MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis plasmid pSW5

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012626	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012626	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012626	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012626	GTT	2	6	374	379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298556
5	NC_012626	AAC	2	6	829	834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298556
6	NC_012626	TCT	2	6	1125	1130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298557
7	NC_012626	TCT	2	6	1142	1147	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298557
8	NC_012626	ATC	2	6	1172	1177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298557
9	NC_012626	CCA	2	6	1341	1346	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228298557
10	NC_012626	TAA	2	6	1434	1439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298557
11	NC_012626	TTG	2	6	1489	1494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298557
12	NC_012626	CCT	2	6	1544	1549	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228298557
13	NC_012626	TGC	2	6	1762	1767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228298557
14	NC_012626	AAG	2	6	1794	1799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298557
15	NC_012626	ATA	2	6	1967	1972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298557
16	NC_012626	TGC	2	6	2075	2080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228298557
17	NC_012626	AAT	2	6	2151	2156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012626	GTT	2	6	2160	2165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012626	GTT	2	6	2252	2257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298558
20	NC_012626	TCA	2	6	2333	2338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298558
21	NC_012626	GCG	2	6	2420	2425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228298558
22	NC_012626	ATG	2	6	2470	2475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298558
23	NC_012626	GAT	2	6	2523	2528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298558
24	NC_012626	GAA	2	6	2547	2552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
25	NC_012626	TGA	2	6	2825	2830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298558
26	NC_012626	AGC	2	6	2870	2875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298558
27	NC_012626	TTG	2	6	2986	2991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298558
28	NC_012626	ATT	2	6	2997	3002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298558
29	NC_012626	AGA	2	6	3056	3061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
30	NC_012626	ATT	2	6	3062	3067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298558
31	NC_012626	AGA	2	6	3074	3079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
32	NC_012626	AGA	2	6	3176	3181	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298558
33	NC_012626	TCT	2	6	3444	3449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298558
34	NC_012626	TCA	2	6	3576	3581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298559
35	NC_012626	GAA	2	6	3615	3620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
36	NC_012626	AGC	2	6	3718	3723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298559
37	NC_012626	GTT	2	6	3773	3778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298559
38	NC_012626	AAG	2	6	3912	3917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
39	NC_012626	TAG	2	6	4008	4013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298559
40	NC_012626	GAA	2	6	4076	4081	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
41	NC_012626	CAC	2	6	4113	4118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228298559
42	NC_012626	CAG	2	6	4281	4286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298559
43	NC_012626	TTA	2	6	4340	4345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298559
44	NC_012626	AGA	2	6	4475	4480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
45	NC_012626	TTC	2	6	4501	4506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298559
46	NC_012626	GAA	2	6	4553	4558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298559
47	NC_012626	ATA	2	6	4720	4725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
48	NC_012626	AAT	2	6	4766	4771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
49	NC_012626	ACA	2	6	4779	4784	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298560
50	NC_012626	AAT	2	6	4842	4847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
51	NC_012626	TCA	2	6	4848	4853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298560
52	NC_012626	TTG	2	6	4954	4959	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298560
53	NC_012626	TTG	2	6	5013	5018	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298560
54	NC_012626	AAC	2	6	5028	5033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298560
55	NC_012626	TAA	2	6	5045	5050	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298560
56	NC_012626	AGG	2	6	5099	5104	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228298560
57	NC_012626	CAG	2	6	5164	5169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228298560
58	NC_012626	ATT	2	6	5172	5177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298560
59	NC_012626	GGC	2	6	5193	5198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228298560
60	NC_012626	GTT	2	6	5199	5204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298560
61	NC_012626	TCA	2	6	5259	5264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298560
62	NC_012626	TTA	2	6	5563	5568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298561
63	NC_012626	CAA	2	6	5703	5708	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298561
64	NC_012626	ATT	2	6	5726	5731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298561
65	NC_012626	GGA	2	6	5898	5903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228298562
66	NC_012626	ACA	2	6	5913	5918	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298562
67	NC_012626	TCT	2	6	6003	6008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298562
68	NC_012626	CAT	2	6	6127	6132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298562
69	NC_012626	AAC	2	6	6180	6185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298562
70	NC_012626	ATA	2	6	6234	6239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228298562
71	NC_012626	AAG	2	6	6271	6276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
72	NC_012626	TTG	2	6	6280	6285	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228298562
73	NC_012626	GAA	3	9	6381	6389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
74	NC_012626	GAT	2	6	6420	6425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228298562
75	NC_012626	CAA	2	6	6490	6495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298562
76	NC_012626	TCG	2	6	6500	6505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228298562
77	NC_012626	TCT	2	6	6527	6532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298562
78	NC_012626	AGA	2	6	6536	6541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
79	NC_012626	AGA	2	6	6578	6583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298562
80	NC_012626	AAG	2	6	6728	6733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298563
81	NC_012626	ATT	2	6	6799	6804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228298563
82	NC_012626	GAA	2	6	6833	6838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298563
83	NC_012626	AAG	2	6	6846	6851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298563
84	NC_012626	CTT	2	6	6911	6916	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298563
85	NC_012626	CAA	2	6	6972	6977	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298563
86	NC_012626	TCT	2	6	7016	7021	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298563
87	NC_012626	AGA	2	6	7275	7280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228298563
88	NC_012626	CAT	2	6	7318	7323	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228298563
89	NC_012626	TCC	2	6	7343	7348	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228298563
90	NC_012626	TCT	2	6	7360	7365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228298563
91	NC_012626	ACA	2	6	7366	7371	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228298563
92	NC_012626	TCC	2	6	7403	7408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_012626	TAT	2	6	7430	7435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.