MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae M66-2 chromosome I

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012578	GACGCC	2	12	4702	4713	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_012578	ATCAAA	2	12	7187	7198	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_012578	AAGAGT	2	12	20923	20934	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012578	AAGCGA	2	12	23077	23088	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_012578	AAAGAG	2	12	23221	23232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012578	TGAAAT	2	12	57741	57752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012578	CTTTTT	2	12	102629	102640	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_012578	TCTCGC	2	12	102651	102662	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_012578	GTTTTT	2	12	134914	134925	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012578	CTAATG	2	12	149088	149099	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_012578	TGAAAT	2	12	155271	155282	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012578	AGGGCG	2	12	176854	176865	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012578	ATATCC	2	12	185037	185048	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_012578	CTTTGT	2	12	215930	215941	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012578	CTATGT	2	12	269864	269875	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_012578	TGAAAT	2	12	312912	312923	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012578	TGTCTT	2	12	314304	314315	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_012578	GCTTTT	2	12	324436	324447	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_012578	TCAAAA	2	12	340956	340967	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012578	TAAGGT	2	12	346841	346852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012578	TGAAAT	2	12	390517	390528	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012578	TTTATT	2	12	439161	439172	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012578	CCTTAT	2	12	444713	444724	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_012578	ACGTGA	2	12	444789	444800	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_012578	TCACTG	2	12	446731	446742	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_012578	CTATGC	2	12	448044	448055	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_012578	TTTCCC	2	12	466351	466362	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012578	CTGCAA	2	12	471178	471189	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_012578	ACTTTG	2	12	495413	495424	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012578	TTTAGT	2	12	549106	549117	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012578	TAAATT	2	12	560473	560484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012578	TGATGG	2	12	573998	574009	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012578	TTGGCG	2	12	584155	584166	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012578	GCGCAG	2	12	584902	584913	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_012578	CATTAT	2	12	623221	623232	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012578	GCTTGC	2	12	674007	674018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012578	TTTGGA	2	12	705925	705936	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012578	CCGTAA	2	12	706426	706437	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_012578	TGAAAT	2	12	724184	724195	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012578	TCCTTG	2	12	795786	795797	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012578	TTTAAA	2	12	810473	810484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012578	TCCTCA	2	12	827883	827894	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_012578	ATTTTT	2	12	893864	893875	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012578	TAATAC	2	12	935895	935906	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_012578	AAAGAG	2	12	950799	950810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012578	TTATTT	2	12	956316	956327	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012578	AGCCTA	2	12	966111	966122	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_012578	AAGATA	2	12	992611	992622	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012578	AAAAAT	2	12	995024	995035	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012578	AGTGTG	2	12	1078745	1078756	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012578	AAAGGA	2	12	1093718	1093729	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012578	TGCAAT	2	12	1169839	1169850	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_012578	TTAGAT	2	12	1232834	1232845	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012578	CCTGAC	2	12	1266094	1266105	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_012578	TGCCTA	2	12	1290425	1290436	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012578	AACGCT	2	12	1319709	1319720	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_012578	CAATTT	2	12	1328563	1328574	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_012578	GTTTAC	2	12	1374802	1374813	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_012578	GCAGCG	2	12	1375901	1375912	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012578	TTCAAG	2	12	1399215	1399226	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012578	CTCTGG	2	12	1525936	1525947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012578	CTCTGG	2	12	1530787	1530798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012578	GTTAAG	2	12	1704335	1704346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012578	CCAAAA	2	12	1747490	1747501	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_012578	ATAAAA	2	12	1903763	1903774	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012578	GATCAA	2	12	1941347	1941358	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_012578	GGGATT	2	12	1985008	1985019	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012578	AACGAA	2	12	1985063	1985074	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_012578	TGAAAC	2	12	1988170	1988181	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012578	TACCTA	2	12	2021321	2021332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012578	CAAGCT	2	12	2026238	2026249	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_012578	CGGCAT	2	12	2028653	2028664	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_012578	AATTCC	2	12	2035249	2035260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012578	AAAGAG	2	12	2061329	2061340	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012578	ATTTTT	2	12	2080920	2080931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012578	TAAATG	2	12	2096291	2096302	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012578	ACCCAA	2	12	2101669	2101680	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_012578	AATTGA	2	12	2111054	2111065	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012578	TATTAA	2	12	2173307	2173318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012578	TTACAT	2	12	2173480	2173491	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_012578	CAAAAG	2	12	2191487	2191498	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012578	TCACCT	2	12	2208318	2208329	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_012578	CAGCTG	2	12	2269945	2269956	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012578	CATCTC	2	12	2286003	2286014	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_012578	AAAAAG	2	12	2303396	2303407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012578	GGCTTT	2	12	2303539	2303550	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_012578	AAGGTT	2	12	2305146	2305157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012578	GGTAAT	2	12	2459441	2459452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012578	ATTTTT	2	12	2460851	2460862	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012578	TTTTTC	2	12	2488082	2488093	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012578	AAATAA	2	12	2488929	2488940	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012578	AGCTCT	2	12	2531329	2531340	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_012578	GCCTCC	2	12	2555169	2555180	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_012578	ACACAA	2	12	2608837	2608848	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012578	ATTTCA	2	12	2614406	2614417	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012578	AATATG	2	12	2620319	2620330	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012578	TTTTGA	2	12	2621172	2621183	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012578	TAACAA	2	12	2648921	2648932	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_012578	TTGCAG	2	12	2684710	2684721	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_012578	TTTCGC	2	12	2687475	2687486	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_012578	ATTCAG	2	12	2791269	2791280	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012578	CAAAGG	2	12	2792725	2792736	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012578	ATTTCA	2	12	2866151	2866162	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.