MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	TTAT	2	8	1117	1124	25 %	75 %	0 %	0 %	225350701
2	NC_012226	TTCT	2	8	1306	1313	0 %	75 %	0 %	25 %	225350701
3	NC_012226	ATTA	2	8	1340	1347	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
4	NC_012226	TAAA	2	8	2499	2506	75 %	25 %	0 %	0 %	225350702
5	NC_012226	ATTT	2	8	2787	2794	25 %	75 %	0 %	0 %	225350702
6	NC_012226	ATTT	2	8	2955	2962	25 %	75 %	0 %	0 %	225350702
7	NC_012226	AAAG	2	8	3346	3353	75 %	0 %	25 %	0 %	225350703
8	NC_012226	AATA	2	8	3580	3587	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
9	NC_012226	TAAA	2	8	3714	3721	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
10	NC_012226	ATTC	2	8	3879	3886	25 %	50 %	0 %	25 %	225350703
11	NC_012226	TCAT	2	8	3887	3894	25 %	50 %	0 %	25 %	225350703
12	NC_012226	ATAA	2	8	3910	3917	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
13	NC_012226	ATAA	2	8	4085	4092	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
14	NC_012226	TTAT	2	8	4267	4274	25 %	75 %	0 %	0 %	225350704
15	NC_012226	ATTT	2	8	4493	4500	25 %	75 %	0 %	0 %	225350704
16	NC_012226	AAAT	2	8	4554	4561	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
17	NC_012226	CATT	2	8	4672	4679	25 %	50 %	0 %	25 %	225350704
18	NC_012226	TAAA	2	8	4883	4890	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
19	NC_012226	TAAT	2	8	5068	5075	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
20	NC_012226	TAAA	2	8	5230	5237	75 %	25 %	0 %	0 %	225350705
21	NC_012226	TTAT	2	8	5318	5325	25 %	75 %	0 %	0 %	225350705
22	NC_012226	ATTT	2	8	6417	6424	25 %	75 %	0 %	0 %	225350705
23	NC_012226	ATTA	2	8	6439	6446	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
24	NC_012226	CTTT	2	8	6477	6484	0 %	75 %	0 %	25 %	225350705
25	NC_012226	TATT	2	8	8375	8382	25 %	75 %	0 %	0 %	225350706
26	NC_012226	TCTT	2	8	8619	8626	0 %	75 %	0 %	25 %	225350707
27	NC_012226	TTTC	2	8	8956	8963	0 %	75 %	0 %	25 %	225350707
28	NC_012226	ATTT	2	8	9144	9151	25 %	75 %	0 %	0 %	225350707
29	NC_012226	TAAA	2	8	9440	9447	75 %	25 %	0 %	0 %	225350707
30	NC_012226	TTTC	2	8	9509	9516	0 %	75 %	0 %	25 %	225350707
31	NC_012226	AATA	2	8	11239	11246	75 %	25 %	0 %	0 %	225350708
32	NC_012226	TTTA	2	8	11455	11462	25 %	75 %	0 %	0 %	225350708
33	NC_012226	TTTA	2	8	11581	11588	25 %	75 %	0 %	0 %	225350708
34	NC_012226	TGAT	2	8	11839	11846	25 %	50 %	25 %	0 %	225350708
35	NC_012226	ACTA	2	8	12236	12243	50 %	25 %	0 %	25 %	225350709
36	NC_012226	TATT	2	8	12313	12320	25 %	75 %	0 %	0 %	225350709
37	NC_012226	TTTA	2	8	12593	12600	25 %	75 %	0 %	0 %	225350709
38	NC_012226	ATTT	2	8	12842	12849	25 %	75 %	0 %	0 %	225350710
39	NC_012226	ATTC	2	8	13179	13186	25 %	50 %	0 %	25 %	225350710
40	NC_012226	AGCA	2	8	13266	13273	50 %	0 %	25 %	25 %	225350710
41	NC_012226	ATTA	2	8	13372	13379	50 %	50 %	0 %	0 %	225350710
42	NC_012226	AATA	2	8	13435	13442	75 %	25 %	0 %	0 %	225350710
43	NC_012226	ACAT	2	8	14150	14157	50 %	25 %	0 %	25 %	225350711
44	NC_012226	CTTT	2	8	14235	14242	0 %	75 %	0 %	25 %	225350711
45	NC_012226	CTTT	2	8	15296	15303	0 %	75 %	0 %	25 %	225350712
46	NC_012226	AGAA	2	8	17241	17248	75 %	0 %	25 %	0 %	225350713
47	NC_012226	AAAG	2	8	17406	17413	75 %	0 %	25 %	0 %	225350713
48	NC_012226	TAAT	2	8	18368	18375	50 %	50 %	0 %	0 %	225350714
49	NC_012226	CAAT	2	8	18435	18442	50 %	25 %	0 %	25 %	225350715
50	NC_012226	ATTT	2	8	18923	18930	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
51	NC_012226	ATTT	2	8	18955	18962	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
52	NC_012226	ATTT	2	8	19212	19219	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
53	NC_012226	CTTT	2	8	19499	19506	0 %	75 %	0 %	25 %	225350716
54	NC_012226	TTAT	2	8	19961	19968	25 %	75 %	0 %	0 %	225350716
55	NC_012226	AATA	2	8	20093	20100	75 %	25 %	0 %	0 %	225350717
56	NC_012226	TAAG	2	8	20441	20448	50 %	25 %	25 %	0 %	225350717
57	NC_012226	ATTA	2	8	21272	21279	50 %	50 %	0 %	0 %	225350718
58	NC_012226	TTAT	2	8	21324	21331	25 %	75 %	0 %	0 %	225350718
59	NC_012226	CTTT	2	8	22441	22448	0 %	75 %	0 %	25 %	225350719
60	NC_012226	TAAT	2	8	22608	22615	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
61	NC_012226	ATTA	2	8	22838	22845	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
62	NC_012226	TGTA	2	8	22865	22872	25 %	50 %	25 %	0 %	225350719
63	NC_012226	CTTT	2	8	23013	23020	0 %	75 %	0 %	25 %	225350719
64	NC_012226	TATG	2	8	23065	23072	25 %	50 %	25 %	0 %	225350719
65	NC_012226	TAAT	2	8	23103	23110	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
66	NC_012226	TTTA	2	8	23844	23851	25 %	75 %	0 %	0 %	225350720
67	NC_012226	ATTA	2	8	24057	24064	50 %	50 %	0 %	0 %	225350720
68	NC_012226	TCAA	2	8	24550	24557	50 %	25 %	0 %	25 %	225350721
69	NC_012226	GTAA	2	8	24615	24622	50 %	25 %	25 %	0 %	225350721
70	NC_012226	TAAT	2	8	24871	24878	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
71	NC_012226	TAAA	2	8	25099	25106	75 %	25 %	0 %	0 %	225350721
72	NC_012226	AATA	2	8	25209	25216	75 %	25 %	0 %	0 %	225350721
73	NC_012226	ATTT	2	8	25492	25499	25 %	75 %	0 %	0 %	225350721
74	NC_012226	TTAC	2	8	25903	25910	25 %	50 %	0 %	25 %	225350722
75	NC_012226	AAAT	2	8	26070	26077	75 %	25 %	0 %	0 %	225350722
76	NC_012226	TATT	2	8	26096	26103	25 %	75 %	0 %	0 %	225350722
77	NC_012226	TCTT	2	8	26139	26146	0 %	75 %	0 %	25 %	225350722
78	NC_012226	TAAT	2	8	26435	26442	50 %	50 %	0 %	0 %	225350722
79	NC_012226	ATTT	2	8	26937	26944	25 %	75 %	0 %	0 %	225350723
80	NC_012226	ATTA	2	8	26992	26999	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
81	NC_012226	TAAT	2	8	27098	27105	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
82	NC_012226	TTTA	2	8	27265	27272	25 %	75 %	0 %	0 %	225350723
83	NC_012226	ATTT	2	8	27360	27367	25 %	75 %	0 %	0 %	225350723
84	NC_012226	TAAA	2	8	27505	27512	75 %	25 %	0 %	0 %	225350723
85	NC_012226	TAAA	2	8	28036	28043	75 %	25 %	0 %	0 %	225350723
86	NC_012226	CATA	2	8	28254	28261	50 %	25 %	0 %	25 %	225350723
87	NC_012226	TCAT	2	8	28736	28743	25 %	50 %	0 %	25 %	225350723
88	NC_012226	TATG	2	8	28869	28876	25 %	50 %	25 %	0 %	225350724
89	NC_012226	AAAT	2	8	29022	29029	75 %	25 %	0 %	0 %	225350724
90	NC_012226	ATAA	2	8	29349	29356	75 %	25 %	0 %	0 %	225350724
91	NC_012226	TCAT	2	8	29476	29483	25 %	50 %	0 %	25 %	225350724
92	NC_012226	TTTA	2	8	29484	29491	25 %	75 %	0 %	0 %	225350724
93	NC_012226	TATT	2	8	29813	29820	25 %	75 %	0 %	0 %	225350725
94	NC_012226	TATC	2	8	29872	29879	25 %	50 %	0 %	25 %	225350725
95	NC_012226	TTGT	2	8	29882	29889	0 %	75 %	25 %	0 %	225350725
96	NC_012226	TTTC	2	8	29940	29947	0 %	75 %	0 %	25 %	225350725
97	NC_012226	ATTT	2	8	30665	30672	25 %	75 %	0 %	0 %	225350725
98	NC_012226	ATCT	2	8	30709	30716	25 %	50 %	0 %	25 %	225350725
99	NC_012226	TATC	2	8	31382	31389	25 %	50 %	0 %	25 %	225350726
100	NC_012226	CTTT	2	8	32137	32144	0 %	75 %	0 %	25 %	225350727
101	NC_012226	AGCA	2	8	32607	32614	50 %	0 %	25 %	25 %	225350727
102	NC_012226	GATT	2	8	33072	33079	25 %	50 %	25 %	0 %	225350728
103	NC_012226	TATT	2	8	33319	33326	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
104	NC_012226	TAAA	2	8	33483	33490	75 %	25 %	0 %	0 %	225350729
105	NC_012226	TCAT	2	8	33592	33599	25 %	50 %	0 %	25 %	225350729
106	NC_012226	ATTT	2	8	33857	33864	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
107	NC_012226	TTTA	2	8	33915	33922	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
108	NC_012226	AAAT	2	8	33994	34001	75 %	25 %	0 %	0 %	225350729
109	NC_012226	TTTA	2	8	34431	34438	25 %	75 %	0 %	0 %	225350729
110	NC_012226	TAAA	2	8	34759	34766	75 %	25 %	0 %	0 %	225350730
111	NC_012226	ATTA	2	8	34877	34884	50 %	50 %	0 %	0 %	225350730
112	NC_012226	TAAA	2	8	35224	35231	75 %	25 %	0 %	0 %	225350730

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.