MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae M66-2 chromosome II

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012580	GTTAG	2	10	17163	17172	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012580	TTTGT	2	10	32806	32815	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012580	GCAAA	2	10	35747	35756	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012580	ACATG	2	10	39933	39942	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012580	ATTCA	2	10	50899	50908	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012580	ATTTC	2	10	83010	83019	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012580	GATCA	2	10	83794	83803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_012580	TTGTT	2	10	97171	97180	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012580	ATATA	2	10	101674	101683	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012580	AATTA	2	10	102249	102258	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012580	CTTTT	2	10	112668	112677	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012580	TTAAT	2	10	114844	114853	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012580	AGGAC	2	10	196394	196403	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_012580	TAGTG	2	10	201887	201896	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012580	TGGCT	2	10	205073	205082	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012580	CAAGC	2	10	223774	223783	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_012580	GGCTT	2	10	223788	223797	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012580	TTCCT	2	10	224652	224661	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_012580	TCATC	2	10	235177	235186	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012580	AACTT	2	10	236844	236853	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012580	AAATT	2	10	236917	236926	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012580	ACTCA	2	10	237363	237372	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_012580	CTTCT	2	10	241905	241914	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012580	ATAAA	2	10	247338	247347	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012580	GTTTT	2	10	279703	279712	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012580	TAATT	2	10	284798	284807	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012580	TCATT	2	10	284901	284910	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012580	AAATT	2	10	291964	291973	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012580	GATAT	2	10	293837	293846	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012580	GTTTA	2	10	310493	310502	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012580	AGTTT	2	10	324771	324780	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012580	AACCT	2	10	349763	349772	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_012580	TGAGT	2	10	355272	355281	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012580	TTGAT	2	10	357146	357155	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012580	AGTTT	2	10	360895	360904	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012580	TGAAC	2	10	367169	367178	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012580	CTCGA	2	10	367207	367216	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_012580	GTGTT	2	10	368126	368135	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012580	TGAGT	2	10	374937	374946	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012580	ACTTC	2	10	380518	380527	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_012580	TAGCT	2	10	390317	390326	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012580	AATTA	2	10	395641	395650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012580	GATGT	2	10	423127	423136	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012580	CTAGG	2	10	423377	423386	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_012580	CTTTA	2	10	433490	433499	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012580	TAAAA	2	10	445189	445198	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012580	ATAGG	2	10	452276	452285	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012580	TAGGA	2	10	455963	455972	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012580	TGGTT	2	10	467113	467122	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012580	TTTTC	2	10	468852	468861	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_012580	AATTA	2	10	481898	481907	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012580	ACTAA	2	10	495470	495479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012580	ATAGT	2	10	504532	504541	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012580	TTATT	2	10	507828	507837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012580	TACCC	2	10	515306	515315	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_012580	AGTGT	2	10	520177	520186	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012580	TTCAA	2	10	521412	521421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012580	CAAGA	2	10	537715	537724	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012580	AAAGA	2	10	560275	560284	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012580	GAAAA	2	10	560289	560298	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012580	TCAGG	2	10	566638	566647	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012580	CATCC	2	10	566749	566758	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_012580	CTTTT	2	10	576153	576162	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_012580	AATTG	2	10	582063	582072	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012580	AAATG	2	10	604343	604352	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012580	ATGAA	2	10	665191	665200	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012580	CAAAA	2	10	674485	674494	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012580	CAACC	2	10	697668	697677	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
69	NC_012580	TACTT	2	10	697690	697699	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012580	CCATT	2	10	707597	707606	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012580	ATCTT	2	10	711829	711838	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012580	TGTCT	2	10	711843	711852	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012580	TCAAA	2	10	719310	719319	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_012580	AATGA	2	10	720392	720401	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012580	TTCAT	2	10	737417	737426	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012580	ACAAA	2	10	758224	758233	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012580	AATGA	2	10	761806	761815	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012580	AGGAA	2	10	764926	764935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012580	AGATA	2	10	781929	781938	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012580	CATCA	2	10	804670	804679	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_012580	AGCAC	2	10	811485	811494	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_012580	TAAAC	2	10	811598	811607	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012580	TACCC	2	10	814548	814557	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
84	NC_012580	GTGAT	2	10	814830	814839	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012580	CTTTT	2	10	845652	845661	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012580	CCAAT	2	10	845680	845689	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012580	AATAA	2	10	859894	859903	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012580	GAAAA	2	10	865335	865344	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012580	TCACT	2	10	891482	891491	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_012580	ATTTT	2	10	937488	937497	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012580	CTAAG	2	10	937645	937654	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012580	CGGAA	2	10	941573	941582	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012580	TTCAT	2	10	941674	941683	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012580	TTTTC	2	10	943242	943251	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_012580	ATATG	2	10	949692	949701	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012580	AAACA	2	10	956502	956511	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_012580	TTTAA	2	10	968613	968622	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012580	ACCTC	2	10	970944	970953	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_012580	CGCCC	2	10	985635	985644	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
100	NC_012580	AAATA	2	10	991850	991859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012580	AATAC	2	10	992521	992530	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012580	AACAA	2	10	1000871	1000880	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012580	TGGGC	2	10	1042964	1042973	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.