MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT chromosome

Total Repeats: 380

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012686	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012686	GGAG	2	8	6900	6907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012686	TATG	2	8	7549	7556	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012686	ATTT	2	8	7690	7697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012686	TTTG	2	8	7782	7789	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012686	TATT	2	8	9905	9912	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012686	AGAA	2	8	11797	11804	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012686	AAGG	2	8	14032	14039	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012686	TGCG	2	8	19120	19127	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_012686	CGCT	2	8	21862	21869	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_012686	TTAA	2	8	21883	21890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012686	GTTA	2	8	21920	21927	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012686	GATC	2	8	21975	21982	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_012686	ATTG	2	8	28532	28539	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012686	TGTT	2	8	44409	44416	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012686	AATA	2	8	44648	44655	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012686	AAGT	2	8	48570	48577	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012686	TATT	2	8	52742	52749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012686	GTTT	2	8	54602	54609	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012686	TGTT	2	8	54610	54617	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012686	TAAT	2	8	54654	54661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012686	CAGA	2	8	61319	61326	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_012686	ACAA	2	8	67966	67973	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012686	AAGG	2	8	68064	68071	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012686	GGAA	2	8	68707	68714	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012686	TCCA	2	8	68814	68821	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_012686	GATA	2	8	72545	72552	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012686	TCTA	2	8	77204	77211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_012686	GTTT	2	8	79979	79986	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012686	ATTC	2	8	80182	80189	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_012686	GGTT	2	8	80332	80339	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012686	GTTA	2	8	82507	82514	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012686	TATT	2	8	82739	82746	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012686	GTTC	2	8	83162	83169	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_012686	GTGC	2	8	83309	83316	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012686	GTTT	2	8	88636	88643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012686	TTTA	2	8	88659	88666	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012686	GTTT	2	8	88671	88678	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012686	GTTT	2	8	88722	88729	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012686	AACA	2	8	88735	88742	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_012686	AAAT	2	8	94267	94274	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012686	CATT	2	8	94915	94922	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_012686	TATT	2	8	98298	98305	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012686	AAGA	2	8	107288	107295	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012686	CTGG	2	8	120990	120997	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012686	CTTC	2	8	121489	121496	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_012686	TTTC	2	8	122297	122304	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_012686	AACA	2	8	122925	122932	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_012686	AAAG	2	8	123028	123035	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012686	TCTA	2	8	123097	123104	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012686	TTCC	2	8	123113	123120	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_012686	GTTT	2	8	135489	135496	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012686	ATGT	2	8	138665	138672	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012686	ATCT	2	8	152191	152198	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012686	GCTG	2	8	152230	152237	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_012686	AACG	2	8	153053	153060	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_012686	TGTT	2	8	153222	153229	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012686	CTTT	2	8	153852	153859	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_012686	TGTT	2	8	157805	157812	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012686	AAAG	2	8	158648	158655	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012686	TTTA	2	8	158657	158664	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012686	TAAT	2	8	158774	158781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012686	TAAT	2	8	159610	159617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012686	GCTT	2	8	162246	162253	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_012686	CTTC	2	8	166317	166324	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_012686	TTAG	2	8	170725	170732	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012686	AAAC	2	8	172472	172479	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_012686	GTAT	2	8	173654	173661	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012686	GGAA	2	8	178840	178847	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012686	TGTT	2	8	180665	180672	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012686	TTCC	2	8	181675	181682	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_012686	TCTA	2	8	181743	181750	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_012686	AATT	2	8	181876	181883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012686	AAGA	2	8	183224	183231	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012686	CCAG	2	8	183833	183840	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_012686	TCGC	2	8	184095	184102	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_012686	GTTG	2	8	184742	184749	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012686	TTTC	2	8	185247	185254	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_012686	ATCG	2	8	185502	185509	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_012686	TCTA	2	8	186257	186264	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_012686	GGAC	2	8	189010	189017	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_012686	TAAA	2	8	190029	190036	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012686	ATGC	2	8	194789	194796	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_012686	CTTT	2	8	194930	194937	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_012686	AAAC	2	8	196292	196299	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_012686	TAGA	2	8	196871	196878	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012686	TTGC	2	8	197488	197495	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_012686	TTTA	2	8	197693	197700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012686	ATTT	2	8	198376	198383	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012686	ACGA	2	8	204494	204501	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_012686	GAAA	2	8	204780	204787	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012686	CCTT	2	8	217914	217921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_012686	AATA	2	8	218140	218147	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012686	CAAA	2	8	218548	218555	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_012686	CTAT	2	8	221638	221645	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_012686	GCAA	2	8	221881	221888	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_012686	AATT	2	8	223217	223224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012686	CTTG	2	8	223566	223573	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_012686	AAAC	2	8	227296	227303	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_012686	TCCT	2	8	229921	229928	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012686	AAAT	2	8	245538	245545	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012686	AAGA	2	8	245557	245564	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012686	TTTC	2	8	248158	248165	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_012686	TAAA	2	8	248992	248999	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012686	AATA	2	8	252647	252654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012686	CCAA	2	8	256226	256233	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_012686	AAAC	2	8	256824	256831	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_012686	CAAT	2	8	257088	257095	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_012686	TAAA	2	8	266229	266236	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012686	CAAA	2	8	269164	269171	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_012686	ATTT	2	8	275675	275682	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012686	GTTT	2	8	281517	281524	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012686	AAAG	2	8	281552	281559	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012686	TGCC	2	8	282040	282047	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_012686	GGGA	2	8	285888	285895	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012686	TAAA	2	8	287030	287037	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012686	GATA	2	8	288691	288698	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012686	AATC	2	8	293816	293823	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_012686	ACAA	2	8	299586	299593	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_012686	GCTT	2	8	300915	300922	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012686	CCCT	2	8	301482	301489	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
122	NC_012686	ACTA	2	8	303731	303738	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_012686	TAAA	2	8	303954	303961	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012686	TCCA	2	8	307113	307120	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_012686	TCCC	2	8	307315	307322	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
126	NC_012686	ATTG	2	8	308500	308507	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012686	AATA	2	8	319876	319883	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012686	TAAA	2	8	319897	319904	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012686	CAGA	2	8	319905	319912	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_012686	AATA	2	8	319972	319979	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012686	CAAT	2	8	329576	329583	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_012686	GCTA	2	8	330266	330273	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_012686	TTAA	2	8	335609	335616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012686	CAGT	2	8	335955	335962	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_012686	CAAG	2	8	342141	342148	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012686	TTTA	2	8	365648	365655	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012686	CAAA	2	8	365942	365949	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_012686	TAGT	2	8	366252	366259	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012686	AGGC	2	8	368241	368248	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_012686	TCCA	2	8	368297	368304	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_012686	ACCA	2	8	368399	368406	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_012686	GCAT	2	8	368863	368870	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_012686	TGAG	2	8	368896	368903	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012686	TATG	2	8	369644	369651	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012686	GCTT	2	8	370317	370324	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_012686	TAAA	2	8	370595	370602	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012686	AAAT	2	8	371515	371522	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012686	CCTT	2	8	371537	371544	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_012686	ATCT	2	8	371570	371577	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_012686	TAAA	2	8	383349	383356	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012686	TTTA	2	8	393316	393323	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012686	GATT	2	8	394075	394082	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.