MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Deinococcus deserti VCD115 plasmid 2

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012529	GACG	2	8	2083	2090	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_012529	CAAC	2	8	2531	2538	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_012529	CTTC	2	8	2639	2646	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_012529	TGAT	2	8	3166	3173	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012529	GTAT	2	8	3425	3432	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012529	GCTG	2	8	5452	5459	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_012529	CCTG	2	8	16204	16211	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_012529	CCTG	2	8	16233	16240	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_012529	TGCC	2	8	18073	18080	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_012529	CCTG	2	8	22987	22994	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_012529	GGTA	2	8	30157	30164	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012529	GGCT	2	8	32228	32235	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_012529	GCCT	2	8	33255	33262	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_012529	GCGG	2	8	37179	37186	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012529	TGCG	2	8	44419	44426	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_012529	CGGG	2	8	47658	47665	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
17	NC_012529	TTAA	2	8	47731	47738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012529	CCTC	2	8	47868	47875	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
19	NC_012529	AGCA	2	8	58364	58371	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_012529	TCAG	2	8	59877	59884	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_012529	CATC	2	8	60033	60040	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_012529	CACG	2	8	62181	62188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_012529	CGTT	2	8	62277	62284	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012529	TCGC	2	8	63331	63338	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_012529	ATCA	2	8	63423	63430	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_012529	CAGA	2	8	64356	64363	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_012529	CGCC	2	8	65981	65988	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
28	NC_012529	GCAC	2	8	68767	68774	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_012529	TGAA	2	8	69582	69589	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012529	AACG	2	8	70806	70813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_012529	TGAA	2	8	71186	71193	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012529	TCTT	2	8	80806	80813	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_012529	TGCC	2	8	81436	81443	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_012529	GCTG	2	8	81479	81486	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_012529	GGCG	2	8	81707	81714	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012529	GTCC	2	8	84239	84246	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_012529	CAGC	2	8	87270	87277	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012529	ATTC	2	8	87580	87587	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_012529	CGGC	2	8	89069	89076	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012529	ACCT	2	8	96433	96440	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_012529	TCGG	2	8	96587	96594	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012529	GCCT	2	8	97125	97132	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_012529	AGCG	2	8	97240	97247	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_012529	TCTG	2	8	97309	97316	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_012529	GTCG	2	8	102301	102308	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012529	GAAA	2	8	102485	102492	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012529	CTGC	2	8	106515	106522	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_012529	GGTT	2	8	106627	106634	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012529	CTCA	2	8	106938	106945	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_012529	CCGC	2	8	107233	107240	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
51	NC_012529	TGCC	2	8	107249	107256	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_012529	CAGC	2	8	107312	107319	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_012529	CAGG	2	8	107595	107602	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_012529	TGGC	2	8	108474	108481	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012529	AATG	2	8	109040	109047	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012529	AGGG	2	8	109108	109115	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012529	GCAG	2	8	121501	121508	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_012529	CTGG	2	8	127715	127722	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_012529	GACG	2	8	131152	131159	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_012529	AGAT	2	8	133191	133198	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012529	GCTG	2	8	133799	133806	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_012529	TTCC	2	8	135335	135342	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_012529	GAAA	2	8	144531	144538	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012529	CCAG	2	8	144734	144741	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_012529	GGCA	2	8	144757	144764	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_012529	GATT	2	8	154346	154353	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012529	CCAG	2	8	154599	154606	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_012529	CAAT	2	8	154610	154617	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_012529	TAAT	2	8	155851	155858	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012529	CGGT	2	8	161228	161235	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012529	CTGG	2	8	165514	165521	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_012529	CTGT	2	8	168242	168249	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_012529	GGCA	2	8	174985	174992	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_012529	CCAG	2	8	175004	175011	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_012529	ATGA	2	8	179737	179744	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012529	GGCA	2	8	187948	187955	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_012529	TCAG	2	8	188263	188270	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_012529	GGAC	2	8	188400	188407	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_012529	GCTT	2	8	188443	188450	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_012529	GACA	2	8	188526	188533	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_012529	CATC	2	8	197646	197653	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_012529	CAGC	2	8	198978	198985	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_012529	AAAC	2	8	199103	199110	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_012529	GATA	2	8	199184	199191	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012529	CAGC	2	8	199402	199409	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_012529	ATCC	2	8	199414	199421	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_012529	TGGA	2	8	199895	199902	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012529	AATG	2	8	199939	199946	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012529	CCAC	2	8	199962	199969	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NC_012529	CTGG	2	8	200278	200285	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_012529	CTGT	2	8	200364	200371	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_012529	CAGC	2	8	201934	201941	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_012529	TCCT	2	8	201961	201968	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_012529	TGAT	2	8	204815	204822	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012529	CCTG	2	8	210923	210930	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_012529	GGCA	2	8	211168	211175	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_012529	AGCC	2	8	217534	217541	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_012529	ATAA	2	8	218116	218123	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012529	GTCT	2	8	219361	219368	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_012529	CTGG	2	8	221484	221491	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_012529	CCCG	2	8	245520	245527	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
102	NC_012529	CTTG	2	8	248332	248339	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_012529	CGAC	2	8	248537	248544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_012529	CTTA	2	8	248637	248644	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_012529	CTTC	2	8	249303	249310	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_012529	GTCA	2	8	251093	251100	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_012529	GTGG	2	8	253748	253755	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012529	GCCG	2	8	253935	253942	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_012529	CCTA	2	8	254112	254119	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_012529	GCTC	2	8	259344	259351	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_012529	CTGC	2	8	260359	260366	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_012529	CCAT	2	8	260380	260387	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_012529	CAGG	2	8	261780	261787	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_012529	CGCC	2	8	262863	262870	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
115	NC_012529	CCAC	2	8	264063	264070	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_012529	ACCT	2	8	266010	266017	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_012529	CGTC	2	8	269460	269467	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_012529	ACCG	2	8	269920	269927	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_012529	TGGG	2	8	285805	285812	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012529	GCAG	2	8	292939	292946	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012529	AGCC	2	8	296367	296374	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_012529	CTGC	2	8	296448	296455	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_012529	GCAG	2	8	297167	297174	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_012529	TTTC	2	8	298437	298444	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_012529	GTCC	2	8	299108	299115	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_012529	GCAG	2	8	301699	301706	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
127	NC_012529	CAGC	2	8	303844	303851	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_012529	CAGT	2	8	309461	309468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_012529	TATC	2	8	309791	309798	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_012529	CAGG	2	8	310301	310308	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_012529	AGGC	2	8	311658	311665	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_012529	GTCA	2	8	311817	311824	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_012529	GCGG	2	8	312698	312705	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
134	NC_012529	GCCT	2	8	312742	312749	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_012529	GAAC	2	8	312760	312767	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012529	GCAC	2	8	313189	313196	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.