MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT chromosome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012686	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012686	AAAGA	2	10	33686	33695	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012686	GAAGA	2	10	48603	48612	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012686	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012686	AATTT	2	10	54618	54627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012686	AAAAG	2	10	69578	69587	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012686	CTTGC	2	10	72521	72530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012686	AAAAG	2	10	77271	77280	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012686	ATCAA	2	10	78969	78978	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012686	CTTTC	2	10	80158	80167	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_012686	AGAAA	2	10	82428	82437	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012686	GGAAG	2	10	82941	82950	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012686	TTTGT	2	10	85704	85713	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012686	AATAA	2	10	88703	88712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012686	CTTTT	2	10	94775	94784	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012686	ACAAA	2	10	98321	98330	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_012686	GCTCT	2	10	114598	114607	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_012686	GCTTC	2	10	123056	123065	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_012686	TTGCA	2	10	137563	137572	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_012686	AAAAG	2	10	142033	142042	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012686	ATTCT	2	10	153037	153046	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012686	CTGTG	2	10	153241	153250	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012686	TTCTA	2	10	157818	157827	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012686	CAAAA	2	10	162276	162285	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012686	AGAGT	2	10	181341	181350	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012686	AGAAA	2	10	183203	183212	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012686	TTGAG	2	10	183586	183595	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012686	GAATG	2	10	183611	183620	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012686	CGATA	2	10	188569	188578	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012686	CTAAG	2	10	204660	204669	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012686	ATTTC	2	10	223184	223193	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012686	CAATA	2	10	226307	226316	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012686	TACAA	2	10	250021	250030	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012686	TTTCA	2	10	266119	266128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012686	AAAGC	2	10	300948	300957	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012686	TGTTT	2	10	303827	303836	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012686	TCAAT	2	10	323890	323899	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012686	GCAAC	2	10	335833	335842	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_012686	CTTGT	2	10	335893	335902	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_012686	CCTTT	2	10	336349	336358	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_012686	AAGGC	2	10	364104	364113	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012686	GCTTC	2	10	366214	366223	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012686	AGTAG	2	10	366291	366300	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012686	AGGGA	2	10	368653	368662	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012686	TCTCT	2	10	369875	369884	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_012686	AACAA	2	10	370258	370267	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_012686	AAAAC	2	10	370580	370589	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012686	AAGCG	2	10	406091	406100	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012686	TATCT	2	10	411617	411626	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012686	GTATA	2	10	418335	418344	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012686	AGCAA	2	10	418371	418380	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012686	AAAAT	2	10	420220	420229	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012686	CTCTT	2	10	430281	430290	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_012686	TAAAA	2	10	432824	432833	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012686	AGAAA	2	10	438498	438507	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012686	CTCTT	2	10	438537	438546	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_012686	GAAGA	2	10	438547	438556	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012686	AAATT	2	10	438826	438835	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012686	AATTT	2	10	438847	438856	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012686	TAAAA	2	10	467059	467068	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012686	CAAAA	2	10	487503	487512	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012686	AATCT	2	10	504844	504853	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012686	CTTCT	2	10	505057	505066	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_012686	TTTCT	2	10	510444	510453	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012686	CCTTT	2	10	511453	511462	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_012686	TAAAA	2	10	516474	516483	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012686	AGGAA	2	10	518458	518467	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012686	ATGAA	2	10	518482	518491	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012686	TTGGA	2	10	525923	525932	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012686	CAAAA	2	10	526689	526698	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_012686	AAAAG	2	10	560249	560258	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012686	GAAAA	2	10	567433	567442	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012686	ATTTT	2	10	568871	568880	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012686	ATACT	2	10	574943	574952	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_012686	AAAGG	2	10	583898	583907	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012686	TTTCC	2	10	631517	631526	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_012686	ATTAA	2	10	639469	639478	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012686	TCGTC	2	10	652367	652376	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012686	TAAAA	2	10	687998	688007	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012686	TTTAT	2	10	699951	699960	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012686	TCATG	2	10	700146	700155	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012686	AAAAC	2	10	704263	704272	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012686	GAAAA	2	10	709612	709621	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012686	TTATT	2	10	716671	716680	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012686	GAAGA	2	10	739571	739580	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012686	AGAAT	2	10	762379	762388	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012686	AGGGG	2	10	762610	762619	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012686	AAAAG	2	10	783176	783185	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012686	AGGTA	2	10	786575	786584	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012686	TCCTT	2	10	787758	787767	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_012686	CTCCA	2	10	787913	787922	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_012686	TTTCT	2	10	807174	807183	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012686	AGAAA	2	10	815706	815715	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012686	CTTTT	2	10	861795	861804	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_012686	AGAAA	2	10	866147	866156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012686	GAAGA	2	10	878321	878330	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012686	CTTTT	2	10	883841	883850	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_012686	TAGAA	2	10	892311	892320	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012686	CTTTT	2	10	908351	908360	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_012686	TTTTA	2	10	909096	909105	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012686	AGAGC	2	10	911384	911393	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012686	TCGTT	2	10	939476	939485	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012686	TTCTT	2	10	942433	942442	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012686	CTTCA	2	10	964323	964332	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_012686	CTAGT	2	10	971179	971188	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012686	TAAAA	2	10	987173	987182	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012686	ATAAA	2	10	987204	987213	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012686	CGGGG	2	10	1008609	1008618	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
109	NC_012686	TAGAA	2	10	1022070	1022079	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012686	TTTTC	2	10	1040446	1040455	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_012686	TTTTA	2	10	1044325	1044334	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.