MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis plasmid pSW3

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012631	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012631	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012631	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012631	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012631	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404351
6	NC_012631	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404351
7	NC_012631	CTT	2	6	1148	1153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404352
8	NC_012631	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404352
9	NC_012631	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404352
10	NC_012631	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228404352
11	NC_012631	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404352
12	NC_012631	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404352
13	NC_012631	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228404352
14	NC_012631	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228404352
15	NC_012631	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404352
16	NC_012631	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404352
17	NC_012631	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228404352
18	NC_012631	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012631	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012631	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404353
21	NC_012631	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404353
22	NC_012631	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228404353
23	NC_012631	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404353
24	NC_012631	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404353
25	NC_012631	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
26	NC_012631	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404353
27	NC_012631	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404353
28	NC_012631	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404353
29	NC_012631	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404353
30	NC_012631	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
31	NC_012631	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404353
32	NC_012631	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
33	NC_012631	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
34	NC_012631	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404353
35	NC_012631	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404354
36	NC_012631	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
37	NC_012631	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404354
38	NC_012631	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404354
39	NC_012631	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
40	NC_012631	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404354
41	NC_012631	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
42	NC_012631	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228404354
43	NC_012631	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404354
44	NC_012631	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404354
45	NC_012631	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
46	NC_012631	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404354
47	NC_012631	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
48	NC_012631	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
49	NC_012631	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
50	NC_012631	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404355
51	NC_012631	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
52	NC_012631	TCA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404355
53	NC_012631	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404355
54	NC_012631	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404355
55	NC_012631	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404355
56	NC_012631	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
57	NC_012631	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228404355
58	NC_012631	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404355
59	NC_012631	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404355
60	NC_012631	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228404355
61	NC_012631	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404355
62	NC_012631	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404355
63	NC_012631	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404356
64	NC_012631	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404356
65	NC_012631	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404356
66	NC_012631	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228404357
67	NC_012631	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404357
68	NC_012631	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404357
69	NC_012631	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404357
70	NC_012631	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404357
71	NC_012631	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404357
72	NC_012631	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
73	NC_012631	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404357
74	NC_012631	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
75	NC_012631	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404357
76	NC_012631	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404357
77	NC_012631	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228404357
78	NC_012631	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404357
79	NC_012631	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
80	NC_012631	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
81	NC_012631	AAG	2	6	6759	6764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404358
82	NC_012631	ATT	2	6	6830	6835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404358
83	NC_012631	GAA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404358
84	NC_012631	AAG	2	6	6877	6882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404358
85	NC_012631	CTT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404358
86	NC_012631	CAA	2	6	7003	7008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404358
87	NC_012631	TCT	2	6	7047	7052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404358
88	NC_012631	AGA	2	6	7306	7311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404358
89	NC_012631	CAT	2	6	7349	7354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404358
90	NC_012631	TCC	2	6	7374	7379	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228404358
91	NC_012631	TCT	2	6	7391	7396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404358
92	NC_012631	ACA	2	6	7397	7402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404358
93	NC_012631	TCC	2	6	7434	7439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_012631	TAT	2	6	7461	7466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.