MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia africae ESF-5 plasmid pRAF

Total Repeats: 184

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012634	GGT	2	6	25	30	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	228478452
2	NC_012634	ATA	2	6	41	46	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
3	NC_012634	CTT	2	6	56	61	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478452
4	NC_012634	CAT	2	6	185	190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478452
5	NC_012634	CTT	2	6	221	226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478452
6	NC_012634	TCA	2	6	255	260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478452
7	NC_012634	CTA	2	6	296	301	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478452
8	NC_012634	CTG	2	6	337	342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228478452
9	NC_012634	AGA	2	6	352	357	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478452
10	NC_012634	AAG	2	6	360	365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478452
11	NC_012634	TAA	2	6	384	389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
12	NC_012634	CTA	2	6	440	445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478452
13	NC_012634	AAT	2	6	559	564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
14	NC_012634	TTC	2	6	586	591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478452
15	NC_012634	TAT	2	6	600	605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478452
16	NC_012634	ACA	2	6	684	689	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478452
17	NC_012634	ACA	2	6	738	743	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478452
18	NC_012634	CTT	2	6	753	758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478452
19	NC_012634	TGA	2	6	789	794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478452
20	NC_012634	AGA	2	6	885	890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478452
21	NC_012634	TAA	2	6	924	929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
22	NC_012634	TAA	3	9	1014	1022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
23	NC_012634	AGA	2	6	1023	1028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478452
24	NC_012634	AAT	2	6	1029	1034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
25	NC_012634	TTC	2	6	1191	1196	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478452
26	NC_012634	TAG	3	9	1212	1220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478452
27	NC_012634	ACA	2	6	1223	1228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478452
28	NC_012634	TAA	2	6	1335	1340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
29	NC_012634	TTA	2	6	1354	1359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478452
30	NC_012634	GAA	2	6	1590	1595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478452
31	NC_012634	ATA	3	9	1664	1672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
32	NC_012634	AAT	2	6	1686	1691	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478452
33	NC_012634	TAT	2	6	1795	1800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478452
34	NC_012634	CTG	2	6	1826	1831	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228478452
35	NC_012634	AGA	2	6	1860	1865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478452
36	NC_012634	ATT	2	6	1903	1908	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478452
37	NC_012634	AGA	2	6	1962	1967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478452
38	NC_012634	CAA	2	6	2096	2101	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478452
39	NC_012634	ATT	2	6	2129	2134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478452
40	NC_012634	TAT	2	6	2210	2215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478452
41	NC_012634	TGA	2	6	2301	2306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478453
42	NC_012634	AAG	2	6	2368	2373	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478453
43	NC_012634	GAT	2	6	2440	2445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478453
44	NC_012634	ACA	2	6	2490	2495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478453
45	NC_012634	GAA	2	6	2524	2529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478453
46	NC_012634	TCT	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478453
47	NC_012634	AAT	2	6	2593	2598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478453
48	NC_012634	TAA	2	6	2666	2671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478453
49	NC_012634	TAG	2	6	2682	2687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478453
50	NC_012634	TAA	2	6	2733	2738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478453
51	NC_012634	TTA	2	6	2830	2835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478453
52	NC_012634	TAA	2	6	2886	2891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478453
53	NC_012634	ACA	2	6	2928	2933	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478453
54	NC_012634	TAG	2	6	2955	2960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478453
55	NC_012634	ATC	2	6	3168	3173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478454
56	NC_012634	AAT	2	6	3337	3342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478454
57	NC_012634	GAG	2	6	3362	3367	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228478454
58	NC_012634	CAG	2	6	3414	3419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228478454
59	NC_012634	GCA	2	6	3446	3451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228478454
60	NC_012634	TGG	2	6	3529	3534	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	228478454
61	NC_012634	TCC	2	6	3667	3672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228478454
62	NC_012634	TTA	2	6	3875	3880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478455
63	NC_012634	ATT	2	6	3949	3954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478455
64	NC_012634	TCA	2	6	4061	4066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478455
65	NC_012634	CTC	2	6	4096	4101	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228478455
66	NC_012634	TCT	2	6	4106	4111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478455
67	NC_012634	TAC	2	6	4233	4238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478455
68	NC_012634	CAT	2	6	4312	4317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478455
69	NC_012634	TCA	3	9	4343	4351	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478455
70	NC_012634	CAA	2	6	4368	4373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478455
71	NC_012634	TCA	2	6	4382	4387	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478455
72	NC_012634	CAT	2	6	4390	4395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478455
73	NC_012634	TAC	2	6	4471	4476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478455
74	NC_012634	TTG	2	6	4701	4706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228478456
75	NC_012634	GAA	2	6	4732	4737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228478456
76	NC_012634	TGA	2	6	4751	4756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478456
77	NC_012634	TCA	2	6	4821	4826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
78	NC_012634	CTC	2	6	4856	4861	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228478456
79	NC_012634	TCT	2	6	4866	4871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478456
80	NC_012634	TAC	2	6	4993	4998	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
81	NC_012634	CAT	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
82	NC_012634	TCA	3	9	5103	5111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
83	NC_012634	CAA	2	6	5128	5133	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478456
84	NC_012634	TCA	2	6	5142	5147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
85	NC_012634	CAT	2	6	5150	5155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
86	NC_012634	TAC	2	6	5231	5236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
87	NC_012634	ATA	2	6	5320	5325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478456
88	NC_012634	GCA	2	6	5326	5331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228478456
89	NC_012634	CTA	2	6	5367	5372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
90	NC_012634	AGT	2	6	5429	5434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478456
91	NC_012634	AAT	2	6	5575	5580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478456
92	NC_012634	AGC	2	6	5597	5602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228478456
93	NC_012634	TCA	2	6	5634	5639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
94	NC_012634	CTA	2	6	5664	5669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478456
95	NC_012634	TGT	2	6	5752	5757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228478456
96	NC_012634	ACA	2	6	5961	5966	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228478457
97	NC_012634	AAT	2	6	6032	6037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478457
98	NC_012634	TGT	2	6	6042	6047	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228478457
99	NC_012634	TAA	2	6	6188	6193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478457
100	NC_012634	ATA	2	6	6202	6207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478457
101	NC_012634	ATT	2	6	6239	6244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478458
102	NC_012634	TTA	2	6	6270	6275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478458
103	NC_012634	TAA	2	6	6295	6300	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228478458
104	NC_012634	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478458
105	NC_012634	TTA	2	6	6321	6326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478458
106	NC_012634	CAG	2	6	6373	6378	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228478458
107	NC_012634	TTA	2	6	6384	6389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228478458
108	NC_012634	TCT	2	6	6405	6410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478458
109	NC_012634	GTT	2	6	6472	6477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228478458
110	NC_012634	CCT	2	6	7263	7268	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228478459
111	NC_012634	GTA	2	6	7965	7970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478460
112	NC_012634	TTC	2	6	8009	8014	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
113	NC_012634	TTG	2	6	8051	8056	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228478460
114	NC_012634	TAC	2	6	8063	8068	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
115	NC_012634	CTG	2	6	8098	8103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228478460
116	NC_012634	CTG	2	6	8318	8323	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228478460
117	NC_012634	GCT	2	6	8418	8423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228478460
118	NC_012634	CTA	2	6	8551	8556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
119	NC_012634	ACT	2	6	8607	8612	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
120	NC_012634	CAT	2	6	8645	8650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
121	NC_012634	TCA	3	9	8656	8664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
122	NC_012634	CAG	3	9	8675	8683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228478460
123	NC_012634	TAC	2	6	8843	8848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
124	NC_012634	TAG	2	6	8855	8860	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478460
125	NC_012634	TTC	2	6	8931	8936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
126	NC_012634	CTG	2	6	8966	8971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228478460
127	NC_012634	ATG	2	6	9043	9048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228478460
128	NC_012634	TCT	2	6	9062	9067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
129	NC_012634	TCG	2	6	9103	9108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228478460
130	NC_012634	CTA	2	6	9109	9114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
131	NC_012634	CAC	2	6	9185	9190	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228478460
132	NC_012634	ATC	2	6	9195	9200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
133	NC_012634	TCT	2	6	9235	9240	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
134	NC_012634	TTC	2	6	9270	9275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
135	NC_012634	TCT	2	6	9292	9297	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
136	NC_012634	TCT	2	6	9310	9315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
137	NC_012634	ACT	2	6	9318	9323	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228478460
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139	NC_012634	CTC	2	6	9494	9499	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228478460
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146	NC_012634	TCT	3	9	9813	9821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228478460
147	NC_012634	CAC	2	6	9980	9985	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228478460
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.