804368
22	NC_012687	TTTGC	2	10	22641	22650	0 %	60 %	20 %	20 %	237804368
23	NC_012687	GGAAA	2	10	24395	24404	60 %	0 %	40 %	0 %	237804368
24	NC_012687	AGAGG	2	10	26121	26130	40 %	0 %	60 %	0 %	237804369
25	NC_012687	GGAGA	2	10	27900	27909	40 %	0 %	60 %	0 %	237804370
26	NC_012687	GGATA	2	10	27926	27935	40 %	20 %	40 %	0 %	237804370
27	NC_012687	ATCCG	2	10	28651	28660	20 %	20 %	20 %	40 %	237804372
28	NC_012687	AGGGT	2	10	29169	29178	20 %	20 %	60 %	0 %	237804372
29	NC_012687	CCTAT	2	10	30209	30218	20 %	40 %	0 %	40 %	237804373
30	NC_012687	GAAGG	2	10	31008	31017	40 %	0 %	60 %	0 %	237804374
31	NC_012687	GAGCT	2	10	32048	32057	20 %	20 %	40 %	20 %	237804375
32	NC_012687	AAAGA	2	10	33681	33690	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012687	CTATT	2	10	36721	36730	20 %	60 %	0 %	20 %	237804381
34	NC_012687	TCCTA	2	10	36768	36777	20 %	40 %	0 %	40 %	237804381
35	NC_012687	ACGAT	2	10	38684	38693	40 %	20 %	20 %	20 %	237804382
36	NC_012687	TTTGA	2	10	39049	39058	20 %	60 %	20 %	0 %	237804382
37	NC_012687	AGCAA	2	10	42700	42709	60 %	0 %	20 %	20 %	237804385
38	NC_012687	CGATG	2	10	42757	42766	20 %	20 %	40 %	20 %	237804385
39	NC_012687	TGCAA	2	10	42915	42924	40 %	20 %	20 %	20 %	237804386
40	NC_012687	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	237804386
41	NC_012687	TTTAT	2	10	44831	44840	20 %	80 %	0 %	0 %	237804390
42	NC_012687	CTTTC	2	10	46927	46936	0 %	60 %	0 %	40 %	237804392
43	NC_012687	AGTTT	2	10	47466	47475	20 %	60 %	20 %	0 %	237804392
44	NC_012687	GAAGA	2	10	48599	48608	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012687	CTATT	2	10	50178	50187	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012687	CTTTT	2	10	50629	50638	0 %	80 %	0 %	20 %	237804395
47	NC_012687	CCGTA	2	10	54294	54303	20 %	20 %	20 %	40 %	237804398
48	NC_012687	AATTT	2	10	54534	54543	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012687	TTATC	2	10	55697	55706	20 %	60 %	0 %	20 %	237804399
50	NC_012687	TGAGT	2	10	55718	55727	20 %	40 %	40 %	0 %	237804399
51	NC_012687	GTTGT	2	10	56753	56762	0 %	60 %	40 %	0 %	237804400
52	NC_012687	GAGCA	2	10	60281	60290	40 %	0 %	40 %	20 %	237804402
53	NC_012687	TGTGA	2	10	62730	62739	20 %	40 %	40 %	0 %	237804404
54	NC_012687	AGTGA	2	10	64251	64260	40 %	20 %	40 %	0 %	237804405
55	NC_012687	CCTTC	2	10	64525	64534	0 %	40 %	0 %	60 %	237804405
56	NC_012687	AGGAG	2	10	66753	66762	40 %	0 %	60 %	0 %	237804407
57	NC_012687	GTTAA	2	10	66883	66892	40 %	40 %	20 %	0 %	237804407
58	NC_012687	CAAGC	2	10	69260	69269	40 %	0 %	20 %	40 %	237804408
59	NC_012687	AAAAG	2	10	69508	69517	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012687	GGAGC	2	10	70130	70139	20 %	0 %	60 %	20 %	237804409
61	NC_012687	GCGAT	2	10	70320	70329	20 %	20 %	40 %	20 %	237804409
62	NC_012687	CTCTT	2	10	70674	70683	0 %	60 %	0 %	40 %	237804409
63	NC_012687	AGGGG	2	10	71320	71329	20 %	0 %	80 %	0 %	237804409
64	NC_012687	AAGAA	2	10	71362	71371	80 %	0 %	20 %	0 %	237804409
65	NC_012687	CTTGC	2	10	72451	72460	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_012687	ATTGG	2	10	72652	72661	20 %	40 %	40 %	0 %	237804411
67	NC_012687	GAAAA	2	10	73724	73733	80 %	0 %	20 %	0 %	237804411
68	NC_012687	TATTT	2	10	76668	76677	20 %	80 %	0 %	0 %	237804413
69	NC_012687	AAAAG	2	10	77201	77210	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012687	ATCAA	2	10	78893	78902	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_012687	CTTTC	2	10	80082	80091	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_012687	TGTCT	2	10	80455	80464	0 %	60 %	20 %	20 %	237804416
73	NC_012687	TTACT	2	10	80962	80971	20 %	60 %	0 %	20 %	237804416
74	NC_012687	AGAAA	2	10	82352	82361	80 %	0 %	20 %	0 %	237804418
75	NC_012687	GGAAG	2	10	82865	82874	40 %	0 %	60 %	0 %	237804418
76	NC_012687	TTTGT	2	10	85630	85639	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012687	GATCC	2	10	86416	86425	20 %	20 %	20 %	40 %	237804421
78	NC_012687	AGAGC	2	10	87751	87760	40 %	0 %	40 %	20 %	237804422
79	NC_012687	AATAA	2	10	88629	88638	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012687	TTTTC	2	10	91483	91492	0 %	80 %	0 %	20 %	237804425
81	NC_012687	GGATG	2	10	91743	91752	20 %	20 %	60 %	0 %	237804426
82	NC_012687	CAACA	2	10	93282	93291	60 %	0 %	0 %	40 %	237804427
83	NC_012687	TTTAA	2	10	94165	94174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012687	ACAGC	2	10	94326	94335	40 %	0 %	20 %	40 %	237804429
85	NC_012687	CTTTT	2	10	94700	94709	0 %	80 %	0 %	20 %	237804430
86	NC_012687	GGAAC	2	10	95038	95047	40 %	0 %	40 %	20 %	237804431
87	NC_012687	GGATT	2	10	95938	95947	20 %	40 %	40 %	0 %	237804431
88	NC_012687	CAATC	2	10	97040	97049	40 %	20 %	0 %	40 %	237804433
89	NC_012687	TTTGC	2	10	97174	97183	0 %	60 %	20 %	20 %	237804433
90	NC_012687	ATTCA	2	10	97438	97447	40 %	40 %	0 %	20 %	237804433
91	NC_012687	GATCC	2	10	97697	97706	20 %	20 %	20 %	40 %	237804433
92	NC_012687	GTTTT	2	10	98118	98127	0 %	80 %	20 %	0 %	237804433
93	NC_012687	ACAAA	2	10	98245	98254	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012687	AAGCT	2	10	99321	99330	40 %	20 %	20 %	20 %	237804434
95	NC_012687	AGGGG	2	10	99680	99689	20 %	0 %	80 %	0 %	237804434
96	NC_012687	ATAGC	2	10	100378	100387	40 %	20 %	20 %	20 %	237804435
97	NC_012687	TTCCC	2	10	100982	100991	0 %	40 %	0 %	60 %	237804436
98	NC_012687	AGCGA	2	10	103306	103315	40 %	0 %	40 %	20 %	237804438
99	NC_012687	TTTCT	2	10	103664	103673	0 %	80 %	0 %	20 %	237804438
100	NC_012687	CTTCT	2	10	103718	103727	0 %	60 %	0 %	40 %	237804438
101	NC_012687	ACAGG	2	10	104067	104076	40 %	0 %	40 %	20 %	237804439
102	NC_012687	ATCAT	2	10	104870	104879	40 %	40 %	0 %	20 %	237804439
103	NC_012687	GGCAT	2	10	105578	105587	20 %	20 %	40 %	20 %	237804439
104	NC_012687	AAAGC	2	10	109304	109313	60 %	0 %	20 %	20 %	237804442
105	NC_012687	GCATT	2	10	110464	110473	20 %	40 %	20 %	20 %	237804444
106	NC_012687	GCTCT	2	10	114517	114526	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_012687	TGTTT	2	10	115141	115150	0 %	80 %	20 %	0 %	237804447
108	NC_012687	CATGT	2	10	115519	115528	20 %	40 %	20 %	20 %	237804447
109	NC_012687	TATCG	2	10	116223	116232	20 %	40 %	20 %	20 %	237804447
110	NC_012687	TTTCT	2	10	116739	116748	0 %	80 %	0 %	20 %	237804448
111	NC_012687	AAAGA	2	10	118985	118994	80 %	0 %	20 %	0 %	237804451
112	NC_012687	GCTTC	2	10	122975	122984	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_012687	TACAA	2	10	126764	126773	60 %	20 %	0 %	20 %	237804457
114	NC_012687	ATCCA	2	10	129169	129178	40 %	20 %	0 %	40 %	237804460
115	NC_012687	GAAGA	2	10	130719	130728	60 %	0 %	40 %	0 %	237804460
116	NC_012687	AAAAG	2	10	132632	132641	80 %	0 %	20 %	0 %	237804461
117	NC_012687	GATTC	2	10	132963	132972	20 %	40 %	20 %	20 %	237804461
118	NC_012687	GGATA	2	10	135569	135578	40 %	20 %	40 %	0 %	237804463
119	NC_012687	ATTGG	2	10	136234	136243	20 %	40 %	40 %	0 %	237804464
120	NC_012687	ATTGT	2	10	136267	136276	20 %	60 %	20 %	0 %	237804464
121	NC_012687	TGTTT	2	10	136693	136702	0 %	80 %	20 %	0 %	237804465
122	NC_012687	TTGCA	2	10	137483	137492	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_012687	TCCAG	2	10	140437	140446	20 %	20 %	20 %	40 %	237804470
124	NC_012687	GTACA	2	10	141168	141177	40 %	20 %	20 %	20 %	237804471
125	NC_012687	TAGAT	2	10	141541	141550	40 %	40 %	20 %	0 %	237804471
126	NC_012687	AAAAG	2	10	141953	141962	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012687	AAAAC	2	10	142433	142442	80 %	0 %	0 %	20 %	237804472
128	NC_012687	TGCTA	2	10	143519	143528	20 %	40 %	20 %	20 %	237804474
129	NC_012687	GGAGC	2	10	143566	143575	20 %	0 %	60 %	20 %	237804474
130	NC_012687	CTGGG	2	10	144980	144989	0 %	20 %	60 %	20 %	237804476
131	NC_012687	GTTTT	2	10	145727	145736	0 %	80 %	20 %	0 %	237804477
132	NC_012687	GAACC	2	10	149461	149470	40 %	0 %	20 %	40 %	237804478
133	NC_012687	ATTCT	2	10	152958	152967	20 %	60 %	0 %	20 %	237804482
134	NC_012687	CTGTG	2	10	153162	153171	0 %	40 %	40 %	20 %	237804482
135	NC_012687	TTCTT	2	10	155635	155644	0 %	80 %	0 %	20 %	237804485
136	NC_012687	TTCTA	2	10	157740	157749	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_012687	AGGAA	2	10	160195	160204	60 %	0 %	40 %	0 %	237804489
138	NC_012687	CAAAA	2	10	162198	162207	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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