MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus opacus B4 plasmid pROB01

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012520	CACCG	2	10	210	219	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_012520	GGCGG	2	10	1922	1931	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
3	NC_012520	GTGGG	2	10	13543	13552	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012520	GTGGG	2	10	13555	13564	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012520	CAGGA	2	10	34875	34884	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012520	GGAAA	2	10	47897	47906	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012520	TGCCA	2	10	48449	48458	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012520	GGAAA	2	10	49236	49245	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012520	CGACA	2	10	50013	50022	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_012520	TCGAC	2	10	50031	50040	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_012520	ATGCG	2	10	51219	51228	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012520	TCACC	2	10	58014	58023	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_012520	GGCAC	2	10	59918	59927	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_012520	ACGCA	2	10	60225	60234	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_012520	CGGTC	2	10	72652	72661	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_012520	GTGTC	2	10	74633	74642	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_012520	CCGAC	2	10	77320	77329	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_012520	TCGGT	2	10	79023	79032	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012520	GACCT	2	10	85217	85226	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012520	GGTGG	2	10	87153	87162	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012520	GCGAC	2	10	89215	89224	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_012520	TCCGC	2	10	95402	95411	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
23	NC_012520	GACTG	2	10	96815	96824	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012520	GTGGG	2	10	98734	98743	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012520	CCTCT	2	10	99494	99503	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_012520	AAAGG	2	10	104884	104893	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012520	GCGAC	2	10	130186	130195	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_012520	GTCCG	2	10	138698	138707	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_012520	GGGCT	2	10	140865	140874	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012520	GCGGT	2	10	140955	140964	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012520	GCACC	2	10	149235	149244	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_012520	TTCCA	2	10	151711	151720	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_012520	TCCGT	2	10	157402	157411	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_012520	CTGGG	2	10	161410	161419	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012520	CTTAC	2	10	171814	171823	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_012520	GCCTT	2	10	171959	171968	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_012520	CGCGG	2	10	177506	177515	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_012520	GCCGA	2	10	181422	181431	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_012520	CGCTG	2	10	183444	183453	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_012520	GTCGG	2	10	183712	183721	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_012520	GGCGC	2	10	184411	184420	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_012520	CCGCG	2	10	184431	184440	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
43	NC_012520	GCTGA	2	10	190577	190586	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012520	CCCAC	2	10	190603	190612	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
45	NC_012520	ACCCC	2	10	198511	198520	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
46	NC_012520	TGGGG	3	15	198544	198558	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012520	CCCGG	2	10	202982	202991	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_012520	GTGGG	2	10	208079	208088	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012520	TTGAG	2	10	211045	211054	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012520	TGCCG	2	10	211182	211191	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_012520	CCCGA	2	10	218136	218145	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_012520	TTCGG	2	10	225109	225118	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012520	GAACG	2	10	225299	225308	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_012520	GTGGG	2	10	227001	227010	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012520	CGCGT	2	10	227177	227186	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_012520	AGGTC	2	10	227337	227346	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012520	GGCCC	2	10	228443	228452	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
58	NC_012520	GCCCC	2	10	229817	229826	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
59	NC_012520	CTGCG	2	10	232463	232472	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_012520	GGTGC	2	10	239350	239359	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_012520	CGCAC	2	10	239372	239381	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_012520	ACGCC	2	10	241997	242006	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_012520	GTGGA	2	10	245517	245526	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012520	AGGTG	2	10	246334	246343	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012520	TCGCA	2	10	247827	247836	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_012520	GAAGG	2	10	261878	261887	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012520	CCGGG	2	10	264929	264938	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
68	NC_012520	ACCCC	2	10	267376	267385	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_012520	GCGCA	2	10	269988	269997	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_012520	GCCGA	2	10	270070	270079	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012520	TGATG	2	10	273478	273487	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012520	GAGCA	2	10	273574	273583	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012520	GGGGC	2	10	278594	278603	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
74	NC_012520	CCACC	2	10	285527	285536	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
75	NC_012520	CGCAC	2	10	289540	289549	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_012520	CCGAC	2	10	313956	313965	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_012520	TGGGA	2	10	321455	321464	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012520	TTTCC	2	10	322058	322067	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012520	CGCTG	2	10	329082	329091	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_012520	GGCCC	2	10	340763	340772	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
81	NC_012520	GCCCC	2	10	342137	342146	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
82	NC_012520	CCGGA	2	10	344508	344517	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012520	GTCGG	2	10	346507	346516	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012520	ATCAC	2	10	349180	349189	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_012520	CGCGT	2	10	351880	351889	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_012520	GATCC	2	10	353503	353512	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012520	CACCG	2	10	353582	353591	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_012520	CGGCC	2	10	354397	354406	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
89	NC_012520	GCGGT	2	10	357609	357618	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_012520	GGCAA	2	10	359345	359354	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012520	TCACC	2	10	360000	360009	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_012520	CGACC	2	10	363066	363075	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_012520	CGACA	2	10	382797	382806	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_012520	CCGTG	2	10	385208	385217	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_012520	GCGGA	2	10	391616	391625	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_012520	GGCGG	2	10	393715	393724	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
97	NC_012520	CCCGG	2	10	399926	399935	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_012520	GCAGG	2	10	402671	402680	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012520	AGGAC	2	10	409900	409909	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_012520	ACAGG	2	10	417651	417660	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_012520	GGCCT	2	10	436360	436369	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_012520	GATCC	2	10	451625	451634	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_012520	AGCGC	2	10	452055	452064	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_012520	TGCGT	2	10	452318	452327	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012520	CGCGG	2	10	453747	453756	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
106	NC_012520	TCGGG	2	10	458049	458058	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_012520	CACCG	2	10	466213	466222	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_012520	ATCGA	2	10	468387	468396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_012520	GAGGT	2	10	469889	469898	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012520	GTGCG	2	10	476654	476663	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_012520	AGCTG	2	10	481293	481302	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_012520	CGCAC	2	10	481648	481657	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_012520	TGATC	2	10	511115	511124	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_012520	GGGTC	2	10	518861	518870	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
115	NC_012520	ACCGG	2	10	522873	522882	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_012520	CTTGC	2	10	522921	522930	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_012520	ATCGA	2	10	523263	523272	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_012520	TCGGG	2	10	525647	525656	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_012520	GCCTG	2	10	529400	529409	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_012520	ATCGG	2	10	530070	530079	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_012520	CGGGC	2	10	534497	534506	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_012520	GCGAT	2	10	534865	534874	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_012520	AGGTG	2	10	537902	537911	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012520	GCCGA	2	10	537946	537955	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_012520	CCACC	2	10	538668	538677	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
126	NC_012520	CGGCT	2	10	538984	538993	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_012520	CGGAT	2	10	541417	541426	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_012520	TCCAC	2	10	546808	546817	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
129	NC_012520	TGGTG	2	10	547094	547103	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012520	GGTGG	2	10	555723	555732	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012520	TTCCG	2	10	555783	555792	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_012520	GCGGG	2	10	555867	555876	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
133	NC_012520	AGCGA	2	10	558070	558079	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012520	AGCGA	2	10	558140	558149	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.