MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT chromosome

Total Repeats: 42

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012686	CAAAAA	2	12	6846	6857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_012686	AAAAAT	2	12	61496	61507	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012686	ATCTAG	2	12	77222	77233	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012686	TTTTAG	2	12	116497	116508	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012686	TAAAAA	2	12	121094	121105	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012686	TTGGTA	2	12	121142	121153	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012686	AGGATC	2	12	121521	121532	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_012686	AGAAAA	2	12	183266	183277	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012686	TATGAA	2	12	197028	197039	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012686	TTTTAC	2	12	223040	223051	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_012686	AACCCT	2	12	256750	256761	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_012686	TTTTTA	2	12	257544	257555	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012686	AGGAGA	2	12	272644	272655	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012686	ATATTA	2	12	281540	281551	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012686	AAAAAG	2	12	325696	325707	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012686	GCTGTT	2	12	325712	325723	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_012686	AGAATA	2	12	363171	363182	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012686	TTTTAA	2	12	411335	411346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012686	CGGAAT	2	12	428893	428904	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012686	TAACTA	2	12	504899	504910	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_012686	AAGAAA	2	12	504912	504923	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012686	AGAATA	2	12	510887	510898	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012686	AACTAA	2	12	516625	516636	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_012686	TCCCTC	2	12	550918	550929	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_012686	AAAAAT	2	12	568891	568902	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012686	TAGGGG	2	12	608058	608069	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012686	TCTTTT	2	12	620052	620063	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012686	TTATTT	2	12	651263	651274	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012686	TCTGCA	2	12	747737	747748	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012686	TATTTT	2	12	757215	757226	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012686	GAGAAA	2	12	804670	804681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012686	TTTTCT	2	12	807128	807139	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_012686	ATTTTT	2	12	810907	810918	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012686	TTTTTA	2	12	837345	837356	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012686	TAAGGA	2	12	858307	858318	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012686	CCGGAG	2	12	859225	859236	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012686	CCTCTA	2	12	872371	872382	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012686	TAAGGA	2	12	880353	880364	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012686	CCGGAG	2	12	881271	881282	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_012686	AAACAA	2	12	925388	925399	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_012686	ATTTTT	2	12	1040755	1040766	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012686	TAAAAT	2	12	1044309	1044320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.