MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	TAAA	2	8	97	104	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012226	ATTA	2	8	215	222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012226	ATTT	2	8	371	378	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012226	ATCA	2	8	434	441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_012226	AATT	2	8	503	510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012226	ATTT	2	8	742	749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012226	ATTG	2	8	829	836	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012226	TTAT	2	8	1117	1124	25 %	75 %	0 %	0 %	225350701
9	NC_012226	TTCT	2	8	1306	1313	0 %	75 %	0 %	25 %	225350701
10	NC_012226	ATTA	2	8	1340	1347	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
11	NC_012226	TAAA	2	8	2499	2506	75 %	25 %	0 %	0 %	225350702
12	NC_012226	ATTT	2	8	2787	2794	25 %	75 %	0 %	0 %	225350702
13	NC_012226	ATTT	2	8	2955	2962	25 %	75 %	0 %	0 %	225350702
14	NC_012226	AAAG	2	8	3346	3353	75 %	0 %	25 %	0 %	225350703
15	NC_012226	AATA	2	8	3580	3587	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
16	NC_012226	TAAA	2	8	3714	3721	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
17	NC_012226	ATTC	2	8	3879	3886	25 %	50 %	0 %	25 %	225350703
18	NC_012226	TCAT	2	8	3887	3894	25 %	50 %	0 %	25 %	225350703
19	NC_012226	ATAA	2	8	3910	3917	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
20	NC_012226	ATAA	2	8	4085	4092	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
21	NC_012226	TTAT	2	8	4267	4274	25 %	75 %	0 %	0 %	225350704
22	NC_012226	ATTT	2	8	4493	4500	25 %	75 %	0 %	0 %	225350704
23	NC_012226	AAAT	2	8	4554	4561	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
24	NC_012226	CATT	2	8	4672	4679	25 %	50 %	0 %	25 %	225350704
25	NC_012226	TAAA	2	8	4883	4890	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
26	NC_012226	TTCT	2	8	5053	5060	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_012226	TAAT	2	8	5068	5075	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
28	NC_012226	TAAA	2	8	5230	5237	75 %	25 %	0 %	0 %	225350705
29	NC_012226	TTAT	2	8	5318	5325	25 %	75 %	0 %	0 %	225350705
30	NC_012226	ATTT	2	8	6417	6424	25 %	75 %	0 %	0 %	225350705
31	NC_012226	ATTA	2	8	6439	6446	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
32	NC_012226	CTTT	2	8	6477	6484	0 %	75 %	0 %	25 %	225350705
33	NC_012226	TATT	2	8	8375	8382	25 %	75 %	0 %	0 %	225350706
34	NC_012226	TCTT	2	8	8619	8626	0 %	75 %	0 %	25 %	225350707
35	NC_012226	TTTC	2	8	8956	8963	0 %	75 %	0 %	25 %	225350707
36	NC_012226	ATTT	2	8	9144	9151	25 %	75 %	0 %	0 %	225350707
37	NC_012226	TAAA	2	8	9440	9447	75 %	25 %	0 %	0 %	225350707
38	NC_012226	TTTC	2	8	9509	9516	0 %	75 %	0 %	25 %	225350707
39	NC_012226	TTTA	2	8	10600	10607	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012226	TAAA	2	8	10665	10672	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012226	AATT	2	8	10711	10718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012226	AATA	2	8	11239	11246	75 %	25 %	0 %	0 %	225350708
43	NC_012226	TTTA	2	8	11455	11462	25 %	75 %	0 %	0 %	225350708
44	NC_012226	TTTA	2	8	11581	11588	25 %	75 %	0 %	0 %	225350708
45	NC_012226	TGAT	2	8	11839	11846	25 %	50 %	25 %	0 %	225350708
46	NC_012226	ACTA	2	8	12236	12243	50 %	25 %	0 %	25 %	225350709
47	NC_012226	TATT	2	8	12313	12320	25 %	75 %	0 %	0 %	225350709
48	NC_012226	TTTA	2	8	12593	12600	25 %	75 %	0 %	0 %	225350709
49	NC_012226	AATA	2	8	12733	12740	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012226	CCCT	2	8	12820	12827	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
51	NC_012226	ATTT	2	8	12842	12849	25 %	75 %	0 %	0 %	225350710
52	NC_012226	ATTC	2	8	13179	13186	25 %	50 %	0 %	25 %	225350710
53	NC_012226	AGCA	2	8	13266	13273	50 %	0 %	25 %	25 %	225350710
54	NC_012226	ATTA	2	8	13372	13379	50 %	50 %	0 %	0 %	225350710
55	NC_012226	AATA	2	8	13435	13442	75 %	25 %	0 %	0 %	225350710
56	NC_012226	ACAT	2	8	14150	14157	50 %	25 %	0 %	25 %	225350711
57	NC_012226	CTTT	2	8	14235	14242	0 %	75 %	0 %	25 %	225350711
58	NC_012226	CTTT	2	8	15296	15303	0 %	75 %	0 %	25 %	225350712
59	NC_012226	AGAA	2	8	17241	17248	75 %	0 %	25 %	0 %	225350713
60	NC_012226	AAAG	2	8	17406	17413	75 %	0 %	25 %	0 %	225350713
61	NC_012226	TAAT	2	8	18368	18375	50 %	50 %	0 %	0 %	225350714
62	NC_012226	CAAT	2	8	18435	18442	50 %	25 %	0 %	25 %	225350715
63	NC_012226	ATTT	2	8	18923	18930	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
64	NC_012226	ATTT	2	8	18955	18962	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
65	NC_012226	ATTT	2	8	19212	19219	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
66	NC_012226	CTTT	2	8	19499	19506	0 %	75 %	0 %	25 %	225350716
67	NC_012226	TTAT	2	8	19961	19968	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
68	NC_012226	AATA	2	8	20093	20100	75 %	25 %	0 %	0 %	225350717
69	NC_012226	TAAG	2	8	20441	20448	50 %	25 %	25 %	0 %	225350717
70	NC_012226	ATTT	2	8	20956	20963	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012226	TAAA	2	8	21018	21025	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012226	TTTA	2	8	21064	21071	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012226	ATTA	2	8	21272	21279	50 %	50 %	0 %	0 %	225350718
74	NC_012226	TTAT	2	8	21324	21331	25 %	75 %	0 %	0 %	225350718
75	NC_012226	AAAC	2	8	22046	22053	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_012226	CTTT	2	8	22441	22448	0 %	75 %	0 %	25 %	225350719
77	NC_012226	TAAT	2	8	22608	22615	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
78	NC_012226	ATTA	2	8	22838	22845	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
79	NC_012226	TGTA	2	8	22865	22872	25 %	50 %	25 %	0 %	225350719
80	NC_012226	CTTT	2	8	23013	23020	0 %	75 %	0 %	25 %	225350719
81	NC_012226	TATG	2	8	23065	23072	25 %	50 %	25 %	0 %	225350719
82	NC_012226	TAAT	2	8	23103	23110	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
83	NC_012226	TTTA	2	8	23844	23851	25 %	75 %	0 %	0 %	225350720
84	NC_012226	ATTA	2	8	24057	24064	50 %	50 %	0 %	0 %	225350720
85	NC_012226	AAGC	2	8	24203	24210	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_012226	TATT	2	8	24338	24345	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012226	TATT	2	8	24467	24474	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012226	TCAA	2	8	24550	24557	50 %	25 %	0 %	25 %	225350721
89	NC_012226	GTAA	2	8	24615	24622	50 %	25 %	25 %	0 %	225350721
90	NC_012226	TAAT	2	8	24871	24878	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
91	NC_012226	TAAA	2	8	25099	25106	75 %	25 %	0 %	0 %	225350721
92	NC_012226	AATA	2	8	25209	25216	75 %	25 %	0 %	0 %	225350721
93	NC_012226	ATTT	2	8	25492	25499	25 %	75 %	0 %	0 %	225350721
94	NC_012226	TTAC	2	8	25903	25910	25 %	50 %	0 %	25 %	225350722
95	NC_012226	AAAT	2	8	26070	26077	75 %	25 %	0 %	0 %	225350722
96	NC_012226	TATT	2	8	26096	26103	25 %	75 %	0 %	0 %	225350722
97	NC_012226	TCTT	2	8	26139	26146	0 %	75 %	0 %	25 %	225350722
98	NC_012226	TAAT	2	8	26435	26442	50 %	50 %	0 %	0 %	225350722
99	NC_012226	ATTT	3	12	26831	26842	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012226	ATTT	2	8	26937	26944	25 %	75 %	0 %	0 %	225350723
101	NC_012226	ATTA	2	8	26992	26999	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
102	NC_012226	TAAT	2	8	27098	27105	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
103	NC_012226	TTTA	2	8	27265	27272	25 %	75 %	0 %	0 %	225350723
104	NC_012226	ATTT	2	8	27360	27367	25 %	75 %	0 %	0 %	225350723
105	NC_012226	TAAA	2	8	27505	27512	75 %	25 %	0 %	0 %	225350723
106	NC_012226	TAAA	2	8	28036	28043	75 %	25 %	0 %	0 %	225350723
107	NC_012226	CATA	2	8	28254	28261	50 %	25 %	0 %	25 %	225350723
108	NC_012226	TCAT	2	8	28736	28743	25 %	50 %	0 %	25 %	225350723
109	NC_012226	ATTT	2	8	28755	28762	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012226	TATG	2	8	28869	28876	25 %	50 %	25 %	0 %	225350724
111	NC_012226	AAAT	2	8	29022	29029	75 %	25 %	0 %	0 %	225350724
112	NC_012226	ATAA	2	8	29349	29356	75 %	25 %	0 %	0 %	225350724
113	NC_012226	TCAT	2	8	29476	29483	25 %	50 %	0 %	25 %	225350724
114	NC_012226	TTTA	2	8	29484	29491	25 %	75 %	0 %	0 %	225350724
115	NC_012226	TATT	2	8	29813	29820	25 %	75 %	0 %	0 %	225350725
116	NC_012226	TATC	2	8	29872	29879	25 %	50 %	0 %	25 %	225350725
117	NC_012226	TTGT	2	8	29882	29889	0 %	75 %	25 %	0 %	225350725
118	NC_012226	TTTC	2	8	29940	29947	0 %	75 %	0 %	25 %	225350725
119	NC_012226	ATTT	2	8	30665	30672	25 %	75 %	0 %	0 %	225350725
120	NC_012226	ATCT	2	8	30709	30716	25 %	50 %	0 %	25 %	225350725
121	NC_012226	TATC	2	8	31382	31389	25 %	50 %	0 %	25 %	225350726
122	NC_012226	CTTT	2	8	32137	32144	0 %	75 %	0 %	25 %	225350727
123	NC_012226	AGCA	2	8	32607	32614	50 %	0 %	25 %	25 %	225350727
124	NC_012226	GATT	2	8	33072	33079	25 %	50 %	25 %	0 %	225350728
125	NC_012226	TATT	2	8	33319	33326	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
126	NC_012226	TAAA	2	8	33483	33490	75 %	25 %	0 %	0 %	225350729
127	NC_012226	TCAT	2	8	33592	33599	25 %	50 %	0 %	25 %	225350729
128	NC_012226	ATTT	2	8	33857	33864	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
129	NC_012226	TTTA	2	8	33915	33922	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
130	NC_012226	AAAT	2	8	33994	34001	75 %	25 %	0 %	0 %	225350729
131	NC_012226	TTTA	2	8	34431	34438	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
132	NC_012226	TAAA	2	8	34759	34766	75 %	25 %	0 %	0 %	225350730
133	NC_012226	ATTA	2	8	34877	34884	50 %	50 %	0 %	0 %	225350730
134	NC_012226	TAAA	2	8	35224	35231	75 %	25 %	0 %	0 %	225350730

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.