MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O395 chromosome chromosome II

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012583	GTTAG	2	10	17178	17187	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012583	TTTGT	2	10	32812	32821	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012583	GCAAA	2	10	35764	35773	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012583	ACATG	2	10	39950	39959	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012583	ATTCA	2	10	50901	50910	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012583	TTGTT	2	10	97211	97220	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012583	ATATA	2	10	101714	101723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012583	AATTA	2	10	102289	102298	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012583	CTTTT	2	10	112708	112717	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012583	TTAAT	2	10	114884	114893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012583	ACTCA	2	10	117306	117315	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_012583	GCGTC	2	10	135524	135533	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_012583	GATCA	2	10	135574	135583	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_012583	AGGAC	2	10	196458	196467	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012583	TAGTG	2	10	201951	201960	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012583	CAAGC	2	10	258722	258731	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_012583	GGCTT	2	10	258736	258745	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012583	TTCCT	2	10	259600	259609	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_012583	TCATC	2	10	270125	270134	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012583	AACTT	2	10	271792	271801	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012583	AAATT	2	10	271865	271874	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012583	ACTCA	2	10	272311	272320	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_012583	AGCTG	2	10	272659	272668	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012583	ATTTG	2	10	274664	274673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012583	CTTCT	2	10	276842	276851	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_012583	ATAAA	2	10	282275	282284	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012583	GTTTT	2	10	314640	314649	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012583	TAATT	2	10	319735	319744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012583	TCATT	2	10	319838	319847	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012583	AAATT	2	10	326901	326910	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012583	GTTTA	2	10	344163	344172	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012583	TTGAT	2	10	351961	351970	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012583	ATTGC	2	10	367679	367688	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012583	AGAGT	2	10	367914	367923	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012583	TGCGT	2	10	370588	370597	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012583	TGAAC	2	10	381063	381072	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012583	CTCGA	2	10	381101	381110	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_012583	GTGTT	2	10	382020	382029	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012583	TCGCT	2	10	393338	393347	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_012583	TTGAT	2	10	400109	400118	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012583	ACTGA	2	10	401874	401883	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012583	ACTTC	2	10	416111	416120	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012583	TAGCT	2	10	423874	423883	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012583	AATTA	2	10	429198	429207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012583	TAGGG	2	10	433575	433584	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012583	TCCTT	2	10	438924	438933	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_012583	GCGCT	2	10	439247	439256	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_012583	ACCAA	2	10	443097	443106	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_012583	GTAAC	2	10	443134	443143	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012583	CGCTT	2	10	443422	443431	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_012583	CTCAC	2	10	443701	443710	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_012583	CGCTT	2	10	443742	443751	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_012583	TTACC	2	10	445148	445157	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_012583	GGGTA	2	10	445487	445496	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012583	CTAAC	2	10	448970	448979	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_012583	TAAAT	2	10	449734	449743	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012583	AAGAC	2	10	467548	467557	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012583	AATGG	2	10	471954	471963	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012583	AAGTA	2	10	481861	481870	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012583	GGGTT	2	10	481882	481891	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012583	AATGC	2	10	487558	487567	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012583	CAAAA	2	10	497219	497228	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012583	TCACA	2	10	504018	504027	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_012583	TTTTG	2	10	505080	505089	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012583	TTCAT	2	10	514375	514384	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_012583	CATTT	2	10	573097	573106	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_012583	GTCAG	2	10	581971	581980	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012583	AAAAG	2	10	601287	601296	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012583	GGGAT	2	10	610694	610703	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012583	CCTGA	2	10	610806	610815	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012583	TTTTC	2	10	617153	617162	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012583	TCTTT	2	10	617167	617176	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012583	TTTGA	2	10	640407	640416	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012583	ACACT	2	10	657148	657157	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_012583	GGGTA	2	10	662020	662029	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012583	ACTAT	2	10	672736	672745	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012583	TTTAG	2	10	681797	681806	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012583	AGAAC	2	10	700782	700791	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_012583	TAATT	2	10	703469	703478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012583	ACAAA	2	10	708160	708169	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_012583	GAAAA	2	10	716515	716524	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012583	AACCA	2	10	718254	718263	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012583	TCCTA	2	10	729408	729417	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_012583	CCTAT	2	10	733087	733096	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_012583	CATAA	2	10	737172	737181	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012583	TTTTA	2	10	740180	740189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012583	ATCAA	2	10	750368	750377	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_012583	TAAAG	2	10	751904	751913	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012583	CCCGA	2	10	752681	752690	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_012583	ACATC	2	10	762140	762149	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_012583	TGAAA	2	10	766116	766125	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012583	ATCTT	2	10	776667	776676	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012583	TGTCT	2	10	776681	776690	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012583	TCAAA	2	10	784148	784157	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_012583	AATGA	2	10	785230	785239	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012583	ACAAA	2	10	823062	823071	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_012583	AATGA	2	10	826644	826653	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012583	AGGAA	2	10	829765	829774	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012583	CATCA	2	10	869508	869517	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_012583	AGCAC	2	10	876323	876332	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_012583	TAAAC	2	10	876436	876445	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012583	GCCGC	2	10	888064	888073	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_012583	TACCC	2	10	888319	888328	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
104	NC_012583	CTTTT	2	10	910495	910504	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012583	CCAAT	2	10	910523	910532	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_012583	GAAAA	2	10	930178	930187	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012583	CGTTT	2	10	950184	950193	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_012583	TCACT	2	10	956320	956329	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_012583	ATTTT	2	10	1002318	1002327	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012583	CTAAG	2	10	1002475	1002484	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_012583	CGGAA	2	10	1006403	1006412	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_012583	TTCAT	2	10	1006504	1006513	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_012583	TTTTC	2	10	1008072	1008081	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_012583	ATATG	2	10	1014522	1014531	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012583	AAACA	2	10	1021333	1021342	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_012583	TTTAA	2	10	1033444	1033453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012583	ACCTC	2	10	1035775	1035784	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_012583	CGCCC	2	10	1050473	1050482	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
119	NC_012583	CGCTG	2	10	1050648	1050657	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_012583	AAATA	2	10	1056677	1056686	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012583	AATAC	2	10	1057348	1057357	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_012583	AACAA	2	10	1065711	1065720	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_012583	TGGGC	2	10	1107804	1107813	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.