MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus opacus B4 plasmid pROB02

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012521	CGATTC	2	12	3858	3869	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226349835
2	NC_012521	CCCGAC	2	12	6911	6922	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226349836
3	NC_012521	GAAGCA	2	12	11185	11196	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	226349839
4	NC_012521	CCGTTG	2	12	16861	16872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226349843
5	NC_012521	CGGGAT	2	12	17192	17203	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226349843
6	NC_012521	CTCGGT	2	12	17685	17696	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226349843
7	NC_012521	CCCGAT	2	12	22614	22625	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226349847
8	NC_012521	GATCAC	2	12	22688	22699	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226349847
9	NC_012521	CAGACC	2	12	24140	24151	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226349849
10	NC_012521	TGAGGA	2	12	25502	25513	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	226349851
11	NC_012521	GTCGGT	2	12	28206	28217	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226349855
12	NC_012521	GTTCGG	2	12	28865	28876	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226349856
13	NC_012521	CGGTCT	2	12	29494	29505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226349857
14	NC_012521	GCGACC	2	12	29592	29603	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226349857
15	NC_012521	GTCGTA	2	12	30122	30133	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226349857
16	NC_012521	GCTCCT	2	12	32150	32161	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	226349859
17	NC_012521	GCTCGG	2	12	36944	36955	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226349863
18	NC_012521	CCGGCC	2	12	37385	37396	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	226349864
19	NC_012521	GGCGCA	2	12	37828	37839	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226349864
20	NC_012521	CGGTGT	2	12	39372	39383	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	226349864
21	NC_012521	CGGCGA	2	12	39637	39648	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226349864
22	NC_012521	GACACC	2	12	40139	40150	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226349864
23	NC_012521	TTCCCC	2	12	40338	40349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	226349865
24	NC_012521	CCGATC	2	12	43227	43238	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226349866
25	NC_012521	CGCCGG	2	12	44359	44370	0 %	0 %	50 %	50 %	226349867
26	NC_012521	GACACC	2	12	45706	45717	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226349868
27	NC_012521	CCTGGA	2	12	47344	47355	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226349871
28	NC_012521	TCGAAG	2	12	47376	47387	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	226349871
29	NC_012521	ACCGAG	2	12	47724	47735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226349872
30	NC_012521	CCGACG	2	12	50942	50953	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226349876
31	NC_012521	GCAGTT	2	12	52462	52473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226349877
32	NC_012521	AGTTGG	2	12	53527	53538	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	226349878
33	NC_012521	TCACCG	2	12	55354	55365	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226349880
34	NC_012521	CTCCGG	2	12	55474	55485	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226349880
35	NC_012521	AATCCC	2	12	57662	57673	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	226349883
36	NC_012521	CCGGCG	2	12	59793	59804	0 %	0 %	50 %	50 %	226349886
37	NC_012521	CCGGTC	2	12	61465	61476	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226349887
38	NC_012521	GACCGT	2	12	67080	67091	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226349892
39	NC_012521	GGGGAG	2	12	68622	68633	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	226349894
40	NC_012521	GCACCC	2	12	69224	69235	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226349894
41	NC_012521	CCGCAC	2	12	72208	72219	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226349899
42	NC_012521	GATCAC	2	12	74227	74238	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226349901
43	NC_012521	ACTCGA	2	12	81164	81175	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226349906
44	NC_012521	CCCTGC	2	12	81235	81246	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	226349906
45	NC_012521	CGACGC	2	12	82701	82712	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226349908
46	NC_012521	CGGCAT	2	12	83594	83605	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226349909
47	NC_012521	GGTGAC	2	12	84536	84547	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226349910
48	NC_012521	GCCCCA	2	12	85124	85135	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226349910
49	NC_012521	CGCGCC	2	12	85952	85963	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	226349911
50	NC_012521	CAAGGA	2	12	93935	93946	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	226349921
51	NC_012521	CTTGGC	2	12	96730	96741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	226349925
52	NC_012521	AGTCGT	2	12	96975	96986	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226349925
53	NC_012521	GGCAAG	2	12	103532	103543	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	226349932
54	NC_012521	GCGGCC	2	12	104036	104047	0 %	0 %	50 %	50 %	226349932
55	NC_012521	CCAACG	2	12	104085	104096	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	226349932
56	NC_012521	GCGCCC	2	12	105236	105247	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	226349933
57	NC_012521	GCATGG	2	12	106087	106098	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	226349934
58	NC_012521	TCGCGA	2	12	108602	108613	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226349935
59	NC_012521	GCGAAC	2	12	115775	115786	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226349941
60	NC_012521	GGGCCC	2	12	117717	117728	0 %	0 %	50 %	50 %	226349943
61	NC_012521	TCGACA	2	12	118721	118732	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226349943
62	NC_012521	CCCGAG	6	36	119025	119060	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226349944
63	NC_012521	TCCACG	2	12	121400	121411	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226349948
64	NC_012521	TGTGAT	2	12	132204	132215	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	226349957
65	NC_012521	GACTAC	2	12	132976	132987	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226349957
66	NC_012521	GACCGA	2	12	137683	137694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226349961
67	NC_012521	CCACGG	2	12	139717	139728	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226349963
68	NC_012521	GGCAAG	2	12	150373	150384	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	226349971
69	NC_012521	CATCGC	2	12	155664	155675	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226349976
70	NC_012521	GGCACT	2	12	156753	156764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226349976
71	NC_012521	ATCGCG	2	12	160997	161008	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	226349980
72	NC_012521	CCGGCG	2	12	164260	164271	0 %	0 %	50 %	50 %	226349984
73	NC_012521	GTCCGG	2	12	166635	166646	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226349986
74	NC_012521	AAGGCG	2	12	172398	172409	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	226349991
75	NC_012521	TCCAGC	2	12	176791	176802	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226349996
76	NC_012521	TCGACC	2	12	181123	181134	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	226349996
77	NC_012521	TCAAGA	2	12	183409	183420	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	226350000
78	NC_012521	CGAGGC	2	12	187990	188001	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226350006
79	NC_012521	AAGCCA	2	12	188865	188876	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	226350007
80	NC_012521	GACCAG	2	12	190838	190849	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226350010
81	NC_012521	GGCGAG	2	12	190989	191000	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	226350011
82	NC_012521	CCGGTC	2	12	191585	191596	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226350012
83	NC_012521	GCCGTC	2	12	199414	199425	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226350021
84	NC_012521	CCGCAG	2	12	199908	199919	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226350022
85	NC_012521	GGTCAT	3	18	201718	201735	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226350024
86	NC_012521	GCGGGC	2	12	204141	204152	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	226350027
87	NC_012521	GACATC	2	12	204277	204288	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226350027
88	NC_012521	CGATCT	2	12	205908	205919	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226350031
89	NC_012521	CGAGCG	2	12	210820	210831	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226350036
90	NC_012521	GCAACG	2	12	212049	212060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	226350036
91	NC_012521	CGTCAA	2	12	213277	213288	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	226350039
92	NC_012521	CAAGGA	2	12	215496	215507	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	226350041
93	NC_012521	ACCGCG	2	12	218128	218139	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226350045
94	NC_012521	CGCACC	2	12	219065	219076	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	226350046
95	NC_012521	GTTCGA	2	12	221492	221503	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	226350052
96	NC_012521	GACCGG	2	12	222084	222095	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226350053
97	NC_012521	CCTGGC	2	12	223137	223148	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226350053
98	NC_012521	GTGGCC	2	12	224239	224250	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	226350053
99	NC_012521	GCGGAC	2	12	224281	224292	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	226350053
100	NC_012521	GAGGGT	2	12	225314	225325	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	226350055
101	NC_012521	CCGCGA	2	12	225430	225441	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	226350055
102	NC_012521	GCCGGC	2	12	225464	225475	0 %	0 %	50 %	50 %	226350055
103	NC_012521	CTTCGA	2	12	226281	226292	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226350056
104	NC_012521	CATCTG	2	12	227376	227387	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	226350057
105	NC_012521	GCTCGC	2	12	233552	233563	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226350066
106	NC_012521	GACGAT	2	12	238510	238521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	226350073
107	NC_012521	GAGGTT	2	12	238663	238674	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	226350073
108	NC_012521	GTGGCG	2	12	240277	240288	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	226350076
109	NC_012521	CCGTCG	2	12	240650	240661	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	226350076

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.