MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia africae ESF-5 chromosome

Total Repeats: 364

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012633	AATTA	2	10	9392	9401	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012633	CGCTC	2	10	9743	9752	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_012633	AAATA	2	10	12046	12055	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012633	TTTAA	2	10	17322	17331	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012633	TATAA	2	10	23112	23121	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012633	AAATA	2	10	25179	25188	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012633	ATGTT	2	10	25889	25898	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012633	TGCTA	2	10	29537	29546	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012633	AAGTG	2	10	32077	32086	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012633	ATTTT	2	10	32089	32098	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012633	TTAAT	2	10	33785	33794	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012633	TGAGT	2	10	33812	33821	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012633	TTAGT	2	10	36354	36363	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012633	CTTTT	2	10	38425	38434	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012633	TTATT	2	10	38837	38846	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012633	TTTTA	2	10	38941	38950	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012633	TAAGT	2	10	42085	42094	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012633	GAGAG	2	10	42774	42783	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012633	CAAAC	2	10	42826	42835	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012633	ACGTA	2	10	42990	42999	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012633	TAACT	2	10	43261	43270	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012633	AGTAC	2	10	46769	46778	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012633	TTTAA	2	10	46987	46996	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012633	TTTCT	2	10	48067	48076	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012633	CATTA	2	10	49130	49139	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_012633	ATTAT	2	10	55706	55715	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012633	TAAAT	2	10	67253	67262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012633	GATTA	2	10	71620	71629	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012633	ATACA	2	10	81295	81304	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012633	TATAA	2	10	94799	94808	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012633	TTGTA	2	10	94926	94935	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012633	AATTA	2	10	96228	96237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012633	CCAAA	2	10	103589	103598	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_012633	TAATA	2	10	104893	104902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012633	ATTTT	2	10	105140	105149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012633	ATTCG	2	10	120187	120196	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012633	GCAAG	2	10	123408	123417	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012633	TTTGA	2	10	126154	126163	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012633	TATTT	2	10	127659	127668	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012633	TGGTT	2	10	130634	130643	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012633	GTTTT	2	10	138638	138647	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012633	CTTGG	2	10	139456	139465	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012633	AAAGA	2	10	153034	153043	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012633	AAATC	2	10	179574	179583	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_012633	TTTAA	2	10	179642	179651	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012633	CAAGG	2	10	184260	184269	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_012633	CGCTC	2	10	188569	188578	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_012633	AAGAG	2	10	192828	192837	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012633	AATTA	2	10	208361	208370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012633	TAAAT	2	10	208378	208387	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012633	TAAAA	2	10	208413	208422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012633	AGACA	2	10	208475	208484	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012633	GTTTT	2	10	208958	208967	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012633	ATTAT	2	10	210543	210552	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012633	ATTTA	2	10	213030	213039	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012633	AAATT	2	10	214579	214588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012633	TTTCT	2	10	214594	214603	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012633	GTCAA	2	10	217060	217069	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012633	TAATA	2	10	223552	223561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012633	ATTTA	2	10	225134	225143	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012633	TAAAT	2	10	225203	225212	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012633	TATAT	2	10	226573	226582	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012633	TATCG	2	10	227273	227282	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_012633	ACAAT	2	10	227999	228008	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012633	ATTAA	2	10	229079	229088	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012633	ATTAG	2	10	230701	230710	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012633	ATACT	2	10	231172	231181	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012633	AAACT	2	10	231204	231213	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012633	ATTCT	2	10	232267	232276	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012633	TCGCT	2	10	244665	244674	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012633	TTTGA	2	10	246619	246628	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012633	CATGG	2	10	249067	249076	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012633	GACAA	2	10	253983	253992	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_012633	CTACA	2	10	255840	255849	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_012633	GTATT	2	10	256835	256844	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012633	ATTAG	2	10	262130	262139	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012633	AGGAT	2	10	263093	263102	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012633	AAGGA	2	10	263314	263323	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012633	TATAA	2	10	263836	263845	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012633	AAAAT	2	10	274528	274537	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012633	ATTGG	2	10	280199	280208	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012633	TTATT	2	10	280390	280399	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012633	CGAAG	2	10	286172	286181	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012633	ATCCC	2	10	287241	287250	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_012633	TGCAA	2	10	287326	287335	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012633	TAATA	2	10	290874	290883	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012633	TAATT	2	10	294016	294025	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012633	GATAT	2	10	304548	304557	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012633	TATGA	2	10	305000	305009	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012633	AAAGA	2	10	307781	307790	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012633	ATTTT	2	10	309385	309394	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012633	TAAAA	2	10	309433	309442	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012633	GATTT	2	10	323149	323158	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012633	ATCTA	2	10	324454	324463	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_012633	TTTAT	2	10	329425	329434	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012633	TTTAT	2	10	336725	336734	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012633	TAAAA	2	10	347444	347453	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012633	TTTAA	2	10	352826	352835	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012633	ATATT	2	10	356176	356185	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012633	AGGAA	2	10	356261	356270	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012633	AATGA	2	10	356477	356486	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012633	ATAAA	2	10	357541	357550	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012633	CAACA	2	10	363984	363993	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_012633	TTACT	2	10	365113	365122	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012633	TCTGC	2	10	365438	365447	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_012633	TTGGT	2	10	366426	366435	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012633	ATTAA	2	10	367196	367205	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012633	AATTA	2	10	367971	367980	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012633	TTAAT	2	10	371287	371296	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012633	ACAAA	2	10	371341	371350	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_012633	GAAAA	2	10	372572	372581	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012633	GGATA	2	10	373569	373578	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012633	ATTTA	2	10	387794	387803	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012633	AATTT	2	10	396618	396627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012633	TAATT	2	10	411174	411183	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012633	ATATA	2	10	416531	416540	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012633	ATTAA	2	10	419179	419188	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012633	AATAA	2	10	422479	422488	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012633	CGCTC	2	10	430168	430177	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
120	NC_012633	TAATT	2	10	432752	432761	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012633	AAGCT	2	10	432808	432817	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_012633	GATTT	2	10	433424	433433	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012633	TATGC	2	10	433612	433621	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_012633	TAAAA	2	10	434098	434107	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012633	CGCTC	2	10	437958	437967	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_012633	CGCTC	2	10	438404	438413	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
127	NC_012633	TAATT	2	10	446630	446639	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012633	TGATA	2	10	447625	447634	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012633	TAAAT	2	10	456920	456929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012633	TCAAG	2	10	463627	463636	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_012633	TAGTA	2	10	463728	463737	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012633	ATATA	2	10	463945	463954	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012633	TGCAA	2	10	464027	464036	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012633	TATAT	2	10	468865	468874	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012633	ATCTT	2	10	477214	477223	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_012633	ATATT	2	10	478362	478371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012633	TTTTA	2	10	478511	478520	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012633	TTAAT	2	10	487227	487236	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012633	CTTTA	2	10	492789	492798	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_012633	TCTTT	2	10	495979	495988	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_012633	ATTTT	2	10	496853	496862	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012633	TCGCT	2	10	497840	497849	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_012633	TCGCT	2	10	499598	499607	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_012633	TAAAA	2	10	499622	499631	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012633	ATTAA	2	10	504919	504928	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012633	GCTTC	2	10	506503	506512	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_012633	TTTCT	2	10	506912	506921	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_012633	AATTA	2	10	507989	507998	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012633	TTTCA	2	10	508638	508647	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_012633	ATGTT	2	10	513642	513651	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_012633	TTCTA	2	10	996321	996330	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
296	NC_012633	TAGCA	2	10	996624	996633	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
297	NC_012633	TACTT	2	10	996763	996772	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
298	NC_012633	GGATT	2	10	997114	997123	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
299	NC_012633	ACATA	2	10	997159	997168	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_012633	TTATT	2	10	997753	997762	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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304	NC_012633	ACAAA	2	10	1004835	1004844	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
305	NC_012633	TCATA	2	10	1014950	1014959	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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318	NC_012633	AAGTA	2	10	1054178	1054187	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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329	NC_012633	GGTAC	2	10	1113352	1113361	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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331	NC_012633	GCTCA	2	10	1114717	1114726	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
332	NC_012633	GGATT	2	10	1130004	1130013	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
333	NC_012633	AAATT	2	10	1142609	1142618	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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338	NC_012633	ACTAC	2	10	1171471	1171480	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
339	NC_012633	TTTTG	2	10	1172387	1172396	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
340	NC_012633	TGAAC	2	10	1172702	1172711	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
341	NC_012633	ATCCA	2	10	1175523	1175532	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
342	NC_012633	TTGAC	2	10	1176634	1176643	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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349	NC_012633	TGTTA	2	10	1218314	1218323	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
350	NC_012633	CGAAC	2	10	1218603	1218612	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
351	NC_012633	ATATT	2	10	1225260	1225269	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
352	NC_012633	ACTTA	2	10	1232857	1232866	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
353	NC_012633	TATAA	2	10	1234784	1234793	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
354	NC_012633	TTATT	2	10	1234875	1234884	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
355	NC_012633	GTTTA	2	10	1252209	1252218	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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360	NC_012633	GTAAT	2	10	1262724	1262733	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
361	NC_012633	AGAGA	2	10	1266743	1266752	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
362	NC_012633	ATTTA	2	10	1270734	1270743	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
363	NC_012633	ATTTA	2	10	1271769	1271778	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
364	NC_012633	TATAT	2	10	1271938	1271947	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.