MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT chromosome

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012686	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	237802434
2	NC_012686	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802438
3	NC_012686	TAGCAA	2	12	11423	11434	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802444
4	NC_012686	AAAGCT	2	12	11554	11565	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802444
5	NC_012686	TAGTGA	2	12	12699	12710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802445
6	NC_012686	GTTCCT	2	12	19984	19995	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237802451
7	NC_012686	CTTTTT	2	12	22138	22149	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237802453
8	NC_012686	GTGAGG	2	12	26068	26079	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	237802454
9	NC_012686	GGATTT	2	12	36544	36555	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802466
10	NC_012686	AATTAG	2	12	37965	37976	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	237802467
11	NC_012686	TTCCTG	2	12	38264	38275	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237802467
12	NC_012686	TTTTGA	2	12	45572	45583	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	237802475
13	NC_012686	TGAACG	2	12	52891	52902	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237802482
14	NC_012686	GTGATT	2	12	52910	52921	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802482
15	NC_012686	GATCTG	2	12	55543	55554	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237802484
16	NC_012686	GGTTCA	2	12	55680	55691	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237802484
17	NC_012686	CTGGAG	2	12	56733	56744	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	237802485
18	NC_012686	GAAAAG	2	12	56927	56938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802485
19	NC_012686	CCAAGA	2	12	58163	58174	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237802486
20	NC_012686	AGTTGT	2	12	58269	58280	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802486
21	NC_012686	TCTTGT	2	12	59190	59201	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237802486
22	NC_012686	TGAAAA	2	12	59662	59673	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	237802487
23	NC_012686	TCCTAA	2	12	60001	60012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802487
24	NC_012686	GTTCTT	2	12	63915	63926	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237802489
25	NC_012686	CTATTT	2	12	72240	72251	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	237802495
26	NC_012686	ACTCTT	2	12	73369	73380	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	237802496
27	NC_012686	TTTCTG	2	12	73919	73930	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237802497
28	NC_012686	GATCAT	2	12	74049	74060	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	237802497
29	NC_012686	TAGTAC	2	12	77043	77054	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	237802498
30	NC_012686	GGTTTA	2	12	80694	80705	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802501
31	NC_012686	GTCTGT	2	12	83736	83747	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	237802503
32	NC_012686	TTCTGA	2	12	89350	89361	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237802507
33	NC_012686	AAAAGA	2	12	94414	94425	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	237802513
34	NC_012686	AGCTGT	2	12	96508	96519	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237802514
35	NC_012686	TCTTTT	2	12	97173	97184	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237802516
36	NC_012686	GGGGCT	2	12	98121	98132	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	237802516
37	NC_012686	TTTGAG	2	12	100325	100336	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802518
38	NC_012686	TCAGAA	2	12	106969	106980	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802523
39	NC_012686	CATAAC	2	12	110013	110024	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	237802526
40	NC_012686	TGTTCT	2	12	112778	112789	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	237802528
41	NC_012686	ACTTCG	2	12	116062	116073	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237802530
42	NC_012686	TTGCCA	2	12	119602	119613	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237802535
43	NC_012686	AAGGGT	2	12	123328	123339	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	237802537
44	NC_012686	GGGTTT	2	12	124291	124302	0 %	50 %	50 %	0 %	237802538
45	NC_012686	TTGCAT	2	12	124573	124584	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237802538
46	NC_012686	AAGAGA	2	12	124942	124953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802538
47	NC_012686	TTAAAA	2	12	133876	133887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237802544
48	NC_012686	AGGTTG	2	12	135118	135129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	237802545
49	NC_012686	GAGTTA	2	12	140152	140163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802553
50	NC_012686	TGGAAA	2	12	142705	142716	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	237802556
51	NC_012686	TGGAAT	2	12	143580	143591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802557
52	NC_012686	ATGGTT	2	12	143824	143835	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802557
53	NC_012686	TGCTCT	2	12	146015	146026	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237802560
54	NC_012686	GAAAGG	2	12	149753	149764	50 %	0 %	50 %	0 %	237802562
55	NC_012686	GCTTTG	2	12	149996	150007	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	237802562
56	NC_012686	TGTGCG	2	12	154117	154128	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	237802565
57	NC_012686	CCTCAT	2	12	155415	155426	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237802566
58	NC_012686	TGGAGA	2	12	156873	156884	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	237802568
59	NC_012686	CTCCAT	2	12	158243	158254	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237802569
60	NC_012686	TCCTTG	2	12	158839	158850	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237802570
61	NC_012686	AAGTTT	2	12	158924	158935	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	237802570
62	NC_012686	AACAGC	2	12	161476	161487	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237802573
63	NC_012686	AAAAAG	2	12	174063	174074	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	237802580
64	NC_012686	ACTTCT	2	12	190377	190388	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	237802589
65	NC_012686	GGATAT	2	12	191000	191011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802589
66	NC_012686	GAATGC	2	12	192527	192538	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237802590
67	NC_012686	ATTTGC	2	12	194014	194025	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237802592
68	NC_012686	AAACAT	2	12	195103	195114	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	237802595
69	NC_012686	AGCAAC	2	12	195438	195449	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237802595
70	NC_012686	TTGCCT	2	12	198149	198160	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237802597
71	NC_012686	TCTGGA	2	12	201399	201410	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237802601
72	NC_012686	CTGGAT	2	12	216990	217001	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237802614
73	NC_012686	GAAATA	2	12	217313	217324	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	237802614
74	NC_012686	GATGCA	2	12	224202	224213	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237802620
75	NC_012686	ACTCCA	2	12	225092	225103	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	237802621
76	NC_012686	CTGCTT	2	12	225324	225335	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	237802621
77	NC_012686	ATTGCT	2	12	228633	228644	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237802624
78	NC_012686	TCCTAG	2	12	228923	228934	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237802624
79	NC_012686	GCAACG	2	12	229411	229422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802625
80	NC_012686	CTTAGC	2	12	232044	232055	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237802627
81	NC_012686	TTCCTT	2	12	238876	238887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802632
82	NC_012686	TCTCCT	2	12	241757	241768	0 %	50 %	0 %	50 %	237802633
83	NC_012686	AAACCA	2	12	242332	242343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237802634
84	NC_012686	CCTGCA	2	12	257704	257715	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	237802652
85	NC_012686	ACCTTT	2	12	262898	262909	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	237802657
86	NC_012686	TCATAA	2	12	270745	270756	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	237802664
87	NC_012686	AAGTGT	2	12	271471	271482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802664
88	NC_012686	ATCTAA	2	12	274749	274760	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	237802667
89	NC_012686	TGGAAT	2	12	276945	276956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802669
90	NC_012686	GGAACA	2	12	280832	280843	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	237802671
91	NC_012686	CACGCG	2	12	283205	283216	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	237802673
92	NC_012686	TTTCTT	2	12	283384	283395	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237802673
93	NC_012686	CTCCTA	2	12	287546	287557	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237802676
94	NC_012686	GCAATG	2	12	293665	293676	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237802682
95	NC_012686	CGACAT	2	12	294341	294352	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	237802683
96	NC_012686	CCCTTA	2	12	295795	295806	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237802685
97	NC_012686	AAAATA	2	12	297893	297904	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	237802687
98	NC_012686	ACCACT	2	12	300248	300259	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	237802689
99	NC_012686	CATTGC	2	12	303493	303504	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237802692
100	NC_012686	CCAAAA	2	12	304672	304683	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237802693
101	NC_012686	TCTTTT	2	12	306557	306568	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237802695
102	NC_012686	CAAGAC	2	12	307648	307659	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237802696
103	NC_012686	AGCTTA	2	12	308929	308940	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	237802698
104	NC_012686	CAAAGA	2	12	314301	314312	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	237802703
105	NC_012686	ATGGCT	2	12	314917	314928	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	237802704
106	NC_012686	TACAAA	2	12	319107	319118	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	237802707
107	NC_012686	TTAATT	2	12	320786	320797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237802709
108	NC_012686	AAAACA	2	12	324270	324281	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	237802711
109	NC_012686	CAGAAC	2	12	346237	346248	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	237802730
110	NC_012686	ATTCAA	2	12	351214	351225	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	237802735
111	NC_012686	TTCTTA	2	12	363191	363202	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	237802743
112	NC_012686	CAGCCT	2	12	375280	375291	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	237802755
113	NC_012686	AGCTGA	2	12	375330	375341	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237802755
114	NC_012686	ATGCTA	2	12	379197	379208	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	237802757
115	NC_012686	CAATAG	2	12	385803	385814	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802760
116	NC_012686	ACTGAA	2	12	385944	385955	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802760
117	NC_012686	CTGCAC	2	12	386137	386148	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	237802760
118	NC_012686	TCCATA	2	12	396495	396506	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802769
119	NC_012686	TTAGGT	2	12	397853	397864	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802771
120	NC_012686	AGGGAA	2	12	399179	399190	50 %	0 %	50 %	0 %	237802772
121	NC_012686	CTGAAG	2	12	400014	400025	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	237802773
122	NC_012686	TAATCT	2	12	405422	405433	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	237802776
123	NC_012686	GAACAA	2	12	405925	405936	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	237802777
124	NC_012686	CTAAAG	2	12	406308	406319	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802778
125	NC_012686	CCTTTC	2	12	407471	407482	0 %	50 %	0 %	50 %	237802779
126	NC_012686	ACATGC	2	12	417010	417021	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	237802788
127	NC_012686	GGCTCT	2	12	417745	417756	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802789
128	NC_012686	ATCTTG	2	12	419339	419350	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	237802790
129	NC_012686	CCCCCA	2	12	420673	420684	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	237802791
130	NC_012686	TTCCTC	2	12	424738	424749	0 %	50 %	0 %	50 %	237802795
131	NC_012686	CTCTAC	2	12	427986	427997	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	237802797
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135	NC_012686	TTCTCC	2	12	445206	445217	0 %	50 %	0 %	50 %	237802813
136	NC_012686	ATGAAG	2	12	454257	454268	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	237802821
137	NC_012686	TAACTC	2	12	454774	454785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802821
138	NC_012686	ATCCGC	2	12	455699	455710	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	237802821
139	NC_012686	CTAAAG	2	12	458117	458128	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802822
140	NC_012686	CCAATA	2	12	463102	463113	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	237802826
141	NC_012686	ATCGGC	2	12	468950	468961	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	237802834
142	NC_012686	TATTGG	2	12	469543	469554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	237802834
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144	NC_012686	TCTTCA	2	12	482322	482333	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	237802839
145	NC_012686	CTACAA	2	12	486127	486138	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	237802839
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147	NC_012686	TTCTTT	2	12	494416	494427	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237802850
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149	NC_012686	TGAGTA	2	12	497929	497940	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802852
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152	NC_012686	AGTTTT	2	12	510722	510733	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	394895161
153	NC_012686	GGTTGT	2	12	512850	512861	0 %	50 %	50 %	0 %	237802868
154	NC_012686	GCTGTT	2	12	515214	515225	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	237802870
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156	NC_012686	TGAACT	2	12	519215	519226	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	237802874
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220	NC_012686	GGAAGA	2	12	765002	765013	50 %	0 %	50 %	0 %	237803094
221	NC_012686	ATGCAA	2	12	767314	767325	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237803098
222	NC_012686	GAGAAA	2	12	767543	767554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237803098
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224	NC_012686	GCTCCC	2	12	779013	779024	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	237803108
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226	NC_012686	ATTAGG	2	12	792188	792199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237803117
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229	NC_012686	AAGCTC	2	12	798345	798356	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	237803123
230	NC_012686	TTTCTT	2	12	801210	801221	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237803125
231	NC_012686	AGAAAT	2	12	804400	804411	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	237803128
232	NC_012686	GAAATT	2	12	806013	806024	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	237803130
233	NC_012686	TAGCCT	2	12	809642	809653	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237803131
234	NC_012686	CACCTA	2	12	824203	824214	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	237803141
235	NC_012686	AGCTAC	2	12	828171	828182	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	237803143
236	NC_012686	AAGAGG	2	12	830042	830053	50 %	0 %	50 %	0 %	237803145
237	NC_012686	GAAAGG	2	12	834918	834929	50 %	0 %	50 %	0 %	237803150
238	NC_012686	AGCTTC	2	12	836372	836383	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	237803151
239	NC_012686	ATCACA	2	12	840477	840488	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	237803156
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.