MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia africae ESF-5 chromosome

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012633	AGAAAA	2	12	11172	11183	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012633	AGAACA	2	12	15199	15210	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_012633	AGAAAA	2	12	23234	23245	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012633	CAAATA	2	12	24026	24037	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_012633	TAAAGT	2	12	24190	24201	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012633	TTTAGG	2	12	25583	25594	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012633	TTTTTG	2	12	35020	35031	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012633	AAGAAA	2	12	35956	35967	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012633	ATCTTT	2	12	38383	38394	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_012633	ATATTA	2	12	42365	42376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012633	AAAGCT	2	12	42552	42563	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_012633	TACTAA	2	12	42756	42767	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012633	ATTAAT	2	12	43108	43119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012633	AGTATT	2	12	48743	48754	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012633	GCAGGA	2	12	52578	52589	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_012633	ATAAAA	2	12	65991	66002	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012633	TATTAA	2	12	84380	84391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012633	TAAAAA	2	12	93109	93120	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012633	CTCAAT	2	12	120119	120130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_012633	TATTTT	2	12	128373	128384	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012633	TTTTAA	2	12	168314	168325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012633	AATTTA	2	12	172071	172082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012633	TATTTA	2	12	208504	208515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012633	TATTTT	2	12	253924	253935	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012633	TAATTA	2	12	254855	254866	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012633	GCACCG	2	12	261999	262010	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_012633	CTTTAA	2	12	262326	262337	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012633	AAATAA	2	12	262472	262483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012633	AAAATG	2	12	262538	262549	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012633	GCACCG	2	12	263641	263652	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_012633	TTACTC	2	12	264585	264596	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012633	ATGACG	2	12	271127	271138	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_012633	ATTGCA	2	12	275169	275180	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012633	ATTAAA	2	12	281863	281874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012633	TAAAAT	2	12	283939	283950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012633	CCTGAA	2	12	285566	285577	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012633	TTAAGA	2	12	287109	287120	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012633	TATTGT	2	12	294515	294526	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012633	ATCTTT	2	12	307361	307372	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_012633	CAGAAA	2	12	331900	331911	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_012633	GCTATA	2	12	366845	366856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_012633	ATTTTG	2	12	369147	369158	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012633	ATTTAT	2	12	371467	371478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012633	ATAAGA	2	12	371862	371873	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012633	AAGATA	2	12	372746	372757	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012633	ATAAAA	2	12	373163	373174	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012633	CAGTTT	2	12	374246	374257	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_012633	TTTTAC	2	12	375260	375271	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012633	ATATAA	2	12	376688	376699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012633	TATTGT	2	12	386199	386210	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012633	AAATTA	2	12	387885	387896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012633	CTAGGG	2	12	411086	411097	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_012633	TCTAAT	2	12	445655	445666	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_012633	TGTAGG	2	12	465203	465214	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012633	AATATC	2	12	484240	484251	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_012633	AAATTT	2	12	492905	492916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012633	TATTCC	2	12	503729	503740	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_012633	AGGAAG	2	12	503897	503908	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012633	ATCAGT	2	12	507667	507678	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_012633	ATTTGA	2	12	507946	507957	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012633	TGTTAT	2	12	508252	508263	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012633	ATACCG	2	12	517231	517242	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012633	TTAATT	2	12	523139	523150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012633	TCATTG	2	12	528346	528357	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_012633	AATTTA	2	12	544720	544731	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012633	TAGTTT	2	12	548088	548099	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012633	TATTAA	2	12	551546	551557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012633	ATATTA	2	12	560843	560854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012633	CTATAT	2	12	562051	562062	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012633	CATATT	2	12	562583	562594	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_012633	TATCAA	2	12	563012	563023	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_012633	TCAAAA	2	12	563057	563068	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_012633	CAAAAA	2	12	568619	568630	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_012633	AATATA	2	12	582697	582708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012633	ACTATA	2	12	589676	589687	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012633	TTTATA	2	12	592705	592716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012633	GCTTGT	2	12	596719	596730	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_012633	ACAAAA	2	12	603927	603938	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_012633	TATTAA	2	12	616451	616462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012633	AAAGCT	2	12	624522	624533	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_012633	ACCGCT	2	12	626102	626113	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_012633	TAACAA	2	12	630686	630697	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_012633	ATTTAA	2	12	655368	655379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012633	TGCTTC	2	12	667809	667820	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012633	TAAAAC	2	12	668740	668751	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_012633	TATTTT	2	12	676601	676612	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012633	ATGAGC	2	12	690679	690690	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012633	TATCAA	2	12	691067	691078	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_012633	TCTGAT	2	12	691358	691369	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012633	ATCCAA	2	12	704779	704790	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012633	ATAGAA	2	12	719265	719276	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012633	TATAAT	2	12	736711	736722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012633	GTAAGC	2	12	744413	744424	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_012633	TATATT	2	12	751236	751247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012633	TAATGT	2	12	751421	751432	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012633	AAAGAA	2	12	753893	753904	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012633	ATATTT	2	12	757564	757575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012633	TAAAGC	2	12	762629	762640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_012633	CTACTC	2	12	767968	767979	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_012633	TATTTT	2	12	773469	773480	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012633	TTTAAA	2	12	792304	792315	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012633	TAAATC	2	12	802161	802172	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012633	ATCGTC	2	12	806562	806573	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_012633	ATTTTT	2	12	814782	814793	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012633	TATTTT	2	12	847913	847924	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012633	TTAATA	2	12	854809	854820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012633	AAACTG	2	12	860883	860894	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_012633	ATTTAA	2	12	863835	863846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012633	TATTAA	2	12	865497	865508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012633	GATATA	2	12	872946	872957	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012633	AGTTTA	2	12	875177	875188	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012633	TCTGAC	2	12	883176	883187	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_012633	AACATC	2	12	883434	883445	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_012633	AATATT	2	12	898059	898070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012633	TTCAAA	2	12	920910	920921	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_012633	TTTATC	2	12	951266	951277	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_012633	CCGATA	2	12	952128	952139	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_012633	ACAAAA	2	12	956664	956675	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_012633	TAATTT	2	12	969272	969283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012633	TGCTCT	2	12	970679	970690	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_012633	GCCATG	2	12	977925	977936	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_012633	TTTAAA	2	12	985053	985064	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012633	ATATCC	2	12	986086	986097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_012633	ATTAGG	2	12	991395	991406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012633	AATTAT	2	12	994249	994260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012633	ATCAAT	2	12	995092	995103	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_012633	CATTGT	2	12	996015	996026	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_012633	CATATT	2	12	1001053	1001064	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_012633	AATTTA	2	12	1015463	1015474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012633	TTAATA	2	12	1034887	1034898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012633	CAAGAA	2	12	1034989	1035000	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_012633	AAATTT	2	12	1038080	1038091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012633	AACAAT	2	12	1038555	1038566	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_012633	AAAAAT	2	12	1047300	1047311	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012633	TTAAAT	2	12	1047453	1047464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012633	TTAGTT	2	12	1049328	1049339	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012633	TAGTGA	2	12	1050126	1050137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012633	TTTTTG	2	12	1063139	1063150	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012633	ATCTGT	2	12	1072226	1072237	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_012633	CTTTTA	2	12	1079088	1079099	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_012633	AGCTTA	2	12	1091066	1091077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.