MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sulfolobus islandicus M.16.27 chromosome

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012632	TCATT	2	10	94	103	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012632	GTCAC	2	10	356	365	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_012632	TTAAA	2	10	5881	5890	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012632	ATGTT	2	10	6110	6119	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012632	AAAAT	2	10	27149	27158	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012632	TGGTG	2	10	39029	39038	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012632	TAATT	2	10	61013	61022	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012632	GTTTT	2	10	72051	72060	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012632	ATATG	2	10	82181	82190	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012632	AATTA	2	10	92928	92937	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012632	TTATC	2	10	101977	101986	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012632	CATGC	2	10	115255	115264	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_012632	AAATT	2	10	120405	120414	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012632	GATTA	2	10	120862	120871	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012632	AAATA	2	10	134450	134459	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012632	GAGTC	2	10	142489	142498	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_012632	TTAAA	2	10	163150	163159	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012632	TCTAT	2	10	173108	173117	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012632	GGAGA	2	10	173737	173746	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012632	GTGAT	2	10	191097	191106	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012632	ATAAA	2	10	200208	200217	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012632	ATAAA	2	10	252972	252981	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012632	TCTCA	2	10	258554	258563	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012632	TCAAT	2	10	268289	268298	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012632	TTCGA	2	10	271442	271451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_012632	TGAAA	2	10	272602	272611	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012632	ATGTT	2	10	285426	285435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012632	GTGAA	2	10	287419	287428	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012632	TATTC	2	10	287655	287664	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012632	CCTAG	2	10	288526	288535	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_012632	TAACT	2	10	290259	290268	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012632	TAAAT	2	10	290566	290575	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012632	CTTCT	2	10	294034	294043	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_012632	ATCAT	2	10	295650	295659	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012632	CTAAT	2	10	295947	295956	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012632	TGACT	2	10	303149	303158	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012632	AAATT	2	10	304675	304684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012632	TTTAG	2	10	307846	307855	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012632	TATAA	2	10	308790	308799	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012632	TTAAA	2	10	312292	312301	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012632	ATTAG	2	10	313635	313644	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012632	TACAC	2	10	318496	318505	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012632	GAGTC	2	10	318854	318863	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012632	TAAAT	2	10	322221	322230	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012632	TAAGA	2	10	326804	326813	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012632	TTGAA	2	10	327337	327346	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012632	ATCTA	2	10	327788	327797	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012632	CCTTC	2	10	338894	338903	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_012632	AGGAG	2	10	344988	344997	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012632	TGAAA	2	10	345343	345352	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012632	TAAAT	2	10	345572	345581	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012632	ATGGC	2	10	345594	345603	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012632	GAAGG	2	10	348423	348432	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012632	TTTTA	2	10	351148	351157	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012632	CATGG	2	10	360715	360724	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012632	TTTCT	2	10	362468	362477	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012632	CTTAT	2	10	366513	366522	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012632	TTTTC	2	10	372689	372698	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012632	AGAGG	2	10	373394	373403	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012632	TATAA	2	10	373900	373909	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012632	TATGA	2	10	407470	407479	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012632	TTAAT	2	10	409965	409974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012632	GTAGT	2	10	412201	412210	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012632	ATTAT	2	10	413801	413810	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012632	ATATT	2	10	413957	413966	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012632	ATTTT	2	10	414298	414307	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012632	TGTAT	2	10	416407	416416	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012632	TTAAA	2	10	416506	416515	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012632	TTATT	2	10	418088	418097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012632	ACTAC	2	10	423119	423128	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012632	TACTC	2	10	424203	424212	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_012632	TGAAA	2	10	426858	426867	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012632	AGATA	2	10	426882	426891	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012632	ATATT	2	10	434045	434054	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012632	AAAGA	2	10	434437	434446	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012632	GAGAA	2	10	444004	444013	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012632	TAGTT	2	10	454419	454428	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012632	TTACA	2	10	455263	455272	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_012632	ATACG	2	10	460495	460504	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012632	TCGTT	2	10	462906	462915	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_012632	TACTT	2	10	463132	463141	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012632	ACTCC	2	10	469270	469279	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_012632	CCTTA	2	10	469365	469374	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_012632	TCTCT	2	10	483532	483541	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_012632	AAACT	2	10	484801	484810	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012632	ATTTA	2	10	490395	490404	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012632	TAATT	2	10	499686	499695	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012632	CTGAG	2	10	502601	502610	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_012632	AAATG	2	10	506258	506267	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012632	GGATA	2	10	511064	511073	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012632	GAAAG	2	10	512185	512194	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012632	CTTCA	2	10	517073	517082	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_012632	TGAAA	2	10	519663	519672	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012632	TATAA	2	10	521093	521102	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012632	TCTTT	2	10	521474	521483	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_012632	CATAA	2	10	522332	522341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_012632	GTTTA	2	10	527936	527945	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012632	TTACA	2	10	540523	540532	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012632	AGGTT	2	10	556811	556820	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012632	ATTAG	2	10	564892	564901	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012632	CTACG	2	10	565877	565886	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_012632	ATTCT	2	10	570310	570319	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012632	AACAT	2	10	592741	592750	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012632	AACTT	2	10	593352	593361	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012632	TTTTA	2	10	601222	601231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012632	CAAAG	2	10	608070	608079	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_012632	TGATA	2	10	612778	612787	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012632	TAAAG	2	10	622345	622354	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012632	TAAAA	2	10	625368	625377	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012632	AAGTT	2	10	633382	633391	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012632	AGAGT	2	10	637776	637785	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012632	CCGGT	2	10	640998	641007	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_012632	TTAGA	2	10	641045	641054	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012632	TGAAA	2	10	646887	646896	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012632	TAATT	2	10	647020	647029	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012632	TGAAA	2	10	662160	662169	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012632	TATAA	2	10	662291	662300	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012632	TAAAT	2	10	666712	666721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012632	GCGTT	2	10	666763	666772	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_012632	TTGAA	2	10	667025	667034	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012632	TATCT	2	10	669975	669984	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_012632	GATTA	2	10	673772	673781	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012632	ATCAC	2	10	688274	688283	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_012632	TTGTT	2	10	691961	691970	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012632	AAAAT	2	10	692003	692012	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012632	TTTTA	2	10	700568	700577	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012632	TATAA	2	10	700953	700962	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012632	TAAAA	2	10	707375	707384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012632	TTATA	2	10	712584	712593	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012632	CTCTT	2	10	716314	716323	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_012632	AAGAA	2	10	718042	718051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012632	TACTT	2	10	718538	718547	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_012632	ACTAC	2	10	723728	723737	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_012632	TATAA	2	10	732404	732413	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012632	GGCAT	2	10	732608	732617	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_012632	TGAAA	2	10	735568	735577	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012632	ATTCT	2	10	740625	740634	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_012632	ATATT	2	10	743450	743459	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012632	TATGA	2	10	747993	748002	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012632	TATTT	2	10	749408	749417	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012632	ATAGT	2	10	755844	755853	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012632	AAATA	2	10	767244	767253	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012632	ATTAT	2	10	772265	772274	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012632	TAAAA	2	10	779674	779683	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012632	CTTTT	2	10	787627	787636	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_012632	ATCTT	2	10	796603	796612	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_012632	TATAA	2	10	796666	796675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012632	TCCTT	2	10	796762	796771	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_012632	ATACA	2	10	797252	797261	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_012632	TTTAA	2	10	806692	806701	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012632	CCGAA	2	10	807439	807448	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_012632	CGTCC	2	10	808629	808638	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
153	NC_012632	GAAGA	2	10	818979	818988	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012632	AGTTA	2	10	838484	838493	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012632	CTTTC	2	10	842429	842438	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
156	NC_012632	ATGAA	2	10	842938	842947	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_012632	TTTAA	2	10	843421	843430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_012632	TTTTA	2	10	848141	848150	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_012632	AAATT	2	10	850361	850370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_012632	ATGAT	2	10	859560	859569	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_012632	TAAGA	2	10	859775	859784	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012632	ATTAT	2	10	859805	859814	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012632	TTTAA	2	10	865371	865380	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_012632	GAACA	2	10	865472	865481	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
166	NC_012632	ATAGT	2	10	870822	870831	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_012632	GCAAG	2	10	881445	881454	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
168	NC_012632	TTTTC	2	10	882068	882077	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
169	NC_012632	TATAA	2	10	882765	882774	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_012632	TTTTA	2	10	897025	897034	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_012632	TAACG	2	10	897120	897129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
172	NC_012632	TAAGG	2	10	906549	906558	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
173	NC_012632	CTGGG	2	10	907288	907297	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_012632	TAAAA	2	10	930673	930682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_012632	TTTAA	2	10	934942	934951	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_012632	TTTTA	2	10	935034	935043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_012632	GTTAC	2	10	936512	936521	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_012632	AGTTA	2	10	948198	948207	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_012632	AAATT	2	10	963452	963461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_012632	TACTA	2	10	963529	963538	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
197	NC_012632	ATAAA	2	10	964505	964514	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_012632	TCATA	2	10	981402	981411	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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223	NC_012632	TACCT	2	10	1043900	1043909	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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232	NC_012632	TTTTA	2	10	1084451	1084460	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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263	NC_012632	GCAAA	2	10	1454680	1454689	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
264	NC_012632	TAGTA	2	10	1458844	1458853	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_012632	TGAAT	2	10	1480496	1480505	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
271	NC_012632	TACTT	2	10	1494945	1494954	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
272	NC_012632	ACTAT	2	10	1540388	1540397	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
273	NC_012632	AAAAT	2	10	1566668	1566677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_012632	TTCAT	2	10	1591660	1591669	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
275	NC_012632	CCTAA	2	10	1607077	1607086	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
276	NC_012632	TTAGA	2	10	1608822	1608831	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
277	NC_012632	AAGTA	2	10	1608950	1608959	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
278	NC_012632	AGGAA	2	10	1612515	1612524	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
279	NC_012632	CTTCT	2	10	1627961	1627970	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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282	NC_012632	TATTT	2	10	1653384	1653393	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_012632	GATAA	2	10	1672136	1672145	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
284	NC_012632	ATTAC	2	10	1705374	1705383	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
285	NC_012632	ATAAG	2	10	1717753	1717762	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_012632	AGCAA	2	10	1718033	1718042	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
287	NC_012632	TTTTA	2	10	1724700	1724709	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_012632	ATAAA	2	10	1753691	1753700	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_012632	TGAAT	2	10	1754655	1754664	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
291	NC_012632	CTTTT	2	10	1758202	1758211	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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323	NC_012632	TGAAA	2	10	2112362	2112371	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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394	NC_012632	AAGAG	2	10	2513375	2513384	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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401	NC_012632	TTTAG	2	10	2617592	2617601	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.