MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT chromosome

Total Repeats: 373

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012687	AAGG	2	8	1897	1904	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012687	GGAG	2	8	6894	6901	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012687	TATG	2	8	7543	7550	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012687	ATTT	2	8	7684	7691	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012687	TTTG	2	8	7776	7783	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012687	TATT	2	8	9899	9906	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012687	AGAA	2	8	11791	11798	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012687	AAGG	2	8	14026	14033	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012687	CAAA	2	8	16660	16667	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_012687	TGCG	2	8	19114	19121	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_012687	CGCT	2	8	21856	21863	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_012687	TTAA	2	8	21877	21884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012687	GTTA	2	8	21914	21921	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012687	GATC	2	8	21969	21976	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012687	ATTG	2	8	28527	28534	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012687	TGTT	2	8	44405	44412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012687	AATA	2	8	44644	44651	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012687	AAGT	2	8	48566	48573	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012687	TATT	2	8	52658	52665	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012687	GTTT	2	8	54518	54525	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012687	TGTT	2	8	54526	54533	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012687	TAAT	2	8	54570	54577	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012687	CAGA	2	8	61253	61260	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012687	ACAA	2	8	67897	67904	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_012687	AAGG	2	8	67995	68002	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012687	GGAA	2	8	68637	68644	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012687	TCCA	2	8	68744	68751	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012687	GATA	2	8	72475	72482	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012687	TCTA	2	8	77134	77141	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_012687	GTTT	2	8	79903	79910	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012687	ATTC	2	8	80106	80113	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_012687	GGTT	2	8	80256	80263	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012687	GTTT	2	8	88562	88569	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012687	TTTA	2	8	88585	88592	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012687	GTTT	2	8	88597	88604	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012687	GTTT	2	8	88648	88655	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012687	AACA	2	8	88661	88668	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_012687	AAAT	2	8	94192	94199	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012687	TATT	2	8	98222	98229	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012687	AAGA	2	8	107208	107215	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012687	CTGG	2	8	120909	120916	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012687	CTTC	2	8	121408	121415	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_012687	TTTC	2	8	122216	122223	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_012687	AACA	2	8	122844	122851	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_012687	AAAG	2	8	122947	122954	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012687	TCTA	2	8	123016	123023	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_012687	TTCC	2	8	123032	123039	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_012687	GTTT	2	8	135408	135415	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012687	ATGT	2	8	138585	138592	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012687	ATCT	2	8	152112	152119	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012687	GCTG	2	8	152151	152158	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_012687	TGTT	2	8	157727	157734	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012687	AAAG	2	8	158570	158577	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012687	TTTA	2	8	158579	158586	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012687	TAAT	2	8	158696	158703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012687	TAAT	2	8	159532	159539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012687	GCTT	2	8	162168	162175	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_012687	CTTC	2	8	166239	166246	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_012687	TTAG	2	8	170651	170658	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012687	AAAC	2	8	172398	172405	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_012687	GTAT	2	8	173580	173587	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012687	GGAA	2	8	178766	178773	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012687	TTCC	2	8	181601	181608	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_012687	TCTA	2	8	181669	181676	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_012687	AATT	2	8	181803	181810	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012687	AAGA	2	8	183166	183173	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012687	CCAG	2	8	183775	183782	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_012687	TCGC	2	8	184037	184044	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_012687	GTTG	2	8	184684	184691	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012687	GGAC	2	8	188956	188963	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012687	TAAA	2	8	189975	189982	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012687	ATGC	2	8	194736	194743	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_012687	CTTT	2	8	194877	194884	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_012687	TGCT	2	8	195299	195306	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_012687	AATT	2	8	195764	195771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012687	TTGC	2	8	197414	197421	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_012687	TTTA	2	8	197619	197626	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012687	ATTT	2	8	198301	198308	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012687	ACGA	2	8	204418	204425	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_012687	CCTT	2	8	217838	217845	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_012687	AATA	2	8	218064	218071	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012687	CAAA	2	8	218472	218479	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_012687	CTAT	2	8	221562	221569	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_012687	GCAA	2	8	221805	221812	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_012687	AATT	2	8	223141	223148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012687	CTTG	2	8	223490	223497	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_012687	AAAC	2	8	227220	227227	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_012687	TCCT	2	8	229845	229852	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_012687	AAAT	2	8	245462	245469	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012687	AAGA	2	8	245481	245488	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012687	TTTC	2	8	248082	248089	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_012687	TAAA	2	8	248916	248923	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012687	AATA	2	8	252575	252582	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012687	CCAA	2	8	256154	256161	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_012687	AAAC	2	8	256752	256759	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_012687	CAAT	2	8	257016	257023	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_012687	TAAA	2	8	266158	266165	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012687	CAAA	2	8	269093	269100	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_012687	ATTT	2	8	275606	275613	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012687	GTTT	2	8	281448	281455	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012687	AAAG	2	8	281483	281490	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012687	TGCC	2	8	281971	281978	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_012687	GGGA	2	8	285819	285826	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012687	TAAA	2	8	286961	286968	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012687	GATA	2	8	288622	288629	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012687	AATC	2	8	293747	293754	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_012687	ACAA	2	8	299513	299520	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_012687	GCTT	2	8	300843	300850	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_012687	CCCT	2	8	301410	301417	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_012687	ACTA	2	8	303659	303666	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_012687	TAAA	2	8	303882	303889	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012687	TCCA	2	8	307041	307048	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_012687	TCCC	2	8	307243	307250	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_012687	ATTG	2	8	308428	308435	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012687	AATA	2	8	319804	319811	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012687	TAAA	2	8	319825	319832	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012687	CAGA	2	8	319833	319840	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_012687	AATA	2	8	319900	319907	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012687	CAAT	2	8	329501	329508	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_012687	GCTA	2	8	330191	330198	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012687	TTAA	2	8	335534	335541	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012687	CAGT	2	8	335880	335887	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_012687	CAAG	2	8	342066	342073	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_012687	TTTA	2	8	365572	365579	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012687	CAAA	2	8	365866	365873	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_012687	TAGT	2	8	366176	366183	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012687	AGGC	2	8	368165	368172	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_012687	TCCA	2	8	368221	368228	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_012687	ACCA	2	8	368323	368330	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_012687	GCAT	2	8	368787	368794	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_012687	TGAG	2	8	368820	368827	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012687	TATG	2	8	369562	369569	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012687	GCTT	2	8	370234	370241	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_012687	TAAA	2	8	370512	370519	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012687	AAAT	2	8	371432	371439	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012687	CCTT	2	8	371454	371461	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_012687	ATCT	2	8	371487	371494	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_012687	TAAA	2	8	383266	383273	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012687	TTTA	2	8	393233	393240	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012687	GATT	2	8	393992	393999	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012687	AATT	2	8	394041	394048	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012687	ATAA	2	8	394101	394108	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012687	TTAT	2	8	397434	397441	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012687	GCAA	2	8	397487	397494	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_012687	TCAT	2	8	406773	406780	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_012687	CAAA	2	8	408909	408916	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_012687	ATGC	2	8	413447	413454	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_012687	ATTT	2	8	418328	418335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012687	AGAA	2	8	418338	418345	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012687	ATTA	2	8	420127	420134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012687	ACTG	2	8	426620	426627	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_012687	CTTT	2	8	426639	426646	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.