MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae JJA

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012466	TAAGGA	2	12	16895	16906	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012466	GAAGTG	2	12	19983	19994	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012466	ACTAAT	2	12	20013	20024	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012466	AAGAAA	2	12	29087	29098	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012466	CAGGCT	2	12	30268	30279	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_012466	TAAAAA	2	12	46213	46224	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012466	AAAAAT	2	12	67197	67208	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012466	TTCTAT	2	12	77041	77052	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_012466	TCCCAT	2	12	82849	82860	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_012466	TAAAAT	2	12	85226	85237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012466	TAAAAA	2	12	101569	101580	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012466	ATTGAG	2	12	121619	121630	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012466	AAGCAA	2	12	133789	133800	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_012466	AGCAGA	2	12	134033	134044	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012466	TTGAAA	2	12	134257	134268	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012466	CCAGCT	2	12	135021	135032	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_012466	CCAGCT	2	12	135054	135065	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_012466	CCAGCT	2	12	135087	135098	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_012466	TTTGCT	2	12	142396	142407	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012466	ATAAAA	2	12	142787	142798	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012466	ATAAAT	2	12	147699	147710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012466	TTTTAC	2	12	192937	192948	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_012466	AGATAA	2	12	219320	219331	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012466	CATAAT	2	12	221387	221398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_012466	TCTTAA	2	12	237052	237063	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012466	GGTTGC	2	12	253859	253870	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_012466	TCTTTT	2	12	273464	273475	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012466	GAAAAA	2	12	305362	305373	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012466	GCAGTT	2	12	349667	349678	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012466	ATGAAG	2	12	415252	415263	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012466	GCTTGC	2	12	437967	437978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012466	CTTGAA	2	12	479193	479204	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_012466	AGGATA	2	12	479387	479398	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012466	TGCTTT	2	12	487143	487154	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_012466	TCTTTT	2	12	513545	513556	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012466	AAAGTT	2	12	566260	566271	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012466	ACTTCT	2	12	582934	582945	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_012466	GAGATG	2	12	585390	585401	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012466	AAACTG	2	12	596726	596737	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_012466	ATGGAA	2	12	597788	597799	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012466	AATGTT	2	12	598021	598032	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012466	TGAGTT	2	12	618964	618975	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012466	AGATTG	2	12	667718	667729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012466	AACATA	2	12	687602	687613	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_012466	TTTTCA	2	12	715173	715184	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_012466	GAACAA	2	12	727169	727180	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_012466	TTTGTT	2	12	727181	727192	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012466	AAAAAC	2	12	741427	741438	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012466	TTCGGG	2	12	764698	764709	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_012466	TTAAAA	2	12	800173	800184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012466	TATAAA	2	12	803618	803629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012466	GCAATC	2	12	809819	809830	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_012466	AAAAAG	2	12	854319	854330	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012466	ACCAAG	2	12	855182	855193	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012466	TTTTTA	2	12	874340	874351	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012466	CTATTT	2	12	885842	885853	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_012466	AAAAAG	2	12	885891	885902	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012466	TTTTCT	2	12	896180	896191	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_012466	TAAAAA	2	12	926265	926276	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012466	TGTCAA	2	12	931882	931893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012466	AAGAAA	2	12	933188	933199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012466	AAAGTA	2	12	933968	933979	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012466	AATGGA	2	12	943821	943832	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012466	CAAAAG	2	12	945855	945866	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_012466	TTTTGG	2	12	947894	947905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012466	TAACAG	2	12	947968	947979	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_012466	AATTTT	2	12	1055437	1055448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012466	ACCAAT	2	12	1056010	1056021	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_012466	TTTTTG	2	12	1065452	1065463	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012466	GTTTGT	2	12	1074635	1074646	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012466	TGAAAA	2	12	1090339	1090350	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012466	GTTGAA	2	12	1095882	1095893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012466	AGAAAA	2	12	1128196	1128207	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012466	TAAAAA	2	12	1169955	1169966	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012466	AATCTA	2	12	1197188	1197199	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012466	TAGGTA	2	12	1215278	1215289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012466	TTGAAA	2	12	1226254	1226265	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012466	GATGGT	2	12	1255077	1255088	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012466	TTTTAT	2	12	1266586	1266597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012466	TGCTTC	2	12	1325038	1325049	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_012466	ACTAAA	2	12	1326379	1326390	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012466	AAATTT	2	12	1342612	1342623	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012466	GGACCT	2	12	1346862	1346873	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012466	CCGTTT	2	12	1444104	1444115	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012466	GATTGC	2	12	1452589	1452600	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_012466	TTAAAA	2	12	1500409	1500420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012466	AACTTG	2	12	1537580	1537591	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012466	ATTTGA	2	12	1560626	1560637	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012466	TAATCA	2	12	1568597	1568608	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012466	GCTGAG	2	12	1593213	1593224	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012466	GCTGAG	2	12	1593237	1593248	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_012466	TGAGGC	3	18	1593353	1593370	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_012466	GCTGAG	2	12	1594023	1594034	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_012466	GCTGAG	2	12	1594659	1594670	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_012466	GCTGAG	2	12	1594779	1594790	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012466	GCTGAG	2	12	1595115	1595126	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_012466	TGAGGC	3	18	1595135	1595152	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_012466	GCTGAA	2	12	1595565	1595576	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_012466	GCTGAG	2	12	1596723	1596734	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_012466	GCTGAG	2	12	1596867	1596878	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_012466	GCTGAG	2	12	1597629	1597640	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012466	GCTGAG	2	12	1598067	1598078	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012466	GCTGAG	2	12	1598505	1598516	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_012466	GCTGAG	2	12	1598649	1598660	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012466	TGAGGC	3	18	1599383	1599400	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_012466	GCTGAG	2	12	1599603	1599614	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_012466	CAGATG	2	12	1600894	1600905	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_012466	CACTTC	2	12	1617750	1617761	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_012466	TCTATT	2	12	1634438	1634449	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_012466	GAACAT	2	12	1651192	1651203	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_012466	CTTTCT	2	12	1673502	1673513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012466	TAGGCT	2	12	1674429	1674440	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_012466	TCATTA	2	12	1684884	1684895	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012466	TAATCA	2	12	1703641	1703652	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_012466	TAAAAA	2	12	1729622	1729633	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012466	TATTAG	2	12	1732863	1732874	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012466	CACTTC	2	12	1732894	1732905	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_012466	TCCTTA	2	12	1735982	1735993	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_012466	AGTTAG	2	12	1745305	1745316	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012466	AGCCTG	2	12	1745754	1745765	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_012466	CCAGTC	2	12	1790429	1790440	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_012466	TTCATC	2	12	1791780	1791791	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_012466	TTTTTC	2	12	1799923	1799934	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_012466	CCAGAA	2	12	1802751	1802762	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_012466	AGGACA	2	12	1854691	1854702	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_012466	AAAAAT	2	12	1858455	1858466	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012466	TATTAG	2	12	1870534	1870545	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012466	CACTTC	2	12	1870565	1870576	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_012466	TCCTTA	2	12	1873653	1873664	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_012466	ATGATT	2	12	1886658	1886669	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012466	ATAGGA	2	12	1892023	1892034	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012466	CCCGAA	2	12	1931706	1931717	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
133	NC_012466	TATTAG	2	12	1932583	1932594	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012466	CACTTC	2	12	1932614	1932625	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_012466	TCCTTA	2	12	1935702	1935713	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_012466	TAAATT	2	12	2017320	2017331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012466	TCCAAC	2	12	2022739	2022750	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_012466	GATAAA	2	12	2057625	2057636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012466	TCCACT	2	12	2059788	2059799	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_012466	ACCTTG	2	12	2077892	2077903	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_012466	AAAAAT	2	12	2108152	2108163	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.