MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT chromosome

Total Repeats: 643

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012686	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	237802437
2	NC_012686	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	237802438
3	NC_012686	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	237802438
4	NC_012686	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	237802438
5	NC_012686	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	237802438
6	NC_012686	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	237802439
7	NC_012686	TGGTA	2	10	8286	8295	20 %	40 %	40 %	0 %	237802441
8	NC_012686	CGAAA	2	10	9694	9703	60 %	0 %	20 %	20 %	237802442
9	NC_012686	GGCTG	2	10	10328	10337	0 %	20 %	60 %	20 %	237802443
10	NC_012686	CCTCT	2	10	11120	11129	0 %	40 %	0 %	60 %	237802444
11	NC_012686	AAAGG	2	10	11279	11288	60 %	0 %	40 %	0 %	237802444
12	NC_012686	AAGAA	2	10	12398	12407	80 %	0 %	20 %	0 %	237802445
13	NC_012686	AAAGA	2	10	13796	13805	80 %	0 %	20 %	0 %	237802446
14	NC_012686	GGTGT	2	10	13900	13909	0 %	40 %	60 %	0 %	237802446
15	NC_012686	GATTT	2	10	15643	15652	20 %	60 %	20 %	0 %	237802448
16	NC_012686	CGTTC	2	10	16754	16763	0 %	40 %	20 %	40 %	237802449
17	NC_012686	GCTTC	2	10	17127	17136	0 %	40 %	20 %	40 %	237802449
18	NC_012686	GAAGG	2	10	17498	17507	40 %	0 %	60 %	0 %	237802449
19	NC_012686	GTTGT	2	10	20924	20933	0 %	60 %	40 %	0 %	237802452
20	NC_012686	AAGAT	2	10	22036	22045	60 %	20 %	20 %	0 %	237802453
21	NC_012686	TTTGC	2	10	22647	22656	0 %	60 %	20 %	20 %	237802453
22	NC_012686	GGAAA	2	10	24401	24410	60 %	0 %	40 %	0 %	237802453
23	NC_012686	AGAGG	2	10	26126	26135	40 %	0 %	60 %	0 %	237802454
24	NC_012686	GGAGA	2	10	27905	27914	40 %	0 %	60 %	0 %	237802455
25	NC_012686	GGATA	2	10	27931	27940	40 %	20 %	40 %	0 %	237802455
26	NC_012686	ATCCG	2	10	28656	28665	20 %	20 %	20 %	40 %	237802457
27	NC_012686	AGGGT	2	10	29174	29183	20 %	20 %	60 %	0 %	237802457
28	NC_012686	CCTAT	2	10	30214	30223	20 %	40 %	0 %	40 %	237802458
29	NC_012686	GAAGG	2	10	31013	31022	40 %	0 %	60 %	0 %	237802459
30	NC_012686	GAGCT	2	10	32053	32062	20 %	20 %	40 %	20 %	237802460
31	NC_012686	CTATT	2	10	36726	36735	20 %	60 %	0 %	20 %	237802466
32	NC_012686	TCCTA	2	10	36773	36782	20 %	40 %	0 %	40 %	237802466
33	NC_012686	ACGAT	2	10	38689	38698	40 %	20 %	20 %	20 %	237802467
34	NC_012686	TTTGA	2	10	39054	39063	20 %	60 %	20 %	0 %	237802467
35	NC_012686	AGCAA	2	10	42704	42713	60 %	0 %	20 %	20 %	237802470
36	NC_012686	CGATG	2	10	42761	42770	20 %	20 %	40 %	20 %	237802470
37	NC_012686	TGCAA	2	10	42919	42928	40 %	20 %	20 %	20 %	237802471
38	NC_012686	CAAAA	2	10	43238	43247	80 %	0 %	0 %	20 %	237802471
39	NC_012686	TTTAT	2	10	44835	44844	20 %	80 %	0 %	0 %	237802475
40	NC_012686	CTTTC	2	10	46931	46940	0 %	60 %	0 %	40 %	237802477
41	NC_012686	AGTTT	2	10	47470	47479	20 %	60 %	20 %	0 %	237802477
42	NC_012686	CTTTT	2	10	50632	50641	0 %	80 %	0 %	20 %	237802480
43	NC_012686	CCGTA	2	10	54378	54387	20 %	20 %	20 %	40 %	237802483
44	NC_012686	TTATC	2	10	55781	55790	20 %	60 %	0 %	20 %	237802484
45	NC_012686	TGAGT	2	10	55802	55811	20 %	40 %	40 %	0 %	237802484
46	NC_012686	GTTGT	2	10	56837	56846	0 %	60 %	40 %	0 %	237802485
47	NC_012686	GAGCA	2	10	60347	60356	40 %	0 %	40 %	20 %	237802487
48	NC_012686	TGTGA	2	10	62796	62805	20 %	40 %	40 %	0 %	237802489
49	NC_012686	AGTGA	2	10	64317	64326	40 %	20 %	40 %	0 %	237802490
50	NC_012686	CCTTC	2	10	64591	64600	0 %	40 %	0 %	60 %	237802490
51	NC_012686	AGGAG	2	10	66822	66831	40 %	0 %	60 %	0 %	237802492
52	NC_012686	GTTAA	2	10	66952	66961	40 %	40 %	20 %	0 %	237802492
53	NC_012686	CAAGC	2	10	69330	69339	40 %	0 %	20 %	40 %	237802493
54	NC_012686	GGAGC	2	10	70200	70209	20 %	0 %	60 %	20 %	237802494
55	NC_012686	GCGAT	2	10	70390	70399	20 %	20 %	40 %	20 %	237802494
56	NC_012686	CTCTT	2	10	70744	70753	0 %	60 %	0 %	40 %	237802494
57	NC_012686	AGGGG	2	10	71390	71399	20 %	0 %	80 %	0 %	237802494
58	NC_012686	AAGAA	2	10	71432	71441	80 %	0 %	20 %	0 %	237802494
59	NC_012686	ATTGG	2	10	72722	72731	20 %	40 %	40 %	0 %	237802496
60	NC_012686	GAAAA	2	10	73794	73803	80 %	0 %	20 %	0 %	237802496
61	NC_012686	TGGGA	2	10	74211	74220	20 %	20 %	60 %	0 %	237802497
62	NC_012686	TATTT	2	10	76738	76747	20 %	80 %	0 %	0 %	237802498
63	NC_012686	TGTCT	2	10	80531	80540	0 %	60 %	20 %	20 %	237802501
64	NC_012686	TTACT	2	10	81038	81047	20 %	60 %	0 %	20 %	237802501
65	NC_012686	GATCC	2	10	86490	86499	20 %	20 %	20 %	40 %	237802505
66	NC_012686	AGAGC	2	10	87825	87834	40 %	0 %	40 %	20 %	237802506
67	NC_012686	TTTTC	2	10	91557	91566	0 %	80 %	0 %	20 %	237802509
68	NC_012686	GGATG	2	10	91817	91826	20 %	20 %	60 %	0 %	237802510
69	NC_012686	CAACA	2	10	93356	93365	60 %	0 %	0 %	40 %	237802511
70	NC_012686	ACAGC	2	10	94401	94410	40 %	0 %	20 %	40 %	237802513
71	NC_012686	GGAAC	2	10	95114	95123	40 %	0 %	40 %	20 %	237802514
72	NC_012686	GGATT	2	10	96014	96023	20 %	40 %	40 %	0 %	237802514
73	NC_012686	CAATC	2	10	97116	97125	40 %	20 %	0 %	40 %	237802516
74	NC_012686	TTTGC	2	10	97250	97259	0 %	60 %	20 %	20 %	237802516
75	NC_012686	ATTCA	2	10	97514	97523	40 %	40 %	0 %	20 %	237802516
76	NC_012686	GATCC	2	10	97773	97782	20 %	20 %	20 %	40 %	237802516
77	NC_012686	GTTTT	2	10	98194	98203	0 %	80 %	20 %	0 %	237802516
78	NC_012686	AAGCT	2	10	99397	99406	40 %	20 %	20 %	20 %	237802517
79	NC_012686	AGGGG	2	10	99756	99765	20 %	0 %	80 %	0 %	237802517
80	NC_012686	ATAGC	2	10	100455	100464	40 %	20 %	20 %	20 %	237802518
81	NC_012686	TTCCC	2	10	101059	101068	0 %	40 %	0 %	60 %	237802519
82	NC_012686	TTTCT	2	10	103741	103750	0 %	80 %	0 %	20 %	237802521
83	NC_012686	CTTCT	2	10	103795	103804	0 %	60 %	0 %	40 %	237802521
84	NC_012686	ATCAT	2	10	104947	104956	40 %	40 %	0 %	20 %	237802522
85	NC_012686	GGCAT	2	10	105658	105667	20 %	20 %	40 %	20 %	237802522
86	NC_012686	AAAGC	2	10	109384	109393	60 %	0 %	20 %	20 %	237802525
87	NC_012686	GCATT	2	10	110544	110553	20 %	40 %	20 %	20 %	237802527
88	NC_012686	TGTTT	2	10	115222	115231	0 %	80 %	20 %	0 %	237802530
89	NC_012686	CATGT	2	10	115600	115609	20 %	40 %	20 %	20 %	237802530
90	NC_012686	TATCG	2	10	116304	116313	20 %	40 %	20 %	20 %	237802530
91	NC_012686	TTTCT	2	10	116820	116829	0 %	80 %	0 %	20 %	237802531
92	NC_012686	AAAGA	2	10	119066	119075	80 %	0 %	20 %	0 %	237802534
93	NC_012686	TACAA	2	10	126845	126854	60 %	20 %	0 %	20 %	237802540
94	NC_012686	ATCCA	2	10	129250	129259	40 %	20 %	0 %	40 %	237802543
95	NC_012686	GAAGA	2	10	130800	130809	60 %	0 %	40 %	0 %	237802543
96	NC_012686	AAAAG	2	10	132713	132722	80 %	0 %	20 %	0 %	237802544
97	NC_012686	GATTC	2	10	133044	133053	20 %	40 %	20 %	20 %	237802544
98	NC_012686	GGATA	2	10	135650	135659	40 %	20 %	40 %	0 %	237802546
99	NC_012686	ATTGG	2	10	136314	136323	20 %	40 %	40 %	0 %	237802547
100	NC_012686	ATTGT	2	10	136347	136356	20 %	60 %	20 %	0 %	237802547
101	NC_012686	TGTTT	2	10	136773	136782	0 %	80 %	20 %	0 %	237802548
102	NC_012686	TCCAG	2	10	140517	140526	20 %	20 %	20 %	40 %	237802553
103	NC_012686	GTACA	2	10	141248	141257	40 %	20 %	20 %	20 %	237802554
104	NC_012686	TAGAT	2	10	141621	141630	40 %	40 %	20 %	0 %	237802554
105	NC_012686	AAAAC	2	10	142513	142522	80 %	0 %	0 %	20 %	237802555
106	NC_012686	TGCTA	2	10	143599	143608	20 %	40 %	20 %	20 %	237802557
107	NC_012686	GGAGC	2	10	143646	143655	20 %	0 %	60 %	20 %	237802557
108	NC_012686	CTGGG	2	10	145060	145069	0 %	20 %	60 %	20 %	237802559
109	NC_012686	GTTTT	2	10	145807	145816	0 %	80 %	20 %	0 %	237802560
110	NC_012686	GAACC	2	10	149541	149550	40 %	0 %	20 %	40 %	237802561
111	NC_012686	TTCTT	2	10	155713	155722	0 %	80 %	0 %	20 %	237802567
112	NC_012686	AGGAA	2	10	160273	160282	60 %	0 %	40 %	0 %	237802571
113	NC_012686	AGAGA	2	10	163504	163513	60 %	0 %	40 %	0 %	237802574
114	NC_012686	AGCAA	2	10	163939	163948	60 %	0 %	20 %	20 %	237802574
115	NC_012686	CAAAA	2	10	167442	167451	80 %	0 %	0 %	20 %	237802576
116	NC_012686	AAGAG	2	10	168275	168284	60 %	0 %	40 %	0 %	237802576
117	NC_012686	GATTG	2	10	168620	168629	20 %	40 %	40 %	0 %	237802576
118	NC_012686	GTTTT	2	10	175099	175108	0 %	80 %	20 %	0 %	237802580
119	NC_012686	TATTG	2	10	175122	175131	20 %	60 %	20 %	0 %	237802580
120	NC_012686	CAGCA	2	10	175481	175490	40 %	0 %	20 %	40 %	237802580
121	NC_012686	TAGGA	2	10	175786	175795	40 %	20 %	40 %	0 %	237802581
122	NC_012686	TGATT	2	10	177713	177722	20 %	60 %	20 %	0 %	237802582
123	NC_012686	TTTTC	2	10	178393	178402	0 %	80 %	0 %	20 %	237802582
124	NC_012686	GGAAT	2	10	179953	179962	40 %	20 %	40 %	0 %	237802583
125	NC_012686	TTGAA	2	10	182030	182039	40 %	40 %	20 %	0 %	237802584
126	NC_012686	TTTGC	2	10	182906	182915	0 %	60 %	20 %	20 %	237802584
127	NC_012686	ACGAT	2	10	187763	187772	40 %	20 %	20 %	20 %	237802586
128	NC_012686	GGATC	2	10	190868	190877	20 %	20 %	40 %	20 %	237802589
129	NC_012686	GCAAG	2	10	191230	191239	40 %	0 %	40 %	20 %	237802590
130	NC_012686	CCATG	2	10	191497	191506	20 %	20 %	20 %	40 %	237802590
131	NC_012686	ACGAT	2	10	192847	192856	40 %	20 %	20 %	20 %	237802591
132	NC_012686	TTGTA	2	10	193824	193833	20 %	60 %	20 %	0 %	237802592
133	NC_012686	TATGC	2	10	194229	194238	20 %	40 %	20 %	20 %	237802593
134	NC_012686	AAGAA	2	10	194395	194404	80 %	0 %	20 %	0 %	237802593
135	NC_012686	AAAAG	2	10	194523	194532	80 %	0 %	20 %	0 %	237802594
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