MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O395 chromosome chromosome I

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012582	CATTAG	2	12	1900	1911	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_012582	TCTAGT	2	12	16164	16175	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_012582	GATAAA	2	12	21388	21399	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012582	AAAAAC	2	12	41665	41676	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_012582	GAGCGA	2	12	73927	73938	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012582	ATTTCA	2	12	118888	118899	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012582	CTCTTT	2	12	153443	153454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_012582	TACTCT	2	12	155740	155751	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_012582	TTTTGA	2	12	169476	169487	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012582	GGCGTC	2	12	171962	171973	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_012582	TGAAAT	2	12	203036	203047	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012582	CTTTGT	2	12	263691	263702	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012582	CTTGCG	2	12	344231	344242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_012582	TTTGTT	2	12	348913	348924	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012582	TGAAAT	2	12	377617	377628	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012582	TGTCTT	2	12	379011	379022	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_012582	GCTTTT	2	12	389143	389154	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_012582	TCAAAA	2	12	405663	405674	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_012582	TAAGGT	2	12	411548	411559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012582	TGAAAT	2	12	455223	455234	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012582	TTTATT	2	12	503867	503878	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012582	CCTTAT	2	12	509419	509430	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_012582	ACGTGA	2	12	509495	509506	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_012582	TCACTG	2	12	511437	511448	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_012582	CTATGT	2	12	512744	512755	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012582	CTATGC	2	12	512756	512767	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_012582	TTTCCC	2	12	531014	531025	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012582	CTGCAA	2	12	535953	535964	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_012582	ACTTTG	2	12	560179	560190	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012582	TTTAGT	2	12	613861	613872	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012582	TAAATT	2	12	625228	625239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012582	TGATGG	2	12	638754	638765	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012582	CATTAT	2	12	687976	687987	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012582	GCTTGC	2	12	738756	738767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_012582	TGAAAT	2	12	788911	788922	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012582	TCCTTG	2	12	860467	860478	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012582	TCCTCA	2	12	892573	892584	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012582	GTATTG	2	12	903813	903824	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012582	ATGAAA	2	12	904388	904399	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012582	ATTTTT	2	12	958571	958582	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012582	TAATAC	2	12	1000641	1000652	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_012582	TTATTG	2	12	1005961	1005972	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012582	AAAGAG	2	12	1015541	1015552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012582	TTATTT	2	12	1021058	1021069	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012582	AGCCTA	2	12	1030820	1030831	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012582	TTTTAC	2	12	1044172	1044183	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_012582	AAGATA	2	12	1057320	1057331	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012582	AAAAAT	2	12	1059733	1059744	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012582	AGTGTG	2	12	1143452	1143463	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012582	AAAGGA	2	12	1158425	1158436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012582	CTTTCA	2	12	1162023	1162034	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012582	TGCAAT	2	12	1268423	1268434	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_012582	TTAGAT	2	12	1365284	1365295	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012582	CCTGAC	2	12	1398544	1398555	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_012582	TGCCTA	2	12	1422875	1422886	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012582	AACGCT	2	12	1452148	1452159	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_012582	GTTTAC	2	12	1507234	1507245	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_012582	GCAGCG	2	12	1508333	1508344	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_012582	TTCAAG	2	12	1531663	1531674	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_012582	CTTGAC	2	12	1556724	1556735	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_012582	GGCGAG	2	12	1557349	1557360	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_012582	TTCATG	2	12	1557952	1557963	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012582	CAAAGG	2	12	1640175	1640186	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_012582	GGTTCT	2	12	1641661	1641672	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_012582	CGGTGA	2	12	1643349	1643360	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_012582	CGGTAA	2	12	1643778	1643789	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_012582	CTCTGG	2	12	1659658	1659669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012582	CTCTGG	2	12	1664509	1664520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_012582	CTCTGG	2	12	1669360	1669371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_012582	GATAAG	2	12	1768931	1768942	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012582	GTTAAG	2	12	1841050	1841061	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012582	CATACT	2	12	1906531	1906542	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_012582	TTTACC	2	12	1922117	1922128	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012582	ATAAAA	2	12	2051895	2051906	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012582	GATCAA	2	12	2089476	2089487	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012582	GGGATT	2	12	2132512	2132523	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012582	AACGAA	2	12	2132567	2132578	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_012582	TGAAAC	2	12	2135674	2135685	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_012582	TACCTA	2	12	2168834	2168845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012582	CAAGCT	2	12	2173742	2173753	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_012582	CGGCAT	2	12	2176157	2176168	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_012582	AATTCC	2	12	2182743	2182754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_012582	AAAGAG	2	12	2208822	2208833	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012582	ATTTTT	2	12	2228413	2228424	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012582	TAAATG	2	12	2243783	2243794	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012582	ACCCAA	2	12	2249161	2249172	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_012582	AATTGA	2	12	2258546	2258557	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012582	TATTAA	2	12	2320798	2320809	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012582	TTACAT	2	12	2320971	2320982	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012582	CAAAAG	2	12	2338978	2338989	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012582	TCACCT	2	12	2355808	2355819	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_012582	CAGCTG	2	12	2417695	2417706	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_012582	CATCTC	2	12	2433753	2433764	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_012582	AAAAAG	2	12	2451146	2451157	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012582	GGCTTT	2	12	2451289	2451300	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012582	AAGGTT	2	12	2452896	2452907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012582	GGTAAT	2	12	2607077	2607088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012582	ATTTTT	2	12	2608487	2608498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012582	TTTTTC	2	12	2635718	2635729	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_012582	AAATAA	2	12	2636565	2636576	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012582	AGCTCT	2	12	2678951	2678962	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_012582	CAAAAC	2	12	2738434	2738445	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_012582	ACACAA	2	12	2756394	2756405	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_012582	ATTTCA	2	12	2761963	2761974	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012582	ATATGA	2	12	2767872	2767883	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012582	TTTTGA	2	12	2768724	2768735	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012582	TAACAA	2	12	2796471	2796482	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_012582	ATTCAG	2	12	2939437	2939448	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_012582	CAAAGG	2	12	2940893	2940904	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_012582	ATTTCA	2	12	3014312	3014323	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_012582	ATTTCA	2	12	3020058	3020069	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.