MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodococcus opacus B4 plasmid pKNR

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012523	GGCCG	2	10	242	251	0 %	0 %	60 %	40 %	226334773
2	NC_012523	CTCGA	2	10	839	848	20 %	20 %	20 %	40 %	226334774
3	NC_012523	GCGCG	2	10	1910	1919	0 %	0 %	60 %	40 %	226334775
4	NC_012523	GTCGT	2	10	4081	4090	0 %	40 %	40 %	20 %	226334777
5	NC_012523	CCGGC	2	10	6011	6020	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_012523	TCGAC	2	10	12070	12079	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_012523	GCGTG	2	10	12989	12998	0 %	20 %	60 %	20 %	226334783
8	NC_012523	CCGGC	2	10	17909	17918	0 %	0 %	40 %	60 %	226334787
9	NC_012523	CCCAC	2	10	21873	21882	20 %	0 %	0 %	80 %	226334792
10	NC_012523	GCAAT	2	10	22337	22346	40 %	20 %	20 %	20 %	226334794
11	NC_012523	GAGCA	2	10	23744	23753	40 %	0 %	40 %	20 %	226334795
12	NC_012523	CCGAA	2	10	30728	30737	40 %	0 %	20 %	40 %	226334800
13	NC_012523	GCACC	2	10	31931	31940	20 %	0 %	20 %	60 %	226334802
14	NC_012523	CTTCC	2	10	32297	32306	0 %	40 %	0 %	60 %	226334802
15	NC_012523	CCAGG	2	10	33152	33161	20 %	0 %	40 %	40 %	226334803
16	NC_012523	GTTGA	2	10	33579	33588	20 %	40 %	40 %	0 %	226334804
17	NC_012523	TGACC	2	10	34229	34238	20 %	20 %	20 %	40 %	226334804
18	NC_012523	GCGCC	2	10	34303	34312	0 %	0 %	40 %	60 %	226334804
19	NC_012523	CTTCC	2	10	35054	35063	0 %	40 %	0 %	60 %	226334804
20	NC_012523	CAGCG	2	10	37526	37535	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_012523	TGTGG	2	10	37744	37753	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012523	GAGCG	2	10	37778	37787	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012523	TCCGC	2	10	37965	37974	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_012523	CGACT	2	10	38035	38044	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_012523	CCACA	2	10	39878	39887	40 %	0 %	0 %	60 %	226334809
26	NC_012523	GGTGC	2	10	40554	40563	0 %	20 %	60 %	20 %	226334810
27	NC_012523	CGGTG	2	10	41529	41538	0 %	20 %	60 %	20 %	226334810
28	NC_012523	CGGTG	2	10	43399	43408	0 %	20 %	60 %	20 %	226334812
29	NC_012523	ACCGA	2	10	44677	44686	40 %	0 %	20 %	40 %	226334813
30	NC_012523	CGCGG	2	10	45777	45786	0 %	0 %	60 %	40 %	226334815
31	NC_012523	TCGGA	2	10	46030	46039	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012523	GGGCG	2	10	46055	46064	0 %	0 %	80 %	20 %	226334816
33	NC_012523	GACCG	2	10	46095	46104	20 %	0 %	40 %	40 %	226334816
34	NC_012523	CGAAG	2	10	48079	48088	40 %	0 %	40 %	20 %	226334818
35	NC_012523	CGGCT	2	10	48452	48461	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_012523	AGCCG	2	10	48483	48492	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_012523	CCGGC	2	10	49510	49519	0 %	0 %	40 %	60 %	226334819
38	NC_012523	TTCCG	2	10	50299	50308	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_012523	GCCCG	2	10	54999	55008	0 %	0 %	40 %	60 %	226334820
40	NC_012523	CGACC	2	10	55165	55174	20 %	0 %	20 %	60 %	226334820
41	NC_012523	CACCC	2	10	55965	55974	20 %	0 %	0 %	80 %	226334820
42	NC_012523	CCGGT	2	10	56457	56466	0 %	20 %	40 %	40 %	226334820
43	NC_012523	CCGGT	2	10	56666	56675	0 %	20 %	40 %	40 %	226334820
44	NC_012523	GGCGC	2	10	56827	56836	0 %	0 %	60 %	40 %	226334820
45	NC_012523	GCGCG	2	10	57900	57909	0 %	0 %	60 %	40 %	226334820
46	NC_012523	CGGTG	2	10	58002	58011	0 %	20 %	60 %	20 %	226334820
47	NC_012523	CGGCG	2	10	58931	58940	0 %	0 %	60 %	40 %	226334820
48	NC_012523	GCGCC	2	10	60900	60909	0 %	0 %	40 %	60 %	226334823
49	NC_012523	ATCGA	2	10	63252	63261	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012523	ACATC	2	10	65759	65768	40 %	20 %	0 %	40 %	226334833
51	NC_012523	TGTCC	2	10	66425	66434	0 %	40 %	20 %	40 %	226334833
52	NC_012523	CGGCG	2	10	67336	67345	0 %	0 %	60 %	40 %	226334834
53	NC_012523	TCCCG	2	10	67590	67599	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_012523	CACCG	2	10	69094	69103	20 %	0 %	20 %	60 %	226334837
55	NC_012523	GGTGG	2	10	69136	69145	0 %	20 %	80 %	0 %	226334837
56	NC_012523	GCGGG	2	10	69522	69531	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012523	CGGGC	2	10	69542	69551	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
58	NC_012523	CCGCC	2	10	69552	69561	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
59	NC_012523	TCCCC	2	10	69942	69951	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
60	NC_012523	CGGCG	2	10	70055	70064	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_012523	ACCTC	2	10	71091	71100	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_012523	TCTGC	2	10	72037	72046	0 %	40 %	20 %	40 %	226334840
63	NC_012523	CTGTC	2	10	74610	74619	0 %	40 %	20 %	40 %	226334845
64	NC_012523	TGTCT	2	10	74716	74725	0 %	60 %	20 %	20 %	226334845
65	NC_012523	CCCCA	2	10	76079	76088	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
66	NC_012523	ATGAA	3	15	76120	76134	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012523	CGGCT	2	10	77433	77442	0 %	20 %	40 %	40 %	226334847
68	NC_012523	AGGGC	2	10	78408	78417	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012523	CGCGG	2	10	79640	79649	0 %	0 %	60 %	40 %	226334848
70	NC_012523	ATGCC	2	10	80020	80029	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012523	CTGCC	2	10	81454	81463	0 %	20 %	20 %	60 %	226334850
72	NC_012523	TCGCC	2	10	83482	83491	0 %	20 %	20 %	60 %	226334852
73	NC_012523	CACGC	2	10	86857	86866	20 %	0 %	20 %	60 %	226334855
74	NC_012523	TGAGG	2	10	87890	87899	20 %	20 %	60 %	0 %	226334856
75	NC_012523	CTCCC	2	10	88966	88975	0 %	20 %	0 %	80 %	226334857
76	NC_012523	TCGTT	2	10	89941	89950	0 %	60 %	20 %	20 %	226334858
77	NC_012523	ACCGT	2	10	90988	90997	20 %	20 %	20 %	40 %	226334859
78	NC_012523	AGTGA	2	10	96855	96864	40 %	20 %	40 %	0 %	226334862
79	NC_012523	CGGGA	2	10	96908	96917	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012523	AACCC	2	10	97327	97336	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_012523	CCGTC	2	10	99890	99899	0 %	20 %	20 %	60 %	226334866
82	NC_012523	CGCTG	2	10	105646	105655	0 %	20 %	40 %	40 %	226334870
83	NC_012523	GCGAA	2	10	107432	107441	40 %	0 %	40 %	20 %	226334871
84	NC_012523	AGTGC	2	10	107622	107631	20 %	20 %	40 %	20 %	226334871
85	NC_012523	CGAGT	2	10	107774	107783	20 %	20 %	40 %	20 %	226334871
86	NC_012523	GCCGC	2	10	110389	110398	0 %	0 %	40 %	60 %	226334873
87	NC_012523	CCGCG	5	25	110403	110427	0 %	0 %	40 %	60 %	226334873
88	NC_012523	GAGCT	4	20	110438	110457	20 %	20 %	40 %	20 %	226334873
89	NC_012523	CGAAG	2	10	110733	110742	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.