MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Deinococcus deserti VCD115 plasmid 2

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012529	CAGGAC	2	12	6037	6048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226358019
2	NC_012529	CGGTGG	2	12	9002	9013	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358022
3	NC_012529	CAGGGC	2	12	14013	14024	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226358026
4	NC_012529	TGCTGG	2	12	17918	17929	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226358030
5	NC_012529	CACGAC	2	12	18482	18493	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226358031
6	NC_012529	CACCCA	2	12	21724	21735	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	226358033
7	NC_012529	TCAGCA	2	12	22344	22355	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226358034
8	NC_012529	GCCCAG	2	12	22663	22674	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358034
9	NC_012529	ACCAGC	2	12	22886	22897	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226358034
10	NC_012529	CTACGG	2	12	23576	23587	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358035
11	NC_012529	GCGCGG	2	12	27821	27832	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	226358039
12	NC_012529	GCCCAG	2	12	35099	35110	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358045
13	NC_012529	GGTAGG	2	12	35848	35859	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	226358045
14	NC_012529	CAGCGC	2	12	35978	35989	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358045
15	NC_012529	CAGGGT	2	12	38805	38816	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358047
16	NC_012529	GGTGGC	2	12	40749	40760	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358049
17	NC_012529	GCATTT	2	12	40888	40899	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	226358049
18	NC_012529	TCAGGC	2	12	45526	45537	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358053
19	NC_012529	TGGTTA	2	12	46509	46520	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	226358053
20	NC_012529	CGACAT	2	12	49323	49334	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226358054
21	NC_012529	GCTGGA	2	12	50377	50388	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358055
22	NC_012529	GGTGGC	2	12	51666	51677	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358056
23	NC_012529	GGCGCT	2	12	53455	53466	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358058
24	NC_012529	ACCGTT	2	12	76382	76393	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226358080
25	NC_012529	TGGACG	2	12	77784	77795	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358080
26	NC_012529	TCAGGG	2	12	79412	79423	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358081
27	NC_012529	CAGCCG	2	12	79449	79460	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358081
28	NC_012529	TTTGCT	2	12	87750	87761	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	226358088
29	NC_012529	GTGCGG	2	12	90244	90255	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358090
30	NC_012529	CGGCAC	4	24	91783	91806	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358091
31	NC_012529	GCCACC	2	12	93206	93217	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226358093
32	NC_012529	GCACCG	2	12	98917	98928	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358097
33	NC_012529	TGTTGC	2	12	107924	107935	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	226358102
34	NC_012529	GGTGCT	2	12	109836	109847	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226358104
35	NC_012529	CGGAGG	2	12	110211	110222	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	226358104
36	NC_012529	CACCGA	2	12	111693	111704	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226358106
37	NC_012529	GCGTTC	2	12	111940	111951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226358106
38	NC_012529	TGGCCG	2	12	115905	115916	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358108
39	NC_012529	GAGCAG	2	12	116910	116921	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	226358109
40	NC_012529	CCGGGG	2	12	120498	120509	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	226358110
41	NC_012529	GCCCGG	2	12	122807	122818	0 %	0 %	50 %	50 %	226358111
42	NC_012529	CGCTGG	2	12	123447	123458	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358111
43	NC_012529	GAGCGG	2	12	123539	123550	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	226358111
44	NC_012529	GTGCTG	2	12	128164	128175	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226358115
45	NC_012529	GGCAGC	2	12	138445	138456	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226358125
46	NC_012529	CGGCAG	2	12	139194	139205	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226358125
47	NC_012529	ATACCG	2	12	139646	139657	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226358125
48	NC_012529	TCAGGT	2	12	139978	139989	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226358125
49	NC_012529	GCACAG	2	12	143941	143952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226358130
50	NC_012529	CCATGG	2	12	145315	145326	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358131
51	NC_012529	GGCATC	2	12	148302	148313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358131
52	NC_012529	GGGCTG	2	12	148392	148403	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358131
53	NC_012529	CAGCCC	2	12	148530	148541	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226358131
54	NC_012529	GCTGGG	2	12	150618	150629	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358132
55	NC_012529	CAGCGC	2	12	157206	157217	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358137
56	NC_012529	GTCCTG	2	12	160316	160327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226358140
57	NC_012529	GAAGGT	2	12	161767	161778	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	226358142
58	NC_012529	GACCTG	2	12	163027	163038	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358142
59	NC_012529	GCTCGC	2	12	163914	163925	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226358142
60	NC_012529	CAGGGT	2	12	165290	165301	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358144
61	NC_012529	GGCCAC	2	12	170726	170737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226358148
62	NC_012529	CCAGCT	2	12	173183	173194	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226358151
63	NC_012529	CCACAG	2	12	173733	173744	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226358152
64	NC_012529	TTTTGA	2	12	180261	180272	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	226358157
65	NC_012529	TGTGGC	2	12	180771	180782	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226358157
66	NC_012529	CCGGGT	2	12	189957	189968	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358164
67	NC_012529	TCGGCG	2	12	194060	194071	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358169
68	NC_012529	CTGGCC	2	12	196698	196709	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226358171
69	NC_012529	CCACAT	2	12	204126	204137	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	226358175
70	NC_012529	CTCGAC	2	12	214636	214647	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226358185
71	NC_012529	GGCTGG	2	12	215430	215441	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358185
72	NC_012529	GGACAG	2	12	219267	219278	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	226358187
73	NC_012529	TGACCG	2	12	221632	221643	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358189
74	NC_012529	GGCAAG	2	12	222563	222574	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	226358190
75	NC_012529	CTGGTC	2	12	223156	223167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226358191
76	NC_012529	GCAGGG	2	12	224593	224604	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	355004725
77	NC_012529	GGGTGA	2	12	225686	225697	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	226358193
78	NC_012529	CGCTGC	2	12	226199	226210	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226358193
79	NC_012529	GAACAT	2	12	227120	227131	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	226358194
80	NC_012529	CTGGCC	2	12	228121	228132	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226358196
81	NC_012529	GTGGCT	2	12	228772	228783	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226358196
82	NC_012529	CGCCAG	2	12	229691	229702	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	355004726
83	NC_012529	CCCTGG	2	12	231634	231645	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226358199
84	NC_012529	CGCTGG	2	12	234907	234918	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358201
85	NC_012529	CCCCTG	2	12	235953	235964	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	226358201
86	NC_012529	CCTGGA	2	12	237577	237588	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358202
87	NC_012529	CTGGTT	2	12	238172	238183	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	226358202
88	NC_012529	GGGTCC	2	12	242291	242302	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358205
89	NC_012529	TGCAGG	2	12	251627	251638	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358211
90	NC_012529	GGTGCT	2	12	252986	252997	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226358212
91	NC_012529	GGCTAC	2	12	259709	259720	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358218
92	NC_012529	CAGCCA	2	12	261249	261260	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226358219
93	NC_012529	GTGGGC	2	12	263435	263446	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358221
94	NC_012529	AAATCT	2	12	263919	263930	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	226358221
95	NC_012529	GCTGGC	2	12	265749	265760	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358223
96	NC_012529	CAGGGT	2	12	269200	269211	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358226
97	NC_012529	CCGTCA	2	12	270428	270439	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226358228
98	NC_012529	GGTCAG	2	12	270993	271004	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358229
99	NC_012529	GGCCAG	2	12	272096	272107	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226358230
100	NC_012529	GGATCG	2	12	274773	274784	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358233
101	NC_012529	ATGCCC	2	12	276018	276029	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226358235
102	NC_012529	CCCCAG	2	12	279083	279094	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226358238
103	NC_012529	CAGCAC	2	12	280303	280314	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226358239
104	NC_012529	ACCAGC	2	12	281246	281257	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226358239
105	NC_012529	AACTGC	2	12	285397	285408	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226358243
106	NC_012529	GGGTGC	2	12	288714	288725	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226358247
107	NC_012529	GAGGCA	2	12	289262	289273	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	226358247
108	NC_012529	ATGTTC	2	12	291084	291095	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	226358248
109	NC_012529	ACGGGT	2	12	292663	292674	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226358249
110	NC_012529	TCCAGT	2	12	293426	293437	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226358250
111	NC_012529	GTCCAG	2	12	299337	299348	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226358254
112	NC_012529	CAGAGC	2	12	299754	299765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226358254
113	NC_012529	TTCGGC	2	12	300603	300614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226358254
114	NC_012529	GGTTCT	2	12	306945	306956	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	226358259
115	NC_012529	CTGGCG	2	12	308217	308228	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226358260

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.