MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis plasmid pSW4

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012625	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292901
2	NC_012625	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292901
3	NC_012625	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292902
4	NC_012625	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292902
5	NC_012625	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292902
6	NC_012625	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228292902
7	NC_012625	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292902
8	NC_012625	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292902
9	NC_012625	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228292902
10	NC_012625	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228292902
11	NC_012625	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292902
12	NC_012625	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292902
13	NC_012625	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228292902
14	NC_012625	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292903
15	NC_012625	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292903
16	NC_012625	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228292903
17	NC_012625	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292903
18	NC_012625	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292903
19	NC_012625	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
20	NC_012625	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292903
21	NC_012625	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292903
22	NC_012625	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292903
23	NC_012625	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292903
24	NC_012625	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
25	NC_012625	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292903
26	NC_012625	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
27	NC_012625	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292903
28	NC_012625	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292903
29	NC_012625	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292904
30	NC_012625	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
31	NC_012625	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292904
32	NC_012625	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292904
33	NC_012625	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
34	NC_012625	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292904
35	NC_012625	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
36	NC_012625	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228292904
37	NC_012625	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292904
38	NC_012625	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292904
39	NC_012625	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
40	NC_012625	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292904
41	NC_012625	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292904
42	NC_012625	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
43	NC_012625	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
44	NC_012625	ACA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292905
45	NC_012625	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
46	NC_012625	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292905
47	NC_012625	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292905
48	NC_012625	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292905
49	NC_012625	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292905
50	NC_012625	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292905
51	NC_012625	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228292905
52	NC_012625	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228292905
53	NC_012625	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292905
54	NC_012625	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228292905
55	NC_012625	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292905
56	NC_012625	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292905
57	NC_012625	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292906
58	NC_012625	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292906
59	NC_012625	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292906
60	NC_012625	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228292907
61	NC_012625	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292907
62	NC_012625	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292907
63	NC_012625	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292907
64	NC_012625	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292907
65	NC_012625	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228292907
66	NC_012625	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
67	NC_012625	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228292907
68	NC_012625	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
69	NC_012625	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228292907
70	NC_012625	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292907
71	NC_012625	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228292907
72	NC_012625	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292907
73	NC_012625	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
74	NC_012625	AGA	2	6	6600	6605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292907
75	NC_012625	AAG	2	6	6750	6755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292908
76	NC_012625	ATT	2	6	6821	6826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228292908
77	NC_012625	GAA	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292908
78	NC_012625	AAG	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292908
79	NC_012625	CTT	2	6	6933	6938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292908
80	NC_012625	CAA	2	6	6994	6999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292908
81	NC_012625	TCT	2	6	7038	7043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292908
82	NC_012625	AGA	2	6	7297	7302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228292908
83	NC_012625	CAT	2	6	7340	7345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228292908
84	NC_012625	TCC	2	6	7365	7370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228292908
85	NC_012625	TCT	2	6	7382	7387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228292908
86	NC_012625	ACA	2	6	7388	7393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228292908

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.