MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 2

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012667	TTTAT	2	10	26171	26180	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012667	TGAGT	2	10	36146	36155	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012667	TAATT	2	10	36591	36600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012667	CAAGC	2	10	49720	49729	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_012667	GCTTG	2	10	49735	49744	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012667	ACACT	2	10	71622	71631	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_012667	GTCCT	2	10	77132	77141	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012667	TCCAT	2	10	98518	98527	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_012667	AAAGA	2	10	125343	125352	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012667	CAAAC	2	10	125639	125648	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_012667	ATTAA	2	10	158660	158669	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012667	AAAAG	2	10	160836	160845	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012667	TAATT	2	10	171255	171264	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012667	TGTAC	2	10	211233	211242	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012667	TGAAT	2	10	222605	222614	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012667	CTCAT	2	10	225146	225155	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_012667	TCATG	2	10	233569	233578	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012667	TTTGC	2	10	237756	237765	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012667	ACAAA	2	10	240700	240709	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_012667	AGCAA	2	10	253879	253888	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012667	CCTAA	2	10	256333	256342	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_012667	AGCCC	2	10	276928	276937	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
23	NC_012667	TAACA	2	10	292466	292475	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012667	TTGTT	2	10	304368	304377	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012667	GTATT	2	10	327372	327381	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012667	CATCT	2	10	330139	330148	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_012667	GGGCG	2	10	334258	334267	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012667	AGGTA	2	10	343602	343611	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012667	TGAGG	2	10	348948	348957	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012667	TGTTT	2	10	363391	363400	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012667	TCATA	2	10	370200	370209	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012667	GAAAA	2	10	376651	376660	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012667	TTCCG	2	10	378320	378329	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_012667	CTTAG	2	10	382248	382257	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012667	AAAAT	2	10	382405	382414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012667	GCTCG	2	10	417281	417290	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_012667	GCAGA	2	10	418249	418258	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012667	ATTCA	2	10	420962	420971	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_012667	AAGGG	2	10	426212	426221	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012667	AGTGA	2	10	428412	428421	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012667	TGTTT	2	10	441725	441734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012667	TGAAA	2	10	443731	443740	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012667	AAGAA	2	10	448109	448118	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012667	TTTTC	2	10	454547	454556	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_012667	TGATT	2	10	471418	471427	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012667	ATTGG	2	10	474134	474143	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012667	GAAAA	2	10	474161	474170	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012667	CTTTT	2	10	484929	484938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012667	ATCAC	2	10	504979	504988	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_012667	GGGTA	2	10	505261	505270	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012667	GTGCT	2	10	508324	508333	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012667	ATTTT	2	10	526424	526433	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012667	TTTCC	2	10	554882	554891	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_012667	TCCAT	2	10	557239	557248	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_012667	TCATT	2	10	558003	558012	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012667	TTTGT	2	10	561585	561594	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012667	CCTTT	2	10	568998	569007	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_012667	ATTGG	2	10	597346	597355	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012667	TTTCA	2	10	599415	599424	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_012667	AGACA	2	10	607966	607975	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_012667	AAGAT	2	10	607980	607989	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012667	AATGG	2	10	612212	612221	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012667	AAGTA	2	10	622119	622128	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012667	GGGTT	2	10	622140	622149	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012667	ACCTT	2	10	637332	637341	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_012667	CAAAA	2	10	637478	637487	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_012667	TCACA	2	10	644277	644286	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_012667	TTCAT	2	10	654634	654643	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012667	GAAAA	2	10	712039	712048	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012667	AAGAA	2	10	712322	712331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012667	AAGAT	2	10	716395	716404	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012667	GCTAA	2	10	721769	721778	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012667	CATTT	2	10	729768	729777	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_012667	AAAAG	2	10	757958	757967	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012667	GGGAT	2	10	767361	767370	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012667	CCTGA	2	10	767473	767482	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_012667	TTTTC	2	10	773822	773831	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_012667	TCTTT	2	10	773836	773845	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_012667	GTCTT	2	10	796395	796404	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012667	ACACT	2	10	813934	813943	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_012667	GGGTA	2	10	818805	818814	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012667	ACTAT	2	10	829579	829588	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012667	TTCAT	2	10	842945	842954	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012667	AGAAC	2	10	856571	856580	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_012667	TAATT	2	10	859261	859270	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012667	ACAAA	2	10	863952	863961	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_012667	GAAAA	2	10	872307	872316	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012667	AACCA	2	10	874046	874055	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_012667	TCCTA	2	10	885196	885205	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_012667	CCTAT	2	10	888883	888892	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_012667	TTTTA	2	10	895970	895979	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012667	ATCAA	2	10	906133	906142	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012667	TAAAG	2	10	907669	907678	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012667	CCTAG	2	10	917782	917791	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_012667	ACATC	2	10	918032	918041	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_012667	CTCTC	2	10	937495	937504	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_012667	ACCCA	2	10	937751	937760	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_012667	TAATT	2	10	939416	939425	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012667	GTTAG	2	10	940182	940191	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012667	TTTAT	2	10	941938	941947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012667	CTATC	2	10	944620	944629	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_012667	AAGCG	2	10	944995	945004	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012667	GTGAG	2	10	945036	945045	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012667	AAGCG	2	10	945296	945305	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012667	GAACA	2	10	946737	946746	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012667	AAGGA	2	10	949971	949980	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012667	TGCCA	2	10	950905	950914	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_012667	ATTTA	2	10	951126	951135	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012667	GTGTG	2	10	953072	953081	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012667	ACCCT	2	10	955687	955696	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
111	NC_012667	TTAAT	2	10	966290	966299	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012667	AGCTA	2	10	971615	971624	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_012667	TGAAG	2	10	981412	981421	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012667	ATGAA	2	10	982829	982838	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012667	ACTCA	2	10	986994	987003	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_012667	AATCA	2	10	993700	993709	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_012667	TACTC	2	10	1010408	1010417	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_012667	ACGCA	2	10	1010687	1010696	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_012667	ATTCA	2	10	1010849	1010858	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_012667	TACTC	2	10	1013361	1013370	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_012667	GCAAT	2	10	1013597	1013606	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_012667	ACTAC	2	10	1020236	1020245	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_012667	TGTTT	2	10	1023080	1023089	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012667	AAACT	2	10	1029275	1029284	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_012667	AATCA	2	10	1032498	1032507	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_012667	AGCTA	2	10	1037458	1037467	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_012667	CAATG	2	10	1046932	1046941	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_012667	CTAAA	2	10	1051042	1051051	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_012667	AATTT	2	10	1068329	1068338	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012667	AATGA	2	10	1075392	1075401	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012667	ATTAA	2	10	1075496	1075505	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012667	CAAAA	2	10	1080589	1080598	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.