MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae JJA

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012466	TGAAA	2	10	3170	3179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012466	TCGTG	2	10	16422	16431	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_012466	GTTAA	2	10	17143	17152	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012466	GGGAG	2	10	17661	17670	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012466	AGGGA	2	10	19872	19881	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012466	CTTTT	2	10	24209	24218	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012466	TTATA	2	10	29063	29072	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012466	TTTTG	2	10	30808	30817	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012466	ATTAT	2	10	30949	30958	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012466	TATCG	2	10	31125	31134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_012466	TCATA	2	10	46865	46874	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012466	AGAGG	2	10	54174	54183	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012466	ATTTT	2	10	71467	71476	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012466	TTTAT	2	10	76903	76912	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012466	ATTCA	2	10	82778	82787	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012466	TATCA	2	10	88501	88510	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_012466	GAAAG	2	10	90447	90456	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012466	GCGGT	2	10	91733	91742	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012466	ATAAA	2	10	99273	99282	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012466	TAACC	2	10	99371	99380	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_012466	GGCTT	2	10	115293	115302	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012466	AAATG	2	10	116761	116770	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012466	TAAAA	2	10	132157	132166	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012466	ACTAA	2	10	134067	134076	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012466	ATTAA	2	10	135801	135810	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012466	GTTTG	2	10	142564	142573	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012466	ATGAC	2	10	142711	142720	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012466	GAAAA	2	10	143301	143310	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012466	TGAAA	2	10	170716	170725	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012466	ATTTC	2	10	172242	172251	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012466	CCCTG	2	10	179493	179502	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_012466	ATGAT	2	10	194678	194687	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012466	AAGGA	2	10	206931	206940	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012466	GTTCA	2	10	208565	208574	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012466	AAAAT	2	10	212372	212381	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012466	ATCGA	2	10	213120	213129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012466	ATACC	2	10	219260	219269	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_012466	ATTTC	2	10	221826	221835	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_012466	ATTCT	2	10	222504	222513	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_012466	CTATC	2	10	223726	223735	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_012466	CTTTT	2	10	236687	236696	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012466	CTTAA	2	10	239044	239053	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012466	AAGCC	2	10	252644	252653	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_012466	AATAG	2	10	254188	254197	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012466	TGATA	2	10	263410	263419	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012466	ACCTT	2	10	277757	277766	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_012466	AAATG	2	10	277909	277918	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012466	CTTTT	2	10	284339	284348	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012466	AAATA	2	10	299365	299374	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012466	TGCTT	2	10	311914	311923	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_012466	GTATG	2	10	324452	324461	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012466	ATAAA	2	10	347502	347511	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012466	TTTTC	2	10	361374	361383	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_012466	TTTTA	2	10	375981	375990	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012466	TAAAA	2	10	388089	388098	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012466	GACTG	2	10	413469	413478	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012466	CTTTT	2	10	416384	416393	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012466	AAATA	2	10	424462	424471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012466	AGAAA	2	10	424483	424492	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012466	ATTTC	2	10	427227	427236	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_012466	TTTGC	2	10	427607	427616	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012466	GGAAT	2	10	429839	429848	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012466	AAGAG	2	10	434681	434690	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012466	CAGGG	2	10	438009	438018	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012466	TGAAA	2	10	443342	443351	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012466	AGTGT	2	10	443801	443810	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012466	CACTT	2	10	444146	444155	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_012466	CTATT	2	10	445411	445420	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012466	AATAA	2	10	450638	450647	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012466	CTTTT	2	10	451906	451915	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_012466	TAAAA	2	10	451919	451928	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012466	TGTTT	2	10	454791	454800	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012466	TACTT	2	10	455398	455407	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_012466	ATAAA	2	10	463234	463243	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012466	AGCGA	2	10	466370	466379	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012466	ATTCA	2	10	471013	471022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012466	TACTG	2	10	471786	471795	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_012466	ATATA	2	10	471803	471812	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012466	TTCTT	2	10	474367	474376	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012466	GATAA	2	10	477043	477052	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012466	AAGTT	2	10	478869	478878	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012466	GTTTG	2	10	479265	479274	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012466	AAAAG	2	10	479632	479641	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012466	CAATA	2	10	482101	482110	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_012466	ATTGG	2	10	494278	494287	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012466	TATAA	2	10	494374	494383	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012466	TTTTA	2	10	497098	497107	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012466	CTTTT	2	10	497189	497198	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_012466	TTTTA	2	10	497270	497279	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012466	ATTTT	2	10	504084	504093	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012466	AGGAA	2	10	508890	508899	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012466	ATAAA	2	10	516929	516938	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012466	TGTCT	2	10	517416	517425	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012466	TTAGT	2	10	521307	521316	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012466	ATATA	2	10	530428	530437	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012466	TAGTA	2	10	533658	533667	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012466	CATTT	2	10	535111	535120	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_012466	AATTG	2	10	535223	535232	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012466	TAAAA	2	10	543531	543540	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012466	AAACA	2	10	573242	573251	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_012466	ATATA	2	10	576026	576035	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012466	GAGCA	2	10	592342	592351	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012466	GCTTG	2	10	595764	595773	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012466	AAATC	2	10	598823	598832	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012466	AAAAG	2	10	614166	614175	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012466	GAAAA	2	10	615205	615214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012466	GTTAT	2	10	615244	615253	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012466	GATGG	2	10	617988	617997	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012466	TCCTT	2	10	618820	618829	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_012466	TAGTA	2	10	653418	653427	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012466	AGGGG	2	10	656354	656363	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012466	CCCTG	2	10	656440	656449	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_012466	ATGGA	2	10	677978	677987	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012466	TTATT	2	10	680273	680282	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012466	ATAAA	2	10	687688	687697	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012466	TAAAA	2	10	695548	695557	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012466	GGAAA	2	10	700509	700518	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012466	TAAAA	2	10	711243	711252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012466	TAAAA	2	10	725554	725563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012466	ATTTT	2	10	726806	726815	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012466	CAAGA	2	10	732751	732760	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_012466	CTGAT	2	10	739266	739275	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_012466	CTGAA	2	10	741463	741472	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_012466	ATAAA	2	10	741637	741646	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012466	TTTGA	2	10	741665	741674	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012466	AAATA	2	10	749292	749301	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012466	AAAAT	2	10	763551	763560	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012466	TATTT	2	10	764855	764864	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012466	TTTTG	2	10	790791	790800	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012466	TATAT	2	10	803582	803591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012466	ATCTA	2	10	810131	810140	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_012466	TATGA	2	10	812195	812204	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012466	AAATC	2	10	819843	819852	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012466	AGGTT	2	10	819922	819931	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012466	CATTT	2	10	820079	820088	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_012466	AGAAC	2	10	824618	824627	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_012466	ATATA	2	10	827549	827558	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012466	CTTTT	2	10	832951	832960	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_012466	TAATA	2	10	833963	833972	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012466	TTTTC	2	10	835047	835056	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_012466	ATAGA	2	10	842826	842835	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012466	TAAAA	2	10	848018	848027	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012466	CTTTT	2	10	854624	854633	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_012466	CATCT	2	10	854993	855002	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_012466	GAAGA	2	10	855479	855488	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012466	TCTTT	2	10	863743	863752	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_012466	AATAA	2	10	865602	865611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012466	ATTTC	2	10	883703	883712	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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183	NC_012466	CTTAT	2	10	1047481	1047490	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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332	NC_012466	AAATC	2	10	1981803	1981812	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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342	NC_012466	TAATA	2	10	2114178	2114187	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.