MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 59

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	AATTA	2	10	3466	3475	60 %	40 %	0 %	0 %	225350703
2	NC_012226	GAAAT	2	10	3602	3611	60 %	20 %	20 %	0 %	225350703
3	NC_012226	ATTAT	2	10	3698	3707	40 %	60 %	0 %	0 %	225350703
4	NC_012226	TAAAA	2	10	4602	4611	80 %	20 %	0 %	0 %	225350704
5	NC_012226	AATAT	2	10	4944	4953	60 %	40 %	0 %	0 %	225350704
6	NC_012226	TTGTA	2	10	5036	5045	20 %	60 %	20 %	0 %	225350704
7	NC_012226	AAAAT	2	10	5365	5374	80 %	20 %	0 %	0 %	225350705
8	NC_012226	TAATT	2	10	5966	5975	40 %	60 %	0 %	0 %	225350705
9	NC_012226	TAATA	2	10	7365	7374	60 %	40 %	0 %	0 %	225350706
10	NC_012226	TATTG	2	10	7482	7491	20 %	60 %	20 %	0 %	225350706
11	NC_012226	TATAA	2	10	8047	8056	60 %	40 %	0 %	0 %	225350706
12	NC_012226	ATTTT	2	10	8178	8187	20 %	80 %	0 %	0 %	225350706
13	NC_012226	TTTAG	2	10	8299	8308	20 %	60 %	20 %	0 %	225350706
14	NC_012226	CTCTT	2	10	9837	9846	0 %	60 %	0 %	40 %	225350707
15	NC_012226	ATGTA	2	10	10074	10083	40 %	40 %	20 %	0 %	225350707
16	NC_012226	TTCTT	2	10	10161	10170	0 %	80 %	0 %	20 %	225350707
17	NC_012226	AAGTA	2	10	10200	10209	60 %	20 %	20 %	0 %	225350707
18	NC_012226	ATATT	2	10	10313	10322	40 %	60 %	0 %	0 %	225350707
19	NC_012226	ATTAT	2	10	10408	10417	40 %	60 %	0 %	0 %	225350707
20	NC_012226	AACTT	2	10	11484	11493	40 %	40 %	0 %	20 %	225350708
21	NC_012226	ATTTT	2	10	12639	12648	20 %	80 %	0 %	0 %	225350709
22	NC_012226	TAAAA	2	10	12891	12900	80 %	20 %	0 %	0 %	225350710
23	NC_012226	GGTCT	11	55	12999	13053	0 %	40 %	40 %	20 %	225350710
24	NC_012226	ATAAA	2	10	13306	13315	80 %	20 %	0 %	0 %	225350710
25	NC_012226	ATTTA	2	10	14026	14035	40 %	60 %	0 %	0 %	225350710
26	NC_012226	ATATT	2	10	14364	14373	40 %	60 %	0 %	0 %	225350711
27	NC_012226	AATTA	2	10	14588	14597	60 %	40 %	0 %	0 %	225350711
28	NC_012226	ATTTA	2	10	15044	15053	40 %	60 %	0 %	0 %	225350711
29	NC_012226	TTATT	2	10	15106	15115	20 %	80 %	0 %	0 %	225350712
30	NC_012226	TCCAG	2	10	15693	15702	20 %	20 %	20 %	40 %	225350712
31	NC_012226	TTTTA	2	10	16088	16097	20 %	80 %	0 %	0 %	225350712
32	NC_012226	AATAA	2	10	16249	16258	80 %	20 %	0 %	0 %	225350713
33	NC_012226	TCATT	2	10	16518	16527	20 %	60 %	0 %	20 %	225350713
34	NC_012226	AAATA	2	10	16605	16614	80 %	20 %	0 %	0 %	225350713
35	NC_012226	TTTAA	2	10	17507	17516	40 %	60 %	0 %	0 %	225350713
36	NC_012226	TTTAA	2	10	19253	19262	40 %	60 %	0 %	0 %	225350716
37	NC_012226	TAAAA	2	10	20242	20251	80 %	20 %	0 %	0 %	225350717
38	NC_012226	TATCA	2	10	20305	20314	40 %	40 %	0 %	20 %	225350717
39	NC_012226	TATTT	2	10	21104	21113	20 %	80 %	0 %	0 %	225350718
40	NC_012226	CTGTC	2	10	21189	21198	0 %	40 %	20 %	40 %	225350718
41	NC_012226	AAAAG	2	10	21368	21377	80 %	0 %	20 %	0 %	225350718
42	NC_012226	ATTTT	2	10	23611	23620	20 %	80 %	0 %	0 %	225350720
43	NC_012226	AATTT	2	10	23804	23813	40 %	60 %	0 %	0 %	225350720
44	NC_012226	TTTAA	2	10	23956	23965	40 %	60 %	0 %	0 %	225350720
45	NC_012226	CTTGT	2	10	25982	25991	0 %	60 %	20 %	20 %	225350722
46	NC_012226	ATTTT	2	10	26129	26138	20 %	80 %	0 %	0 %	225350722
47	NC_012226	TGGTT	2	10	26361	26370	0 %	60 %	40 %	0 %	225350722
48	NC_012226	TTTTA	2	10	26421	26430	20 %	80 %	0 %	0 %	225350722
49	NC_012226	GGTCT	10	50	26882	26931	0 %	40 %	40 %	20 %	225350723
50	NC_012226	ATTTT	2	10	27953	27962	20 %	80 %	0 %	0 %	225350723
51	NC_012226	CAAAT	2	10	29502	29511	60 %	20 %	0 %	20 %	225350724
52	NC_012226	TAATA	2	10	29735	29744	60 %	40 %	0 %	0 %	225350724
53	NC_012226	AATTA	2	10	30906	30915	60 %	40 %	0 %	0 %	225350726
54	NC_012226	CAAGC	2	10	31097	31106	40 %	0 %	20 %	40 %	225350726
55	NC_012226	TCCAA	2	10	32654	32663	40 %	20 %	0 %	40 %	225350728
56	NC_012226	TATTT	2	10	33894	33903	20 %	80 %	0 %	0 %	225350729
57	NC_012226	TATTT	2	10	34033	34042	20 %	80 %	0 %	0 %	225350729
58	NC_012226	GGTCT	3	15	34649	34663	0 %	40 %	40 %	20 %	225350730
59	NC_012226	TAAGT	2	10	35687	35696	40 %	40 %	20 %	0 %	225350730

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.