MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhodococcus opacus B4 plasmid pKNR

Total Repeats: 63

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012523	GATTCG	2	12	620	631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226334774
2	NC_012523	GTCTCG	2	12	899	910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226334774
3	NC_012523	CATCGA	2	12	1077	1088	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226334774
4	NC_012523	TATCGA	2	12	1089	1100	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	226334774
5	NC_012523	GCCTCA	2	12	2250	2261	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226334776
6	NC_012523	GCTCCG	2	12	7315	7326	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226334779
7	NC_012523	CCGACA	2	12	7507	7518	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226334779
8	NC_012523	GGTGCC	2	12	8490	8501	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226334780
9	NC_012523	GTCGAA	2	12	10412	10423	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	226334781
10	NC_012523	GGCTCA	2	12	12099	12110	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_012523	GGACCG	2	12	13449	13460	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226334783
12	NC_012523	CGGCAG	2	12	14253	14264	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226334784
13	NC_012523	GGAGCC	2	12	16635	16646	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226334786
14	NC_012523	GCACCC	2	12	16729	16740	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226334786
15	NC_012523	GGGAGC	2	12	16839	16850	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	226334786
16	NC_012523	TCACCG	2	12	16925	16936	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226334786
17	NC_012523	CAGCTC	2	12	19318	19329	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226334790
18	NC_012523	CGTGTT	2	12	19595	19606	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	226334791
19	NC_012523	CGCGGC	2	12	21193	21204	0 %	0 %	50 %	50 %	226334792
20	NC_012523	CGGCAG	2	12	21658	21669	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226334792
21	NC_012523	TCACCG	2	12	23397	23408	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226334794
22	NC_012523	AGACCG	2	12	24288	24299	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226334795
23	NC_012523	CACCGA	2	12	25021	25032	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226334795
24	NC_012523	ACACCG	2	12	25236	25247	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226334795
25	NC_012523	CCCGGC	2	12	25676	25687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	226334797
26	NC_012523	CGGGGT	2	12	27800	27811	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226334798
27	NC_012523	GTGCTG	2	12	29194	29205	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226334800
28	NC_012523	CCCGCA	2	12	30849	30860	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226334801
29	NC_012523	CATCAC	2	12	31682	31693	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	226334802
30	NC_012523	ACGACT	2	12	33049	33060	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226334803
31	NC_012523	GATGTG	2	12	36614	36625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	226334805
32	NC_012523	CAGCGA	2	12	36773	36784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226334805
33	NC_012523	CGACCG	2	12	38414	38425	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226334807
34	NC_012523	CAGCCG	2	12	39566	39577	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226334809
35	NC_012523	GATGTC	2	12	40252	40263	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226334810
36	NC_012523	CGAACC	2	12	43870	43881	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226334812
37	NC_012523	CCGGTC	2	12	45950	45961	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012523	TCGATC	2	12	46411	46422	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226334816
39	NC_012523	TGACGT	2	12	49876	49887	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226334819
40	NC_012523	ACCAGT	2	12	50760	50771	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226334820
41	NC_012523	TCGATG	2	12	54281	54292	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226334820
42	NC_012523	ATCTCG	2	12	54929	54940	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226334820
43	NC_012523	CGCGGC	2	12	56698	56709	0 %	0 %	50 %	50 %	226334820
44	NC_012523	CTCGGC	2	12	57343	57354	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226334820
45	NC_012523	TCTCCG	2	12	58566	58577	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	226334820
46	NC_012523	CGTCGA	2	12	61277	61288	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226334823
47	NC_012523	CGGGCT	2	12	67209	67220	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226334834
48	NC_012523	GACGGT	2	12	68885	68896	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012523	CCTGCG	2	12	73934	73945	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_012523	CCGGGA	2	12	75339	75350	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226334845
51	NC_012523	ACGCCA	2	12	76632	76643	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226334846
52	NC_012523	ATGTTG	2	12	81102	81113	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	226334850
53	NC_012523	GCAAGC	2	12	85955	85966	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226334854
54	NC_012523	CGATGA	2	12	90317	90328	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	226334858
55	NC_012523	GCACAG	2	12	96007	96018	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226334862
56	NC_012523	CGCACC	2	12	96065	96076	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226334862
57	NC_012523	GCCGCG	2	12	98583	98594	0 %	0 %	50 %	50 %	226334865
58	NC_012523	CGGTGC	2	12	99375	99386	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226334865
59	NC_012523	GGTGAG	2	12	101037	101048	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012523	TGCCGC	2	12	101754	101765	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226334867
61	NC_012523	GGCGTC	2	12	104687	104698	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226334868
62	NC_012523	CCGCGG	3	18	104779	104796	0 %	0 %	50 %	50 %	226334868
63	NC_012523	TCCGGG	2	12	108595	108606	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226334872

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.