MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Deinococcus deserti VCD115 plasmid 2

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012529	CTGGG	2	10	7761	7770	0 %	20 %	60 %	20 %	226358021
2	NC_012529	CGCGG	2	10	7928	7937	0 %	0 %	60 %	40 %	226358021
3	NC_012529	GCCGC	2	10	11461	11470	0 %	0 %	40 %	60 %	226358024
4	NC_012529	TCGGC	2	10	13409	13418	0 %	20 %	40 %	40 %	226358026
5	NC_012529	GCGCG	2	10	15111	15120	0 %	0 %	60 %	40 %	226358027
6	NC_012529	GCTGG	2	10	15889	15898	0 %	20 %	60 %	20 %	226358028
7	NC_012529	GTGCA	2	10	16691	16700	20 %	20 %	40 %	20 %	226358029
8	NC_012529	CTGGC	2	10	16943	16952	0 %	20 %	40 %	40 %	226358030
9	NC_012529	GCTGG	2	10	17896	17905	0 %	20 %	60 %	20 %	226358030
10	NC_012529	CCAGG	2	10	18527	18536	20 %	0 %	40 %	40 %	226358031
11	NC_012529	AGCCC	2	10	19181	19190	20 %	0 %	20 %	60 %	226358031
12	NC_012529	ACTCA	2	10	19458	19467	40 %	20 %	0 %	40 %	226358032
13	NC_012529	GCTGC	2	10	28669	28678	0 %	20 %	40 %	40 %	226358040
14	NC_012529	CTGTC	2	10	28952	28961	0 %	40 %	20 %	40 %	226358040
15	NC_012529	GCCAC	2	10	29271	29280	20 %	0 %	20 %	60 %	226358040
16	NC_012529	GACCT	2	10	32027	32036	20 %	20 %	20 %	40 %	226358042
17	NC_012529	GCCGC	2	10	32251	32260	0 %	0 %	40 %	60 %	226358043
18	NC_012529	CGGGC	2	10	34739	34748	0 %	0 %	60 %	40 %	226358044
19	NC_012529	CCAGC	2	10	36768	36777	20 %	0 %	20 %	60 %	226358046
20	NC_012529	AGGTC	2	10	37700	37709	20 %	20 %	40 %	20 %	226358047
21	NC_012529	CGGCA	2	10	39960	39969	20 %	0 %	40 %	40 %	226358049
22	NC_012529	GCAGA	2	10	40246	40255	40 %	0 %	40 %	20 %	226358049
23	NC_012529	CCAGG	2	10	41489	41498	20 %	0 %	40 %	40 %	226358050
24	NC_012529	CGCGG	2	10	42388	42397	0 %	0 %	60 %	40 %	226358051
25	NC_012529	AGAAA	2	10	44327	44336	80 %	0 %	20 %	0 %	226358052
26	NC_012529	TCAGG	2	10	44547	44556	20 %	20 %	40 %	20 %	226358053
27	NC_012529	CGGAC	2	10	50792	50801	20 %	0 %	40 %	40 %	226358055
28	NC_012529	GGCGC	2	10	51016	51025	0 %	0 %	60 %	40 %	226358055
29	NC_012529	GCGGT	2	10	54806	54815	0 %	20 %	60 %	20 %	226358059
30	NC_012529	TTCAG	2	10	55301	55310	20 %	40 %	20 %	20 %	226358060
31	NC_012529	GTCTG	2	10	56819	56828	0 %	40 %	40 %	20 %	226358061
32	NC_012529	CGGGG	2	10	57176	57185	0 %	0 %	80 %	20 %	226358062
33	NC_012529	CAGGC	2	10	57279	57288	20 %	0 %	40 %	40 %	226358062
34	NC_012529	CCCCA	2	10	61146	61155	20 %	0 %	0 %	80 %	226358067
35	NC_012529	ACCGG	2	10	62726	62735	20 %	0 %	40 %	40 %	226358068
36	NC_012529	GTCAT	2	10	64676	64685	20 %	40 %	20 %	20 %	226358071
37	NC_012529	CCAGC	2	10	64731	64740	20 %	0 %	20 %	60 %	226358071
38	NC_012529	GCGGG	2	10	64923	64932	0 %	0 %	80 %	20 %	226358071
39	NC_012529	GCCTG	2	10	66508	66517	0 %	20 %	40 %	40 %	226358072
40	NC_012529	CAGTG	2	10	66828	66837	20 %	20 %	40 %	20 %	226358072
41	NC_012529	GGCCG	2	10	68675	68684	0 %	0 %	60 %	40 %	226358073
42	NC_012529	GAATG	2	10	70463	70472	40 %	20 %	40 %	0 %	226358075
43	NC_012529	TCCCT	2	10	73562	73571	0 %	40 %	0 %	60 %	226358078
44	NC_012529	TCAGC	2	10	73676	73685	20 %	20 %	20 %	40 %	226358078
45	NC_012529	GCCGG	2	10	78164	78173	0 %	0 %	60 %	40 %	226358081
46	NC_012529	CCGCA	2	10	85289	85298	20 %	0 %	20 %	60 %	226358085
47	NC_012529	CGGTG	2	10	85339	85348	0 %	20 %	60 %	20 %	226358085
48	NC_012529	CTGCG	2	10	85880	85889	0 %	20 %	40 %	40 %	226358086
49	NC_012529	CGGGG	2	10	86071	86080	0 %	0 %	80 %	20 %	226358086
50	NC_012529	GCCGT	2	10	86855	86864	0 %	20 %	40 %	40 %	226358087
51	NC_012529	GCCAC	2	10	90135	90144	20 %	0 %	20 %	60 %	226358090
52	NC_012529	TGACC	2	10	91175	91184	20 %	20 %	20 %	40 %	226358090
53	NC_012529	TGGGG	2	10	92515	92524	0 %	20 %	80 %	0 %	226358092
54	NC_012529	GTGTG	2	10	92856	92865	0 %	40 %	60 %	0 %	226358093
55	NC_012529	AGGGG	2	10	93140	93149	20 %	0 %	80 %	0 %	226358093
56	NC_012529	CGGTG	2	10	94228	94237	0 %	20 %	60 %	20 %	226358094
57	NC_012529	TGCCA	2	10	96035	96044	20 %	20 %	20 %	40 %	226358095
58	NC_012529	CGCTG	2	10	98009	98018	0 %	20 %	40 %	40 %	226358096
59	NC_012529	ATGAC	2	10	98698	98707	40 %	20 %	20 %	20 %	226358097
60	NC_012529	TTTCG	2	10	101022	101031	0 %	60 %	20 %	20 %	226358100
61	NC_012529	GCACA	2	10	104242	104251	40 %	0 %	20 %	40 %	226358101
62	NC_012529	AACTC	2	10	110615	110624	40 %	20 %	0 %	40 %	226358105
63	NC_012529	CCGGT	2	10	111911	111920	0 %	20 %	40 %	40 %	226358106
64	NC_012529	GCGCG	2	10	113373	113382	0 %	0 %	60 %	40 %	226358106
65	NC_012529	CAACG	2	10	115628	115637	40 %	0 %	20 %	40 %	226358108
66	NC_012529	ACGCC	2	10	116875	116884	20 %	0 %	20 %	60 %	226358109
67	NC_012529	CAGCC	2	10	117669	117678	20 %	0 %	20 %	60 %	226358109
68	NC_012529	CACGC	2	10	120259	120268	20 %	0 %	20 %	60 %	226358110
69	NC_012529	CCTGA	2	10	121808	121817	20 %	20 %	20 %	40 %	226358111
70	NC_012529	GGGGA	2	10	123422	123431	20 %	0 %	80 %	0 %	226358111
71	NC_012529	GGAAT	2	10	125040	125049	40 %	20 %	40 %	0 %	226358113
72	NC_012529	TGAAC	2	10	127780	127789	40 %	20 %	20 %	20 %	226358115
73	NC_012529	GAGCA	2	10	128444	128453	40 %	0 %	40 %	20 %	226358116
74	NC_012529	TGCTG	2	10	130892	130901	0 %	40 %	40 %	20 %	226358119
75	NC_012529	GGTCC	2	10	131510	131519	0 %	20 %	40 %	40 %	226358120
76	NC_012529	TCCAG	2	10	131681	131690	20 %	20 %	20 %	40 %	226358120
77	NC_012529	AGCCC	2	10	132031	132040	20 %	0 %	20 %	60 %	226358120
78	NC_012529	CTGGC	2	10	132348	132357	0 %	20 %	40 %	40 %	226358120
79	NC_012529	CCAGG	2	10	132678	132687	20 %	0 %	40 %	40 %	226358121
80	NC_012529	CAGGC	2	10	135183	135192	20 %	0 %	40 %	40 %	226358123
81	NC_012529	CGGCT	2	10	136831	136840	0 %	20 %	40 %	40 %	226358124
82	NC_012529	AAGGC	2	10	137372	137381	40 %	0 %	40 %	20 %	226358125
83	NC_012529	GGCGG	2	10	142653	142662	0 %	0 %	80 %	20 %	226358129
84	NC_012529	GTAGC	2	10	143272	143281	20 %	20 %	40 %	20 %	226358129
85	NC_012529	CCCGA	2	10	144260	144269	20 %	0 %	20 %	60 %	226358130
86	NC_012529	CCAGG	2	10	146570	146579	20 %	0 %	40 %	40 %	226358131
87	NC_012529	CCGGC	2	10	148579	148588	0 %	0 %	40 %	60 %	226358131
88	NC_012529	GACGT	2	10	151572	151581	20 %	20 %	40 %	20 %	226358133
89	NC_012529	GCAGC	2	10	153295	153304	20 %	0 %	40 %	40 %	226358134
90	NC_012529	GCTGA	2	10	153446	153455	20 %	20 %	40 %	20 %	226358134
91	NC_012529	GTCAG	2	10	153456	153465	20 %	20 %	40 %	20 %	226358134
92	NC_012529	GCCTG	2	10	156264	156273	0 %	20 %	40 %	40 %	226358136
93	NC_012529	CGGAC	2	10	156369	156378	20 %	0 %	40 %	40 %	226358136
94	NC_012529	TGCAC	2	10	159497	159506	20 %	20 %	20 %	40 %	226358139
95	NC_012529	GCTGC	2	10	159657	159666	0 %	20 %	40 %	40 %	226358139
96	NC_012529	GCTGA	2	10	160502	160511	20 %	20 %	40 %	20 %	226358140
97	NC_012529	CGGTG	2	10	163626	163635	0 %	20 %	60 %	20 %	226358142
98	NC_012529	TCCGG	2	10	164127	164136	0 %	20 %	40 %	40 %	226358143
99	NC_012529	CCAGG	2	10	164774	164783	20 %	0 %	40 %	40 %	226358144
100	NC_012529	CCGGG	2	10	164906	164915	0 %	0 %	60 %	40 %	226358144
101	NC_012529	GCGTG	2	10	167472	167481	0 %	20 %	60 %	20 %	226358146
102	NC_012529	GGACT	2	10	167860	167869	20 %	20 %	40 %	20 %	226358146
103	NC_012529	TTCCA	2	10	169743	169752	20 %	40 %	0 %	40 %	226358148
104	NC_012529	CCAGC	2	10	172250	172259	20 %	0 %	20 %	60 %	226358151
105	NC_012529	CCAGG	2	10	172853	172862	20 %	0 %	40 %	40 %	226358151
106	NC_012529	GGGAC	2	10	178062	178071	20 %	0 %	60 %	20 %	226358155
107	NC_012529	CGCTG	2	10	178278	178287	0 %	20 %	40 %	40 %	226358155
108	NC_012529	AATCC	2	10	178775	178784	40 %	20 %	0 %	40 %	226358156
109	NC_012529	GAAAC	2	10	178854	178863	60 %	0 %	20 %	20 %	226358156
110	NC_012529	CGTGC	2	10	181269	181278	0 %	20 %	40 %	40 %	226358157
111	NC_012529	CCTGG	2	10	181611	181620	0 %	20 %	40 %	40 %	226358157
112	NC_012529	CGGCT	2	10	182737	182746	0 %	20 %	40 %	40 %	355004724
113	NC_012529	GCTGG	2	10	183307	183316	0 %	20 %	60 %	20 %	355004724
114	NC_012529	CCTGG	2	10	183903	183912	0 %	20 %	40 %	40 %	226358159
115	NC_012529	GGCAC	2	10	184683	184692	20 %	0 %	40 %	40 %	226358160
116	NC_012529	GCCGC	2	10	186412	186421	0 %	0 %	40 %	60 %	226358161
117	NC_012529	GTGCT	2	10	189451	189460	0 %	40 %	40 %	20 %	226358164
118	NC_012529	ATGAC	2	10	190080	190089	40 %	20 %	20 %	20 %	226358164
119	NC_012529	CTGGA	2	10	191226	191235	20 %	20 %	40 %	20 %	226358166
120	NC_012529	CGCGC	2	10	191674	191683	0 %	0 %	40 %	60 %	226358166
121	NC_012529	TGGTC	2	10	191686	191695	0 %	40 %	40 %	20 %	226358166
122	NC_012529	TGGCT	2	10	192504	192513	0 %	40 %	40 %	20 %	226358167
123	NC_012529	TGCCG	2	10	193010	193019	0 %	20 %	40 %	40 %	226358168
124	NC_012529	GTTCT	2	10	194929	194938	0 %	60 %	20 %	20 %	226358169
125	NC_012529	GGCCG	2	10	195510	195519	0 %	0 %	60 %	40 %	226358170
126	NC_012529	CGGCA	2	10	201088	201097	20 %	0 %	40 %	40 %	226358173
127	NC_012529	CCCGG	2	10	202239	202248	0 %	0 %	40 %	60 %	226358174
128	NC_012529	GGGCA	2	10	202332	202341	20 %	0 %	60 %	20 %	226358174
129	NC_012529	GGTCA	2	10	204580	204589	20 %	20 %	40 %	20 %	226358175
130	NC_012529	CTGAC	2	10	206242	206251	20 %	20 %	20 %	40 %	226358177
131	NC_012529	GCTCA	2	10	206790	206799	20 %	20 %	20 %	40 %	226358177
132	NC_012529	CGCGT	2	10	209046	209055	0 %	20 %	40 %	40 %	226358179
133	NC_012529	GGCGT	2	10	209388	209397	0 %	20 %	60 %	20 %	226358180
134	NC_012529	CCAGG	2	10	211623	211632	20 %	0 %	40 %	40 %	226358181
135	NC_012529	CTTCG	2	10	215665	215674	0 %	40 %	20 %	40 %	226358185
136	NC_012529	ACCAG	2	10	216266	216275	40 %	0 %	20 %	40 %	226358185
137	NC_012529	GGCCG	2	10	216646	216655	0 %	0 %	60 %	40 %	226358185
138	NC_012529	GTTGT	2	10	217187	217196	0 %	60 %	40 %	0 %	226358185
139	NC_012529	TGGTC	2	10	220037	220046	0 %	40 %	40 %	20 %	226358188
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141	NC_012529	TGCGC	2	10	224101	224110	0 %	20 %	40 %	40 %	355004725
142	NC_012529	CCGCA	2	10	224543	224552	20 %	0 %	20 %	60 %	355004725
143	NC_012529	CACCC	2	10	226397	226406	20 %	0 %	0 %	80 %	226358193
144	NC_012529	GTCGC	2	10	226608	226617	0 %	20 %	40 %	40 %	226358194
145	NC_012529	AGGGC	2	10	226814	226823	20 %	0 %	60 %	20 %	226358194
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149	NC_012529	GCCGC	2	10	232218	232227	0 %	0 %	40 %	60 %	226358199
150	NC_012529	CTGGC	2	10	232712	232721	0 %	20 %	40 %	40 %	226358200
151	NC_012529	GGCGT	2	10	233496	233505	0 %	20 %	60 %	20 %	226358201
152	NC_012529	CGGTC	2	10	233573	233582	0 %	20 %	40 %	40 %	226358201
153	NC_012529	CCCGG	2	10	234011	234020	0 %	0 %	40 %	60 %	226358201
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156	NC_012529	CACGC	2	10	240199	240208	20 %	0 %	20 %	60 %	226358203
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161	NC_012529	GTTCA	2	10	244797	244806	20 %	40 %	20 %	20 %	226358207
162	NC_012529	GGTCA	2	10	254688	254697	20 %	20 %	40 %	20 %	226358213
163	NC_012529	TGGCC	2	10	254968	254977	0 %	20 %	40 %	40 %	226358213
164	NC_012529	CTTTC	2	10	255442	255451	0 %	60 %	0 %	40 %	226358214
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167	NC_012529	CTGGG	2	10	257951	257960	0 %	20 %	60 %	20 %	226358216
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174	NC_012529	CGTGA	2	10	264740	264749	20 %	20 %	40 %	20 %	226358222
175	NC_012529	TGACC	2	10	266179	266188	20 %	20 %	20 %	40 %	226358224
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177	NC_012529	GCCTG	2	10	267630	267639	0 %	20 %	40 %	40 %	226358226
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186	NC_012529	CCAGC	2	10	281008	281017	20 %	0 %	20 %	60 %	226358239
187	NC_012529	AGCGC	2	10	281908	281917	20 %	0 %	40 %	40 %	226358240
188	NC_012529	GTCCC	2	10	283625	283634	0 %	20 %	20 %	60 %	226358241
189	NC_012529	CCCTC	2	10	284478	284487	0 %	20 %	0 %	80 %	226358242
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203	NC_012529	GCCCA	2	10	307089	307098	20 %	0 %	20 %	60 %	226358259
204	NC_012529	TGGTC	2	10	307387	307396	0 %	40 %	40 %	20 %	226358259
205	NC_012529	CGTCG	2	10	308338	308347	0 %	20 %	40 %	40 %	226358260

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.