MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	TCT	2	6	165	170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_012226	AGC	2	6	206	211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012226	TTC	2	6	302	307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012226	ATA	2	6	527	532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012226	TAA	2	6	562	567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012226	AAT	3	9	703	711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012226	TCT	2	6	756	761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_012226	TCT	2	6	858	863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_012226	TTC	2	6	899	904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_012226	ATA	2	6	974	979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012226	TCT	2	6	1095	1100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_012226	TAT	3	9	2991	2999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012226	ATA	2	6	3007	3012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012226	TAT	2	6	6931	6936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012226	TAG	2	6	6976	6981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012226	TTA	2	6	7018	7023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012226	ATG	2	6	7052	7057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012226	ATT	2	6	7080	7085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012226	TAG	2	6	7092	7097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012226	ATT	2	6	7114	7119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012226	AAT	2	6	7129	7134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012226	ATT	2	6	7167	7172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012226	TAT	2	6	7181	7186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012226	TAT	2	6	7198	7203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012226	ATA	2	6	7231	7236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012226	TAA	2	6	10560	10565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012226	TAT	2	6	10566	10571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012226	ACA	2	6	10580	10585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_012226	GAA	2	6	10676	10681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012226	TAA	2	6	10722	10727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012226	TAA	2	6	10741	10746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012226	AAT	2	6	10770	10775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012226	TAT	2	6	10776	10781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012226	TAT	2	6	10815	10820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012226	ATA	2	6	10844	10849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012226	AGA	2	6	12719	12724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012226	GAT	2	6	12756	12761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012226	AAT	2	6	16184	16189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012226	TAT	2	6	16202	16207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012226	ATT	2	6	20876	20881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012226	TTA	2	6	20964	20969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012226	TTA	3	9	20990	20998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012226	TAA	2	6	21046	21051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012226	TAT	2	6	21054	21059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012226	TAT	2	6	21853	21858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012226	TTA	2	6	21918	21923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012226	TAA	2	6	21943	21948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012226	TAA	2	6	21971	21976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012226	ACT	2	6	22030	22035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012226	ACT	2	6	22105	22110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012226	TAT	2	6	22192	22197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012226	TAT	2	6	22220	22225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012226	ATA	2	6	22284	22289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012226	TTA	2	6	23320	23325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012226	ATA	2	6	23326	23331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012226	TAA	2	6	23445	23450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012226	TAT	2	6	23451	23456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012226	ATC	2	6	24147	24152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_012226	TCT	2	6	24304	24309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012226	TCT	2	6	24379	24384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_012226	TAA	2	6	24500	24505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012226	TCT	2	6	24523	24528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012226	ATA	3	9	26783	26791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012226	TAA	2	6	31766	31771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012226	ATT	2	6	34472	34477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012226	ATA	2	6	34539	34544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012226	TAT	2	6	34552	34557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012226	ATT	2	6	34568	34573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012226	TGC	2	6	34597	34602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_012226	TGC	2	6	35806	35811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012226	TAT	3	9	35853	35861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.