MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 1

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012668	CCATCA	2	12	3775	3786	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_012668	AATTTA	2	12	17301	17312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012668	CGTCAA	2	12	84985	84996	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012668	TATGAC	2	12	91395	91406	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_012668	CAAAAA	2	12	94808	94819	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012668	AAAACC	2	12	97407	97418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_012668	CAAAGT	2	12	109684	109695	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_012668	GGGAAA	2	12	138733	138744	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012668	GCATAG	2	12	157011	157022	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_012668	ACAGTG	2	12	158323	158334	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_012668	TCACGT	2	12	160266	160277	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_012668	ATCCCA	2	12	201798	201809	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_012668	ATTTCA	2	12	234263	234274	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_012668	AAAATT	2	12	261298	261309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012668	ACCTTA	2	12	278115	278126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_012668	ATTTTG	2	12	283999	284010	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012668	AAAAGC	2	12	300520	300531	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_012668	AGACAA	2	12	310653	310664	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_012668	ATTTCA	2	12	312044	312055	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012668	ACCGAA	2	12	347233	347244	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012668	ACATAG	2	12	355092	355103	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_012668	AAAAAT	2	12	460524	460535	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012668	GCGGTA	2	12	463795	463806	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_012668	ATTTCA	2	12	483956	483967	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_012668	ATCAAA	2	12	517517	517528	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012668	AAGAGT	2	12	531253	531264	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012668	AAGCGA	2	12	533407	533418	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012668	AAAGAG	2	12	533551	533562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012668	TGAAAT	2	12	568108	568119	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012668	TCCCTC	2	12	596941	596952	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_012668	CTTTTT	2	12	612995	613006	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_012668	TCTCGC	2	12	613017	613028	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_012668	CTAATG	2	12	659442	659453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012668	TGAAAT	2	12	665625	665636	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012668	GCCTTT	2	12	739049	739060	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_012668	CTGAAT	2	12	740506	740517	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_012668	AATTTC	2	12	799346	799357	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_012668	GCGAAA	2	12	844299	844310	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_012668	CTGCAA	2	12	846980	846991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_012668	TGAACC	2	12	872214	872225	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012668	TTGGAA	2	12	879223	879234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012668	TTGTTA	2	12	882769	882780	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012668	TCAAAA	2	12	910518	910529	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_012668	TCATAT	2	12	911370	911381	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_012668	TGAAAT	2	12	917284	917295	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012668	TTGTGT	2	12	922853	922864	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012668	AAAAAT	2	12	1070820	1070831	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012668	GCAGGG	2	12	1160723	1160734	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012668	ACCTTA	2	12	1226524	1226535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012668	AAAGCC	2	12	1228130	1228141	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012668	CTTTTT	2	12	1228273	1228284	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_012668	GAGATG	2	12	1245666	1245677	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012668	TGGATG	2	12	1295021	1295032	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012668	ATGGCT	2	12	1326048	1326059	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_012668	AAGGTG	2	12	1356468	1356479	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012668	CTTTTG	2	12	1373300	1373311	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_012668	ATGTAA	2	12	1391307	1391318	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012668	TTAATA	2	12	1391480	1391491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012668	CGAAGT	2	12	1400474	1400485	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_012668	ATTTCA	2	12	1453729	1453740	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012668	TTTGGG	2	12	1463116	1463127	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012668	TTACAT	2	12	1468492	1468503	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012668	AAAAAT	2	12	1483866	1483877	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012668	CTCTTT	2	12	1503457	1503468	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_012668	GGAATT	2	12	1529537	1529548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012668	ATGCCG	2	12	1536133	1536144	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_012668	AGCTTG	2	12	1538548	1538559	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_012668	AGTTTC	2	12	1576615	1576626	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_012668	TTCGTT	2	12	1579723	1579734	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012668	AATCCC	2	12	1579778	1579789	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_012668	TTGATC	2	12	1622814	1622825	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_012668	AAATTT	2	12	1633993	1634004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012668	AAACAA	2	12	1647038	1647049	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_012668	AGAGCA	2	12	1671879	1671890	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_012668	GCAATC	2	12	1734491	1734502	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_012668	AAATTT	2	12	1753596	1753607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012668	AAACAA	2	12	1766641	1766652	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_012668	TTTATT	2	12	1791759	1791770	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012668	GCTAGC	2	12	1795325	1795336	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012668	TAAAAA	2	12	1809746	1809757	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012668	CCTTAA	2	12	1910031	1910042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_012668	CACCGA	2	12	2089795	2089806	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_012668	TCACCC	2	12	2091672	2091683	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_012668	GCACCA	2	12	2093355	2093366	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_012668	CTTGAA	2	12	2202287	2202298	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_012668	CCGCTG	2	12	2225600	2225611	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_012668	GTAAAC	2	12	2226700	2226711	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012668	AAATTT	2	12	2270764	2270775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012668	AAACAA	2	12	2283809	2283820	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012668	GTTTTT	2	12	2292310	2292321	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012668	TAGGCA	2	12	2330803	2330814	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_012668	GTCAGG	2	12	2355134	2355145	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_012668	ATCTAA	2	12	2388394	2388405	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_012668	ATCATT	2	12	2423131	2423142	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_012668	ATTGCA	2	12	2451389	2451400	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012668	TGATCT	2	12	2493932	2493943	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_012668	AAACAA	2	12	2505223	2505234	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_012668	TTCCTT	2	12	2527508	2527519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_012668	TCACAC	2	12	2542481	2542492	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_012668	ATAAAT	2	12	2626192	2626203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012668	TAGGCT	2	12	2655103	2655114	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012668	AATAAA	2	12	2664674	2664685	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012668	TCTCTT	2	12	2670408	2670419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_012668	GTATTA	2	12	2685313	2685324	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012668	AGGATA	2	12	2685476	2685487	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012668	ATATTA	2	12	2726131	2726142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012668	GCTTAA	2	12	2728045	2728056	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_012668	CAAAAG	2	12	2736721	2736732	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_012668	TTTTAA	2	12	2759354	2759365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012668	GATAAA	2	12	2759424	2759435	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012668	AAAGAA	2	12	2773412	2773423	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012668	ATGAGG	2	12	2793361	2793372	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012668	TATTCA	2	12	2798542	2798553	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012668	ACAAGG	2	12	2825463	2825474	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_012668	ATTTCA	2	12	2897066	2897077	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_012668	TGATAA	2	12	2938778	2938789	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012668	GCAAGC	2	12	2947242	2947253	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_012668	TTTTTG	2	12	3057151	3057162	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.