MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodococcus opacus B4 plasmid pROB02

Total Repeats: 212

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012521	TCGCT	2	10	44	53	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_012521	TCGCT	2	10	114	123	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_012521	GCCCG	2	10	223	232	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
4	NC_012521	GCTCC	2	10	916	925	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_012521	GCATC	2	10	1435	1444	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_012521	GTTCG	2	10	2153	2162	0 %	40 %	40 %	20 %	226349833
7	NC_012521	AATAA	2	10	5157	5166	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012521	AGACC	2	10	5595	5604	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_012521	TAGGT	2	10	6263	6272	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012521	CCGAC	2	10	8797	8806	20 %	0 %	20 %	60 %	226349837
11	NC_012521	ACCGG	2	10	9582	9591	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_012521	GCACG	2	10	11008	11017	20 %	0 %	40 %	40 %	226349839
13	NC_012521	TCGGG	2	10	12746	12755	0 %	20 %	60 %	20 %	226349842
14	NC_012521	TCGTG	2	10	13592	13601	0 %	40 %	40 %	20 %	226349842
15	NC_012521	CAGGA	2	10	14113	14122	40 %	0 %	40 %	20 %	226349842
16	NC_012521	CGGGT	2	10	14724	14733	0 %	20 %	60 %	20 %	226349843
17	NC_012521	TGCCT	2	10	16529	16538	0 %	40 %	20 %	40 %	226349843
18	NC_012521	TACGG	2	10	16548	16557	20 %	20 %	40 %	20 %	226349843
19	NC_012521	GCTGG	2	10	17472	17481	0 %	20 %	60 %	20 %	226349843
20	NC_012521	TGCAC	2	10	17761	17770	20 %	20 %	20 %	40 %	226349843
21	NC_012521	GCCGG	2	10	18845	18854	0 %	0 %	60 %	40 %	226349844
22	NC_012521	CAGCG	2	10	20820	20829	20 %	0 %	40 %	40 %	226349845
23	NC_012521	GCGCC	2	10	22088	22097	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_012521	GGCGA	2	10	23355	23364	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012521	GGGAA	2	10	23981	23990	40 %	0 %	60 %	0 %	226349849
26	NC_012521	CGGCA	2	10	25115	25124	20 %	0 %	40 %	40 %	226349850
27	NC_012521	AGTCG	2	10	26704	26713	20 %	20 %	40 %	20 %	226349853
28	NC_012521	CGCGG	2	10	27509	27518	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_012521	GGCCG	2	10	29100	29109	0 %	0 %	60 %	40 %	226349856
30	NC_012521	GGCCA	2	10	29297	29306	20 %	0 %	40 %	40 %	226349857
31	NC_012521	CCGAG	2	10	31451	31460	20 %	0 %	40 %	40 %	226349858
32	NC_012521	GTTCG	2	10	32958	32967	0 %	40 %	40 %	20 %	226349860
33	NC_012521	CGGTG	2	10	35474	35483	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012521	GCCGC	3	15	36306	36320	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
35	NC_012521	TCCCC	2	10	37458	37467	0 %	20 %	0 %	80 %	226349864
36	NC_012521	CCGAT	2	10	37851	37860	20 %	20 %	20 %	40 %	226349864
37	NC_012521	CGCAG	2	10	38179	38188	20 %	0 %	40 %	40 %	226349864
38	NC_012521	GCGGA	2	10	39353	39362	20 %	0 %	60 %	20 %	226349864
39	NC_012521	TCGAC	2	10	40517	40526	20 %	20 %	20 %	40 %	226349865
40	NC_012521	GCCAT	2	10	41401	41410	20 %	20 %	20 %	40 %	226349865
41	NC_012521	GCCGG	2	10	43544	43553	0 %	0 %	60 %	40 %	226349867
42	NC_012521	GGCCA	2	10	44312	44321	20 %	0 %	40 %	40 %	226349867
43	NC_012521	CTCCA	2	10	44832	44841	20 %	20 %	0 %	60 %	226349867
44	NC_012521	GCATT	2	10	48914	48923	20 %	40 %	20 %	20 %	226349873
45	NC_012521	TCGTT	2	10	49847	49856	0 %	60 %	20 %	20 %	226349875
46	NC_012521	CCGTC	2	10	50186	50195	0 %	20 %	20 %	60 %	226349875
47	NC_012521	CGAGC	2	10	50646	50655	20 %	0 %	40 %	40 %	226349875
48	NC_012521	CCGGC	2	10	51027	51036	0 %	0 %	40 %	60 %	226349876
49	NC_012521	TCGCT	2	10	55815	55824	0 %	40 %	20 %	40 %	226349881
50	NC_012521	GCACA	2	10	56090	56099	40 %	0 %	20 %	40 %	226349882
51	NC_012521	GCCGC	2	10	57243	57252	0 %	0 %	40 %	60 %	226349883
52	NC_012521	GCGTC	2	10	59402	59411	0 %	20 %	40 %	40 %	226349886
53	NC_012521	CCCGG	2	10	59827	59836	0 %	0 %	40 %	60 %	226349886
54	NC_012521	CGGAT	2	10	59889	59898	20 %	20 %	40 %	20 %	226349886
55	NC_012521	AGCGC	2	10	60024	60033	20 %	0 %	40 %	40 %	226349886
56	NC_012521	CGACG	2	10	60395	60404	20 %	0 %	40 %	40 %	226349886
57	NC_012521	CAACG	2	10	61828	61837	40 %	0 %	20 %	40 %	226349887
58	NC_012521	CTAGC	2	10	62403	62412	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_012521	GCCTG	2	10	62501	62510	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_012521	GGAAG	2	10	62673	62682	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012521	ACGGA	2	10	63345	63354	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012521	ACCCC	2	10	64225	64234	20 %	0 %	0 %	80 %	226349889
63	NC_012521	GAACG	2	10	65274	65283	40 %	0 %	40 %	20 %	226349890
64	NC_012521	ACAGC	2	10	65747	65756	40 %	0 %	20 %	40 %	226349890
65	NC_012521	GCAAC	2	10	66121	66130	40 %	0 %	20 %	40 %	226349891
66	NC_012521	GCAAC	2	10	66149	66158	40 %	0 %	20 %	40 %	226349891
67	NC_012521	CGCTA	2	10	67118	67127	20 %	20 %	20 %	40 %	226349892
68	NC_012521	ATCCA	2	10	67670	67679	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_012521	ATCGG	2	10	68698	68707	20 %	20 %	40 %	20 %	226349894
70	NC_012521	GCCCC	2	10	69948	69957	0 %	0 %	20 %	80 %	226349895
71	NC_012521	AGGGG	2	10	72828	72837	20 %	0 %	80 %	0 %	226349899
72	NC_012521	CGGGT	2	10	73683	73692	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012521	GGGGA	2	10	74396	74405	20 %	0 %	80 %	0 %	226349901
74	NC_012521	ACTCG	2	10	74893	74902	20 %	20 %	20 %	40 %	226349901
75	NC_012521	ACCCG	2	10	75463	75472	20 %	0 %	20 %	60 %	226349901
76	NC_012521	CCTCG	2	10	75520	75529	0 %	20 %	20 %	60 %	226349901
77	NC_012521	CGGAA	2	10	76560	76569	40 %	0 %	40 %	20 %	226349903
78	NC_012521	TGCGC	2	10	76740	76749	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012521	TCAGA	2	10	77848	77857	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012521	GCGCC	2	10	82587	82596	0 %	0 %	40 %	60 %	226349908
81	NC_012521	GATGC	2	10	82624	82633	20 %	20 %	40 %	20 %	226349908
82	NC_012521	TGGAC	2	10	82685	82694	20 %	20 %	40 %	20 %	226349908
83	NC_012521	GACCG	2	10	89346	89355	20 %	0 %	40 %	40 %	226349913
84	NC_012521	CCATC	2	10	89917	89926	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_012521	GTCAT	2	10	93999	94008	20 %	40 %	20 %	20 %	226349921
86	NC_012521	GCGAG	2	10	94288	94297	20 %	0 %	60 %	20 %	226349922
87	NC_012521	ACTTC	2	10	94702	94711	20 %	40 %	0 %	40 %	226349923
88	NC_012521	TCCCG	2	10	98421	98430	0 %	20 %	20 %	60 %	226349926
89	NC_012521	TCAGC	2	10	100204	100213	20 %	20 %	20 %	40 %	226349928
90	NC_012521	CACGC	2	10	102255	102264	20 %	0 %	20 %	60 %	226349929
91	NC_012521	GCAGA	2	10	102564	102573	40 %	0 %	40 %	20 %	226349930
92	NC_012521	GCCTC	2	10	103521	103530	0 %	20 %	20 %	60 %	226349932
93	NC_012521	AGCGC	2	10	105512	105521	20 %	0 %	40 %	40 %	226349933
94	NC_012521	TCGCT	2	10	105555	105564	0 %	40 %	20 %	40 %	226349933
95	NC_012521	GCCGG	2	10	106752	106761	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_012521	CGGCT	2	10	107390	107399	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_012521	GGATC	2	10	109473	109482	20 %	20 %	40 %	20 %	226349936
98	NC_012521	GCCGG	2	10	110672	110681	0 %	0 %	60 %	40 %	226349937
99	NC_012521	ACCTC	2	10	111037	111046	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_012521	GTCGG	2	10	112041	112050	0 %	20 %	60 %	20 %	226349938
101	NC_012521	AGGGG	2	10	112741	112750	20 %	0 %	80 %	0 %	226349938
102	NC_012521	CGGTG	2	10	113790	113799	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012521	GTGGG	2	10	114814	114823	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012521	CCAAT	2	10	115238	115247	40 %	20 %	0 %	40 %	226349941
105	NC_012521	TGGTC	2	10	117155	117164	0 %	40 %	40 %	20 %	226349942
106	NC_012521	GCGGG	2	10	120212	120221	0 %	0 %	80 %	20 %	226349946
107	NC_012521	GCGTT	2	10	121837	121846	0 %	40 %	40 %	20 %	226349949
108	NC_012521	TCGAC	2	10	122146	122155	20 %	20 %	20 %	40 %	226349949
109	NC_012521	CGGCG	2	10	122704	122713	0 %	0 %	60 %	40 %	226349949
110	NC_012521	CAGGT	2	10	123185	123194	20 %	20 %	40 %	20 %	226349951
111	NC_012521	TCGGC	2	10	124014	124023	0 %	20 %	40 %	40 %	226349951
112	NC_012521	GCTCC	2	10	124292	124301	0 %	20 %	20 %	60 %	226349951
113	NC_012521	CGAGC	2	10	125122	125131	20 %	0 %	40 %	40 %	226349952
114	NC_012521	CTCGT	2	10	126632	126641	0 %	40 %	20 %	40 %	226349953
115	NC_012521	CGGGC	2	10	127641	127650	0 %	0 %	60 %	40 %	226349954
116	NC_012521	GACGC	2	10	128528	128537	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_012521	GGCCG	2	10	130133	130142	0 %	0 %	60 %	40 %	226349955
118	NC_012521	CGGAC	2	10	130608	130617	20 %	0 %	40 %	40 %	226349955
119	NC_012521	ACCTC	2	10	132425	132434	20 %	20 %	0 %	60 %	226349957
120	NC_012521	ACCGA	2	10	133423	133432	40 %	0 %	20 %	40 %	226349957
121	NC_012521	CGGAA	2	10	134296	134305	40 %	0 %	40 %	20 %	226349957
122	NC_012521	GGTGA	2	10	134861	134870	20 %	20 %	60 %	0 %	226349958
123	NC_012521	CCGAC	2	10	135022	135031	20 %	0 %	20 %	60 %	226349958
124	NC_012521	AACCG	2	10	135751	135760	40 %	0 %	20 %	40 %	226349959
125	NC_012521	GCACT	2	10	136037	136046	20 %	20 %	20 %	40 %	226349959
126	NC_012521	GAGAC	2	10	136707	136716	40 %	0 %	40 %	20 %	226349960
127	NC_012521	GGATC	2	10	137049	137058	20 %	20 %	40 %	20 %	226349960
128	NC_012521	GGACC	2	10	138204	138213	20 %	0 %	40 %	40 %	226349962
129	NC_012521	ACCCG	2	10	139286	139295	20 %	0 %	20 %	60 %	226349963
130	NC_012521	TGCTC	2	10	142169	142178	0 %	40 %	20 %	40 %	226349964
131	NC_012521	CGGTG	2	10	142311	142320	0 %	20 %	60 %	20 %	226349964
132	NC_012521	GGGCC	2	10	146087	146096	0 %	0 %	60 %	40 %	226349967
133	NC_012521	TGGGG	2	10	146978	146987	0 %	20 %	80 %	0 %	226349968
134	NC_012521	GGCGA	2	10	148159	148168	20 %	0 %	60 %	20 %	226349969
135	NC_012521	GCTTG	2	10	149021	149030	0 %	40 %	40 %	20 %	226349970
136	NC_012521	ATGGC	2	10	149958	149967	20 %	20 %	40 %	20 %	226349970
137	NC_012521	ACCAC	2	10	152268	152277	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
138	NC_012521	CGTGG	2	10	152780	152789	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_012521	AGGTC	2	10	153887	153896	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_012521	CCGAT	2	10	156804	156813	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_012521	GGACT	2	10	159281	159290	20 %	20 %	40 %	20 %	226349979
142	NC_012521	CGCTG	2	10	159490	159499	0 %	20 %	40 %	40 %	226349979
143	NC_012521	CGGAC	2	10	160654	160663	20 %	0 %	40 %	40 %	226349980
144	NC_012521	ACTCG	2	10	164310	164319	20 %	20 %	20 %	40 %	226349984
145	NC_012521	CGGCA	2	10	164728	164737	20 %	0 %	40 %	40 %	226349984
146	NC_012521	CGCTC	2	10	165756	165765	0 %	20 %	20 %	60 %	226349985
147	NC_012521	GATCT	2	10	165986	165995	20 %	40 %	20 %	20 %	226349985
148	NC_012521	AGCAC	2	10	167271	167280	40 %	0 %	20 %	40 %	226349986
149	NC_012521	GAAAG	2	10	170126	170135	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012521	ACCCG	2	10	171487	171496	20 %	0 %	20 %	60 %	226349989
151	NC_012521	GCTTC	2	10	172226	172235	0 %	40 %	20 %	40 %	226349991
152	NC_012521	TCCGC	2	10	173788	173797	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
153	NC_012521	CTGCT	2	10	173837	173846	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_012521	CTGCA	2	10	174621	174630	20 %	20 %	20 %	40 %	226349993
155	NC_012521	ACACC	2	10	174638	174647	40 %	0 %	0 %	60 %	226349993
156	NC_012521	CGAAC	2	10	175016	175025	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_012521	CTCGT	2	10	178266	178275	0 %	40 %	20 %	40 %	226349996
158	NC_012521	GACTC	2	10	178867	178876	20 %	20 %	20 %	40 %	226349996
159	NC_012521	GATCG	2	10	179571	179580	20 %	20 %	40 %	20 %	226349996
160	NC_012521	GTGAG	2	10	179623	179632	20 %	20 %	60 %	0 %	226349996
161	NC_012521	TCCGG	2	10	181302	181311	0 %	20 %	40 %	40 %	226349997
162	NC_012521	AACGC	2	10	182678	182687	40 %	0 %	20 %	40 %	226349999
163	NC_012521	GTGGC	2	10	182718	182727	0 %	20 %	60 %	20 %	226349999
164	NC_012521	CCACA	2	10	184444	184453	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
165	NC_012521	TGGGA	2	10	184888	184897	20 %	20 %	60 %	0 %	226350001
166	NC_012521	AAGGC	2	10	186410	186419	40 %	0 %	40 %	20 %	226350004
167	NC_012521	GGCCG	2	10	187334	187343	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
168	NC_012521	CGGGT	2	10	189962	189971	0 %	20 %	60 %	20 %	226350009
169	NC_012521	TCGAC	2	10	192229	192238	20 %	20 %	20 %	40 %	226350013
170	NC_012521	GCCGC	2	10	195285	195294	0 %	0 %	40 %	60 %	226350016
171	NC_012521	TCGGT	2	10	195341	195350	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
172	NC_012521	CCGTG	2	10	196180	196189	0 %	20 %	40 %	40 %	226350018
173	NC_012521	GAGGT	2	10	197715	197724	20 %	20 %	60 %	0 %	226350020
174	NC_012521	GACCG	2	10	197913	197922	20 %	0 %	40 %	40 %	226350020
175	NC_012521	CTTTC	2	10	199617	199626	0 %	60 %	0 %	40 %	226350022
176	NC_012521	TCGGC	2	10	200507	200516	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
177	NC_012521	AGCGG	2	10	200733	200742	20 %	0 %	60 %	20 %	226350023
178	NC_012521	CGGGG	2	10	200946	200955	0 %	0 %	80 %	20 %	226350023
179	NC_012521	GCTCG	2	10	203939	203948	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
180	NC_012521	CAAGC	2	10	204582	204591	40 %	0 %	20 %	40 %	226350027
181	NC_012521	CCGCG	2	10	206298	206307	0 %	0 %	40 %	60 %	226350031
182	NC_012521	CTCGG	2	10	207996	208005	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
183	NC_012521	CGCCC	2	10	211399	211408	0 %	0 %	20 %	80 %	226350036
184	NC_012521	CGGAC	2	10	211699	211708	20 %	0 %	40 %	40 %	226350036
185	NC_012521	CCCGA	2	10	211922	211931	20 %	0 %	20 %	60 %	226350036
186	NC_012521	ATGGC	2	10	213965	213974	20 %	20 %	40 %	20 %	226350040
187	NC_012521	CATCG	2	10	214729	214738	20 %	20 %	20 %	40 %	226350040
188	NC_012521	GGTGA	2	10	222121	222130	20 %	20 %	60 %	0 %	226350053
189	NC_012521	CCGCC	2	10	223479	223488	0 %	0 %	20 %	80 %	226350053
190	NC_012521	GCCAG	2	10	227300	227309	20 %	0 %	40 %	40 %	226350057
191	NC_012521	GACGG	2	10	228446	228455	20 %	0 %	60 %	20 %	226350058
192	NC_012521	TGCAC	2	10	228531	228540	20 %	20 %	20 %	40 %	226350058
193	NC_012521	CTCCG	2	10	228598	228607	0 %	20 %	20 %	60 %	226350058
194	NC_012521	TGTGG	2	10	230318	230327	0 %	40 %	60 %	0 %	226350061
195	NC_012521	CCGAG	2	10	230575	230584	20 %	0 %	40 %	40 %	226350061
196	NC_012521	CCGAA	2	10	230604	230613	40 %	0 %	20 %	40 %	226350061
197	NC_012521	GCCGG	2	10	230953	230962	0 %	0 %	60 %	40 %	226350062
198	NC_012521	CCGCA	2	10	231354	231363	20 %	0 %	20 %	60 %	226350062
199	NC_012521	CCGGC	2	10	232053	232062	0 %	0 %	40 %	60 %	226350064
200	NC_012521	CTGGT	2	10	234160	234169	0 %	40 %	40 %	20 %	226350067
201	NC_012521	TCAAG	2	10	235199	235208	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
202	NC_012521	CCGCG	2	10	235346	235355	0 %	0 %	40 %	60 %	226350069
203	NC_012521	GGGGT	2	10	236375	236384	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
204	NC_012521	GGGGC	2	10	237577	237586	0 %	0 %	80 %	20 %	226350072
205	NC_012521	CACCG	2	10	238024	238033	20 %	0 %	20 %	60 %	226350073
206	NC_012521	CCACG	2	10	239022	239031	20 %	0 %	20 %	60 %	226350074
207	NC_012521	CCGTC	2	10	239555	239564	0 %	20 %	20 %	60 %	226350075
208	NC_012521	CACGG	2	10	240696	240705	20 %	0 %	40 %	40 %	226350076
209	NC_012521	CCTCG	2	10	240816	240825	0 %	20 %	20 %	60 %	226350076
210	NC_012521	TCGGC	2	10	243710	243719	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
211	NC_012521	TGGTG	2	10	244448	244457	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
212	NC_012521	AGCGA	2	10	244875	244884	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.